BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028G15
Chromosome7 (Build37)
Map Location 130,637,279 - 130,805,317
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZkscan2, LOC100043482
Upstream genePrkcb1, Cacng3, 4930413G21Rik, Rbbp6, LOC628696, LOC100042977, LOC100042981, Tnrc6a, Slc5a11, Arhgap17, Lcmt1, Aqp8
Downstream geneEG628779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028G15.bB6Ng01-028G15.g
ACCDH858898DH858899
length1,1391,067
definitionDH858898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028G15, 5' end.DH858899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028G15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,637,279 - 130,638,435)(130,804,230 - 130,805,317)
sequence
gaattcaggttctcatgtaagcactttacgaactgagcaatctctccagc
ttatccacctttttgtatgttgggggatcaagtgtttcactgttgggtag
gctacactgggcagtgagctcctgggatctgccggcctctgcctccccat
cttgggtttacaacatgccaccacgcctggcttttaaaactgtgggcttt
aaatggcaagcccgtgtctccatgcttgcaagtgagttactgactgagct
gcttccccagcctcggcctataatattacaccagtctgacttctgaataa
aagctcccacgggaatggatcacacttatcgctcctgttaaagcagacgg
agacagcctctgataatcggcttatagagtgacactccagtggtcacgtg
tgcctgtgcacttgtctatttaaataattcacaatgtgctaccaaggtta
ttgaatttaaattactttttatttattaagatttctacccatccaacaaa
cctgttaggcagctctatgctaggtgttgaggtcattatgattaaataga
aacaagctgtacaaagacctggtgacttcacaggcattcagctgatggat
gtgagtttgcatttcctgtagtataaatatggtactcatatctaactcct
gttcggtgctccaattactgttctgatattcttactagaaagagcacatg
aaaaaggaaagggaacagatatgtagctccactgggtgatccgtgtgaat
ctgttaagccagggcttctcaaccttcctaatccagcaaccctttattta
atacagtttctcatgttctgatgacccccaaccaaaaagttctttttgtc
gctactccacaactgtgcttgtgaattgtaatgagaatatttttggagat
taacaggtttgccaaaggggcttcaacccacaggttgagaattgctgctt
tagcatacatttacaactattatcaccagtaagaattacatatatgaaat
ctgctggtttattattttaaaggataatgcttacccagggaaacatgctc
cctgcactttcttcctgaattctggtgaagacctcttgtcgccggacctg
cttacctttttgtagaaagctctctcctgtgtggaatct
gaattcacttttattacataactaccaattaactgaatgaccagaatata
cttaatggctattaaactagtagactttgagcatgggaagatctgcacac
catcactaatcatcttgaaagtgtaactggcacaatgtccctgaaataca
gaatattctggagttacatgagtaaatacgggtcaaagtattcctaatat
gtttatatcaagaatatctgtataaacagtagctgctgtctcagtaaaat
ttggaagttcccattggaatctaaactagtactgacaattaagttagtat
cctcataactcaccctttatgaccacatctatttcaagtggctggcttta
tttatgaatcagacaccaccacgaataattactgtttgtgagagagggat
ctaaattgagacttcaaggatgtagcctcctctcacctttctaggagaca
caacctcacggcaaatttcctattcctctgactcttaagtattttttcac
cctcttcctctctgctccctgagcactgggttctcgcttcggttctgttg
taagtgtctcagttgggactgagcacctcatgatctcttgttctccacat
tttgattggttgtggctttctgtaacggtctttgtctgtggcacagagaa
gtggaggaacagactcagaaatctctatttaaaaatcacggttaatgaat
tgaccgttctaagatgacagcagagcctcagctagcagcccagcaagttt
gaaagggacgggaaggctgctgagtgccgtggagtaaccaggcgctcagt
tattgtttatgctgcctgtaagggctaatccggagaatacttccacttac
attgcagattctcaacgtataaatatttaattaggtcgaagggaaagttc
attctcagcacattcaaattccctctcgagtgagcccatgaacagcctct
ggacccttcttcccaggacttcactgttcccaggtgttctcttctccatg
caactcaatgcgatgctgggctgggttcctttgacaaagttcttctttgt
ggatgctattatggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_130637279_130638435
seq2: B6Ng01-028G15.b_42_1180

seq1  GAATTCAGGTTCTCATGTAAGCACTTTACGAACTGAGCAATCTCTCCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTCTCATGTAAGCACTTTACGAACTGAGCAATCTCTCCAGC  50

seq1  TTATCCACCTTTTTGTATGTTGGGGGATCAAGTGTTTCACTGTTGGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCACCTTTTTGTATGTTGGGGGATCAAGTGTTTCACTGTTGGGTAG  100

seq1  GCTACACTGGGCAGTGAGCTCCTGGGATCTGCCGGCCTCTGCCTCCCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACACTGGGCAGTGAGCTCCTGGGATCTGCCGGCCTCTGCCTCCCCAT  150

