BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345M06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,315,997 - 108,480,087
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItpr1
Upstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718
Downstream geneLOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371, LOC639110, LOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345M06.bB6Ng01-345M06.g
ACCGA127857GA127858
length1,1321,103
definitionB6Ng01-345M06.b B6Ng01-345M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,478,948 - 108,480,087)(108,315,997 - 108,317,104)
sequence
gaattcctacccaatagtatcaccttaaccttacacaagcacaaatcctc
agtttggtgggcacagaacaaagccactggtgtagaaattatataaaagg
gcatgcatataactgtggaaacacatatggagatccagattaacaaaact
ccttaggctactaccatgactggagttcctatgagaaaaggcagccctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatct
atctatctatttctatgctgccaggggctatatgaggtcacagcagtcat
agcttgcctatgacaaagatgacatcatttctatatattaagctgcatat
gtattatagggggcagggaacagaagaaagcaagtttctccagacttctg
agtcacagcactacttaccattggggttgcaaccgaaggtcaggtctact
agtgaaccgagagtaaccccacaactctaagaccatttctctgaattgac
agaaacaccactgatactagagaaaggggaagatactgttttgttttgtt
ttttttccacataggaagctattaaaatcaagatggcttggtgaccggtg
accattagctggcagccaaggtacctcccacagggatgggactacaagga
agctccctttggctcttctgtcaccatgtggccttccgtctgctggctgc
tgtgcttaggcttgcccaccagctgttgccctccacaccctcctgccaca
ctctgggtcttatctgtctagtcccagatgggtgtgtgaggtagcatgaa
cctgaatttgtataagtcccagatggtcaatgggttaccgatgtcctatg
acttgctggggattacatgcctatgaaagagcagagctggcactcagacc
aggatcttctgtccccacaccctgtctttgggtaggaatgggctctgtgg
gaaaatcaactgatgaacaagacaagggatgaccaaaggagagagatgag
gatgcagtcatgtgtacttaagtgaattaacttggtgggcaatggctggt
atttctcaactacagatagttcctttgtttcccccttaggatagcagaaa
aagcacacctgtcctcgatggaaaggacgaac

gaattcaaaccaaacaaaatgccagaccgttgctgtctgtttgacaagtt
agtacgtgtcctggtctcagtggctggtgtggcagttagactcaagggca
cttgcttttctaggaaatttgggaacagcacataaaggaggggaagtaag
gcagagataagtccaaaggaagggcccaggaatcttgtgctagtggttaa
ctttctagttatgtttgggtagagggctggcaataaaagaaagaaagtcc
attgtggctgaggacttctggccatgaatgactacatagacttctagggc
tttactagtgacatctcctcctctctgtcctacagagtgcctgggaccca
tctccatcttcccattgcctttctgtcacctttacttatgcagacaagtg
gaaagcttgtctcccacagctaatccatcttagaaagcagacctaatcca
gtttgctgctcgtgtgagcccttggcctgactgttttttcttgtttgata
tttcttttttttttttggtttttttgagacagggtttctctgtgtagccc
tggctgttctggaactcactctgtagaccaggctggcctcgaattcagca
gtccgcttgcctctgcctcccgagtgctgggattaaaggcgtgagccacc
aacgcccactttgtttgatatttcttattcttggactgtcattatctgag
agaagtaactgccatgtatggcatcaacgctgccagctgaggtatcacag
agggagtctgacctttggcatgaagataaatcattaatcattagaagggg
agatgctatctaagtgagccatgggcactataggagatggcatcattcca
ttaggttctgtatatgaaaggaagacactatttgcagggtaagataaagt
gtggtgcttgcaaacccaaggaggagaagaaagacagacctttatttaaa
tagactgatcatcgacagtcatatgatctgatagtagctttccctccctg
agcctcagattcttctttgtaacagccacattttcacgtgcacagatcag
ttaacgaacttagtgttgctcatatcaggccagtctatctgacttcacaa
gag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108478948_108480087
seq2: B6Ng01-345M06.b_47_1178 (reverse)

seq1  GTTCTTCCTCTCCATCGAGGACAGTTGTGC-TTTTCTGCTATCCCTAGGG  49
      |||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||
seq2  GTTCGTCCTTTCCATCGAGGACAGGTGTGCTTTTTCTGCTATCCTAAGGG  50

seq1  GGAAACAAAGGAAACTATCTTGTAGTTGAGAAATTCCCAGCCATTTGCCC  99
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||
seq2  GGAAACAAAGG-AACTATC-TGTAGTTGAGAAA-TACCAGCCA-TTGCCC  96

seq1  A-CAAGTTAAATTTCACTTAAGTACAACATGACCTGCATCCTCATCTCTC  148
      | ||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTTAA--TTCACTTAAGTAC-ACATGA-CTGCATCCTCATCTCTC  142

