BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011L11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 78,020,213 - 78,060,389
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNr2f2, LOC100042833, B130024G19Rik, LOC100042838, LOC665486, LOC100041957
Downstream geneLOC665535
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011L11.bB6Ng01-011L11.g
ACCDH847021DH847022
length1,1001,087
definitionDH847021|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011L11, 5' end.DH847022|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011L11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,059,285 - 78,060,389)(78,020,213 - 78,021,310)
sequence
gaattccataacagcttgataggtgtttcagacctattccgatttgggaa
gcactgtgtctaatttgcagacacacattttaaaagggataggaaaaaat
tagagcaggcacagatggaaacaataaaaatgattaaagcacaggaaaat
gggaccttggaggaaagataaaagaacacgagattatttgttcttcagag
aaggaaatcaaaacttgaagaatcatttgagaatgtttgtcaagaatgcg
tagacttatcataggaacaaatgtttctgcttgtttatttctgttttgta
agagaaagtggatgggctcaactcggattaaggcagccatcagcaccctg
tgatggcatgcctctaggacagagcaacaagaaacaccaatctgggaagc
ttttgaaggctgggaaatgtgtgtgcgcttcccatgtctctaaacaggca
tttgttatggcacatgctggggaggagaagttccatttactctggccatt
gatatttatattctggaatgtctaagagtctcttctgagtagctctagct
gtcaatgaatttatcagcagtacagatgttacatgtcatcatggagaatt
cttgcaatggaggctggagatggctcagctggtggagtgtttgccacaca
agcattagggcccatgttcgattcccagctaggtgggatagcaagtccct
gcaatcctaggactggggaaggaagacaggtggatcatttggactctggc
cagccaatcttgatccatcactgaggtccaggttcagttaaaaaacaagc
aaactccttctcagaagagaaaatggagccaggtatggtggagcatgcct
ttaatcccagcattggtgaataaaggcaggtggatctaggtgacctcaca
gtcatcaagggctatattttgagactgttccaaggacaatttgaggatga
gcctcatggttggcttctactctgctcccacacaatgcatgtttaatcat
gctcatacacacagtgtcatcccatgatagttacacacatgtaacacata
tgacatgtgcatatatgcacacaggatcctacagtgggatcaattcacat

gaattctttgtccaaattagaactctgcttgctgccttctcaactgtgca
atggccaacaggtcagagaacaaaccagagtgccacttttcaggcatctt
ccaccttgtgtaaatgggtctcttagggatgaggtggtcactgttcttat
gtgcttttgactctgtggtttatgtatcatagctccaggtagaatctttg
tcagggtgcctcagggtgcatgtgtacatgcaacctacactgttagtcct
taagcaccttccctcttctcttctctgtgagacaacttctcttattggtc
tgcagcttcagcaagtagtctaggttagccgactggtgagcatgcaggga
ttctcttgtctctgcctcccatctcaacactgctaggtttacaagcaccc
tgctttctatgttggttctagagatggctttgttctctgtgtcttatggc
aagggctttactgactcagccatgtcctcagcctcaccttcgagaatctt
aagggatgttccgatgccactgtgaggtttagacacaacagtgagggaag
cactggacccaagaaataccagactcttaagccgaccacaatggtaagag
gcagagcaggatcccaaccgagactcccagcagctcccatggccacgcac
aaggagatgttggacaatgccccaccatccatttggtcaatgcttcagga
aaagctcatacccagttggtcgtctgtgtgctagttaacctgaccagtga
cagacctgagttgtagggctcacctcagagatgccttaaactagaagcca
aatctctcagcagataacacagggatttcctctctgctcctcacaaatac
tgaaaatttttttgaaattttccattatgagaagaaaatttaatatttaa
aggtaatttgacctgtacatgcatataccatgaatattttgatgaaacct
atagcaaatgtataatagagcattagtctgagatatttatttcttatcat
tttctgggatatattctcaggcacgtgtgaagtgcacccttacaatgcct
gactccagatgccatagaaatgaaaggctctttctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_78059285_78060389
seq2: B6Ng01-011L11.b_41_1140 (reverse)

seq1  ATGTGA----AACCCACTGTAAGAATTCTTGTGTGCATATATGCACATGT  46
      ||||||    | ||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAATTGATCCCACTGTAGGA--TCCTGTGTGCATATATGCACATGT  48

seq1  CATATGTGGTTTACATGTGTGTAACTATTCATGGGGATGACACTGTGTGT  96
      ||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CATATGTG--TTACATGTGTGTAACTA-TCAT-GGGATGACACTGTGTGT  94

seq1  ATGAGCATGATTAAACATGCATTTGTGTGGGAGCAGAGGTAAGAAGCCAA  146
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||
seq2  ATGAGCATGATTAAACATGCA-TTGTGTGGGAGCAGAG--TAGAAGCCAA  141

seq1  CCATGAGGCTCATCCTC-AATTGTCCTTGGAACAGTCTCAAAATATAGCC  195
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGGCTCATCCTCAAATTGTCCTTGGAACAGTCTCAAAATATAGCC  191

seq1  CTTGATGACTGTGAGGTCACCTAGATCCACCTGCCTTTATTCACCAATGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGACTGTGAGGTCACCTAGATCCACCTGCCTTTATTCACCAATGC  241

seq1  TGGGATTAAAGGCATGCTCCACCATACCTGGCTCCATTTTCTCTTCTGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAAAGGCATGCTCCACCATACCTGGCTCCATTTTCTCTTCTGAG  291

seq1  AAGGAGTTTGCTTGTTTTTTTAACTGAACCTGGACCTCAGTGATGGATCA  345
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTTTGCTTG-TTTTTTAACTGAACCTGGACCTCAGTGATGGATCA  340

seq1  AGATTGGCTGGCCAGAGTCCAAATGATCCACCTGTCTTCCTTCCCCAGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGCTGGCCAGAGTCCAAATGATCCACCTGTCTTCCTTCCCCAGTC  390

seq1  CTAGGATTGCAGGGACTTGCTATCCCACCTAGCTGGGAATCGAACATGGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATTGCAGGGACTTGCTATCCCACCTAGCTGGGAATCGAACATGGG  440

seq1  CCCTAATGCTTGTGTGGCAAACACTCCACCAGCTGAGCCATCTCCAGCCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATGCTTGTGTGGCAAACACTCCACCAGCTGAGCCATCTCCAGCCT  490

seq1  CCATTGCAAGAATTCTCCATGATGACATGTAACATCTGTACTGCTGATAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCAAGAATTCTCCATGATGACATGTAACATCTGTACTGCTGATAA  540

seq1  ATTCATTGACAGCTAGAGCTACTCAGAAGAGACTCTTAGACATTCCAGAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTGACAGCTAGAGCTACTCAGAAGAGACTCTTAGACATTCCAGAA  590

seq1  TATAAATATCAATGGCCAGAGTAAATGGAACTTCTCCTCCCCAGCATGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATATCAATGGCCAGAGTAAATGGAACTTCTCCTCCCCAGCATGTG  640

seq1  CCATAACAAATGCCTGTTTAGAGACATGGGAAGCGCACACACATTTCCCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACAAATGCCTGTTTAGAGACATGGGAAGCGCACACACATTTCCCA  690

seq1  GCCTTCAAAAGCTTCCCAGATTGGTGTTTCTTGTTGCTCTGTCCTAGAGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAAAAGCTTCCCAGATTGGTGTTTCTTGTTGCTCTGTCCTAGAGG  740

seq1  CATGCCATCACAGGGTGCTGATGGCTGCCTTAATCCGAGTTGAGCCCATC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCATCACAGGGTGCTGATGGCTGCCTTAATCCGAGTTGAGCCCATC  790

seq1  CACTTTCTCTTACAAAACAGAAATAAACAAGCAGAAACATTTGTTCCTAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTCTTACAAAACAGAAATAAACAAGCAGAAACATTTGTTCCTAT  840

seq1  GATAAGTCTACGCATTCTTGACAAACATTCTCAAATGATTCTTCAAGTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTCTACGCATTCTTGACAAACATTCTCAAATGATTCTTCAAGTTT  890

seq1  TGATTTCCTTCTCTGAAGAACAAATAATCTCGTGTTCTTTTATCTTTCCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCCTTCTCTGAAGAACAAATAATCTCGTGTTCTTTTATCTTTCCT  940

seq1  CCAAGGTCCCATTTTCCTGTGCTTTAATCATTTTTATTGTTTCCATCTGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTCCCATTTTCCTGTGCTTTAATCATTTTTATTGTTTCCATCTGT  990

seq1  GCCTGCTCTAATTTTTTCCTATCCCTTTTAAAATGTGTGTCTGCAAATTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTCTAATTTTTTCCTATCCCTTTTAAAATGTGTGTCTGCAAATTA  1040

seq1  GACACAGTGCTTCCCAAATCGGAATAGGTCTGAAACACCTATCAAGCTGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTGCTTCCCAAATCGGAATAGGTCTGAAACACCTATCAAGCTGT  1090

seq1  TATGGAATTC  1105
      ||||||||||
seq2  TATGGAATTC  1100

seq1: chr7_78020213_78021310
seq2: B6Ng01-011L11.g_66_1152

seq1  GAATTCTTTGTCCAAATTAGAACTCTGCTTGCTGCCTTCTCAACTGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTCCAAATTAGAACTCTGCTTGCTGCCTTCTCAACTGTGCA  50

