BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016K24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 10,481,203 - 10,604,931
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665625, LOC545911, EG625580, LOC100042163, LOC625605
Upstream geneLOC100042803, LOC665598, LOC100042810, LOC665593, EG665582, EG434113, EG665577, LOC665571, LOC100042083, Gm1961, V2r4, LOC100042848, LOC100042096, LOC100042870, LOC100042105, LOC100042859, LOC100042113, LOC100042120, LOC100042126, LOC100042139, LOC100042894, Vmn2r47, 2810047C21Rik
Downstream geneEG434117, EG628152, LOC100042921, Vmn2r52, LOC665663, V1re11, LOC628521, LOC628525, LOC100042206, Nlrp4d, LOC100042214, V1re10, Zik1, EG628580, V1re9, V1rl1, EG628596, Nlrp4b, LOC333184, V1re13, BQ559217, LOC637237, LOC236479, EG665879, Zscan4b, LOC665793, EG665798, Gm397
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016K24.bB6Ng01-016K24.g
ACCDH850583DH850584
length1,1061,038
definitionDH850583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016K24, 5' end.DH850584|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,603,820 - 10,604,931)(10,481,203 - 10,482,247)
sequence
gaattcaatgctaacggggtctacagacagagctacatggacagccaggg
agggctacatggagagatccggcctcaaacaacaacaaaacaacacaact
tcaaacaaaaatacagtgatggtcagaagacataacactctagcacattg
gttctcaacctgtgggtcatgatctcttagaagatatgtaagaccatcag
gaaacacagatatttacactacgattcatgactgtagtgaaactacagtt
atgaagtagaaatgataatttatggctggggatcaccataactagaggaa
ctgtgataaaaggtcttaggattagaaaggctgagcaccactgctcttgc
acatggttgcctaaagtggaaattcagcataagttatatgataaggggga
aagcagctacataaatgtaatcatctgacatggtaggtgaaaaaagtgac
ttttgctaattgcactctgacttgcatgagtgtagggacatacacacgca
cacacttctttttacgtgaggaagaactcatgaatttattgtcttcatta
caaaatcagcatagaactagatcactgcgcattggtgtttcctacatctc
catctccatctgtctctctgtctctctctgtctctctgttgctctggttt
ggtttttttgtttgtttgcttgcttgctttttgagaaagggtttcactgt
gtatgtagctctgcatgtcctgatattcactctgtagtccaagctgacct
taaactccatcaactgtctgccatgtgtgccattgccacatggccgcaaa
caccatctttataagagtaaaattaataaataccatgggactgtaagact
ggtcactatcagggacatcagagctctgcctgggcttaggactcacacac
catggtgatgcaacaatcagataagctaacgattctctgccaccccatcc
agtatccccaggccagcagaaagggattatccagaggggcacatgtatag
ggcgattctacccaagcttagaccaaggataccttggtgggcatattcag
acctctctgggctataggaaagctattctttcttctcctcacctttcctt
tgcccc
gaattctttgccagagatctaatgccaatttaaattctgactctaaatag
ttagttatacactcacaggtagtcaaatggcgaactccacatactggatt
ggagtttttcatcctttctcgttgctaaaatgtcatgagtagtcaggcta
aggatggtatttcatgcctttgcaaaaaaaaaaaaaaataccccagatat
ttaaaagctgggttatagagaaatgttgttaaaatttctttctaaaacct
cacagtttatcactgatgactaaatttatataactactatgactgtaaat
aataatgctgttatttcagtttaccaatgataatgtaaaattgtgaccaa
gatgaagataactcctatccggagacagaaataatatgctctatgttttg
gaacagcatgaacaaatcttttcttgctgagcttggtataaataatgaaa
cactctgactgacagtcagtcaaggctgtaagattctctcttccatcatg
cccgacttaattctagatggccttctctattcctccatgaaggtatctgt
caacttctggtggtagtccctagttgaaagcctatcatatttctgaatag
taagtatcctggaacaacctagattgacataagcataagtccaaccacat
ccattaactttcttaatagctatcaaattcccccaaagagacatgatgtt
aagaatttctgtcccatgataactcacacgtggagataagaagctgtcca
ggtacttccagaaacttatagataccccccaattgggtcctgtaagcaga
aacgaacacatactctcttcattacagaaataatagggatagggctgtgt
ttttttatgtaataaatatggtgtaggtattatagtttttccatcacgac
cgcctaaagtgtatcttatgatcaaagacatatttgggtaagagatcagg
attcttgctgatttcatcattgaaaaggccatgccaacgcaaatttgtgg
atttagttgtttttctgttaagatcactgtttattatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_10603820_10604931
seq2: B6Ng01-016K24.b_38_1143 (reverse)

seq1  GGGGCAAGGGAAGGGTGAGGGAGAGAGAGAATAGGCTTTCCCCTATAGCC  50
      ||||||| |||| |||||||   ||| |||||| |||||  |||||||||
seq2  GGGGCAAAGGAAAGGTGAGGAGAAGAAAGAATA-GCTTT--CCTATAGCC  47

seq1  CAGAGAGGTCTGAATTATGCCCCACCAAGGTATCCTTGGTCTAAGCCTTG  100
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGAGAGGTCTGAA-TATG-CCCACCAAGGTATCCTTGGTCTAAG-CTTG  94

seq1  GGTAGAATCGCCCCTATACATGTGCCCCTCTGGAT-ATCCCTTTCTGCTG  149
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTAGAATCG-CCCTATACATGTGCCCCTCTGGATAATCCCTTTCTGCTG  143

seq1  GCCTGGGGATACTGGATGGGGTGGCAGAGAATCCTTAGCTTATCTGATTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGGATACTGGATGGGGTGGCAGAGAATCGTTAGCTTATCTGATTG  193

seq1  TTGCATCACCATGGTGTGTGAGTCCTAAGCCCAGGCAGAGCTCTGATGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCACCATGGTGTGTGAGTCCTAAGCCCAGGCAGAGCTCTGATGTC  243

seq1  CCTGATAGTGACCAGTCTTACAGTCCCATGGTATTTATTAATTTTACTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATAGTGACCAGTCTTACAGTCCCATGGTATTTATTAATTTTACTCT  293

seq1  TATAAAGATGGTGTTTGCGGCCATGTGGCAATGGCACACATGGCAGACAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGATGGTGTTTGCGGCCATGTGGCAATGGCACACATGGCAGACAG  343

seq1  TTGATGGAGTTTAAGGTCAGCTTGGACTACAGAGTGAATATCAGGACATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGAGTTTAAGGTCAGCTTGGACTACAGAGTGAATATCAGGACATG  393

seq1  CAGAGCTACATACACAGTGAAACCCTTTCTCAAAAAGCAAGCAAGCAAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTACATACACAGTGAAACCCTTTCTCAAAAAGCAAGCAAGCAAAC  443

seq1  AAACAAAAAAACCAAACCAGAGCAACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAAACCAAACCAGAGCAACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAG  493

seq1  ACAGATGGAGATGGAGATGTAGGAAACACCAATGCGCAGTGATCTAGTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGAGATGGAGATGTAGGAAACACCAATGCGCAGTGATCTAGTTC  543

seq1  TATGCTGATTTTGTAATGAAGACAATAAATTCATGAGTTCTTCCTCACGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGATTTTGTAATGAAGACAATAAATTCATGAGTTCTTCCTCACGT  593

seq1  AAAAAGAAGTGTGTGCGTGTGTATGTCCCTACACTCATGCAAGTCAGAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAGTGTGTGCGTGTGTATGTCCCTACACTCATGCAAGTCAGAGT  643

seq1  GCAATTAGCAAAAGTCACTTTTTTCACCTACCATGTCAGATGATTACATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAGCAAAAGTCACTTTTTTCACCTACCATGTCAGATGATTACATT  693

seq1  TATGTAGCTGCTTTCCCCCTTATCATATAACTTATGCTGAATTTCCACTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGCTGCTTTCCCCCTTATCATATAACTTATGCTGAATTTCCACTT  743

seq1  TAGGCAACCATGTGCAAGAGCAGTGGTGCTCAGCCTTTCTAATCCTAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAACCATGTGCAAGAGCAGTGGTGCTCAGCCTTTCTAATCCTAAGA  793

seq1  CCTTTTATCACAGTTCCTCTAGTTATGGTGATCCCCAGCCATAAATTATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTATCACAGTTCCTCTAGTTATGGTGATCCCCAGCCATAAATTATC  843

seq1  ATTTCTACTTCATAACTGTAGTTTCACTACAGTCATGAATCGTAGTGTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTACTTCATAACTGTAGTTTCACTACAGTCATGAATCGTAGTGTAA  893

seq1  ATATCTGTGTTTCCTGATGGTCTTACATATCTTCTAAGAGATCATGACCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGTGTTTCCTGATGGTCTTACATATCTTCTAAGAGATCATGACCC  943

seq1  ACAGGTTGAGAACCAATGTGCTAGAGTGTTATGTCTTCTGACCATCACTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTGAGAACCAATGTGCTAGAGTGTTATGTCTTCTGACCATCACTG  993

seq1  TATTTTTGTTTGAAGTTGTGTTGTTTTGTTGTTGTTTGAGGCCGGATCTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGTTTGAAGTTGTGTTGTTTTGTTGTTGTTTGAGGCCGGATCTC  1043

seq1  TCCATGTAGCCCTCCCTGGCTGTCCATGTAGCTCTGTCTGTAGACCCCGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTAGCCCTCCCTGGCTGTCCATGTAGCTCTGTCTGTAGACCCCGT  1093

seq1  TAGCATTGAATTC  1112
      |||||||||||||
seq2  TAGCATTGAATTC  1106

seq1: chr7_10481203_10482247
seq2: B6Ng01-016K24.g_68_1105

seq1  GAATTCTTTGCCAGAGATCTAATGCCAATTTAAATTCTGACTCTAAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCCAGAGATCTAATGCCAATTTAAATTCTGACTCTAAATAG  50

seq1  TTAGTTATACACTCACAGGTAGTCAAATGGCGAACTCCACATACTGGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTATACACTCACAGGTAGTCAAATGGCGAACTCCACATACTGGATT  100

seq1  GGAGTTTTTCATCCTTTCTCGTTGCTAAAATGTCATGAGTAGTCAGGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTTTCATCCTTTCTCGTTGCTAAAATGTCATGAGTAGTCAGGCTA  150

seq1  AGGATGGTATTTCATGCCTTTGCAAAAAAAAAAAAAAATACCCCAGATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGTATTTCATGCCTTTGCAAAAAAAAAAAAAAATACCCCAGATAT  200

seq1  TTAAAAGCTGGGTTATAGAGAAATGTTGTTAAAATTTCTTTCTAAAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGCTGGGTTATAGAGAAATGTTGTTAAAATTTCTTTCTAAAACCT  250

seq1  CACAGTTTATCACTGATGACTAAATTTATATAACTACTATGACTGTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTTATCACTGATGACTAAATTTATATAACTACTATGACTGTAAAT  300

seq1  AATAATGCTGTTATTTCAGTTTACCAATGATAATGTAAAATTGTGACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGCTGTTATTTCAGTTTACCAATGATAATGTAAAATTGTGACCAA  350

seq1  GATGAAGATAACTCCTATCCGGAGACAGAAATAATATGCTCTATGTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGATAACTCCTATCCGGAGACAGAAATAATATGCTCTATGTTTTG  400

seq1  GAACAGCATGAACAAATCTTTTCTTGCTGAGCTTGGTATAAATAATGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCATGAACAAATCTTTTCTTGCTGAGCTTGGTATAAATAATGAAA  450

seq1  CACTCTGACTGACAGTCAGTCAAGGCTGTAAGATTCTCTCTTCCATCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGACTGACAGTCAGTCAAGGCTGTAAGATTCTCTCTTCCATCATG  500

seq1  CCCGACTTAATTCTAGATGGCCTTCTCTATTCCTCCATGAAGGTATCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGACTTAATTCTAGATGGCCTTCTCTATTCCTCCATGAAGGTATCTGT  550

seq1  CAACTTCTGGTGGTAGTCCCTAGTTGAAAGCCTATCATATTTCTGAATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCTGGTGGTAGTCCCTAGTTGAAAGCCTATCATATTTCTGAATAG  600

seq1  TAAGTATCCTGGAACAACCTAGATTGACATAAGCATAAGTCCAACCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATCCTGGAACAACCTAGATTGACATAAGCATAAGTCCAACCACAT  650

seq1  CCATTAACTTTCTTAATAGCTATCAAATTCCCCCAAAGAGACATGATGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAACTTTCTTAATAGCTATCAAATTCCCCCAAAGAGACATGATGTT  700

seq1  AAGAATTTCTGTCCCATGATAACTCACACGTGGAGATAAGAAGCTGTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTCTGTCCCATGATAACTCACACGTGGAGATAAGAAGCTGTCCA  750

seq1  GGTACTTCCAGAAACTTATAGATACCCCCCAATTGGGTCCTGTAAGCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTTCCAGAAACTTATAGATACCCCCCAATTGGGTCCTGTAAGCAGA  800

seq1  AACGAACACATACTCTCTTCATTACAGAAATAATTAGGGATAGGGCTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AACGAACACATACTCTCTTCATTACAGAAATAA-TAGGGATAGGGCTGTG  849

seq1  TTTTTTTTATGTAATAAATATGGTGTAGGTATTATAGTTTTTCCATCACA  900
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -TTTTTTTATGTAATAAATATGGTGTAGGTATTATAGTTTTTCCATCACG  898

seq1  ACCGCCTAAAGTGTATCTTATGATCAAAGACATATTT-GGTAAAAGATCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ACCGCCTAAAGTGTATCTTATGATCAAAGACATATTTGGGTAAGAGATCA  948

seq1  GGATTCTTGCTGATTTCATCCATTGAAAAGGCCAATGCCAACGCATATTT  999
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GGATTCTTGCTGATTTCAT-CATTGAAAAGGCC-ATGCCAACGCAAATTT  996

seq1  GTGGTTTTTAGTTGTTTTTCTGTAAAAGAGTACAGTGTTTATTATG  1045
      ||||  ||||||||||||||||| |   ||  || |||||||||||
seq2  GTGG-ATTTAGTTGTTTTTCTGTTA---AGATCACTGTTTATTATG  1038