BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006F17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 104,795,168 - 104,899,082
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRsf1, LOC100040211, Clns1a, Aqp11, LOC100040594
Upstream geneOdz4, Nars2, Gab2, LOC100040457, Usp35, EG622320, Alg8, Ndufc2, Thrsp, Kctd14, Ints4, 1810020D17Rik, LOC622994
Downstream genePak1, Gdpd4, Myo7a, Capn5, Omp, B3gnt6, Phca, Tsku, LOC100040269, Gucy2d, LOC100040721, EG434215, A630091E08Rik, 2210018M11Rik, LOC100040769, Prkrir
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006F17.bB6Ng01-006F17.g
ACCDH843240DH843241
length1,1761,045
definitionDH843240|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006F17, 5' end.DH843241|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006F17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,897,902 - 104,899,082)(104,795,168 - 104,796,215)
sequence
gaattctttcctgcgtcctagtttataatggatcattattgggaggaagt
ctgacttccgcttaaaataacaaacaaatcaccactctgttaaaacacaa
aacaaccacaaactaggctaaggatgaagtgtatctgacagagtgcttgc
ctagcatgctggaagccctggctgcaacccaagtaaggtataaaaccagg
catgggtgtgcacacctgtaatcctagcacccggaaggtgagggcaaggg
aatcctgacttcaaagtcgtcctgagccacaaaacatcatcctggtttga
taagggggaaaaaaagaggaaaagaaaagaaaattaaggaataggaggga
cttgggctagaatacctgaaaggaaattttaagctaaagtgtatatggca
catgactggaggggaccatgacttgagttgccttggggatcaggtgggag
gctcatagctgtggtggttttgtggttaggcagctctgtatcctgcctcc
agctttaaccactcactggacgttagttagggagtccttgctcaagttac
aggagctctaaagcccagcctcctcatgggtaaaacggagatgtccacgg
gctatgtcacagatgttcataagacagaattcataccaggcatttaaagc
aggcagatgtgccctgtctaagaagcagattatatccaacaaatgctagg
ctccttcatgtgtgaaagtgaacagacctgagacgaaattcaccaacagg
tctttgacaatccctctgactttctgactgccgagtgcagaccaacacac
tatagtctccaatgacgtgtgtgtatatgtggatgacgtgatcaccatct
ccaggtccctagaggaaggcatgtgggtttcatctacatgtaaaaagaat
aaattaggagcagaagtgtatcggagatcctctctatttatttacctata
gttagttttaaaaatctcctttaacctcatctttttattcttaaacagtc
atacatttgcataaagtactttctccggacccggcccccctccacccctt
tccgccctcctactgcctgttgactgctttcaatctttccaggtccctcc
ggacttccgaagctattttgtttgcttacttggttctggaaccccccttg
tccactagttgcttgccgagcacggg
gaattcaatcctgctgtgaccttagggaagtaactgtacctctgtggata
tctctgattttgttcagtttgttttgagaaagggtttgctatgtagccta
ggctgtccttgaacctgtgatctacctacctcagcctcctgagtgctggg
agtttagatacgcactactatgcctttgtgttggagttgaattaaagctt
gctgatttgtgctatcttaataatattgttgaagttattagcatgcctcc
attttcttggcttcagtaaaagactattgttcctctcagttttcattttt
tgctacctcaacatgtagttgattcataagagacagaataatgttgctga
accttaagccatactgataattaatgtaaggtacttgctatatttatatt
atgctttatcctattttaaggaaattttatggaaattttatggaaaaaaa
atttcccattttttatggaaaaaaagatacaggatcataaatgtttaaaa
aaacattcccattttatggaaaaaaagatacaggatcataaatgtttaaa
aaaaaataaatgtgagctgtggtgaagaatattccaaggtgtccaggaag
agctagctgaaaaggctattcttgcattttgtctgcttttgttaccattg
gcttccagggctattgttcctgaaggtttagcccttaccactaactcaca
tctgaagaactattagacttgcagaaggaatattacacaaaacaatagtt
aacagtatgtcccatttctccaaagtctagattatttaagatacatatag
gggctgtaagcattaacatctggtaaagttggaaagttagtctgccctaa
actaagtttctaatcttttctaccaacataatgcaatacaaccaacttaa
gtttatcccctccccccaaccccactagtttacaaatgaatgagactcag
ctatgggttattttattagctttgacaattactgggggataacatctaat
ctactttctaactgctgtcccggctattttcccagcggtgtaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_104897902_104899082
seq2: B6Ng01-006F17.b_47_1222 (reverse)

seq1  CCCGTGCTCCTGCAAGCAACCCTGACTGAACACAGCGTGGCTCCAGACCC  50
      |||||||| | |||||||||    | || ||| || | || |||||| ||
seq2  CCCGTGCT-CGGCAAGCAAC---TAGTGGACA-AGGGGGGTTCCAGAACC  45