seq1  CTTGGGTTTACAACATGCCACCACGCCTGGCTTTTAAAACTGTGGGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTTTACAACATGCCACCACGCCTGGCTTTTAAAACTGTGGGCTTT  200

seq1  AAATGGCAAGCCCGTGTCTCCATGCTTGCAAGTGAGTTACTGACTGAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCAAGCCCGTGTCTCCATGCTTGCAAGTGAGTTACTGACTGAGCT  250

seq1  GCTTCCCCAGCCTCGGCCTATAATATTACACCAGTCTGACTTCTGAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCCAGCCTCGGCCTATAATATTACACCAGTCTGACTTCTGAATAA  300

seq1  AAGCTCCCACGGGAATGGATCACACTTATCGCTCCTGTTAAAGCAGACGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCCCACGGGAATGGATCACACTTATCGCTCCTGTTAAAGCAGACGG  350

seq1  AGACAGCCTCTGATAATCGGCTTATAGAGTGACACTCCAGTGGTCACGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCCTCTGATAATCGGCTTATAGAGTGACACTCCAGTGGTCACGTG  400

seq1  TGCCTGTGCACTTGTCTATTTAAATAATTCACAATGTGCTACCAAGGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGCACTTGTCTATTTAAATAATTCACAATGTGCTACCAAGGTTA  450

seq1  TTGAATTTAAATTACTTTTTATTTATTAAGATTTCTACCCATCCAACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTTAAATTACTTTTTATTTATTAAGATTTCTACCCATCCAACAAA  500

seq1  CCTGTTAGGCAGCTCTATGCTAGGTGTTGAGGTCATTATGATTAAATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAGGCAGCTCTATGCTAGGTGTTGAGGTCATTATGATTAAATAGA  550

seq1  AACAAGCTGTACAAAGACCTGGTGACTTCACAGGCATTCAGCTGATGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCTGTACAAAGACCTGGTGACTTCACAGGCATTCAGCTGATGGAT  600

seq1  GTGAGTTTGCATTTCCTGTAGTATAAATATGGTACTCATATCTAACTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTGCATTTCCTGTAGTATAAATATGGTACTCATATCTAACTCCT  650

seq1  GTTCGGTGCTCCAATTACTGTTCTGATATTCTTACTAGAAAGAGCACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGGTGCTCCAATTACTGTTCTGATATTCTTACTAGAAAGAGCACATG  700

seq1  AAAAAGGAAAGGGAACAGATATGTAGCTCCACTGGGTGATCCGTGGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAAAAGGAAAGGGAACAGATATGTAGCTCCACTGGGTGATCCGTGTGAAT  750

seq1  CTGTTAAGCCAGGGCTTCTCAACCTTCCTAATCCAGCAACCCTTTATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAAGCCAGGGCTTCTCAACCTTCCTAATCCAGCAACCCTTTATTTA  800

seq1  ATACAGTTTCTCATGTTCTGATGACCCCCAACCAAAAAGTTCTTTTTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTTTCTCATGTTCTGATGACCCCCAACCAAAAAGTTCTTTTTGTC  850

seq1  GCTACTCCACAACTGTGCTTGTGAATTGTAATGAGAATATTTTTGGAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTCCACAACTGTGCTTGTGAATTGTAATGAGAATATTTTTGGAGAT  900

seq1  TAACAGGTTTGCCAAAGGGGCTTCAACCCACAGGTTGAGAATTGCTGCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGTTTGCCAAAGGGGCTTCAACCCACAGGTTGAGAATTGCTGCTT  950

seq1  TAAGCAATAACATTTACAACTATTAATCACCAGTAAGAATTAACATATAT  1000
      | ||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  T-AGCA--TACATTTACAACTATT-ATCACCAGTAAGAATT-ACATATAT  995

seq1  GAAATCTGCTGGTCTATTATTTTAAAGGAAATAATGCTTACCCAGGGAAA  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGCTGGTTTATTATTTTAAAGG--ATAATGCTTACCCAGGGAAA  1043

seq1  CCATGCTCCCTGCACTTTCCTTCCTGATTTCGTGGTAGAGACCTCTGTGC  1100
       ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  ||||||||   |
seq2  -CATGCTCCCTGCACTTT-CTTCCTGAATTC-TGGTGAAGACCTCTTGTC  1090

seq1  GCCGGAACTTGCTGTACACTTTTTTTGTAGGAAAAGCTTCTCT-CTGTGT  1149
      ||||| || |||| |||    |||||||||  ||||| ||||| ||||||
seq2  GCCGG-ACCTGCT-TAC---CTTTTTGTAG--AAAGC-TCTCTCCTGTGT  1132

seq1  GGACATCT  1157
      ||| ||||
seq2  GGA-ATCT  1139

seq1: chr7_130804230_130805317
seq2: B6Ng01-028G15.g_67_1133 (reverse)

seq1  TTTCACATAATAAGCATCACAACAAAGAAGAACATTTGTCAAGAGAAACC  50
      |||| |||||| |||||  | |||||||||||| |||||||| || ||||
seq2  TTTC-CATAAT-AGCAT--CCACAAAGAAGAAC-TTTGTCAA-AGGAACC  44

seq1  CATGCCCAGCATCTGCATTTGAGGTTTGCACTGGGAAGAAGAGAACACCC  100
      || |||||||||| ||| |||||  ||||| |||  ||||||||||||| 
seq2  CA-GCCCAGCATC-GCA-TTGAG--TTGCA-TGG--AGAAGAGAACACC-  85

seq1  TTGGGAACAGTGAAGTCCCTGGGGAAGGAAGGGTCCAGGAGGCTGTTCAT  150
       ||||||||||||||| ||||||  | |||||||||| ||||||||||||
seq2  -TGGGAACAGTGAAGT-CCTGGG--AAGAAGGGTCCA-GAGGCTGTTCAT  130

seq1  GGGCTCACTCGAGAGGGAATTTGAATGTGCTGAGAATGAACTTTCCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCACTCGAGAGGGAATTTGAATGTGCTGAGAATGAACTTTCCCTTC  180

seq1  GACCTAATTAAATATTTATACGTTGAGAATCTGCAATGTAAGTGGAAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAATTAAATATTTATACGTTGAGAATCTGCAATGTAAGTGGAAGTA  230

seq1  TTCTCCGGATTAGCCCTTTACAGGCAGCATAAACAATAACTGAGCGCCTG  300
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCGGATTAGCCC-TTACAGGCAGCATAAACAATAACTGAGCGCCTG  279

seq1  GTTACTCCACGGCACTCAGCAGCCTTCCCGTCCCTTTCAAACTTGCTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTCCACGGCACTCAGCAGCCTTCCCGTCCCTTTCAAACTTGCTGGG  329

seq1  CTGCTAGCTGAGGCTCTGCTGTCATCTTAGAACGGTCAATTCATTAACCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGCTGAGGCTCTGCTGTCATCTTAGAACGGTCAATTCATTAACCG  379

seq1  TGATTTTTAAATAGAGATTTCTGAGTCTGTTCCTCCACTTCTCTGTGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTAAATAGAGATTTCTGAGTCTGTTCCTCCACTTCTCTGTGCCA  429

seq1  CAGACAAAGACCGTTACAGAAAGCCACAACCAATCAAAATGTGGAGAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAAGACCGTTACAGAAAGCCACAACCAATCAAAATGTGGAGAACA  479

seq1  AGAGATCATGAGGTGCTCAGTCCCAACTGAGACACTTACAACAGAACCGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCATGAGGTGCTCAGTCCCAACTGAGACACTTACAACAGAACCGA  529

seq1  AGCGAGAACCCAGTGCTCAGGGAGCAGAGAGGAAGAGGGTGAAAAAATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGAACCCAGTGCTCAGGGAGCAGAGAGGAAGAGGGTGAAAAAATAC  579

seq1  TTAAGAGTCAGAGGAATAGGAAATTTGCCGTGAGGTTGTGTCTCCTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGTCAGAGGAATAGGAAATTTGCCGTGAGGTTGTGTCTCCTAGAA  629

seq1  AGGTGAGAGGAGGCTACATCCTTGAAGTCTCAATTTAGATCCCTCTCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGAGGAGGCTACATCCTTGAAGTCTCAATTTAGATCCCTCTCTCA  679

seq1  CAAACAGTAATTATTCGTGGTGGTGTCTGATTCATAAATAAAGCCAGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGTAATTATTCGTGGTGGTGTCTGATTCATAAATAAAGCCAGCCA  729

seq1  CTTGAAATAGATGTGGTCATAAAGGGTGAGTTATGAGGATACTAACTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAATAGATGTGGTCATAAAGGGTGAGTTATGAGGATACTAACTTAA  779

seq1  TTGTCAGTACTAGTTTAGATTCCAATGGGAACTTCCAAATTTTACTGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGTACTAGTTTAGATTCCAATGGGAACTTCCAAATTTTACTGAGA  829

seq1  CAGCAGCTACTGTTTATACAGATATTCTTGATATAAACATATTAGGAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCTACTGTTTATACAGATATTCTTGATATAAACATATTAGGAATA  879

seq1  CTTTGACCCGTATTTACTCATGTAACTCCAGAATATTCTGTATTTCAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACCCGTATTTACTCATGTAACTCCAGAATATTCTGTATTTCAGGG  929

seq1  ACATTGTGCCAGTTACACTTTCAAGATGATTAGTGATGGTGTGCAGATCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGCCAGTTACACTTTCAAGATGATTAGTGATGGTGTGCAGATCT  979

seq1  TCCCATGCTCAAAGTCTACTAGTTTAATAGCCATTAAGTATATTCTGGTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGCTCAAAGTCTACTAGTTTAATAGCCATTAAGTATATTCTGGTC  1029

seq1  ATTCAGTTAATTGGTAGTTATGTAATAAAAGTGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTTAATTGGTAGTTATGTAATAAAAGTGAATTC  1067