BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015P10
Chromosome7 (Build37)
Map Location 90,872,564 - 90,990,654
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl16, LOC666170, 1700026D08Rik
Upstream geneEftud1, LOC100038986, LOC619808, Rkhd3, LOC619909, A530021J07Rik, EG666160, Tmc3, Stard5, Phgdh-ps1
Downstream geneMesdc1, Mesdc2, 9930013L23Rik, 2210412D01Rik, Arnt2, LOC100039239, Fah, Zfand6, 2610206C17Rik, EG620480
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015P10.bB6Ng01-015P10.g
ACCDH850078DH850079
length1,0581,061
definitionDH850078|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015P10, 5' end.DH850079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015P10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,872,564 - 90,873,645)(90,989,593 - 90,990,654)
sequence
gaattccacccataaaggactggctctgtagtgacagctgtgcttgggga
caggtttctgagccctgaaggccacactcattctttagcagatgggtaca
aggaaaccttcatggccaccagctgggctccagtactggccaacaaatgt
gctgtgtttctataattatctctgtcatgcactcagtgacttcaaaatgt
cactactgtagtgggccaggaagtgctctgattgttttaccacttagtcc
tcataaacccttgtgggatctgataatgtcctcttgtcacagaaagatgg
ccaaagcacggggcagtgaccaccacgaaactatgcagtgtggctagatc
ctgagcttccaagctggctttgctcagtgactcttactgcatggagattc
gcacatcaaccctcctctgccctaaaactatgtggtagtccaggcacagt
ggtgcctgtaaccccagcatctgggaggtaggggcaggaggatcagaact
tcaagaacaacctcagctatgtagtgagttcaaggccaccctgggacaga
caagaccctatcttgaaaaacaaataaatctggctccttagtctattctt
gcagctgcccttcctgtcaccctgcctggtactcttgaataaatgctctg
tgctctgcactttctctccttagcttaccactgcttccagatccggcacc
acatttttgcttccttcccctagagccatggaaactcccgtatcagttcc
acattcaatgtgtcctcagcctcaaacacaaagctgaaactagctttgtc
ttgagaggattgatctgaatctgtccatggtctttgggttctcagtgcct
ttttcttcctgttacttgtttctctttcagatatcccctttcaaatccaa
accatcagggctgccctccggctgctgtctcagcacagagtctcaactca
ctgtctgtcaaatcccagactgcagctcgtgcacatctttgtagatcata
ctttgttgactctctcgatcatactcagttgactgcatgatgtgtgttgt
gtgtgtgt
gaattcagagttccttcagaatgaatagtttgaattcctctcttctaata
ctatctctgaaactttttatattggctcaccagcaaggtagcagaactgc
tccgtgtttcagaaaggaaaagctgttgggaacttccagcttccagaaag
aatcccttctccaatcagtatctggaagtgcaagatcagggcttggcctt
ggacttcctgggtttagccttaggcagagctgtgtaattatgccactaga
aaggccttgatgagggagcagggaagcactctcaccagggagaaggtgat
cctgttggaaggcaatggaagggttcattgtccctatagcagcaaccaca
gtcttgtcaggtttagattgggaagtttctgcagcagagacaagcagaaa
tatctgccaccaccagcatttgttttgataataagaacatagtggccata
gaaagcagttgacctaaaggcatacaaaagtgaagactgagggtctgtaa
gtttcccacagtaagaaggatatgtccaagatgtaggctatgtagacagc
tatatggactggtctttcctcattcctcttgctacactgtcagcaggttc
tatccagggccatgggaaggagaagctccagccatgtttgccagtcgact
gacactctaccacttcagatcactagtgactcagataccagcttctcaag
agagaagggtatcatggaacaccgtttctgaagacccaggacatgatgat
ttgtgccctcttagtttgggtgggtgatgaggctaagtatcccagtagca
gagcaggtctggactcatgatctgggtctcactgttcccttaaaggtgtg
gctctgttgacctgaagatccctttgctaaggtcccatcttttaacgttt
ctagtactttgcatgtgataaaggcttggtgccatgagttagggatcaaa
gcctttaacactcaggacatgagattcaaagcatagcagcctgcacatat
tatctctcgaatttttctttatctttgtttcttttctattctcctcttac
tgatcccctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_90872564_90873645
seq2: B6Ng01-015P10.b_43_1100

seq1  GAATTCCACCCATAAAGGACTGGCTCTGTAGTGACAGCTGTGCTTGGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCATAAAGGACTGGCTCTGTAGTGACAGCTGTGCTTGGGGA  50

seq1  CAGGTTTCTGAGCCCTGAAGGCCACACTCATTCTTTAGCAGATGGGTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTCTGAGCCCTGAAGGCCACACTCATTCTTTAGCAGATGGGTACA  100

seq1  AGGAAACCTTCATGGCCACCAGCTGGGCTCCAGTACTGGCCAACAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACCTTCATGGCCACCAGCTGGGCTCCAGTACTGGCCAACAAATGT  150

seq1  GCTGTGTTTCTATAATTATCTCTGTCATGCACTCAGTGACTTCAAAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTTTCTATAATTATCTCTGTCATGCACTCAGTGACTTCAAAATGT  200

seq1  CACTACTGTAGTGGGCCAGGAAGTGCTCTGATTGTTTTACCACTTAGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACTGTAGTGGGCCAGGAAGTGCTCTGATTGTTTTACCACTTAGTCC  250

seq1  TCATAAACCCTTGTGGGATCTGATAATGTCCTCTTGTCACAGAAAGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAACCCTTGTGGGATCTGATAATGTCCTCTTGTCACAGAAAGATGG  300

seq1  CCAAAGCACGGGGCAGTGACCACCACGAAACTATGCAGTGTGGCTAGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCACGGGGCAGTGACCACCACGAAACTATGCAGTGTGGCTAGATC  350

seq1  CTGAGCTTCCAAGCTGGCTTTGCTCAGTGACTCTTACTGCATGGAGATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTTCCAAGCTGGCTTTGCTCAGTGACTCTTACTGCATGGAGATTC  400

seq1  GCACATCAACCCTCCTCTGCCCTAAAACTATGTGGTAGTCCAGGCACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCAACCCTCCTCTGCCCTAAAACTATGTGGTAGTCCAGGCACAGT  450

seq1  GGTGCCTGTAACCCCAGCATCTGGGAGGTAGGGGCAGGAGGATCAGAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTGTAACCCCAGCATCTGGGAGGTAGGGGCAGGAGGATCAGAACT  500

seq1  TCAAGAACAACCTCAGCTATGTAGTGAGTTCAAGGCCACCCTGGGACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAACAACCTCAGCTATGTAGTGAGTTCAAGGCCACCCTGGGACAGA  550

seq1  CAAGACCCTATCTTGAAAAACAAATAAATCTGGCTCCTTAGTCTATTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCCTATCTTGAAAAACAAATAAATCTGGCTCCTTAGTCTATTCTT  600

seq1  GCAGCTGCCCTTCCTGTCACCCTGCCTGGTACTCTTGAATAAATGCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGCCCTTCCTGTCACCCTGCCTGGTACTCTTGAATAAATGCTCTG  650

seq1  TGCTCTGCACTTTCTCTCCTTAGCTTACCACTGCTTCCAGATCCGGCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGCACTTTCTCTCCTTAGCTTACCACTGCTTCCAGATCCGGCACC  700

seq1  ACATTTTTGCTTCCTTCCCCTAGAGCCATGGAAACTCCCGTATCAGTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTGCTTCCTTCCCCTAGAGCCATGGAAACTCCCGTATCAGTTCC  750

seq1  ACATTCAATGTGTCCTCAGCCTCAAACACAAAGCTGAAACTAGCTTTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAATGTGTCCTCAGCCTCAAACACAAAGCTGAAACTAGCTTTGTC  800

seq1  TTGAGAGGATTGATCTGAATCTGTCCATGGTCTTTGGGTTCTCAGTGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGGATTGATCTGAATCTGTCCATGGTCTTTGGGTTCTCAGTGCCT  850

seq1  TTTTCTTCCTGTTACTTGTTTCTCTTTCAGATATCCCCTTTCAAATCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCCTGTTACTTGTTTCTCTTTCAGATATCCCCTTTCAAATCCAA  900

seq1  ACCATCAGGGCTGCCCTCCGGCTGCTGTCTCCAGCACAGGAGGTCCTCAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   |||||
seq2  ACCATCAGGGCTGCCCTCCGGCTGCTGTCT-CAGCACA-GAG--TCTCAA  946

seq1  CTCACTGTCCTGTCAAATCCCCAGAACTGGCAGCTCCGTGGCAACATCTC  1000
      |||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||   |||||| 
seq2  CTCACTGT-CTGTCAAAT-CCCAG-ACT-GCAGCT-CGTG--CACATCTT  989

seq1  TGTAGATCATAACTTTGGTTGAACCTCCTTCCTTTCAGATCATACTCAGT  1050
      |||||||||| ||||| |||||  |||       || |||||||||||||
seq2  TGTAGATCAT-ACTTT-GTTGACTCTC-------TC-GATCATACTCAGT  1029

seq1  TGGACGTGCATGATGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1082
      | ||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  T-GAC-TGCATGATGTGTGT-TGTGTGTGTGT  1058

seq1: chr7_90989593_90990654
seq2: B6Ng01-015P10.g_69_1129 (reverse)

seq1  GCAGAGGATCAGGAAAGAGAAGAATAGAAAAGAAAACAAAAGATAAAGAA  50
      |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  GCAGGGGATCA-GTAAGAGGAGAATAGAAAAGAAA--CAAAGATAAAGAA  47

seq1  AAAATCGAGAAGAT-ATATGTGCAGGCTGCTATGCTTTGAATCTTCATGT  99
      ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAATTCGAG-AGATAATATGTGCAGGCTGCTATGCTTTGAATC-TCATGT  95

seq1  CCTGAGTGTTAAAGGCTTTGATCCCTAACTCATGGCACCAAGCCTTTATC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTGTTAAAGGCTTTGATCCCTAACTCATGGCACCAAGCCTTTATC  145

seq1  ACATGCAAAGTACTAGAAACGTTAAAAGATGGGACC-TAGC-AAGGGATC  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  ACATGCAAAGTACTAGAAACGTTAAAAGATGGGACCTTAGCAAAGGGATC  195

seq1  TTCAGGTCAACAGAGCCACACCTTTGAGGGAACAGTGAGACCCAGATCAT  247
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTCAACAGAGCCACACCTTTAAGGGAACAGTGAGACCCAGATCAT  245

seq1  GAGTCCAGACCTGCTCTGCTACTGGGATACTTAGCCTCATCACCCACCCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAGACCTGCTCTGCTACTGGGATACTTAGCCTCATCACCCACCCA  295

seq1  AACTAAGAGGGCACAAATCATCATGTCCTGGGTCTTCAG-AACGGTGTTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACTAAGAGGGCACAAATCATCATGTCCTGGGTCTTCAGAAACGGTGTTC  345

seq1  CATGATACCCTTCTCTCTTGAGAAGCTGGTATCTGAGTCACTAGTGATCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATACCCTTCTCTCTTGAGAAGCTGGTATCTGAGTCACTAGTGATCT  395

seq1  GAAGTGGTAGAGTGTCAGTCGACTGGCAAACATGGCTGGAGCTTCTCCTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGTAGAGTGTCAGTCGACTGGCAAACATGGCTGGAGCTTCTCCTT  445

seq1  CCCATGGCCCTGGATAGAACCTGCTGACAGTGTAGCAAGAGGAATGAGGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGCCCTGGATAGAACCTGCTGACAGTGTAGCAAGAGGAATGAGGA  495

seq1  AAGACCAGTCCATATAGCTGTCTACATAGCCTACATCTTGGACATATCCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAGTCCATATAGCTGTCTACATAGCCTACATCTTGGACATATCCT  545

seq1  TCTTACTGTGGGAAACTTACAGACCCTCAGTCTTCACTTTTGTATGCCTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTGTGGGAAACTTACAGACCCTCAGTCTTCACTTTTGTATGCCTT  595

seq1  TAGGTCAACTGCTTTCTATGGCCACTATGTTCTTATTATCAAAACAAATG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCAACTGCTTTCTATGGCCACTATGTTCTTATTATCAAAACAAATG  645

seq1  CTGGTGGTGGCAGATATTTCTGCTTGTCTCTGCTGCAGAAACTTCCCAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGTGGCAGATATTTCTGCTTGTCTCTGCTGCAGAAACTTCCCAAT  695

seq1  CTAAACCTGACAAGACTGTGGTTGCTGCTATAGGGACAATGAACCCTTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACCTGACAAGACTGTGGTTGCTGCTATAGGGACAATGAACCCTTCC  745

seq1  ATTGCCTTCCAACAGGATCACCTTCTCCCTGGTGAGAGTGCTTCCCTGCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTTCCAACAGGATCACCTTCTCCCTGGTGAGAGTGCTTCCCTGCT  795

seq1  CCCTCATCAAGGCCTTTCTAGTGGCATAATTACACAGCTCTGCCTAAGGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATCAAGGCCTTTCTAGTGGCATAATTACACAGCTCTGCCTAAGGC  845

seq1  TAAACCCAGGAAGTCCAAGGCCAAGCCCTGATCTTGCACTTCCAGATACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCAGGAAGTCCAAGGCCAAGCCCTGATCTTGCACTTCCAGATACT  895

seq1  GATTGGAGAAGGGATTCTTTCTGGAAGCTGGAAGTTCCCAACAGCTTTTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGAGAAGGGATTCTTTCTGGAAGCTGGAAGTTCCCAACAGCTTTTC  945

seq1  CTTTCTGAAACACGGAGCAGTTCTGCTACCTTGCTGGTGAGCCAATATAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAAACACGGAGCAGTTCTGCTACCTTGCTGGTGAGCCAATATAA  995

seq1  AAAGTTTCAGAGATAGTATTAGAAGAGAGGAATTCAAACTATTCATTCTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTCAGAGATAGTATTAGAAGAGAGGAATTCAAACTATTCATTCTG  1045

seq1  AAGGAACTCTGAATTC  1062
      ||||||||||||||||
seq2  AAGGAACTCTGAATTC  1061