BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026C09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 107,697,472 - 107,787,719
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrpl48, LOC100041155, Rab6, LOC100041167
Upstream geneArrb1, EG245190, Slco2b1, Olfr520, Olfr521, Neu3, Spcs2, Xrra1, EG330602, Chrdl2, Pold3, 2610209A20Rik, Kcne3, LOC631577, Pgm2l1, Gpx2-ps1, P4ha3, Ppme1, AU020772, Ucp3, Ucp2, Dnajb13, LOC667112, Chchd8
Downstream genePlekhb1, B930006L02Rik, LOC100041204, Tnfrsf19l, Arhgef17, P2ry6, P2ry2, LOC100049539, EG435996, Fchsd2, EG622673, Atg16l2, Stard10, Centd2, Pde2a, Art2a, EG630138, Art2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026C09.bB6Ng01-026C09.g
ACCDH857273DH857274
length1,1431,030
definitionDH857273|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026C09, 5' end.DH857274|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,786,561 - 107,787,719)(107,697,472 - 107,698,504)
sequence
gaattctgacatctctgacaagccccttatacttgatttcagaacctatt
cagtcatatattctctctctctttgttttccaagacaaagtttctgtgta
atagccttggctgtcctggagctcacactgcagaccaggttggcctcagc
tcagagatccaccttcagagtatacactgaagctgtacagatggttgtga
gccttcaactgcttgttggtaattgaatttaggacttctgctcactccgt
aaaccctactcactctggtcactccactcggtaagtccctgcttgctccc
acccaaagatttatttattattataaataagtgcattgtagctatcttca
gatacaccagaagagagtgtcagatctcataaccagtggttttgagacac
catgtggttgctaggatttgaactcaggacctttggaagagcagtcagtg
ctcttactcgctgagctatctcaccagcctgaagaggacatttctttttt
gttttttaaatagctgattaatttattatttttaaaaaaatttttactag
gtattttcctcatttacatttccaatgctatcccaaaagtcccccatacc
ctcccccccctaccctactcacccactcccactttttggccctggagttc
ccctgtactggggcatataaagtttgcatgaccaatgagcctctctttcc
actgatggccaggccatcttctgatacatatgcagctagagacacgagct
ctgggggtactgtttagttcatattgttgttccacctatagggttgcaga
tccctttagctccttggatactttctctagctcctccattgggggtaaag
atgacatttcttaaagaattatatatagtaagtatctgaccatatcctac
aaataactcaaataaggggaaatttaattttaatgttactctactcagta
gacttactgttattaaagtaataaatacttagaaataaaaatcattgact
acaggtgtcatgagtcttcagcttaataaatgtctttataagagaaaaca
gttgaagtgaatacatgaaaacccccatcaaactcttggaatattaaatg
ggtttcatacatcctttctaactaaaagcctatgatacagttc
gaattcactctaaaacagtatggtaggatgagaacatgttcagacaaaga
gaaacagaattccttaaagatacctcacaagataactgataaacacacac
agccaaagccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaa
acacacacacactggcaacagcagacatttattaggtggagaaggtccta
ggttttgttatgggaagtggtaactggcaagcccggggcacagatgcaag
gaggcattcccagcacgagcattcacgctcctccttaaccctgatcttgc
aggagcagcttctcggagaccaacaatcacatgaagggcttgcagtattt
ttagttcaacttggccaacaactcttccagttccggccgagctttgaacc
ttcccttgaagtcttcttcagtgtgctgggacaaggggaaaaaaaaggca
gtcaccacagagcagtttttacccccacacacaggcattcaaaaagggcc
catggtaagctccacaatgggtcactcacagtcagcccttgtagtatgta
gcatgatatagacctgaatcgggtaccaggaataaaggccaaagcacatt
tcctcttagtgtgctgagacaagacagatatgtaagcgactactgtcagg
atgctagacgtatcacatgatcatggcggtggctagggccttccacatat
gaggtaaacactatcactgagccataagggtctaggaatttgtttatttt
gtttttgtttttaattacatctatttttgttgtgcatgcatccacatggg
aagtcagatggcaacatttgggagtcagttctcttctttcacaatgtggt
tctgggacctgaccttcagcatctggtttgtaaagtacctcagtctgact
gctctgtctgctgagtgctgggatacatgtagtattttagtatgaccagc
acattttaccctaccacagatctcttaaaactgaaataactacaagataa
ccagggacagaaccggggggggtggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_107786561_107787719
seq2: B6Ng01-026C09.b_47_1189 (reverse)

