BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348M19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 75,491,646 - 75,581,455
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG668132, LOC668136, LOC621306, LOC100042942, LOC668143
Downstream geneEG668145, EG546907, LOC100042952, LOC668153, EG668155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348M19.bB6Ng01-348M19.g
ACCGA129980GA129981
length1,1981,055
definitionB6Ng01-348M19.b B6Ng01-348M19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,580,238 - 75,581,455)(75,491,646 - 75,492,703)
sequence
gaattcactgaggaaaggtacacattgctgtcttcaattactactcttat
atcatctctccaactgaccgtaatccacctagttcctttaatgttagtaa
aattactattaagctctcttgacaattctagcttctgttgctaaaactga
tggctttctgatttagtttcgttttatttctttgccacatttcagttacc
tgaacatgttctccctcatgaaacatagctatgtctttgcagtagccatc
tgtccttaatttgccaaatatctattgttcagtcttcttaactaacatcc
aaggcaaaagtccttgaaattttccctcaaagttttatacttctctatat
tcttaataattatatccagaataatatctataagtctactcaaatgccaa
gcaaatttatctttccattatgtaaaattattggaatcagcataagctgt
tctacaaatttgaattctgatcatgtccatttgtgttttctcttgttgat
tttcttcaagtcaatacataaatccattatccccagaaattggatctatt
gcagacacctgtacttcatgttcgttatttagcaaatgaatgaattctat
gcatatgtctacacatatctatagctctctccagaatgcatcctgatcat
tgtagtattaacctataagcctttacataactgctaaaagatctatctga
ttccatgtgtgtacatcagagtccattccaaacactggccagagactcta
tccttcctatcagttatattctatatctcaacaacatttttcataatttt
caaagactaaatcctatgcatacctaaattatccttgccctagttacctt
cctattctcaggtgccaccttccccatagtgtaaagtcaccgcagcacta
ggtttcacttgtttcaaacatgatgagcttaatatgcctcagagtttgta
ttaccaacattagttatggcatcttctttccccagattctgcatatgtcc
aaatccttgatactcatttttaaatcacagatagctcttcattttctatg
tagaatctactctattttttatcctcagtggtgtttatttagactgtatt
tctttacatgccatgtagtattttctatattacttggccagaagattgaa
cattcttctatcagtacattttcctctaatgtcatgaacgggggtagg

gaattcatgaagcagagtggaaaagttatttgtagacaagacagaaaatt
ctcgagcaccagccttttaaactctgtgtaagtatgtataattaactaaa
agaaacacattttagtcttattgttgctgtttctcagaaacacgtgaaac
taaaattggaaaacacacacacagcaaacataaaatgattctgtagggat
atattttaaacatctaaatggacagatattatatttacatatatatgttc
aaaaagatctatggtgaagagcaaagcatatagaccctaagtggtttcag
agaatagctaggcagatacatgctttcagttaaaacactgctcaaaagta
gcaccaggatgaaagggttaaaacctttgcagattgacgattcctgcttt
tcagcttccttttcagtatccattctgtatactgtgcttaaagttggaaa
gaaaacatcttagagagaaagataaaagagtggaaatgggtgtggatgtc
atttctgtgcacttcaaggtagcaaagcacaaagaagctcactgtatttt
aaatcaatatgttccttttatatgtattctcctctgacactctgcgtaca
tcctttatatggtgccagaaaatacagtaccattttcctagaaatagttg
ctcatgccaccactcaaccccttactctataacacacagggcactgtatc
aacactgacagccctcagcttttaaaaggcataaaaactgacatttaaat
ggcctttgatgttttactattcaattagccttccttaatcagtgtgttcc
tgactgtgtggtatgttgggctcattccagtaaaaaggctggagacagtc
agatacagatggatttaaagagctggagacaactaattttacagtgcact
actttgggtgctgactgtcgggagttatagctcaaatcacaaagcaaaga
ccctaagctcattattgcatcagtagttactccaacagttctgatagggt
tctcaatgtcatctgggagttaattgtatactatgtacttatacatgcac
tatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_75580238_75581455
seq2: B6Ng01-348M19.b_46_1243 (reverse)

seq1  CCTACCCCC-TTCATGACATT-GAGGAAAATGTACCTGATGAGAGGAGTG  48
      ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| || ||
seq2  CCTACCCCCGTTCATGACATTAGAGGAAAATGTA-CTGAT-AGAAGAATG  48

seq1  TGTCTAATTCTTTCTGTGCAAGTAATTAATAGAAAATTAACTAACATGGC  98
      |   | | || |||||  ||||||||  |||||||||  ||| |||||||
seq2  T---TCAATC-TTCTGGCCAAGTAAT--ATAGAAAAT--ACT-ACATGGC  89

seq1  AATTGGTAAAGAAAATACAGTCTAAAATTAAACACACCTTGAGGATAAAA  148
      |    |||||| ||||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||
seq2  A---TGTAAAG-AAATACAGTCTAAA--TAAACAC-CACTGAGGATAAAA  132

seq1  AATAGAGTAGATTCTACAATAGAAAATTGAAAGAGCTATCTGTGATTTTA  198
      ||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||| ||||
seq2  AATAGAGTAGATTCTAC-ATAGAAAAT--GAAGAGCTATCTGTGA-TTTA  178

seq1  AAAATGAGTATCAAGGATTTGGACATATGCAGGAATCTGGGGAAAGAAGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGTATCAAGGATTTGGACATATGCA-GAATCTGGGGAAAGAAGA  227

seq1  TGCCATAACTAATGTTGGTAATACAAACTCTGAGGCATATTAAGCTCATC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATAACTAATGTTGGTAATACAAACTCTGAGGCATATTAAGCTCATC  277

seq1  ATGTTTGAAACAAGTGAAACCTAGTGCTGCGGTGACTTTACACTATGGGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGAAACAAGTGAAACCTAGTGCTGCGGTGACTTTACACTATGGGG  327

seq1  AAGGTGGCACCTGAGAATAGGAAGGTAACTAGGGCAAGGATAATTTAGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGCACCTGAGAATAGGAAGGTAACTAGGGCAAGGATAATTTAGGT  377

seq1  ATGCATAGGATTTAGTCTTTGAAAATTATG-AAAATGTTGTTGAGATATA  447
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGGATTTAGTCTTTGAAAATTATGAAAAATGTTGTTGAGATATA  427

seq1  GAATATAACTGATAGGAAGGATAGAGTCTCTGGCCAGTGTTTGGAATGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAACTGATAGGAAGGATAGAGTCTCTGGCCAGTGTTTGGAATGGA  477

seq1  CTCTGATGTACACACATGGAATCAGATAGATCTTTTAGCAGTTATGTAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATGTACACACATGGAATCAGATAGATCTTTTAGCAGTTATGTAAA  527

seq1  GGCTTATAGGTTAATACTACAATGATCAGGATGCATTCTGGAGAGAGCTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATAGGTTAATACTACAATGATCAGGATGCATTCTGGAGAGAGCTA  577

seq1  TAGATATGTGTAGACATATGCATAGAATTCATTCATTTGCTAAATAACGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATGTGTAGACATATGCATAGAATTCATTCATTTGCTAAATAACGA  627

seq1  ACATGAAGTACAGGTGTCTGCAATAGATCCAATTTCTGGGGATAATGGAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGTACAGGTGTCTGCAATAGATCCAATTTCTGGGGATAATGGAT  677

seq1  TTATGTATTGACTTGAAGAAAATCAACAAGAGAAAACACAAATGGACATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATTGACTTGAAGAAAATCAACAAGAGAAAACACAAATGGACATG  727

seq1  ATCAGAATTCAAATTTGTAGAACAGCTTATGCTGATTCCAATAATTTTAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATTCAAATTTGTAGAACAGCTTATGCTGATTCCAATAATTTTAC  777

seq1  ATAATGGAAAGATAAATTTGCTTGGCATTTGAGTAGACTTATAGATATTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAAAGATAAATTTGCTTGGCATTTGAGTAGACTTATAGATATTA  827

seq1  TTCTGGATATAATTATTAAGAATATAGAGAAGTATAAAACTTTGAGGGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATATAATTATTAAGAATATAGAGAAGTATAAAACTTTGAGGGAA  877

seq1  AATTTCAAGGACTTTTGCCTTGGATGTTAGTTAAGAAGACTGAACAATAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAAGGACTTTTGCCTTGGATGTTAGTTAAGAAGACTGAACAATAG  927

seq1  ATATTTGGCAAATTAAGGACAGATGGCTACTGCAAAGACATAGCTATGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGGCAAATTAAGGACAGATGGCTACTGCAAAGACATAGCTATGTT  977

seq1  TCATGAGGGAGAACATGTTCAGGTAACTGAAATGTGGCAAAGAAATAAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGGGAGAACATGTTCAGGTAACTGAAATGTGGCAAAGAAATAAAA  1027

seq1  CGAAACTAAATCAGAAAGCCATCAGTTTTAGCAACAGAAGCTAGAATTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAACTAAATCAGAAAGCCATCAGTTTTAGCAACAGAAGCTAGAATTGT  1077

seq1  CAAGAGAGCTTAATAGTAATTTTACTAACATTAAAGGAACTAGGTGGATT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAGCTTAATAGTAATTTTACTAACATTAAAGGAACTAGGTGGATT  1127

seq1  ACGGTCAGTTGGAGAGATGATATAAGAGTAGTAATTGAAGACAGCAATGT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTCAGTTGGAGAGATGATATAAGAGTAGTAATTGAAGACAGCAATGT  1177

seq1  GTACCTTTCCTCAGTGAATTC  1218
      |||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTTTCCTCAGTGAATTC  1198


seq1: chr6_75491646_75492703
seq2: B6Ng01-348M19.g_66_1120

seq1  GAATTCATGAAGCAGAGTGGAAAAGTTATTTGTAGACAAGACAGAAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAAGCAGAGTGGAAAAGTTATTTGTAGACAAGACAGAAAATT  50

seq1  CTCGAGCACCAGCCTTTTAAACTCTGTGTAAGTATGTATAATTAACTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAGCACCAGCCTTTTAAACTCTGTGTAAGTATGTATAATTAACTAAA  100

seq1  AGAAACACATTTTAGTCTTATTGTTGCTGTTTCTCAGAAACACGTGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACACATTTTAGTCTTATTGTTGCTGTTTCTCAGAAACACGTGAAAC  150

seq1  TAAAATTGGAAAACACACACACAGCAAACATAAAATGATTCTGTAGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGGAAAACACACACACAGCAAACATAAAATGATTCTGTAGGGAT  200

seq1  ATATTTTAAACATCTAAATGGACAGATATTATATTTACATATATATGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTAAACATCTAAATGGACAGATATTATATTTACATATATATGTTC  250

seq1  AAAAAGATCTATGGTGAAGAGCAAAGCATATAGACCCTAAGTGGTTTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGATCTATGGTGAAGAGCAAAGCATATAGACCCTAAGTGGTTTCAG  300

seq1  AGAATAGCTAGGCAGATACATGCTTTCAGTTAAAACACTGCTCAAAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGCTAGGCAGATACATGCTTTCAGTTAAAACACTGCTCAAAAGTA  350

seq1  GCACCAGGATGAAAGGGTTAAAACCTTTGCAGATTGACGATTCCTGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGGATGAAAGGGTTAAAACCTTTGCAGATTGACGATTCCTGCTTT  400

seq1  TCAGCTTCCTTTTCAGTATCCATTCTGTATACTGTGCTTAAAGTTGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCCTTTTCAGTATCCATTCTGTATACTGTGCTTAAAGTTGGAAA  450

seq1  GAAAACATCTTAGAGAGAAAGATAAAAGAGTGGAAATGGGTGTGGATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATCTTAGAGAGAAAGATAAAAGAGTGGAAATGGGTGTGGATGTC  500

seq1  ATTTCTGTGCACTTCAAGGTAGCAAAGCACAAAGAAGCTCACTGTATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTGCACTTCAAGGTAGCAAAGCACAAAGAAGCTCACTGTATTTT  550

seq1  AAATCAATATGTTCCTTTTATATGTATTCTCCTCTGACACTCTGCGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAATATGTTCCTTTTATATGTATTCTCCTCTGACACTCTGCGTACA  600

seq1  TCCTTTATATGGTGCCAGAAAATACAGTACCATTTTCCTAGAAATAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTATATGGTGCCAGAAAATACAGTACCATTTTCCTAGAAATAGTTG  650

seq1  CTCATGCCACCACTCAACCCCTTACTCTATAACACACAGGGCACTGTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCCACCACTCAACCCCTTACTCTATAACACACAGGGCACTGTATC  700

seq1  AACACTGACAGCCCTCAGCTTTTAAAAGGCATAAAAACTGACATTTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGACAGCCCTCAGCTTTTAAAAGGCATAAAAACTGACATTTAAAT  750

seq1  GGCCTTTGATGTTTTACTATTCAATTAGCCTTCCTTAATCAGTGTGTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGATGTTTTACTATTCAATTAGCCTTCCTTAATCAGTGTGTTCC  800

seq1  TGACTGTGTGGTATGTTGGGCTCATTCCAGTAAAAAGGCTGGAGACAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGTGGTATGTTGGGCTCATTCCAGTAAAAAGGCTGGAGACAGTC  850

seq1  AGATACAGATGGATTTAAAGAGCTGGAGACAACTAATTTTACAGTGCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGATGGATTTAAAGAGCTGGAGACAACTAATTTTACAGTGCACT  900

seq1  ACTTT-GGTGCTGACTGTCGGGAGTTAATAGCTCAAATCACAAAGCAAAG  949
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGGTGCTGACTGTCGGGAGTT-ATAGCTCAAATCACAAAGCAAAG  949

seq1  AACCTAAGCCCATTATTGCAACCAGTAGTTAC-CCAACAGTTCTGATTAA  998
      | ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||   
seq2  ACCCTAAGCTCATTATTGC-ATCAGTAGTTACTCCAACAGTTCTGAT---  995

seq1  GGGGTTCTCAAATGTCATCTGGGAGTAAATTGTATACTATGTAC-TATAC  1047
       |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  AGGGTTCTC-AATGTCATCTGGGAGTTAATTGTATACTATGTACTTATAC  1044

seq1  ATGCACTATGT  1058
      |||||||||||
seq2  ATGCACTATGT  1055


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |