BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007D08
Chromosome7 (Build37)
Map Location 80,117,094 - 80,266,060
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG384643, LOC625243
Upstream geneMctp2, LOC100042873, LOC100042880, LOC233391, LOC665570, LOC100042029
Downstream gene4930429H19Rik, LOC665588, Rgma, Chd2, 1810026B05Rik, EG665610, LOC244061, A830073O21Rik, St8sia2, LOC100042127
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007D08.bB6Ng01-007D08.g
ACCDH843849DH843850
length1,231816
definitionDH843849|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007D08, 5' end.DH843850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007D08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,117,094 - 80,118,340)(80,265,247 - 80,266,060)
sequence
gaattcatgccaacacttactttctgccctcaattcttcttggtccccaa
atgaacaaaaagcagaacaacaaatttatgagagcataaaacttttagaa
cctagaagataattctccctttgaaaatacagtgcactacaaggttgtgg
aagagaatgagcgggatcaaaagttgcttcagtggccttgtcaggagctg
gctctgtgacaccataggtgacttcaacttaggggtcattgtttctgcta
caattagtgaaaggaaaagctagcctagataaccggcttccctctggagg
ccctggcccagccatatctccttcaatttacggcctatctgtcctgtgca
aacattcccacagacaaatcagggcttttgacatgagaccaacttttcaa
gatgtagactgaagcacaaagtttagccagtgactaccttgttcctgcac
caccactgggtaccgtagctgtccacaacagttagtctcgttgctatcaa
caacttgagagctctaagaaccctgccggtcaccgatctcgtacctcagt
cacaaacatgactgttgataactcagatctggccagagctttgacaaccc
tctgtgtttttactttcctttaatggatgagaggctgagttccaggaaaa
aagagaaaagagattaacaatagccactacactggatagttttatttcag
cttgatgcaagccaaagtcacctgagaggagggaagctgagttggggaac
tgcctccataaaattaggctgcagacaagcctgcagggcatttcttgacc
agtgattgatgcaggatggcccagtctattatgggtggggtcattcttgt
gctgtgttctataagaaagcaatctaagcaagccatgatgatcagccagt
aagcagcatccctccacggtctctgtatcagcttctgctccctaattctg
ccatgtttgagttactgcctgattttcttcatgaagaacattgatataga
gttggcaaataaccctttttcttcctaagttgccttgtcacaggtgttat
ttacagcagttgtaccctatgaagagagccacttcgatatatgattactt
gattcctagtggagagtgtctcaggattcagtctcatgtactgcctgaaa
gcaagaattgtcttccaattcaatgggagtggtatatctgggagagtaat
ttcttttcatatgagtctaagacttccatga
gaattctatcggacgtatttgatgcacatgtaatcaaacaagatagagaa
catttccattatcctaagccagggcagctcaacttctgatcattgatcca
tgggacacgtctgttgtttacggtggggatcttcagtgtgcattacagga
tgattaacagtaaccttccttggtcttcagacattaaaaaccaggagcat
gactgtcaggtcttgagacattgctacaacatttctctatgggggaccaa
acactcatccgcggttgaaaaccactgccatagaatgatcttttctggct
cttgcagaagtaactgcccttctttctccctttttttttaatgcttctta
atgtgtgtgtcatgacagtgtatgtcacatgagggtgggtaccatggaat
aggaaaatggagtccctggaaccagagttacaggtggttccgagccacct
gaggtgggtgatgggaactgaactcaggtccactggaagagcagcaagca
caattcaccacattgccctttctccagctccagtaactgctcttttaatt
tgtattgcttgttttccctatcagttaactcccggtcccgggctttaaat
aaacaaacccacgtggcacgcacattcctctgtttggcacagtgcatcgt
agtcccaagccgactcttctcctgccagccagcgttggcagggtctgtta
cccattcactttgtttccagtgcttggctgttgagaaccttcctgtaaag
ccttttgtacaaacatatgctttcatttttcttgggctaacacccaaaat
atatggtgagcaagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_80117094_80118340
seq2: B6Ng01-007D08.b_48_1278

seq1  GAATTCATGCCAACACTTACTTTCTGCCCTCAATTCTTCTTGGTCCCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCCAACACTTACTTTCTGCCCTCAATTCTTCTTGGTCCCCAA  50

seq1  ATGAACAAAAAGCAGAACAACAAATTTATGAGAGCATAAAACTTTTAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAAAAGCAGAACAACAAATTTATGAGAGCATAAAACTTTTAGAA  100

seq1  CCTAGAAGATAATTCTCCCTTTGAAAATACAGTGCACTACAAGGTTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAGATAATTCTCCCTTTGAAAATACAGTGCACTACAAGGTTGTGG  150

