BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020M18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 47,533,962 - 47,733,640
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG628058, EG668618, EG330513, EG434168, 9430025M13Rik, LOC100038985, 3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133, LOC100039050, EG668540, 4930558N11Rik, EG628161
Downstream geneLOC100039094, 2900093B09Rik, 4930433I11Rik, EG233164, LOC668555, EG627987, LOC100039269, LOC545955, EG628304, LOC668561, EG434172, LOC100039221, LOC668565, AI987944, EG269902
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020M18.bB6Ng01-020M18.g
ACCDH853490DH853491
length1,0461,100
definitionDH853490|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020M18, 5' end.DH853491|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020M18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,732,580 - 47,733,640)(47,533,962 - 47,535,088)
sequence
gaattctgtggcacttatctctcccatagaacagtgtgaggccaacatga
tagcattccagatgactattccaaatctcaagatagatagtgtggaaacc
cacacactcagagtgccaggagtcaggctcttacaggtgaggtgccagag
acatgggttgctttgttgggagaatgttggcctctctgctcagcacaaat
aattaaatgtgttcctacaaacctatgactctcactctccaaaccaaatg
aatagaaggataaagaagagaaaataggacagaagagaaaaaagacagac
agaaagtaaggataacaaagatccagtaagaattctattcattttgcata
ctttgcaaaattgtgctaagggccaccaagggtctttgttatttttatgt
gataacaataaaaaaaaaaaaaaaccacttggcactccctcctgggctac
ccctgaaagcttacagtcactcatctttttagcataaagaagcatctttc
caggacttcattccattataataaacacaacccttaaaactgctcccaga
aggccttgtctttaatccacagtctgtgccttctccaactacctgtagca
tctttgcctgttttgtgtctattatggccattgggggctactgtcttggg
aatgaatgttagctgagtatgacttttcagtgttttgtttgtttgcttgc
tttaataagctcccagcataagaaaagctcagcatcacactatgaaatat
agatacaagttcaccagaatattggagttttgtgaaaagaagcactggga
aatctgttataggccttggaggtgctgctcccatttgttttgggatgtgg
tattatcttgaaacaccattagactcggttctctagagaaacagatccaa
cagagggatactgaggtagagagacagatagatcagagaagaggtagaga
taggtagaatggtagagatagaaatagagataggcgatgagaaagactag
agcaaacagatacggaaaggacgtagatagagagggagagtctgtg
gaattctgtgttcaaattgattcaacagccagaacgagtcagaagggaaa
ggagccggaagctggtgactacattgtagatagaaattacatgccttctg
aaaataagttgtgttgctataaaggatcttgtttatgaatgaaactgatt
gtattttccctttggccacttgtggtctttatcctggtaagaagagagtc
tcagctcacaggaccccagccttcctcattataatgcacacaaggtccta
gttcatacaaccccagctttccttaactagctgcttgcttagtgactgtt
tttattcagggtctgatttgggggggaagcgggggaatcagcaagtgatg
ggaagagccatgtagaaggagagtatgtatgtgacttactgattttgcat
gatgtcttataagctatgtgcaatctgacagtggctctcttcctgctgtg
tcttttagtgatgtctacattttggaatctgtatctattgccctatgaac
tgcaaactgaactaactggtgtcagattccttctgaaacccagagtcaga
cgtagatactttatggaagtaggactctatgcagacattagaattaagtg
gagagctggaacactgtgataatcttcgtgaaaatctactaacagcgaga
atgtaaagaattaacagttgtggctaggccttcaggctcagcaagtggag
acgttatcaacccatgcctctggtgagctctggcaagcagcagaagactt
aaggtcttgcagcccaagaagtcatgagagccaaatctctgctttgttgt
agttgaagagggatggccacgatccttctgtcttttgctgtctcacatct
ctggggacataacttgggttgcctccagtccagaggactctgaaagatac
aaaccaaggtggctgacattttgcaggagcaaagatgcttcatctagcct
cccgatactactattctggaggtggggcatatggtgcagcaatacctcac
tctccccagtgagtggctatagtgtatgctagcatttctgatctatgggc
tattagtcacttttcgttgcatgatcatactgacaagcaacctaggaaaa

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_47732580_47733640
seq2: B6Ng01-020M18.b_43_1088 (reverse)

seq1  CACAGAACATCTCCCTCTCTATCTACGGTTCTTTTCTGTATCTGTCTGCT  50
      ||||||   ||||||||||||||||||  || |||| |||||||| ||||
seq2  CACAGA--CTCTCCCTCTCTATCTACG--TCCTTTCCGTATCTGTTTGCT  46

seq1  CTATGTCTTTTCTCATCTGCCTATCTCTATTTCTATCTCTACCATTTCTA  100
      ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTA-GTC-TTTCTCATC-GCCTATCTCTATTTCTATCTCTACCA-TTCTA  92

seq1  CCTATCTCTACCTTCTGTCTCTGATTCTATCTGTCTTCTCTACCTCAGTA  150
      |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTATCTCTACC-TCT-TCTCTGA-TCTATCTGTC-TCTCTACCTCAGTA  138

seq1  TCCCTCCTGTTGGTTCTGTTTCTCTAGAGAACCGAGTCTAATGGTGTTTT  200
      ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCCT-CTGTTGGATCTGTTTCTCTAGAGAACCGAGTCTAATGGTG-TTT  186

seq1  CAAGATAATTACCACATCCCAAAACAAATGGGAGCAGCACCTCCAAGGCC  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAA-TACCACATCCCAAAACAAATGGGAGCAGCACCTCCAAGGCC  235

seq1  TATAACAGATTTCCCAGTGCTTCTTTTCACAAAACTCCAATATTCTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAGATTTCCCAGTGCTTCTTTTCACAAAACTCCAATATTCTGGTG  285

seq1  AACTTGTATCTATATTTCATAGTGTGATGCTGAGCTTTTCTTATGCTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTATCTATATTTCATAGTGTGATGCTGAGCTTTTCTTATGCTGGG  335

seq1  AGCTTATTAAAGCAAGCAAACAAACAAAACACTGAAAAGTCATACTCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATTAAAGCAAGCAAACAAACAAAACACTGAAAAGTCATACTCAGC  385

seq1  TAACATTCATTCCCAAGACAGTAGCCCCCAATGGCCATAATAGACACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTCATTCCCAAGACAGTAGCCCCCAATGGCCATAATAGACACAAA  435

seq1  ACAGGCAAAGATGCTACAGGTAGTTGGAGAAGGCACAGACTGTGGATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAAAGATGCTACAGGTAGTTGGAGAAGGCACAGACTGTGGATTAA  485

seq1  AGACAAGGCCTTCTGGGAGCAGTTTTAAGGGTTGTGTTTATTATAATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGGCCTTCTGGGAGCAGTTTTAAGGGTTGTGTTTATTATAATGGA  535

seq1  ATGAAGTCCTGGAAAGATGCTTCTTTATGCTAAAAAGATGAGTGACTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTCCTGGAAAGATGCTTCTTTATGCTAAAAAGATGAGTGACTGTA  585

seq1  AGCTTTCAGGGGTAGCCCAGGAGGGAGTGCCAAGTGGTTTTTTTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCAGGGGTAGCCCAGGAGGGAGTGCCAAGTGGTTTTTTTTTTTTT  635

seq1  TTATTGTTATCACATAAAAATAACAAAGACCCTTGGTGGCCCTTAGCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTATCACATAAAAATAACAAAGACCCTTGGTGGCCCTTAGCACA  685

seq1  ATTTTGCAAAGTATGCAAAATGAATAGAATTCTTACTGGATCTTTGTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCAAAGTATGCAAAATGAATAGAATTCTTACTGGATCTTTGTTAT  735

seq1  CCTTACTTTCTGTCTGTCTTTTTTCTCTTCTGTCCTATTTTCTCTTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTTTCTGTCTGTCTTTTTTCTCTTCTGTCCTATTTTCTCTTCTTT  785

seq1  ATCCTTCTATTCATTTGGTTTGGAGAGTGAGAGTCATAGGTTTGTAGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCTATTCATTTGGTTTGGAGAGTGAGAGTCATAGGTTTGTAGGAA  835

seq1  CACATTTAATTATTTGTGCTGAGCAGAGAGGCCAACATTCTCCCAACAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTAATTATTTGTGCTGAGCAGAGAGGCCAACATTCTCCCAACAAA  885

seq1  GCAACCCATGTCTCTGGCACCTCACCTGTAAGAGCCTGACTCCTGGCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCATGTCTCTGGCACCTCACCTGTAAGAGCCTGACTCCTGGCACT  935

seq1  CTGAGTGTGTGGGTTTCCACACTATCTATCTTGAGATTTGGAATAGTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGTGTGGGTTTCCACACTATCTATCTTGAGATTTGGAATAGTCAT  985

seq1  CTGGAATGCTATCATGTTGGCCTCACACTGTTCTATGGGAGAGATAAGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATGCTATCATGTTGGCCTCACACTGTTCTATGGGAGAGATAAGTG  1035

seq1  CCACAGAATTC  1061
      |||||||||||
seq2  CCACAGAATTC  1046

seq1: chr7_47533962_47535088
seq2: B6Ng01-020M18.g_68_1167

seq1  GAATTCTGTGTTCAAATTGATTCAACAGCCAGAACGAGTCAGAAGGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTTCAAATTGATTCAACAGCCAGAACGAGTCAGAAGGGAAA  50

seq1  GGAGCCGGAAGCTGGTGACTACATTGTAGATAGAAATTACATGCCTTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCGGAAGCTGGTGACTACATTGTAGATAGAAATTACATGCCTTCTG  100

seq1  AAAATAAGTTGTGTTGCTATAAAGGATCTTGTTTATGAATGAAACTGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGTTGTGTTGCTATAAAGGATCTTGTTTATGAATGAAACTGATT  150

seq1  GTATTTTCCCTTTGGCCACTTGTGGTCTTTATCCTGGTAAGAAGAGAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTCCCTTTGGCCACTTGTGGTCTTTATCCTGGTAAGAAGAGAGTC  200

seq1  TCAGCTCACAGGACCCCAGCCTTCCTCATTATAATGCACACAAGGTCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCACAGGACCCCAGCCTTCCTCATTATAATGCACACAAGGTCCTA  250

seq1  GTTCATACAACCCCAGCTTTCCTTAACTAGCTGCTTGCTTAGTGACTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATACAACCCCAGCTTTCCTTAACTAGCTGCTTGCTTAGTGACTGTT  300

seq1  TTTATTCAGGGTCTGATTTGGGGGGGAAGCGGGGGAATCAGCAAGTGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCAGGGTCTGATTTGGGGGGGAAGCGGGGGAATCAGCAAGTGATG  350

seq1  GGAAGAGCCATGTAGAAGGAGAGTATGTATGTGACTTACTGATTTTGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGCCATGTAGAAGGAGAGTATGTATGTGACTTACTGATTTTGCAT  400

seq1  GATGTCTTATAAGCTATGTGCAATCTGACAGTGGCTCTCTTCCTGCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTTATAAGCTATGTGCAATCTGACAGTGGCTCTCTTCCTGCTGTG  450

seq1  TCTTTTAGTGATGTCTACATTTTGGAATCTGTATCTATTGCCCTATGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAGTGATGTCTACATTTTGGAATCTGTATCTATTGCCCTATGAAC  500

seq1  TGCAAACTGAACTAACTGGTGTCAGATTCCTTCTGAAACCCAGAGTCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACTGAACTAACTGGTGTCAGATTCCTTCTGAAACCCAGAGTCAGA  550

seq1  CGTAGATACTTTATGGAAGTAGGACTCTATGCAGACATTAGAATTAAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGATACTTTATGGAAGTAGGACTCTATGCAGACATTAGAATTAAGTG  600

seq1  GAGAGCTGGAACACTGTGATAATCTTCGTGAAAATCTACTAACAGCGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGGAACACTGTGATAATCTTCGTGAAAATCTACTAACAGCGAGA  650

seq1  ATGTAAAGAATTAACAGTTGTGGCTAGGCCTTCAGGCTCAGCAAGTGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAGAATTAACAGTTGTGGCTAGGCCTTCAGGCTCAGCAAGTGGAG  700

seq1  ACGTTATCAACCCATGCCTCTGGTGAGCTCTGGCAAGCAGCAGAAGACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTATCAACCCATGCCTCTGGTGAGCTCTGGCAAGCAGCAGAAGACTT  750

seq1  AAGGTCTTGCAGCCCAAGAAGTCAGGAGAGCCAAATCTCTGCTTTGTGGT  800
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGGTCTTGCAGCCCAAGAAGTCATGAGAGCCAAATCTCTGCTTTGTTGT  800

seq1  AGTTGAAGAGGGATGGCCACGATCCTTCTGTCTTTTGCTGTCTCACATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAGAGGGATGGCCACGATCCTTCTGTCTTTTGCTGTCTCACATCT  850

seq1  CTGGGGACATAACTTGGGTTTGCCTCCAGTCCAAGAGGACTCTGAAAGAT  900
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACATAACTTGGG-TTGCCTCCAGTCC-AGAGGACTCTGAAAGAT  898

seq1  ACAAACCAAGGGTGGCTGACAATTTTGCCAGGAAGCAAAAGATGCTTCAT  950
      ||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||
seq2  ACAAACCAA-GGTGGCTGAC-ATTTTG-CAGG-AGC-AAAGATGCTTCAT  943

seq1  CTAGCTCCCCGATAACTACTTATTCTGGAGGTGGGGCATAATGGTGCAGC  1000
      |||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTAGCCTCCCGAT-ACTAC-TATTCTGGAGGTGGGGCAT-ATGGTGCAGC  990

seq1  AATTACCTCAACTC-CCCCAGTGAGTGGCTATAAGTGTATGCTTAGCATT  1049
      || |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AA-TACCTC-ACTCTCCCCAGTGAGTGGCTAT-AGTGTATGC-TAGCATT  1036

seq1  TCTGAGCCTATGGTGCTTATATTAGTCACTTTTCTGTTGCCATGATCAAA  1099
      |||||  |||||| ||   ||||||||||||||| |||| |||||||| |
seq2  TCTGA-TCTATGG-GC---TATTAGTCACTTTTC-GTTG-CATGATCATA  1079

seq1  TACCCTGACAAAAGCAACTTAAGGAAAA  1127
          |||||  ||||||| | |||||||
seq2  ----CTGAC--AAGCAACCT-AGGAAAA  1100