BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001I20
Chromosome7 (Build37)
Map Location 143,625,337 - 143,702,611
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneClrn3, Ptpre, Mki67, LOC668764
Downstream geneLOC546009, EG621677, EG668771, Mgmt, EG621804, Ebf3, 9430038I01Rik, Txnl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001I20.bB6Ng01-001I20.g
ACCDH839840DH839841
length1,1301,081
definitionDH839840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001I20, 5' end.DH839841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,701,468 - 143,702,611)(143,625,337 - 143,626,426)
sequence
gaattcaaaagatatgaatacatgacagaacccatcagctcatcacctgg
ttaaaaagtaaggtccttgtagatatggactagtagagctcatgagaaga
gaccattttatattatgtggattgaccatgaacccagtgaaaattgtccc
cttaagaaatgtacaaagcgtgaagtggaataggtgtgagggtgatgtgc
ttccgccacccccatcccgcctggtccctcaccgactatacactcagaga
catggcccttcacctctcctggccaatacagtggagttagccctgatgat
gaaggcacagctgagccagcccccagggtgtgagagcagtcctgcccctc
acaggctgtagcatttgggagtggattccgatccttgactgggtagcaca
gtagacctggctccagaggcgtgtgtatgggctcctagggcctgagagca
ggagagctggccccgcctcctgcagatggctgcattgggtggcctaacag
agtcaagatggagagctctcccaggctgaccagctcagatcggggctgag
ttggtccacaccaaaatctctgtcatctgtgaatggttgggacacgggaa
agggccagtcctgctgctccaaagctgtaggatctccacgacacagagca
atgacaggataaccaggaggagtccaagtgaggatccaatactgagggtg
tcacagaagccagataccttgaactagtccaatctggagagagtgtactc
tgttgacactttgaatatctggacttgaaaaccttgggtttaactttctg
ttgtattaagccacctgtgcatattaatttgtcatggcagccttaggagg
gtaatataccatcttttcattattcctggttagtttgatattctggttct
ctttgcctctgttgagctttttgttgtcagggacttatgaaaagtgtagg
atatgtctattctcatcagtgctgcagagggataacgcttctctcatcac
agtgtacctgctgggtgacttaccaaggggaagggcaggcctgtcttcac
catgcctcctctcctgttgttataaatgtccagaaggtggccgaaagaat
ttaggttggctgcttaatactttccactga
gaattcaagcggacaaggaaccaggccaggagagccctaacaaggatgac
ctagggatgtgagaggacaaaaggcaactctagcagaagcaactgggagg
agattgaagcagggtaaaatgggagagacaggcacgctaaaccagtggga
aatagagaaggaagggagaagaaattgagggggcagaaggcaagattttt
aaagcttctctttgtgctgtccctgttccgagagcaagtggagaattgga
ttctgcaactgacactgaggtatttttaaacagctccaaaatgactaatt
ataaaagcaaagcttgtaatagagggtagctgggaacattccaacctgca
ttgtctctgctcccaacctgagcttgtttaatttacttcagaaggaatat
ttgaacacacaagcaagagcaagcctctccgaatgatctgactccttgtt
tagaacgcaaactcatctatgcacggatgcaacatacctgcaatgcactt
gatatacctatccagacaagcatatgtctatgcacacatgtattctgtat
gttgcattctgcatgcatgaatcacccatacagagttgcacaacctttgt
acatattattttccatatttcatgcatatactatacagatgcacatactc
aggcacacaccttagtatacattctagaaacatagagagccattttcctc
cagctgccccttccatagatgccagaaaaccttaaggaaagacctattag
tacctgaagctatattaaccccaatgaataatgctttcagcagccctgat
ctctttcgacagcatgccctagaatttttggaaagtgcagagaatttgta
gaaataatgattatggggaaggaatgatgggggggatggatcggctcaat
ttctactaataagtgcttcataatagctcaaaaaaaatcttgtcaggctc
agctctttcgaaatgcaaatgagcgaggtaagcgatctagttgaggagcc
ctgtgcgcatacccagagacaagagtatatccatcctggtgcattccaat
gccattgcaagcacgatcgtcccggctgcgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_143701468_143702611
seq2: B6Ng01-001I20.b_46_1175 (reverse)

seq1  TCAGTGGAAATGTATTAATGCAGCAAATACTTATGGTCTTCTGCCCACCT  50
      |||||||||| ||||||| ||||| |  || ||   ||||  | ||||||
seq2  TCAGTGGAAA-GTATTAA-GCAGCCA--ACCTAAATTCTTTCGGCCACCT  46

seq1  CCTGGACATTTTATAACAACAAGGAGA-GAGCCATGTTGGAGACAGGCCC  99
       ||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||| || ||||||| ||
seq2  TCTGGACA-TTTATAACAAC-AGGAGAGGAGGCATGGTGAAGACAGG-CC  93

seq1  TGCCCTTCCCCCTTGGTAAGTCACCCAGCAGGTACACTGGTGATGAAGAG  149
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TGCCCTT-CCCCTTGGTAAGTCACCCAGCAGGTACACT-GTGATG-AGAG  140

seq1  AAGGCGTTATCCCTCTGCAGCACTGATGGAAGAATAAGACATATCCTACA  199
      || |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| 
seq2  AA-GCGTTATCCCTCTGCAGCACTGATG--AGAAT-AGACATATCCTAC-  185

seq1  ACTTTTCATAAGTCCCTGACAACAAAAAGCTCAACAGAGGCAAAGAGAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCATAAGTCCCTGACAACAAAAAGCTCAACAGAGGCAAAGAGAAC  235

seq1  CAGAATATCAAACTAACCAGGAATAATGAAAAGATGGTATATTACCCTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATCAAACTAACCAGGAATAATGAAAAGATGGTATATTACCCTCC  285

seq1  TAAGGCTGCCATGACAAATTAATATGCACAGGTGGCTTAATACAACAGAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTGCCATGACAAATTAATATGCACAGGTGGCTTAATACAACAGAA  335

seq1  AGTTAAACCCAAGGTTTTCAAGTCCAGATATTCAAAGTGTCAACAGAGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAACCCAAGGTTTTCAAGTCCAGATATTCAAAGTGTCAACAGAGTA  385

seq1  CACTCTCTCCAGATTGGACTAGTTCAAGGTATCTGGCTTCTGTGACACCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTCCAGATTGGACTAGTTCAAGGTATCTGGCTTCTGTGACACCC  435

seq1  TCAGTATTGGATCCTCACTTGGACTCCTCCTGGTTATCCTGTCATTGCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTGGATCCTCACTTGGACTCCTCCTGGTTATCCTGTCATTGCTC  485

seq1  TGTGTCGTGGAGATCCTACAGCTTTGGAGCAGCAGGACTGGCCCTTTCCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCGTGGAGATCCTACAGCTTTGGAGCAGCAGGACTGGCCCTTTCCC  535

seq1  GTGTCCCAACCATTCACAGATGACAGAGATTTTGGTGTGGACCAACTCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCCAACCATTCACAGATGACAGAGATTTTGGTGTGGACCAACTCAG  585

seq1  CCCCGATCTGAGCTGGTCAGCCTGGGAGAGCTCTCCATCTTGACTCTGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGATCTGAGCTGGTCAGCCTGGGAGAGCTCTCCATCTTGACTCTGTT  635

seq1  AGGCCACCCAATGCAGCCATCTGCAGGAGGCGGGGCCAGCTCTCCTGCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACCCAATGCAGCCATCTGCAGGAGGCGGGGCCAGCTCTCCTGCTC  685

seq1  TCAGGCCCTAGGAGCCCATACACACGCCTCTGGAGCCAGGTCTACTGTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCCTAGGAGCCCATACACACGCCTCTGGAGCCAGGTCTACTGTGC  735

seq1  TACCCAGTCAAGGATCGGAATCCACTCCCAAATGCTACAGCCTGTGAGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGTCAAGGATCGGAATCCACTCCCAAATGCTACAGCCTGTGAGGG  785

seq1  GCAGGACTGCTCTCACACCCTGGGGGCTGGCTCAGCTGTGCCTTCATCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACTGCTCTCACACCCTGGGGGCTGGCTCAGCTGTGCCTTCATCAT  835

seq1  CAGGGCTAACTCCACTGTATTGGCCAGGAGAGGTGAAGGGCCATGTCTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTAACTCCACTGTATTGGCCAGGAGAGGTGAAGGGCCATGTCTCT  885

seq1  GAGTGTATAGTCGGTGAGGGACCAGGCGGGATGGGGGTGGCGGAAGCACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTATAGTCGGTGAGGGACCAGGCGGGATGGGGGTGGCGGAAGCACA  935

seq1  TCACCCTCACACCTATTCCACTTCACGCTTTGTACATTTCTTAAGGGGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTCACACCTATTCCACTTCACGCTTTGTACATTTCTTAAGGGGAC  985

seq1  AATTTTCACTGGGTTCATGGTCAATCCACATAATATAAAATGGTCTCTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCACTGGGTTCATGGTCAATCCACATAATATAAAATGGTCTCTTC  1035

seq1  TCATGAGCTCTACTAGTCCATATCTACAAGGACCTTACTTTTTAACCAGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGCTCTACTAGTCCATATCTACAAGGACCTTACTTTTTAACCAGG  1085

seq1  TGATGAGCTGATGGGTTCTGTCATGTATTCATATCTTTTGAATTC  1144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGCTGATGGGTTCTGTCATGTATTCATATCTTTTGAATTC  1130

seq1: chr7_143625337_143626426
seq2: B6Ng01-001I20.g_67_1147

seq1  GAATTCAAGCGGACAAGGAACCAGGCCAGGAGAGCCCTAACAAGGATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCGGACAAGGAACCAGGCCAGGAGAGCCCTAACAAGGATGAC  50

seq1  CTAGGGATGTGAGAGGACAAAAGGCAACTCTAGCAGAAGCAACTGGGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGATGTGAGAGGACAAAAGGCAACTCTAGCAGAAGCAACTGGGAGG  100

seq1  AGATTGAAGCAGGGTAAAATGGGAGAGACAGGCACGCTAAACCAGTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGAAGCAGGGTAAAATGGGAGAGACAGGCACGCTAAACCAGTGGGA  150

seq1  AATAGAGAAGGAAGGGAGAAGAAATTGAGGGGGCAGAAGGCAAGATTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGAAGGAAGGGAGAAGAAATTGAGGGGGCAGAAGGCAAGATTTTT  200

seq1  AAAGCTTCTCTTTGTGCTGTCCCTGTTCCGAGAGCAAGTGGAGAATTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTCTCTTTGTGCTGTCCCTGTTCCGAGAGCAAGTGGAGAATTGGA  250

seq1  TTCTGCAACTGACACTGAGGTATTTTTAAACAGCTCCAAAATGACTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCAACTGACACTGAGGTATTTTTAAACAGCTCCAAAATGACTAATT  300

seq1  ATAAAAGCAAAGCTTGTAATAGAGGGTAGCTGGGAACATTCCAACCTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGCAAAGCTTGTAATAGAGGGTAGCTGGGAACATTCCAACCTGCA  350

seq1  TTGTCTCTGCTCCCAACCTGAGCTTGTTTAATTTACTTCAGAAGGAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTGCTCCCAACCTGAGCTTGTTTAATTTACTTCAGAAGGAATAT  400

seq1  TTGAACACACAAGCAAGAGCAAGCCTCTCCGAATGATCTGACTCCTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACACACAAGCAAGAGCAAGCCTCTCCGAATGATCTGACTCCTTGTT  450

seq1  TAGAACGCAAACTCATCTATGCACGGATGCAACATACCTGCAATGCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACGCAAACTCATCTATGCACGGATGCAACATACCTGCAATGCACTT  500

seq1  GATATACCTATCCAGACAAGCATATGTCTATGCACACATGTATTCTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACCTATCCAGACAAGCATATGTCTATGCACACATGTATTCTGTAT  550

seq1  GTTGCATTCTGCATGCATGAATCACCCATACAGAGTTGCACAACCTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATTCTGCATGCATGAATCACCCATACAGAGTTGCACAACCTTTGT  600

seq1  ACATATTATTTTCCATATTTCATGCATATACTATACAGATGCACATACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTATTTTCCATATTTCATGCATATACTATACAGATGCACATACTC  650

seq1  AGGCACACACCTTAGTATACATTCTAGAAACATAGAGAGCCATTTTCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACACACCTTAGTATACATTCTAGAAACATAGAGAGCCATTTTCCTC  700

seq1  CAGCTGCCCCTTCCATAGATGCCAGAAAACCTTAAGGAAAGACCTATTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCCCCTTCCATAGATGCCAGAAAACCTTAAGGAAAGACCTATTAG  750

seq1  TACCTGAAGCTATATTAACCCCAATGAATAATGCTTTCAGCAGCCCTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGAAGCTATATTAACCCCAATGAATAATGCTTTCAGCAGCCCTGAT  800

seq1  CTCTTTCGACAGCATGCCCTAGAATTTTTGGAAAGTGCAGAGAATTTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCGACAGCATGCCCTAGAATTTTTGGAAAGTGCAGAGAATTTGTA  850

seq1  GAAATAATGATTATGGGGAAGGAAATGAT-GGGGGGATGGATCGGCTCAA  899
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATGATTATGGGGAAGG-AATGATGGGGGGGATGGATCGGCTCAA  899

seq1  TTTCTACTAATAAGTGCTTCATAATAGCTCAAAAAAAATCTCTGTCAGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TTTCTACTAATAAGTGCTTCATAATAGCTCAAAAAAAATCT-TGTCAGG-  947

seq1  CTCAGCCTCTTTCGAAATGCAAATGAGCGAGGGTAAGCGACACAGTTTGA  999
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||   || ||||
seq2  CTCAG-CTCTTTCGAAATGCAAATGAGCGA-GGTAAGCGATCTAG-TTGA  994

seq1  GGAGCACTGTGCGCA-ACCCAGAGACAAGAGTAATATCCACTCTGTGCCA  1048
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||   ||
seq2  GGAGCCCTGTGCGCATACCCAGAGACAAGAGT-ATATCCATCCTGGTGCA  1043

seq1  TTCCAAATGCTATGGAAACAACGGAAGGCGTCCCGGCTGCGG  1090
      |||| ||||| || | ||  |||     ||||||||||||||
seq2  TTCC-AATGCCATTGCAAGCACG---ATCGTCCCGGCTGCGG  1081