seq1  AAGAGAATGAGCGGGATCAAAAGTTGCTTCAGTGGCCTTGTCAGGAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAATGAGCGGGATCAAAAGTTGCTTCAGTGGCCTTGTCAGGAGCTG  200

seq1  GCTCTGTGACACCATAGGTGACTTCAACTTAGGGGTCATTGTTTCTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGACACCATAGGTGACTTCAACTTAGGGGTCATTGTTTCTGCTA  250

seq1  CAATTAGTGAAAGGAAAAGCTAGCCTAGATAACCGGCTTCCCTCTGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGTGAAAGGAAAAGCTAGCCTAGATAACCGGCTTCCCTCTGGAGG  300

seq1  CCCTGGCCCAGCCATATCTCCTTCAATTTACGGCCTATCTGTCCTGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCCCAGCCATATCTCCTTCAATTTACGGCCTATCTGTCCTGTGCA  350

seq1  AACATTCCCACAGACAAATCAGGGCTTTTGACATGAGACCAACTTTTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCCCACAGACAAATCAGGGCTTTTGACATGAGACCAACTTTTCAA  400

seq1  GATGTAGACTGAAGCACAAAGTTTAGCCAGTGACTACCTTGTTCCTGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGACTGAAGCACAAAGTTTAGCCAGTGACTACCTTGTTCCTGCAC  450

seq1  CACCACTGGGTACCGTAGCTGTCCACAACAGTTAGTCTCGTTGCTATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGGGTACCGTAGCTGTCCACAACAGTTAGTCTCGTTGCTATCAA  500

seq1  CAACTTGAGAGCTCTAAGAACCCTGCCGGTCACCGATCTCGTACCTCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGAGAGCTCTAAGAACCCTGCCGGTCACCGATCTCGTACCTCAGT  550

seq1  CACAAACATGACTGTTGATAACTCAGATCTGGCCAGAGCTTTGACAACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACATGACTGTTGATAACTCAGATCTGGCCAGAGCTTTGACAACCC  600

seq1  TCTGTGTTTTTACTTTCCTTTAATGGATGAGAGGCTGAGTTCCAGGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTTTTACTTTCCTTTAATGGATGAGAGGCTGAGTTCCAGGAAAA  650

seq1  AAGAG-AAAGAGATTAACAATAGCCACTACACTGGATAGTTTTATTTCAG  699
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAAAGAGATTAACAATAGCCACTACACTGGATAGTTTTATTTCAG  700

seq1  CTTGATGCAAGCCAAAGTCACCTGAGAGGAGGGAAGCTGAGTTGGGGAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGCAAGCCAAAGTCACCTGAGAGGAGGGAAGCTGAGTTGGGGAAC  750

seq1  TGCCTCCATAAAATTAGGCTGCAGACAAGCCTGCAGGGCATTTTCTTGAC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCCTCCATAAAATTAGGCTGCAGACAAGCCTGCAGGGCA-TTTCTTGAC  799

seq1  CAGTGATTGATGCAGGATGGCCCAGTCTATTATGGGTGGGGTCATTCTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATTGATGCAGGATGGCCCAGTCTATTATGGGTGGGGTCATTCTTG  849

seq1  TGCTGTGTTCTATAAGAAAGCAATCTAAGCAAGCCATGATGATCAAGCCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCTGTGTTCTATAAGAAAGCAATCTAAGCAAGCCATGATGATC-AGCCA  898

seq1  GTAAGCAGCATCCCTCCACGGCCTCTGTATCAGCTCCTGCCTCCCT-ATT  948
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||
seq2  GTAAGCAGCATCCCTCCACGGTCTCTGTATCAGCTTCTG-CTCCCTAATT  947

seq1  CTGCCATGTTTGAGTTACTGGCCTGATTTTCTTCAATGAAGAACATTGAT  998
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGCCATGTTTGAGTTACT-GCCTGATTTTCTTC-ATGAAGAACATTGAT  995

seq1  ATAGAAGTATGGGCCAAATAAACCCTTTTCTCCCCAAGTTGCCTTGGTCA  1048
      |||| ||| |||  ||||||| || |||||| || |||||||||| ||||
seq2  ATAG-AGT-TGG--CAAATAACCCTTTTTCTTCCTAAGTTGCCTT-GTCA  1040

seq1  CAGTGTTTAATTACAGCAGTTGTACCCTAATGAAGAGAGCCACTCAGATA  1098
      |||   ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| 
seq2  CAGGTGTTATTTACAGCAGTTGTACCCT-ATGAAGAGAGCCACTTCGAT-  1088

seq1  ATATGA-TACTGAATTACTAGTGGAAGAGTGGTCTCCAAGATCCAGTTCT  1147
      |||||| ||||  ||| ||||||| ||||| |||| || ||| ||| |||
seq2  ATATGATTACTTGATTCCTAGTGG-AGAGT-GTCT-CAGGATTCAG-TCT  1134

seq1  CACTGTACTGCCTCTGAATAGCAAAGCATTGTCTTTCAAATTCTATGTGT  1197
      || ||||||||  ||||| ||| ||| |||||| ||| ||||| ||| | 
seq2  CA-TGTACTGC--CTGAA-AGC-AAGAATTGTC-TTCCAATTCAATGGG-  1177

seq1  ATGTTGTATATACTTGGAGAGTAATTTCTTTTCTTA------TATGAGTT  1241
        || |||||| || |||||||||||||||||| ||      || || ||
seq2  -AGTGGTATAT-CTGGGAGAGTAATTTCTTTTCATATGAGTCTAAGACTT  1225

seq1  CCATGA  1247
      ||||||
seq2  CCATGA  1231

seq1: chr7_80265247_80266060
seq2: B6Ng01-007D08.g_69_884 (reverse)

seq1  CACTTGCTCACCATATGTTTTGGGTGTTAGCCCAAGAAAAATGAAAGCAT  50
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCTCACCATATATTTTGGGTGTTAGCCCAAGAAAAATGAAAGCAT  50

seq1  ATGTTTGTACAAAGGCTTTTACAGGAAGGTTCTCAACAGCCAAGCACTGG  100
      ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGTACAAAAGGCTTTACAGGAAGGTTCTCAACAGCCAAGCACTGG  100

seq1  AAACAAAGTGAATGGGTAACAGACCCTGCC-ACGCTGGCTGGCAGGAGAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGTGAATGGGTAACAGACCCTGCCAACGCTGGCTGGCAGGAGAA  150

seq1  GAGTCGGCTTGGGACTACGATGCACTGTGCCAAACAGAGGAATGTGCGTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCGGCTTGGGACTACGATGCACTGTGCCAAACAGAGGAATGTGCGTG  200

seq1  CCACGTGGGTTTGTTTATTTAAAGCCCGGGACCGGGAGTTAACTGATAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTGGGTTTGTTTATTTAAAGCCCGGGACCGGGAGTTAACTGATAGG  250

seq1  G-AAACAAGCAATACAAATTAAAAGAGCAGTTACTGGAGCTGGAGAAAGG  298
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAGCAATACAAATTAAAAGAGCAGTTACTGGAGCTGGAGAAAGG  300

seq1  GCAATGTGGTGAATTGTGCTTGCTGCTCTTCCAGTGGACCTGAGTTCAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTGGTGAATTGTGCTTGCTGCTCTTCCAGTGGACCTGAGTTCAGT  350

seq1  TCCCATCACCCACCTCAGGTGGCTCGGAACCACCTGTAACTCTGGTTCCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCACCCACCTCAGGTGGCTCGGAACCACCTGTAACTCTGGTTCCA  400

seq1  GGGACTCCATTTTCCTATTCCATGGTACCCACCCTCATGTGACATACACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCCATTTTCCTATTCCATGGTACCCACCCTCATGTGACATACACT  450

seq1  GTCATGACACACACATTAAGAAGCATTAAAAAAAAAGGGAGAAAGAAGGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGACACACACATTAAGAAGCATTAAAAAAAAAGGGAGAAAGAAGGG  500

seq1  CAGTTACTTCTGCAAGAGCCAGAAAAGATCATTCTATGGCAGTGGTTTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACTTCTGCAAGAGCCAGAAAAGATCATTCTATGGCAGTGGTTTTC  550

seq1  AACCGCGGATGAGTGTTTGGTCCCCCATAGAGAAATGTTGTAGCAATGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGCGGATGAGTGTTTGGTCCCCCATAGAGAAATGTTGTAGCAATGTC  600

seq1  TCAAGACCTGACAGTCATGCTCCTGGTTTTTAATGTCTGAAGACCAAGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACCTGACAGTCATGCTCCTGGTTTTTAATGTCTGAAGACCAAGGA  650

seq1  AGGTTACTGTTAATCATCCTGTAATGCACACTGAAGATCCCCACCGTAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTACTGTTAATCATCCTGTAATGCACACTGAAGATCCCCACCGTAAA  700

seq1  CAACAGACGTGTCCCATGGATCAATGATCAGAAGTTGAGCTGCCCTGGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGACGTGTCCCATGGATCAATGATCAGAAGTTGAGCTGCCCTGGCT  750

seq1  TAGGATAATGGAAATGTTCTCTATCTTGTTTGATTACATGTGCATCAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATAATGGAAATGTTCTCTATCTTGTTTGATTACATGTGCATCAAAT  800

seq1  ACGTCCGATAGAATTC  814
      ||||||||||||||||
seq2  ACGTCCGATAGAATTC  816