seq1  GAACTGTATCATAGCTTCTTAGTTTAGAAAAAGGATGTAATGAAACACAT  50
      ||||||||||||||  | ||||||   | ||||||||| ||||||| |||
seq2  GAACTGTATCATAGGCTTTTAGTT---AGAAAGGATGT-ATGAAACCCAT  46

seq1  TTAATGATTTCTAAGAGTTTTGATTGGTGGTTTTCATTGTATTTACCTTC  100
      |||||   ||| ||||| ||||| ||| |||||||| |||||| | ||||
seq2  TTAAT--ATTCCAAGAG-TTTGA-TGGGGGTTTTCA-TGTATTCA-CTTC  90

seq1  TACTGTTTTCTCTTATAAAGACATTTATTAAGCTGAAGACTTCATGACA-  149
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  AACTGTTTTCTCTTATAAAGACATTTATTAAGCTGAAGAC-TCATGACAC  139

seq1  CTGTAGTCAATGATTTTTATTTCTAAGTATTTATTACTTTTAATAACAGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGTAGTCAATGATTTTTATTTCTAAGTATTTATTAC-TTTAATAACAGT  188

seq1  AAGTTCTACTGAGTTAGAGTAACATTTAAAATTAAAATTTCCCCTTATTT  249
      ||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAG-TCTACTGAG-TAGAGTAACA-TTAAAATT-AAATTTCCCCTTATTT  234

seq1  GAGTTATTTTGTAGGATATGGTCAGATACTTACTATATATAATTCTTTAA  299
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTA-TTTGTAGGATATGGTCAGATACTTACTATATATAATTCTTTAA  283

seq1  GAAATGTCATCTTTACCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCATCTTTACCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGA  333

seq1  GCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAAACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAAACA  383

seq1  GTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCT  433

seq1  GGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCTCATTGGTCATGCAAACTTTATATGCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCTCATTGGTCATGCAAACTTTATATGCCC  483

seq1  CAGTACAGGGGAACTCCAGGGCCAAAAAGTGGGAGTGGGTGAGTAGGGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACAGGGGAACTCCAGGGCCAAAAAGTGGGAGTGGGTGAGTAGGGTA  533

seq1  GGGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATG  583

seq1  AGGAAAATACCTAGTAAAAATTTTTTTAAAAATAATAAATTAATCAGCTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAATACCTAGTAAAAATTTTTTTAAAAATAATAAATTAATCAGCTA  633

seq1  TTTAAAAAACAAAAAAGAAATGTCCTCTTCAGGCTGGTGAGATAGCTCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAACAAAAAAGAAATGTCCTCTTCAGGCTGGTGAGATAGCTCAG  683

seq1  CGAGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCTAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCTAG  733

seq1  CAACCACATGGTGTCTCAAAACCACTGGTTATGAGATCTGACACTCTCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACATGGTGTCTCAAAACCACTGGTTATGAGATCTGACACTCTCTT  783

seq1  CTGGTGTATCTGAAGATAGCTACAATGCACTTATTTATAATAATAAATAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTATCTGAAGATAGCTACAATGCACTTATTTATAATAATAAATAA  833

seq1  ATCTTTGGGTGGGAGCAAGCAGGGACTTACCGAGTGGAGTGACCAGAGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGGGTGGGAGCAAGCAGGGACTTACCGAGTGGAGTGACCAGAGTG  883

seq1  AGTAGGGTTTACGGAGTGAGCAGAAGTCCTAAATTCAATTACCAACAAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGGTTTACGGAGTGAGCAGAAGTCCTAAATTCAATTACCAACAAGC  933

seq1  AGTTGAAGGCTCACAACCATCTGTACAGCTTCAGTGTATACTCTGAAGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAGGCTCACAACCATCTGTACAGCTTCAGTGTATACTCTGAAGGT  983

seq1  GGATCTCTGAGCTGAGGCCAACCTGGTCTGCAGTGTGAGCTCCAGGACAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTCTGAGCTGAGGCCAACCTGGTCTGCAGTGTGAGCTCCAGGACAG  1033

seq1  CCAAGGCTATTACACAGAAACTTTGTCTTGGAAAACAAAGAGAGAGAGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCTATTACACAGAAACTTTGTCTTGGAAAACAAAGAGAGAGAGAA  1083

seq1  TATATGACTGAATAGGTTCTGAAATCAAGTATAAGGGGCTTGTCAGAGAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGACTGAATAGGTTCTGAAATCAAGTATAAGGGGCTTGTCAGAGAT  1133

seq1  GTCAGAATTC  1159
      ||||||||||
seq2  GTCAGAATTC  1143

seq1: chr7_107697472_107698504
seq2: B6Ng01-026C09.g_67_1095

seq1  GAATTCACTCTAAAACAGTATGGTAGGATGAGAACATGTTCAGACAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTAAAACAGTATGGTAGGATGAGAACATGTTCAGACAAAGA  50

seq1  GAAACAGAATTCCTTAAAGATACCTCACAAGATAACTGATAAACACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAATTCCTTAAAGATACCTCACAAGATAACTGATAAACACACAC  100

seq1  AGCCAAAGCCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAGCCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAA  150

seq1  ACACACACACACTGGCAACAGCAGACATTTATTAGGTGGAGAAGGTCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACTGGCAACAGCAGACATTTATTAGGTGGAGAAGGTCCTA  200

seq1  GGTTTTGTTATGGGAAGTGGTAACTGGCAAGCCCGGGGCACAGATGCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTTATGGGAAGTGGTAACTGGCAAGCCCGGGGCACAGATGCAAG  250

seq1  GAGGCATTCCCAGCACGAGCATTCACGCTCCTCCTTAACCCTGATCTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATTCCCAGCACGAGCATTCACGCTCCTCCTTAACCCTGATCTTGC  300

seq1  AGGAGCAGCTTCTCGGAGACCAACAATCACATGAAGGGCTTGCAGTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGCTTCTCGGAGACCAACAATCACATGAAGGGCTTGCAGTATTT  350

seq1  TTAGTTCAACTTGGCCAACAACTCTTCCAGTTCCGGCCGAGCTTTGAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTCAACTTGGCCAACAACTCTTCCAGTTCCGGCCGAGCTTTGAACC  400

seq1  TTCCCTTGAAGTCTTCTTCAGTGTGCTGGGACAAGGGGAAAAAAAAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGAAGTCTTCTTCAGTGTGCTGGGACAAGGGGAAAAAAAAGGCA  450

seq1  GTCACCACAGAGCAGTTTTTACCCCCACACACAGGCATTCAAAAAGGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACAGAGCAGTTTTTACCCCCACACACAGGCATTCAAAAAGGGCC  500

seq1  CATGGTAAGCTCCACAATGGGTCACTCACAGTCAGCCCTTGTAGTATGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAAGCTCCACAATGGGTCACTCACAGTCAGCCCTTGTAGTATGTA  550

seq1  GCATGATATAGACCTGAATCGGGTACCAGGAATAAAGGCCAAAGCACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATATAGACCTGAATCGGGTACCAGGAATAAAGGCCAAAGCACATT  600

seq1  TCCTCTTAGTGTGCTGAGACAAGACAGATATGTAAGCGACTACTGTCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTAGTGTGCTGAGACAAGACAGATATGTAAGCGACTACTGTCAGG  650

seq1  ATGCTAGACGTATCACATGATCATGGCGGTGGCTAGGGCCTTCCACATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGACGTATCACATGATCATGGCGGTGGCTAGGGCCTTCCACATAT  700

seq1  GAGGTAAACACTATCACTGAGCCATAA-GGTCTAGGAATTTGTTTATTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAACACTATCACTGAGCCATAAGGGTCTAGGAATTTGTTTATTTT  750

seq1  GTTTTTGTTTTTAATTACATCTATTTTTGTTGTGCATGCATCCACATGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTTTTTAATTACATCTATTTTTGTTGTGCATGCATCCACATGGG  800

seq1  AAGTCAGATGGCAACATTTGGGAGTCAGTTCTCTTCTTCCACAATGTGGT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGTCAGATGGCAACATTTGGGAGTCAGTTCTCTTCTTTCACAATGTGGT  850

seq1  CCTGGGACCTGACCTCAAGCCATCTGGTTTGTAAAGTACCTCAGTCTGAC  899
       ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGACCTGACCTTCAG-CATCTGGTTTGTAAAGTACCTCAGTCTGAC  899

seq1  TGCTCTGCCTGCTGAGTGCTGGGATTACATGTAGTATTTTTAGTATGACC  949
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGCTCTGTCTGCTGAGTGCTGGGA-TACATGTAGTA-TTTTAGTATGACC  947

seq1  AGCACATTTTACCCTACCCACAGATCTCTGTAAAACTGAAATAACTACCA  999
      |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AGCACATTTTACCCTA-CCACAGATCTCT-TAAAACTGAAATAACTACAA  995

seq1  GATAAGCAGGGACAGAACCGGGGGGGGGGGGGGG  1033
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATAACCAGGGACAGAACCGGGGGGGGTGGGGGG  1029