BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008O09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 126,448,912 - 126,587,027
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042871, Gp2
Upstream geneSyt17, LOC100042845, E030018N11Rik, Coq7, Tmc7, B230311B06Rik, Tmc5, Mir16, 6330503K22Rik, 9030624J02Rik, 2310008H09Rik, Iqck, Gprc5b, Gpr139
Downstream geneUmod, 1700007B13Rik, C730027J19Rik, Acsm2, Acsm1, BC048390, Thumpd1, EG434233, Acsm3, Exod1, 2610020H08Rik, Dcun1d3, LOC100043399, LOC100043396, Lyrm1, Dnahc3, Tmem159, Zp2, Anks4b, Crym, Abca14, Abca15, Abca16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008O09.bB6Ng01-008O09.g
ACCDH844999DH845000
length1,034965
definitionDH844999|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008O09, 5' end.DH845000|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008O09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,585,987 - 126,587,027)(126,448,912 - 126,449,704)
sequence
gaattcattcatttaaatcttatgaaacctgatatatcaataggtaaaca
ttatgagttatattttctttataaggaaatttgggcaaaaagaagtgcac
tgttttgtccacatctacccaggtaattgcagacctgagattccaatcta
aatagtcaaacctcagaggtggtgcattctaatcccatctttctgcttct
tcattattagtcactataagtgatgcaccaactatacccaataatcctaa
ctcctctatgcctttgtgctaggggatacagttctgatctggtccttaga
aactcctcctcctcctaccctttggcaattcctggtaaagtcgctatgtt
ctgtgagtcagatcccggatatttggcaaatgagagaacatgctggaggt
ttttattactatccaacaagtgaagtttataatttccatccttattttgt
tgacaagatctagactcatgctatcacctctctgcaaagaaggctgagaa
gactaccttctatatgcccagaagaagtaggaaaaagcagttgttgtccc
aaacaaatctagaattatatgctgccttccggtacttctgcagcaagtga
caaggaggccagctggcattggctgttaagtgtcatcaaagctcgacatt
tgacttgtgtctcttgtgtttcagggttcttgttggcctggcccatgttc
ttcctgcctgtcttcctggctctactgttctgagaggccagctgagcacc
tggccttaaagttcttccctctggcaatggctcacacccatccttcagta
gaactggattcctctgtgaatcatttcgattgccctggaaatgcaatgta
tattgataactcctggggtagagtgtcctgtttagtggatgggaaagggc
aaatcccatgatcttttcaaatgcctcttgttctgacagctaatgactga
tacatcaccctgcatttatcttgtgatgtgttcccatcaggtctgtttag
tcacctgggaacatgtatgtgtgtggaaggagtt
gaattcaggacaggaactcaaaacagtgagggaacctggaggcagcagct
gatgcagaggtgagggaagagtgcagggtcagctctcctgctctcatgac
cccatttgggccagctctcctgcctgccataggggaggggagcgaatctc
tccctcaatgactgtacagcacagcagacaagaggcagggcccactcccc
catgctcattgcctcaggtgccttctgataggcagacagggccaactcta
ctgtgcttcctgggctactgtgctttctgggtcatctatgggtcctctct
ccagagtactgcaggtggataggggtgggggcagctctccttgtattccc
agggctggccctctcaagatacccagacaaggtatggggccagcacagct
ctcagacatcaacatgtccccagatggcagcccagaccagggacatctgc
ctggcctttggtggtaacagatccctactactatagggccatgggcccag
atgtggccctggtggcaacacaggccaggtcctaggtggcatcactggct
attcacatcaggctgttcctcactaccctcaagtctctagttctgcctct
cttcattatgctcacattcttctgtttctctttctcttccatttctctac
cacttacttgttctttcttagaggcacttggggtctctgagtgtctgggg
ccatctcaggagtgctatgccccacctgtgcattatgaacatgataaatt
atgtgtattatggcacaggggacatcttggcatgctctgctatggggtga
gtggtactggactggtggtcatctcatgctagctccctgtctgtgcttta
tggtgcagactgatggtcatctggccttgcttctccccaccaactcccag
agatcatagctactaatctttcgatgttacaggtctgacctgaacaatct
tctctctctgtctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_126585987_126587027
seq2: B6Ng01-008O09.b_47_1080 (reverse)

seq1  ACCTCCTTCC-CACAACTACATGTTCCCAGGGTGACTAAACAGACCTGAA  49
      | |||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AACTCCTTCCACACACATACATGTTCCCA-GGTGACTAAACAGACCTG-A  48

seq1  TGGAAACACATCACATAGAATAAATGCAAGGGTTGATGTATTCAAGTCAT  99
      ||| ||||||||||| || |||||||||  || ||||||||   ||||||
seq2  TGGGAACACATCACA-AG-ATAAATGCA--GGGTGATGTAT--CAGTCAT  92

seq1  TAGCTGTCAGAACAAGAGGCATTTTGAAAGGATCATGGGATTTGCCCTTT  149
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTCAGAACAAGAGGCA-TTTGAAAAGATCATGGGATTTGCCCTTT  141

seq1  CCCATCCACT-AACAGGACAACTCTA-CCCAGGAGTTATCAATATACATT  197
      |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCACTAAACAGGAC-ACTCTACCCCAGGAGTTATCAATATACATT  190

seq1  GCATTTCCAGGGCAATCGAAATGATTCACAGAGGAATCCAGTTCTACTGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCCAGGGCAATCGAAATGATTCACAGAGGAATCCAGTTCTACTGA  240

seq1  AGGATGGGTGTGAGCCATTGCCAGAGGGAAGAACTTTAAGGCCAGGTGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGTGTGAGCCATTGCCAGAGGGAAGAACTTTAAGGCCAGGTGCT  290

seq1  CAGCTGGCCTCTCAGAACAGTAGAGCCAGGAAGACAGGCAGGAAGAACAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCCTCTCAGAACAGTAGAGCCAGGAAGACAGGCAGGAAGAACAT  340

seq1  GGGCCAGGCCAACAAGAACCCTGAAACACAAGAGACACAAGTCAAATGTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAGGCCAACAAGAACCCTGAAACACAAGAGACACAAGTCAAATGTC  390

seq1  GAGCTTTGATGACACTTAACAGCCAATGCCAGCTGGCCTCCTTGTCACTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGATGACACTTAACAGCCAATGCCAGCTGGCCTCCTTGTCACTT  440

seq1  GCTGCAGAAGTACCGGAAGGCAGCATATAATTCTAGATTTGTTTGGGACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGAAGTACCGGAAGGCAGCATATAATTCTAGATTTGTTTGGGACA  490

seq1  ACAACTGCTTTTTCCTACTTCTTCTGGGCATATAGAAGGTAGTCTTCTCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGCTTTTTCCTACTTCTTCTGGGCATATAGAAGGTAGTCTTCTCA  540

seq1  GCCTTCTTTGCAGAGAGGTGATAGCATGAGTCTAGATCTTGTCAACAAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTTGCAGAGAGGTGATAGCATGAGTCTAGATCTTGTCAACAAAA  590

seq1  TAAGGATGGAAATTATAAACTTCACTTGTTGGATAGTAATAAAAACCTCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATGGAAATTATAAACTTCACTTGTTGGATAGTAATAAAAACCTCC  640

seq1  AGCATGTTCTCTCATTTGCCAAATATCCGGGATCTGACTCACAGAACATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTTCTCTCATTTGCCAAATATCCGGGATCTGACTCACAGAACATA  690

seq1  GCGACTTTACCAGGAATTGCCAAAGGGTAGGAGGAGGAGGAGTTTCTAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACTTTACCAGGAATTGCCAAAGGGTAGGAGGAGGAGGAGTTTCTAAG  740

seq1  GACCAGATCAGAACTGTATCCCCTAGCACAAAGGCATAGAGGAGTTAGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGATCAGAACTGTATCCCCTAGCACAAAGGCATAGAGGAGTTAGGA  790

seq1  TTATTGGGTATAGTTGGTGCATCACTTATAGTGACTAATAATGAAGAAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGGTATAGTTGGTGCATCACTTATAGTGACTAATAATGAAGAAGC  840

seq1  AGAAAGATGGGATTAGAATGCACCACCTCTGAGGTTTGACTATTTAGATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATGGGATTAGAATGCACCACCTCTGAGGTTTGACTATTTAGATT  890

seq1  GGAATCTCAGGTCTGCAATTACCTGGGTAGATGTGGACAAAACAGTGCAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTCAGGTCTGCAATTACCTGGGTAGATGTGGACAAAACAGTGCAC  940

seq1  TTCTTTTTGCCCAAATTTCCTTATAAAGAAAATATAACTCATAATGTTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTGCCCAAATTTCCTTATAAAGAAAATATAACTCATAATGTTTA  990

seq1  CCTATTGATATATCAGGTTTCATAAGATTTAAATGAATGAATTC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGATATATCAGGTTTCATAAGATTTAAATGAATGAATTC  1034

seq1: chr7_126448912_126449704
seq2: B6Ng01-008O09.g_249_1033

seq1  AGAGGCAGGGCCCACTCCCCCATGCTCATTGCCTCAGGTGCCTTCTGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGGGCCCACTCCCCCATGCTCATTGCCTCAGGTGCCTTCTGATA  50

seq1  GGCAGACAGGGCCAACTCTACTGTGCTTCCTGGGCTACTGTGCTTTCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACAGGGCCAACTCTACTGTGCTTCCTGGGCTACTGTGCTTTCTGG  100

seq1  GTCATCTATGGGTCCTCTCTCCAGAGTACTGCAGGTGGATAGGGGTGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTATGGGTCCTCTCTCCAGAGTACTGCAGGTGGATAGGGGTGGGG  150

seq1  GCAGCTCTCCTTGTATTCCCAGGGCTGGCCCTCTCAAGATACCCAGACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTCCTTGTATTCCCAGGGCTGGCCCTCTCAAGATACCCAGACAA  200

seq1  GGTATGGGGCCAGCACAGCTCTCAGACATCAACATGTCCCCAGATGGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGGGCCAGCACAGCTCTCAGACATCAACATGTCCCCAGATGGCAG  250

seq1  CCCAGACCAGGGACATCTGCCTGGCCTTTGGTGGTAACAGATCCCTACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACCAGGGACATCTGCCTGGCCTTTGGTGGTAACAGATCCCTACTA  300

seq1  CTATAGGGCCATGGGCCCAGATGTGGCCCTGGTGGCAACACAGGCCAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGGGCCATGGGCCCAGATGTGGCCCTGGTGGCAACACAGGCCAGGT  350

seq1  CCTAGGTGGCATCACTGGCTATTCACATCAGGCTGTTCCTCACTACCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTGGCATCACTGGCTATTCACATCAGGCTGTTCCTCACTACCCTC  400

seq1  AAGTCTCTAGTTCTGCCTCTCTTCATTATGCTCACATTCTTCTGTTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTAGTTCTGCCTCTCTTCATTATGCTCACATTCTTCTGTTTCTC  450

seq1  TTTCTCTTCCATTTCTCTACCACTTACTTGTTC-TTCTTAGAGGCACTTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTCCATTTCTCTACCACTTACTTGTTCTTTCTTAGAGGCACTTG  500

seq1  GGGTCTCTGAGTGTCTGGGGCCATCTCAGGAGTGCTATGCCCCACCTGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCTGAGTGTCTGGGGCCATCTCAGGAGTGCTATGCCCCACCTGTG  550

seq1  CATTATGAACATGATAAATTATGTGTATTATGGCACAGGGGACATCTTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGAACATGATAAATTATGTGTATTATGGCACAGGGGACATCTTGG  600

seq1  CATGCTCTGCTATGGGGTGAGTGGTACTGGACTGGTGGTCATCTCAGGCT  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATGCTCTGCTATGGGGTGAGTGGTACTGGACTGGTGGTCATCTCATGCT  650

seq1  AGCTCCCTGTCTGTGCTTTATGGTGCCAGACTGATGGTCATCTTGGCCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCTCCCTGTCTGTGCTTTATGGTG-CAGACTGATGGTCATC-TGGCCTT  698

seq1  GCTTCTCCCCCACCAACTCCCCAGAGATCATTAGGCTACTAATCTTTTCA  749
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||   
seq2  GCTTCT-CCCCACCAACT-CCCAGAGATCAT--AGCTACTAATCTTT--C  742

seq1  GATGTTCACAGGTCAGAACACTGAAC-ATAGTCTCTCTCT-TCTCT  793
      |||||| ||||||| ||   |||||| ||  ||||||||| |||||
seq2  GATGTT-ACAGGTCTGA--CCTGAACAATCTTCTCTCTCTGTCTCT  785