seq1  AAAGTAAAGCAAACAAAA-AGGCTCAGAAGTACCGGAGGGACTTGGGAAG  99
       |||| |||||||||||| ||  || ||||| |||||||||| ||| |||
seq2  -AAGT-AAGCAAACAAAATAGCTTCGGAAGT-CCGGAGGGACCTGGAAAG  92

seq1  A-TGAAAGCAGTCAACAGGCAGTAGGAGGGCGGGAAGGGGTGGAGGGGG-  147
      | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  ATTGAAAGCAGTCAACAGGCAGTAGGAGGGCGGAAAGGGGTGGAGGGGGG  142

seq1  -CGGGTCC-GAGAAAGTACTTTATGCAAATGTATGACTGTTTAAGAATAA  195
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGTCCGGAGAAAGTACTTTATGCAAATGTATGACTGTTTAAGAATAA  192

seq1  AAAGATGAGTTTTAAAGAGATTTTTTAAAACTAACTATAGGTAAATAAAT  245
      ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGAGGTTAAAGGAGA-TTTTTAAAACTAACTATAGGTAAATAAAT  241

seq1  AGAGAGGATCTCCGATACACTTCCTGCTCCTAATTTATTCTTTTTACATG  295
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGATCTCCGATACACTT-CTGCTCCTAATTTATTCTTTTTACATG  290

seq1  TAGATGAAACCCACATGCCTTCCTCTAGGGACCTGGAGATGGTGATCACG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAAACCCACATGCCTTCCTCTAGGGACCTGGAGATGGTGATCACG  340

seq1  TCATCCACATATACACACACGTCATTGGAGACTATAGTGTGTTGGTCTGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCACATATACACACACGTCATTGGAGACTATAGTGTGTTGGTCTGC  390

seq1  ACTCGGCAGTCAGAAAGTCAGAGGGATTGTCAAAGACCTGTTGGTGAATT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGCAGTCAGAAAGTCAGAGGGATTGTCAAAGACCTGTTGGTGAATT  440

seq1  TCGTCTCAGGTCTGTTCACTTTCACACATGAAGGAGCCTAGCATTTGTTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTCAGGTCTGTTCACTTTCACACATGAAGGAGCCTAGCATTTGTTG  490

seq1  GATATAATCTGCTTCTTAGACAGGGCACATCTGCCTGCTTTAAATGCCTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAATCTGCTTCTTAGACAGGGCACATCTGCCTGCTTTAAATGCCTG  540

seq1  GTATGAATTCTGTCTTATGAACATCTGTGACATAGCCCGTGGACATCTCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAATTCTGTCTTATGAACATCTGTGACATAGCCCGTGGACATCTCC  590

seq1  GTTTTACCCATGAGGAGGCTGGGCTTTAGAGCTCCTGTAACTTGAGCAAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACCCATGAGGAGGCTGGGCTTTAGAGCTCCTGTAACTTGAGCAAG  640

seq1  GACTCCCTAACTAACGTCCAGTGAGTGGTTAAAGCTGGAGGCAGGATACA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCTAACTAACGTCCAGTGAGTGGTTAAAGCTGGAGGCAGGATACA  690

seq1  GAGCTGCCTAACCACAAAACCACCACAGCTATGAGCCTCCCACCTGATCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCCTAACCACAAAACCACCACAGCTATGAGCCTCCCACCTGATCC  740

seq1  CCAAGGCAACTCAAGTCATGGTCCCCTCCAGTCATGTGCCATATACACTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCAACTCAAGTCATGGTCCCCTCCAGTCATGTGCCATATACACTT  790

seq1  TAGCTTAAAATTTCCTTTCAGGTATTCTAGCCCAAGTCCCTCCTATTCCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTAAAATTTCCTTTCAGGTATTCTAGCCCAAGTCCCTCCTATTCCT  840

seq1  TAATTTTCTTTTCTTTTCCTCTTTTTTTCCCCCTTATCAAACCAGGATGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCTTTTCTTTTCCTCTTTTTTTCCCCCTTATCAAACCAGGATGA  890

seq1  TGTTTTGTGGCTCAGGACGACTTTGAAGTCAGGATTCCCTTGCCCTCACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTGGCTCAGGACGACTTTGAAGTCAGGATTCCCTTGCCCTCACC  940

seq1  TTCCGGGTGCTAGGATTACAGGTGTGCACACCCATGCCTGGTTTTATACC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGGGTGCTAGGATTACAGGTGTGCACACCCATGCCTGGTTTTATACC  990

seq1  TTACTTGGGTTGCAGCCAGGGCTTCCAGCATGCTAGGCAAGCACTCTGTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGGGTTGCAGCCAGGGCTTCCAGCATGCTAGGCAAGCACTCTGTC  1040

seq1  AGATACACTTCATCCTTAGCCTAGTTTGTGGTTGTTTTGTGTTTTAACAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACACTTCATCCTTAGCCTAGTTTGTGGTTGTTTTGTGTTTTAACAG  1090

seq1  AGTGGTGATTTGTTTGTTATTTTAAGCGGAAGTCAGACTTCCTCCCAATA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGATTTGTTTGTTATTTTAAGCGGAAGTCAGACTTCCTCCCAATA  1140

seq1  ATGATCCATTATAAACTAGGACGCAGGAAAGAATTC  1181
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCATTATAAACTAGGACGCAGGAAAGAATTC  1176

seq1: chr7_104795168_104796215
seq2: B6Ng01-006F17.g_67_1111

seq1  GAATTCAATCCTGCTGTGACCTTAGGGAAGTAACTGTACCTCTGTGGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCCTGCTGTGACCTTAGGGAAGTAACTGTACCTCTGTGGATA  50

seq1  TCTCTGATTTTGTTCAGTTTGTTTTGAGAAAGGGTTTGCTATGTAGCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGATTTTGTTCAGTTTGTTTTGAGAAAGGGTTTGCTATGTAGCCTA  100

seq1  GGCTGTCCTTGAACCTGTGATCTACCTACCTCAGCCTCCTGAGTGCTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCCTTGAACCTGTGATCTACCTACCTCAGCCTCCTGAGTGCTGGG  150

seq1  AGTTTAGATACGCACTACTATGCCTTTGTGTTGGAGTTGAATTAAAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGATACGCACTACTATGCCTTTGTGTTGGAGTTGAATTAAAGCTT  200

seq1  GCTGATTTGTGCTATCTTAATAATATTGTTGAAGTTATTAGCATGCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTTGTGCTATCTTAATAATATTGTTGAAGTTATTAGCATGCCTCC  250

seq1  ATTTTCTTGGCTTCAGTAAAAGACTATTGTTCCTCTCAGTTTTCATTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTGGCTTCAGTAAAAGACTATTGTTCCTCTCAGTTTTCATTTTT  300

seq1  TGCTACCTCAACATGTAGTTGATTCATAAGAGACAGAATAATGTTGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTCAACATGTAGTTGATTCATAAGAGACAGAATAATGTTGCTGA  350

seq1  ACCTTAAGCCATACTGATAATTAATGTAAGGTACTTGCTATATTTATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAAGCCATACTGATAATTAATGTAAGGTACTTGCTATATTTATATT  400

seq1  ATGCTTTATCCTATTTTAAGGAAATTTTATGGAAATTTTATGGAAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTATCCTATTTTAAGGAAATTTTATGGAAATTTTATGGAAAAAAA  450

seq1  ATTTCCCATTTTTTATGGAAAAAAAGATACAGGATCATAAATGTTTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCATTTTTTATGGAAAAAAAGATACAGGATCATAAATGTTTAAAA  500

seq1  AAACATTCCCATTTTATGGAAAAAAAGATACAGGATCATAAATGTTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCCCATTTTATGGAAAAAAAGATACAGGATCATAAATGTTTAAA  550

seq1  AAAAAATAAATGTGAGCTGTGGTGAAGAATATTCCAAGGTGTCCAGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAATGTGAGCTGTGGTGAAGAATATTCCAAGGTGTCCAGGAAG  600

seq1  AGCTAGCTGAAAAGGCTATTCTTGCATTTTGTCTGCTTTTGTTACCATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGCTGAAAAGGCTATTCTTGCATTTTGTCTGCTTTTGTTACCATTG  650

seq1  GCTTCCAGGGCTATTGTTCCTGAAGGTTTAGCCCTTACCACTAACTCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAGGGCTATTGTTCCTGAAGGTTTAGCCCTTACCACTAACTCACA  700

seq1  TCTGAAGAACTATTAGACTTGCAGAAGGAATATTACACAAAACAATAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGAACTATTAGACTTGCAGAAGGAATATTACACAAAACAATAGTT  750

seq1  AACAGTATGTCCCATTTCTCCAAAGTCTAGATTATTTAAGATACATATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTATGTCCCATTTCTCCAAAGTCTAGATTATTTAAGATACATATAG  800

seq1  GGGCTGTAAGCATTAACATCTGGTAAAGTTGGAAAGTTAGTCTGCCCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTAAGCATTAACATCTGGTAAAGTTGGAAAGTTAGTCTGCCCTAA  850

seq1  ACTAAGTTTCTAATCTTTTCTACCAACATAATGCAATACAACCAACTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTTTCTAATCTTTTCTACCAACATAATGCAATACAACCAACTTAA  900

seq1  GTTTATCCCCTCCCCCCAACCCCCACTAGTTTACAAATGAATGAGACTCA  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCCCCTCCCCCCAA-CCCCACTAGTTTACAAATGAATGAGACTCA  949

seq1  GGCTAT-GGTTATTTTATTAGGCTTTGACAATTACTGGGGGATAACATCT  999
       ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCTATGGGTTATTTTATTA-GCTTTGACAATTACTGGGGGATAACATCT  997

seq1  AATCTACTTTTCTAACTGCTGTCCCGGCTATCTCCCCAGCGGTGTACCC  1048
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
seq2  AATCTAC-TTTCTAACTGCTGTCCCGGCTATTTTCCCAGCGGTGTACCC  1045