seq1  ATGGCCAACAGGTCAGAGAACAAACCAGAGTGCCACTTTTCAGGCATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAACAGGTCAGAGAACAAACCAGAGTGCCACTTTTCAGGCATCTT  100

seq1  CCACCTTGTGTAAATGGGTCTCTTAGGGATGAGGTGGTCACTGTTCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTGTGTAAATGGGTCTCTTAGGGATGAGGTGGTCACTGTTCTTAT  150

seq1  GTGCTTTTGACTCTGTGGTTTATGTATCATAGCTCCAGGTAGAATCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTTGACTCTGTGGTTTATGTATCATAGCTCCAGGTAGAATCTTTG  200

seq1  TCAGGGTGCCTCAGGGTGCATGTGTACATGCAACCTACACTGTTAGTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTGCCTCAGGGTGCATGTGTACATGCAACCTACACTGTTAGTCCT  250

seq1  TAAGCACCTTCCCTCTTCTCTTCTCTGTGAGACAACTTCTCTTATTGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACCTTCCCTCTTCTCTTCTCTGTGAGACAACTTCTCTTATTGGTC  300

seq1  TGCAGCTTCAGCAAGTAGTCTAGGTTAGCCGACTGGTGAGCATGCAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTCAGCAAGTAGTCTAGGTTAGCCGACTGGTGAGCATGCAGGGA  350

seq1  TTCTCTTGTCTCTGCCTCCCATCTCAACACTGCTAGGTTTACAAGCACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTGTCTCTGCCTCCCATCTCAACACTGCTAGGTTTACAAGCACCC  400

seq1  TGCTTTCTATGTTGGTTCTAGAGATGGCTTTGTTCTCTGTGTCTTATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTATGTTGGTTCTAGAGATGGCTTTGTTCTCTGTGTCTTATGGC  450

seq1  AAGGGCTTTACTGACTCAGCCATGTCCTCAGCCTCACCTTCGAGAATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTTTACTGACTCAGCCATGTCCTCAGCCTCACCTTCGAGAATCTT  500

seq1  AAGGGATGTTCCGATGCCACTGTGAGGTTTAGACACAACAGTGAGGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATGTTCCGATGCCACTGTGAGGTTTAGACACAACAGTGAGGGAAG  550

seq1  CACTGGACCCAAGAAATACCAGACTCTTAAGCCGACCACAATGGTAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGACCCAAGAAATACCAGACTCTTAAGCCGACCACAATGGTAAGAG  600

seq1  GCAGAGCAGGATCCCAACCGAGACTCCCAGCAGCTCCCATGGCCACGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCAGGATCCCAACCGAGACTCCCAGCAGCTCCCATGGCCACGCAC  650

seq1  AAGGAGATGTTGGACAATGCCCCACCATCCATTTGGTCAATGCTTCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATGTTGGACAATGCCCCACCATCCATTTGGTCAATGCTTCAGGA  700

seq1  AAAGCTCATACCCAGTTGGTCGTCTGTGTGCTAGTTAACCTGACCAGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCATACCCAGTTGGTCGTCTGTGTGCTAGTTAACCTGACCAGTGA  750

seq1  CAGACCTGAGTTGTAGGGCTCACCTCAGAGATGCCTTAAACTAGAAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTGAGTTGTAGGGCTCACCTCAGAGATGCCTTAAACTAGAAGCCA  800

seq1  AATCTCCCAGCAGATAACACAGGGATTTCCTCTCTGCTCCTCACAAATAC  850
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTCAGCAGATAACACAGGGATTTCCTCTCTGCTCCTCACAAATAC  850

seq1  TGAAAATTTTTTTGAAATTTTCCATTATGAGAAGAAAATTTAATATTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATTTTTTTGAAATTTTCCATTATGAGAAGAAAATTTAATATTTAA  900

seq1  AGGTAATTTGACCTGTACATGCATATACCATGAATA-TTTGATGAAACCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGTAATTTGACCTGTACATGCATATACCATGAATATTTTGATGAAACCT  950

seq1  ATAGCAAATGTATTAATAGAGCATTAGTCTGAGGATATTTATTTCTTATT  999
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  ATAGCAAATGTA-TAATAGAGCATTAGTCTGA-GATATTTATTTCTTA-T  997

seq1  CATTTTCTGGGATATTATTTCCTCA-GCACGTGTGAAGTTGCACTCTACA  1048
      |||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||| ||   
seq2  CATTTTCTGGGATA-TATT--CTCAGGCACGTGTGAAG-TGCACCCTTAC  1043

seq1  AATGCCTGACTCTCAAGATGCCCATAGAAATGAGAAGGGGCTCTTTCTCT  1098
      |||||||||  ||| ||||| |||||||||||| |   ||||||||||||
seq2  AATGCCTGA--CTCCAGATG-CCATAGAAATGAAA---GGCTCTTTCTCT  1087