seq1  TCCTTTTGGTCATCCCTTGTCTTGTTTCATCAGTTGATTTTCCCACAGAG  198
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCC-TTTGGTCATCCCTTGTCTTG-TTCATCAGTTGATTTTCCCACAGAG  190

seq1  CCCATTCCTACCCAAAGACAGGGTGTGGGGACAGAAGATCCTGGTCTGAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCCTACCCAAAGACAGGGTGTGGGGACAGAAGATCCTGGTCTGAG  240

seq1  TGCCAGCTCTGCTCTTTCATAGGCATGTAATCCCCAGCAAGTCATAGGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCTCTGCTCTTTCATAGGCATGTAATCCCCAGCAAGTCATAGGAC  290

seq1  ATCGGTAACCCATTGACCATCTGGGACTTATACAAATTCAGGTTCATGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGTAACCCATTGACCATCTGGGACTTATACAAATTCAGGTTCATGCT  340

seq1  ACCTCACACACCCATCTGGGACTAGACAGATAAGACCCAGAGTGTGGCAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACACACCCATCTGGGACTAGACAGATAAGACCCAGAGTGTGGCAG  390

seq1  GAGGGTGTGGAGGGCAACAGCTGGTGGGCAAGCCTAAGCACAGCAGCCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGTGGAGGGCAACAGCTGGTGGGCAAGCCTAAGCACAGCAGCCAG  440

seq1  CAGACGGAAGGCCACATGGTGACAGAAGAGCCAAAGGGAGCTTCCTTGTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGGAAGGCCACATGGTGACAGAAGAGCCAAAGGGAGCTTCCTTGTA  490

seq1  GTCCCATCCCTGTGGGAGGTACCTTGGCTGCCAGCTAATGGTCACCGGTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCATCCCTGTGGGAGGTACCTTGGCTGCCAGCTAATGGTCACCGGTC  540

seq1  ACCAAGCCATCTTGATTTTAATAGCTTCCTATGTGGAAAAAAAACAAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCCATCTTGATTTTAATAGCTTCCTATGTGGAAAAAAAACAAAAC  590

seq1  AAAACAGTATCTTCCCCTTTCTCTAGTATCAGTGGTGTTTCTGTCAATTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTATCTTCCCCTTTCTCTAGTATCAGTGGTGTTTCTGTCAATTC  640

seq1  AGAGAAATGGTCTTAGAGTTGTGGGGTTACTCTCGGTTCACTAGTAGACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATGGTCTTAGAGTTGTGGGGTTACTCTCGGTTCACTAGTAGACC  690

seq1  TGACCTTCGGTTGCAACCCCAATGGTAAGTAGTGCTGTGACTCAGAAGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTCGGTTGCAACCCCAATGGTAAGTAGTGCTGTGACTCAGAAGTC  740

seq1  TGGAGAAACTTGCTTTCTTCTGTTCCCTGCCCCCTATAATACATATGCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAACTTGCTTTCTTCTGTTCCCTGCCCCCTATAATACATATGCAG  790

seq1  CTTAATATATAGAAATGATGTCATCTTTGTCATAGGCAAGCTATGACTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATATATAGAAATGATGTCATCTTTGTCATAGGCAAGCTATGACTGC  840

seq1  TGTGACCTCATATAGCCCCTGGCAGCATAGAAATAGATAGATAGATAGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCTCATATAGCCCCTGGCAGCATAGAAATAGATAGATAGATAGAT  890

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGGCT  940

seq1  GCCTTTTCTCATAGGAACTCCAGTCATGGTAGTAGCCTAAGGAGTTTTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTCTCATAGGAACTCCAGTCATGGTAGTAGCCTAAGGAGTTTTGT  990

seq1  TAATCTGGATCTCCATATGTGTTTCCACAGTTATATGCATGCCCTTTTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGGATCTCCATATGTGTTTCCACAGTTATATGCATGCCCTTTTAT  1040

seq1  ATAATTTCTACACCAGTGGCTTTGTTCTGTGCCCACCAAACTGAGGATTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTCTACACCAGTGGCTTTGTTCTGTGCCCACCAAACTGAGGATTT  1090

seq1  GTGCTTGTGTAAGGTTAAGGTGATACTATTGGGTAGGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGTGTAAGGTTAAGGTGATACTATTGGGTAGGAATTC  1132


seq1: chr6_108315997_108317104
seq2: B6Ng01-345M06.g_67_1169

seq1  GAATTCAAACCAAACAAAATGCCAGACCGTTGCTGTCTGTTTGACAAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCAAACAAAATGCCAGACCGTTGCTGTCTGTTTGACAAGTT  50

seq1  AGTACGTGTCCTGGTCTCAGTGGCTGGTGTGGCAGTTAGACTCAAGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACGTGTCCTGGTCTCAGTGGCTGGTGTGGCAGTTAGACTCAAGGGCA  100

seq1  CTTGCTTTTCTAGGAAATTTGGGAACAGCACATAAAGGAGGGGAAGTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTTCTAGGAAATTTGGGAACAGCACATAAAGGAGGGGAAGTAAG  150

seq1  GCAGAGATAAGTCCAAAGGAAGGGCCCAGGAATCTTGTGCTAGTGGTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGATAAGTCCAAAGGAAGGGCCCAGGAATCTTGTGCTAGTGGTTAA  200

seq1  CTTTCTAGTTATGTTTGGGTAGAGGGCTGGCAATAAAAGAAAGAAAGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTAGTTATGTTTGGGTAGAGGGCTGGCAATAAAAGAAAGAAAGTCC  250

seq1  ATTGTGGCTGAGGACTTCTGGCCATGAATGACTACATAGACTTCTAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGCTGAGGACTTCTGGCCATGAATGACTACATAGACTTCTAGGGC  300

seq1  TTTACTAGTGACATCTCCTCCTCTCTGTCCTACAGAGTGCCTGGGACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAGTGACATCTCCTCCTCTCTGTCCTACAGAGTGCCTGGGACCCA  350

seq1  TCTCCATCTTCCCATTGCCTTTCTGTCACCTTTACTTATGCAGACAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCTTCCCATTGCCTTTCTGTCACCTTTACTTATGCAGACAAGTG  400

seq1  GAAAGCTTGTCTCCCACAGCTAATCCATCTTAGAAAGCAGACCTAATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTTGTCTCCCACAGCTAATCCATCTTAGAAAGCAGACCTAATCCA  450

seq1  GTTTGCTGCTCGTGTGAGCCCTTGGCCTGACTGTTTTTTCTTGTTTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTGCTCGTGTGAGCCCTTGGCCTGACTGTTTTTTCTTGTTTGATA  500

seq1  TTTCTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCC  550

seq1  TGGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAATTCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAATTCAGCA  600

seq1  GTCCGCTTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGAGCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCTTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGAGCCACC  650

seq1  AACGCCCACTTTGTTTGATATTTCTTATTCTTGGACTGTCATTATCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCCACTTTGTTTGATATTTCTTATTCTTGGACTGTCATTATCTGAG  700

seq1  AGAAGTAACTGCCATGTATGGCATCAACGCTGCCAGCTGAGGTATCACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAACTGCCATGTATGGCATCAACGCTGCCAGCTGAGGTATCACAG  750

seq1  AGGGAGTCTGACCTTTGGCATGAAGATAAATCATTAATCATTAGAAGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTCTGACCTTTGGCATGAAGATAAATCATTAATCATTAGAAGGGG  800

seq1  AGATGCTATCTAAGTGAGCCATGGGCACTATAGGAGATGGCATCATTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTATCTAAGTGAGCCATGGGCACTATAGGAGATGGCATCATTCCA  850

seq1  TTAGGTTCTGTATATG-AAGGAAGACACTATTTGCAGGGTAAGATAAAGT  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTCTGTATATGAAAGGAAGACACTATTTGCAGGGTAAGATAAAGT  900

seq1  GTGGTGCTTGCAAACCCAAGGAGGAAGAAGAAAGACAGACCTTTATTTAA  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCTTGCAAACCCAAGGAGG-AGAAGAAAGACAGACCTTTATTTAA  949

seq1  ATAGACTGATCATCGACAAGTCATATGATCTTGAATAAGTAGCTTTCCCT  999
      ||||||||||||||||| |||||||||||| |||   |||||||||||||
seq2  ATAGACTGATCATCGAC-AGTCATATGATC-TGA--TAGTAGCTTTCCCT  995

seq1  CCCTGAGCCTCAGATTCCTTCTTTGTACCAGCAACATTTTCACGTTGCAC  1049
      |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||||
seq2  CCCTGAGCCTCAGATT-CTTCTTTGTAACAGCCACATTTTCACG-TGCAC  1043

seq1  AGGATCAG-TAAGGACTTTAGTG-TGCTCATATCCAGCAGGTC-ATCTTG  1096
      | |||||| ||| ||  |||||| ||||||||||  ||  ||| ||| ||
seq2  A-GATCAGTTAACGAACTTAGTGTTGCTCATATCAGGCCAGTCTATC-TG  1091

seq1  ACTTCACAAGAG  1108
      ||||||||||||
seq2  ACTTCACAAGAG  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |