BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350J17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 81,554,060 - 81,742,639
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043390, LOC100042991
Downstream geneLOC232143, 1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19, Tmem166, EG622198, Tacr1, Pole4, LOC100043412, Hk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350J17.bB6Ng01-350J17.g
ACCGA131226GA131227
length1,1411,009
definitionB6Ng01-350J17.b B6Ng01-350J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,741,487 - 81,742,639)(81,554,060 - 81,555,055)
sequence
gaattctccaagcggactacattggctagccagggagtcccagcggtcct
cctgtctctactttctcagtgtcatggggaaagaagcatgtgttaccaca
cctggcttttgtatttgttgttttggatcaaaatcaggtgctcacatatg
tgtggcaagcacccggctggctgacctgtagccccagtgttctgtaccat
gcttgtacccatctacaaagtctgtccatcattaacaccgattcttttta
ttacggccactgccagctctttccttctcactcctgatcattggacacgc
aaggtgctctctgcctggaatgtaccctgctttactgtcctcctgaaagt
ctctctgtgttgggcagaactgggctttcttcccctcaaagcttctttag
catcggtttctctcttacagcctttatcatgccattgaggctgtttccat
gcctaactcttattgttttctccttagaacctagaaaactaaggcagtgc
agagcaagagtgccatctttgtttactgatgaggggatggggcaatggac
cagtggatgacatcccacaatccatgccttccccacaccccactttcttc
tcaggctctgcaaggcagttcaggttctcagctggtatgaattcagtctt
tcttaatgttttgtctttgaatgagagtgtttcttaattatatagcaagc
caaagtaaaagagtaaatagcaaggcaggtagacagacagatagacagca
aaacatggaatcgaaaacataaaacacccagaagaaattgattggggatg
tccctttaaggcagccaggcagacttccagatagagtcctggacaaaagt
cactgtcttatgccagaaagagggtttagagcctcatagattactccatg
tctccaaatgccagtgagctgtatttactgtctcagagacagccagttta
tgtgctgtgcttggtggttagtatgtaatttgaattttgattaacctgag
actttctgtttcatttcttctcttgtcacaaattatttaaaaatggacta
ctggttgatgagatgctttatgcatcttgacaagggaaagcgactctgcg
gatgttctctggactctcttaacatgttgtgtacccacatg

gaattctcttgttcaaatgttgcaacgcatttccagttgtgtagcatgga
gcattgacctatgtgtgaggcttctaagcaatggagccacatggggctgc
ccaggcctggcccccatggagctagccaaaacccatctgcagcaaacaga
tcatagttacttgacctaaaggccacagatctaggctgacccatccccag
gatatctggtgtaaaaagacctcaatgaagttctcagtcctcccaatgag
gagagtcagtcggacagatggttttgaagagttgaacattgggagatagg
aggagagaaaaaaactatagaggtgtgaacctatctgacatattgtcact
gcagtgaaaacaccttccttccactactctgctcaacaggcacttatttc
ttgcacataacatatttggtcatcctcttgaaatttttaactctcactga
actaagcagagtcctttcctaagttgaatactattttcaaatatatatat
tgttctctgacaatttcatatatgcgtacaatggatttaggtcacatcca
ccctctactctcttgcacttcaacccccatcataccccttcctggaaatc
tcccacccaacttcaacttctttattgttgttaacaacccactgagtcct
gttactgttgttcttgtgtgcatgcgtgtggaccatccacaagggctgct
taccatgctcatatcactaaagaaaagtgacagtctttcctccagtagct
attaactgccaaccagacctcagctaagagtggagctttatcagctgctc
ttctgtactaggatttcaactggcttgatctcatgcaggtcttgtgtgag
tcactatgtagtttctgtgagctcatggatgcaatggcccgtgttgtgtt
ccagagataaacatctcacagcactccttcttatcctctcttcttgctct
ctccacctcttctactgtgatgtgctgagccttgggtgggggtagtgctt
tagatgtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_81741487_81742639
seq2: B6Ng01-350J17.b_44_1184 (reverse)

seq1  CATGTGTGTACAACAACATGTATGTAGACTCCAGAGGACAACCCGCAAGA  50
      |||||| |||| |||||||||    ||| ||||||| || | |||| |||
seq2  CATGTGGGTAC-ACAACATGTTAAGAGAGTCCAGAGAAC-ATCCGC-AGA  47

seq1  GTCGGCTCTCCCTTGTCAAGATTGGCATTAAGCCATCTCATCAACCCGGT  100
      ||| ||| ||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||| || ||
seq2  GTC-GCTTTCCCTTGTCAAGAT--GCATAAAG-CATCTCATCAA-CCAGT  92

seq1  AGTCCCATTTTTAAAATATTTGTGACAGGGAGAAGAAATGAAAACAGAAA  150
      ||| |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| |||||||||
seq2  AGT-CCATTTTTAAATAATTTGTGACA-AGAGAAGAAATG-AAACAGAAA  139

seq1  GTCTTCAGGTTAATCCAAAATCAAATTACATACTAACCACCAAGCACAGC  200
      ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTC-TCAGGTTAATCAAAATTCAAATTACATACTAACCACCAAGCACAGC  188

seq1  ACATAAACTGGCTGTCTCTGAGACAGTAAATACAGCTCACTGGCATTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAACTGGCTGTCTCTGAGACAGTAAATACAGCTCACTGGCATTTGG  238

seq1  AGACATGGAGTAATCTATGAGGCTCTAAACCCTCTTTCTGGCATAAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGGAGTAATCTATGAGGCTCTAAACCCTCTTTCTGGCATAAGACA  288

seq1  GTGACTTTTGTCCAGGACTCTATCTGGAAGTCTGCCTGGCTGCCTTAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTTTGTCCAGGACTCTATCTGGAAGTCTGCCTGGCTGCCTTAAAG  338

seq1  GGACATCCCCAATCAATTTCTTCTGGGTGTTTTATGTTTTCGATTCCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCCCCAATCAATTTCTTCTGGGTGTTTTATGTTTTCGATTCCATG  388

seq1  TTTTGCTGTCTATCTGTCTGTCTACCTGCCTTGCTATTTACTCTTTTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGTCTATCTGTCTGTCTACCTGCCTTGCTATTTACTCTTTTACT  438

seq1  TTGGCTTGCTATATAATTAAGAAACACTCTCATTCAAAGACAAAACATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTGCTATATAATTAAGAAACACTCTCATTCAAAGACAAAACATTA  488

seq1  AGAAAGACTGAATTCATACCAGCTGAGAACCTGAACTGCCTTGCAGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACTGAATTCATACCAGCTGAGAACCTGAACTGCCTTGCAGAGCC  538

seq1  TGAGAAGAAAGTGGGGTGTGGGGAAGGCATGGATTGTGGGATGTCATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGAAAGTGGGGTGTGGGGAAGGCATGGATTGTGGGATGTCATCCA  588

seq1  CTGGTCCATTGCCCCATCCCCTCATCAGTAAACAAAGATGGCACTCTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCATTGCCCCATCCCCTCATCAGTAAACAAAGATGGCACTCTTGC  638

seq1  TCTGCACTGCCTTAGTTTTCTAGGTTCTAAGGAGAAAACAATAAGAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACTGCCTTAGTTTTCTAGGTTCTAAGGAGAAAACAATAAGAGTTA  688

seq1  GGCATGGAAACAGCCTCAATGGCATGATAAAGGCTGTAAGAGAGAAACCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGAAACAGCCTCAATGGCATGATAAAGGCTGTAAGAGAGAAACCG  738

seq1  ATGCTAAAGAAGCTTTGAGGGGAAGAAAGCCCAGTTCTGCCCAACACAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAAGAAGCTTTGAGGGGAAGAAAGCCCAGTTCTGCCCAACACAGA  788

seq1  GAGACTTTCAGGAGGACAGTAAAGCAGGGTACATTCCAGGCAGAGAGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTTCAGGAGGACAGTAAAGCAGGGTACATTCCAGGCAGAGAGCAC  838

seq1  CTTGCGTGTCCAATGATCAGGAGTGAGAAGGAAAGAGCTGGCAGTGGCCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCGTGTCCAATGATCAGGAGTGAGAAGGAAAGAGCTGGCAGTGGCCG  888

seq1  TAATAAAAAGAATCGGTGTTAATGATGGACAGACTTTGTAGATGGGTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAAGAATCGGTGTTAATGATGGACAGACTTTGTAGATGGGTACA  938

seq1  AGCATGGTACAGAACACTGGGGCTACAGGTCAGCCAGCCGGGTGCTTGCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGTACAGAACACTGGGGCTACAGGTCAGCCAGCCGGGTGCTTGCC  988

seq1  ACACATATGTGAGCACCTGATTTTGATCCAAAACAACAAATACAAAAGCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATGTGAGCACCTGATTTTGATCCAAAACAACAAATACAAAAGCC  1038

seq1  AGGTGTGGTAACACATGCTTCTTTCCCCATGACACTGAGAAAGTAGAGAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGGTAACACATGCTTCTTTCCCCATGACACTGAGAAAGTAGAGAC  1088

seq1  AGGAGGACCGCTGGGACTCCCTGGCTAGCCAATGTAGTCCGCTTGGAGAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGACCGCTGGGACTCCCTGGCTAGCCAATGTAGTCCGCTTGGAGAA  1138

seq1  TTC  1153
      |||
seq2  TTC  1141


seq1: chr6_81554060_81555055
seq2: B6Ng01-350J17.g_67_1063

seq1  GAATTCTCTTGTTCAAATGTTGCAACGCATTTCCAGTTGTGTAGCATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTTCAAATGTTGCAACGCATTTCCAGTTGTGTAGCATGGA  50

seq1  GCATTGACCTATGTGTGAGGCTTCTAAGCAATGGAGCCACATGGGGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGACCTATGTGTGAGGCTTCTAAGCAATGGAGCCACATGGGGCTGC  100

seq1  CCAGGCCTGGCCCCCATGGAGCTAGCCAAAACCCATCTGCAGCAAACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCTGGCCCCCATGGAGCTAGCCAAAACCCATCTGCAGCAAACAGA  150

seq1  TCATAGTTACTTGACCTAAAGGCCACAGATCTAGGCTGACCCATCCCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTTACTTGACCTAAAGGCCACAGATCTAGGCTGACCCATCCCCAG  200

seq1  GATATCTGGTGTAAAAAGACCTCAATGAAGTTCTCAGTCCTCCCAATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCTGGTGTAAAAAGACCTCAATGAAGTTCTCAGTCCTCCCAATGAG  250

seq1  GAGAGTCAGTCGGACAGATGGTTTTGAAGAGTTGAACATTGGGAGATAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCAGTCGGACAGATGGTTTTGAAGAGTTGAACATTGGGAGATAGG  300

seq1  AGGAGAGAAAAAAACTATAGAGGTGTGAACCTATCTGACATATTGTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAAAAAAACTATAGAGGTGTGAACCTATCTGACATATTGTCACT  350

seq1  GCAGTGAAAACACCTTCCTTCCACTACTCTGCTCAACAGGCACTTATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAAAACACCTTCCTTCCACTACTCTGCTCAACAGGCACTTATTTC  400

seq1  TTGCACATAACATATTTGGTCATCCTCTTGAAATTTTTAACTCTCACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACATAACATATTTGGTCATCCTCTTGAAATTTTTAACTCTCACTGA  450

seq1  ACTAAGCAGAGTCCTTTCCTAAGTTGAATACTATTTTCAAATATATATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCAGAGTCCTTTCCTAAGTTGAATACTATTTTCAAATATATATAT  500

seq1  TGTTCTCTGACAATTTCATATATGCGTACAATGGATTTAGGTCACATCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGACAATTTCATATATGCGTACAATGGATTTAGGTCACATCCA  550

seq1  CCCTCTACTCTCTTGCACTTCAACCCCCATCATACCCCTTCCTGGAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTACTCTCTTGCACTTCAACCCCCATCATACCCCTTCCTGGAAATC  600

seq1  TCCCACCCAACTTCAACTTCTTTATTGTTGTTAACAACCCACTGAGTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCCAACTTCAACTTCTTTATTGTTGTTAACAACCCACTGAGTCCT  650

seq1  GTTACTGTTGTTCTTGTGTGCATGCGTGTGGACCATCCACAAGGGCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGTTGTTCTTGTGTGCATGCGTGTGGACCATCCACAAGGGCTGCT  700

seq1  TACCATGCTCATATCACTAAAGAAAAGTGACAGTCTTTCCTCCAGTAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGCTCATATCACTAAAGAAAAGTGACAGTCTTTCCTCCAGTAGCT  750

seq1  ATTAACTGCCAACCAGACCTCAGCTAAGAGTGGAGCTTTATCAGCTGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTGCCAACCAGACCTCAGCTAAGAGTGGAGCTTTATCAGCTGCTC  800

seq1  TTCTGTACTAGGATTTCAACTGGCTTGATCTCATGCAGGTCTTGTGTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTACTAGGATTTCAACTGGCTTGATCTCATGCAGGTCTTGTGTGAG  850

seq1  TCACTATGTAGTTTCTGTGAGCTCATGGATGCAATGG-CCGTGTTGTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCACTATGTAGTTTCTGTGAGCTCATGGATGCAATGGCCCGTGTTGTGTT  900

seq1  CCAGAGAT-AACATCTCACAGCACTCCTTCTTATCCTCTCTTCTTGCTCT  948
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATAAACATCTCACAGCACTCCTTCTTATCCTCTCTTCTTGCTCT  950

seq1  CTCCACCTCTTCTACTGTGATGTGCCTGAGCCTTGGGTGGGGGTAGTG  996
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCTCTTCTACTGTGATGTG-CTGAGCCTTGGGTGGGGGTAGTG  997


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |