BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040M21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 31,381,760 - 31,551,368
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUpk1a, Cox6b1, Etv2, 3100004P22Rik, 2310022K01Rik, 4930479M11Rik, 2200002J24Rik, EG233075, Atp4a, Tmem147, Gapdhs, Sbsn, Dmkn
Upstream gene1700067C01Rik, Zfp84, LOC100043794, Zfp30, EG625349, 6330581L23Rik, BC027344, Zfp420, Zfp27, Zfp74, LOC625437, LOC100043796, Zfp568, Zfp14, LOC100043798, Zfp82, Zfp566, Zfp260, Zfp382, Zfp146, EG330503, Cox7a1, Capns1, Tbcb, Polr2i, Ovol3, Wdr62, EG668354, 1700020L13Rik, Clip3, Alkbh6, AI428936, 0610010E21Rik, Lrfn3, Tyrobp, Hcst, AY078069, Aplp1, Kirrel2, Nphs1, LOC100034728, Prodh2, Gm1082, Snx26, BC053749, Hspb6, 1810054G18Rik, Psenen, U2af1l4, Tmem149, Wbp7, Zbtb32
Downstream geneKrtdap, Ffar2, Ffar3, Ffar1, Cd22, Mag, Hamp2, Usf2-ps1, Hamp1, Usf2, LOC100043823, Lsr, Tmem162, Fxyd5, Fxyd7, Fxyd1, Lgi4, Fxyd3, Hpn, Scn1b, Gramd1a, LOC672598, LOC100043323, LOC100043827, Apbh, Abpe, LOC100043326, EG384585, LOC100043328, LOC100043331, LOC626181, LOC100043334, LOC100043834, LOC546947, LOC677233, LOC100043337, LOC546949, LOC100043836, EG626305, EG668342
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040M21.bB6Ng01-040M21.g
ACCDH867659DH867660
length1,0741,038
definitionDH867659|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040M21, 5' end.DH867660|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,381,760 - 31,382,832)(31,550,318 - 31,551,368)
sequence
gaattcctttcttcccttaaaccagcacataggaataaataataaaagaa
aaaaaaaaaatactggcacttggcttaacccaagaacaaagtatagtcga
tgcctgaaggggctgaatgggatcctaaagaccctgtgatagtttagccg
tcagaaaccgtaggcaccaactcattttcacaatcctgtcctcagtctaa
ttatggggctgaactctcgccaaatcctcagccgctttgtgaaggctgct
tcaagatgagtgctaaatatcagtatttacctaaactcaagcagagggcc
ccactctggactccttgggctatgttcctccctgtgggctgaagagtccc
agggcatcaagaaagtaaacccacttgtgtgctgagagaactgaactaca
tatacacactcatttacacatgtgcatacacaaacatacatacacataaa
ctttcacatatactcacacatacacacagacacacacactctcacacaca
gacagatacacacacctagactatattctggaaatccagagtccagagtt
tactggaccaaaagatgctgagcccacaccctaggtccagatgggcctca
actgtgcacccatgagagtggactatctataaacatatatacacacttga
ggtcctgtattgacttgggatggatgtgcaggttagtatataagacctac
agcaagcatgggggaaaatgggtaatttgtggtctcactcagaatccgta
cacagtatggaataaagtctgctctattccagtggttcttaacctctcag
gacctcaccacccagacacaggagcagctcttctttttacattgatcatt
tcagacacgcatacaatttcacatatggaacaagtacaaatgaatcccgc
aggatgctgtgaagcccgtgcctattcttgtcatctttgcaatcctgtag
cccttgtcccactaaatacatatacacacacatggtgcacacatttcctg
gtgatttttcatgagcaacaggaccgtgaagccccaatcaatagctcttg
tcttcatattctataatttgatgt
gaattcattatgtagccatggatggccttaactcctgatcctgcctctac
ctgcaggagctagggttgcaagagtatgtcaccacacttggcttatgtgg
aactgaggatggaacatggacttagtacaccccagacaagcactctccac
cgctgggcaccagcaccagcctcctcctttgggtggcacaattctcagac
ccctaaggaaactcgtgtggcctccaagtttgaactctgtctgtctctgc
ctctgcctgtctctgtctctctgtctctctctgtgtctctccttgtctct
gtctctctctctctcagctcctctctaaggtgcctctcctggggctctca
ctcatcacatgggaacctcacgcgtgcacagttagttactagcattgtct
acaccgcagctatccttaagtctccatgataacaaccttcccctattctc
ctggaagcaccccaaacgagtgggggttttcttatttgctttgtttaaga
catagctatgtagctctggctgccctcatattcatagcaatcctcctgct
tcggcttcccctgtgctggagattacaatattatcctatgcccacctgcc
ttcttccctcccctccacctcggctctgctcagcaagcagtaaaggttag
gtccgggccagagctttcccaccatggcagtgtgcacagtcggtgcccct
gcgtaaggagccctgtaattagggcggggaaagtcgggggcggggggctg
aaggagttgcggatgaccactgtcactgaagccatccactcgagggctgt
gacagctttaagggaaacctcagtgccagtgtccccaccaccggaactgt
gatcccattctaagaaagaacttacccgggacccagaaccgctgtgccgc
tgtgccactgttgctgtgccgctgttgcactgttgctgttgccactgttg
ctgcgctgctactgctactgctgcaatggttgtcactgtgcttggcaacg
ccctacgctgtggcctaccattactgccatgactgcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_31381760_31382832
seq2: B6Ng01-040M21.b_48_1121

seq1  GAATTCCTTTCTTCCCTTAAACCAGCACATAGGAATAAATAATAAAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTCTTCCCTTAAACCAGCACATAGGAATAAATAATAAAAGAA  50

seq1  AAAAAAAAAATACTGGCACTTGGCTTAACCCAAGAACAAAGTATAGTCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATACTGGCACTTGGCTTAACCCAAGAACAAAGTATAGTCGA  100

seq1  TGCCTGAAGGGGCTGAATGGGATCCTAAAGACCCTGTGATAGTTTAGCCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAAGGGGCTGAATGGGATCCTAAAGACCCTGTGATAGTTTAGCCG  150

seq1  TCAGAAACCGTAGGCACCAACTCATTTTCACAATCCTGTCCTCAGTCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAACCGTAGGCACCAACTCATTTTCACAATCCTGTCCTCAGTCTAA  200

seq1  TTATGGGGCTGAACTCTCGCCAAATCCTCAGCCGCTTTGTGAAGGCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGGCTGAACTCTCGCCAAATCCTCAGCCGCTTTGTGAAGGCTGCT  250

seq1  TCAAGATGAGTGCTAAATATCAGTATTTACCTAAACTCAAGCAGAGGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGAGTGCTAAATATCAGTATTTACCTAAACTCAAGCAGAGGGCC  300

seq1  CCACTCTGGACTCCTTGGGCTATGTTCCTCCCTGTGGGCTGAAGAGTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGGACTCCTTGGGCTATGTTCCTCCCTGTGGGCTGAAGAGTCCC  350

seq1  AGGGCATCAAGAAAGTAAACCCACTTGTGTGCTGAGAGAACTGAACTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATCAAGAAAGTAAACCCACTTGTGTGCTGAGAGAACTGAACTACA  400

seq1  TATACACACTCATTTACACATGTGCATACACAAACATACATACACATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACACTCATTTACACATGTGCATACACAAACATACATACACATAAA  450

seq1  CTTTCACATATACTCACACATACACACAGACACACACACTCTCACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACATATACTCACACATACACACAGACACACACACTCTCACACACA  500

seq1  GACAGATACACACACCTAGACTATATTCTGGAAATCCAGAGTCCAGAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATACACACACCTAGACTATATTCTGGAAATCCAGAGTCCAGAGTT  550

seq1  TACTGGACCAAAAGATGCTGAGCCCACACCCTAGGTCCAGATGGGCCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGACCAAAAGATGCTGAGCCCACACCCTAGGTCCAGATGGGCCTCA  600

seq1  ACTGTGCACCCATGAGAGTGGACTATCTATAAACATATATACACACTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCACCCATGAGAGTGGACTATCTATAAACATATATACACACTTGA  650

seq1  GGTCCTGTATTGACTTGGGATGGATGTGCAGGTTAGTATATAAGACCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGTATTGACTTGGGATGGATGTGCAGGTTAGTATATAAGACCTAC  700

seq1  AGCAAGCATGGGGGAAAATGGGTAATTTGTGGTCTCACTCAGAATCCGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCATGGGGGAAAATGGGTAATTTGTGGTCTCACTCAGAATCCGTA  750

seq1  CACAGTATGGAATAAAGTCTGCTCTATTCCAGTGGTTCTTAACCTCTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTATGGAATAAAGTCTGCTCTATTCCAGTGGTTCTTAACCTCTCAG  800

seq1  GACCTCACCACCCAGACACAGGAGCAGCTCTTCTTTTTACATTGATCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCACCACCCAGACACAGGAGCAGCTCTTCTTTTTACATTGATCATT  850

seq1  TCAGACACGCATACAATTTCACATAT-GAACAAGTAACAAAATGAATCCC  899
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||
seq2  TCAGACACGCATACAATTTCACATATGGAACAAGTA--CAAATGAATCCC  898

seq1  GCAGGATGCTGTGAAGCCCGTGCCTATTCTTGTCATCTTTGCAATCCCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCAGGATGCTGTGAAGCCCGTGCCTATTCTTGTCATCTTTGCAAT-CCTG  947

seq1  TAGCCCTTGTCCCACTAAATACATATACACACACAT-GTGCACACATTTC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGCCCTTGTCCCACTAAATACATATACACACACATGGTGCACACATTTC  997

seq1  CTGGTGA-TTTTCATGAGCAAACAGACCGTGGAAGCCCAATC-ATAGCTC  1046
      ||||||| |||||||||||||   ||||||| |  ||||||| |||||||
seq2  CTGGTGATTTTTCATGAGCAACAGGACCGTGAAGCCCCAATCAATAGCTC  1047

seq1  -TGTCTTCCATA-TCTATATTTTGGATGT  1073
       |||||| |||| |||||| ||| |||||
seq2  TTGTCTT-CATATTCTATAATTT-GATGT  1074

seq1: chr7_31550318_31551368
seq2: B6Ng01-040M21.g_72_1109 (reverse)

seq1  AGGCAGTCATGGCAGTAATGGTCAGGGCAGCAGCGGTAGAGGCGGTGGCC  50
      |||||||||||||||||||||| ||| || |||| |||| ||| || |||
seq2  AGGCAGTCATGGCAGTAATGGT-AGGCCA-CAGC-GTAG-GGC-GTTGCC  45

seq1  AAGGCAACAGCGACAACAATGGCAGCAGTAGCAGTAGCAGCGGCAGCAAC  100
      |||   |||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAG--CACAGTGACAACCATTGCAGCAGTAGCAGTAGCAGC-GCAGCAAC  92

seq1  AGTGGCAACAGCAACAGTGGCAACAGCGGCAACAGCAACAGTGGCAACAG  150
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  AGTGGCAACAGCAACAGT-GCAACAGCGGC-ACAGCAACAGTGGC-ACAG  139

seq1  CGGCAACAGCGGTTCTGGGTCCCGGGTAAGTTTCTTTCTTAGAATGGGAT  200
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CGGC-ACAGCGGTTCTGGGTCCCGGGTAAG-TTCTTTCTTAGAATGGGAT  187

seq1  CACAGTTCCGGTGGTGGGGACACTGGCACTGAGGTTTCCCTTAAAGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTCCGGTGGTGGGGACACTGGCACTGAGGTTTCCCTTAAAGCTGT  237

seq1  CACAGCCCTCGAGTGGATGGCTTCAGTGACAGTGGTCATCCGCAACTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCTCGAGTGGATGGCTTCAGTGACAGTGGTCATCCGCAACTCCT  287

seq1  TCAGCCCCCCGCCCCCGACTTTCCCCGCCCTAATTACAGGGCTCCTTACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCCCCGCCCCCGACTTTCCCCGCCCTAATTACAGGGCTCCTTACG  337

seq1  CAGGGGCACCGACTGTGCACACTGCCATGGTGGGAAAGCTCTGGCCCGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCACCGACTGTGCACACTGCCATGGTGGGAAAGCTCTGGCCCGGA  387

seq1  CCTAACCTTTACTGCTTGCTGAGCAGAGCCGAGGTGGAGGGGAGGGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACCTTTACTGCTTGCTGAGCAGAGCCGAGGTGGAGGGGAGGGAAGA  437

seq1  AGGCAGGTGGGCATAGGATAATATTGTAATCTCCAGCACAGGGGAAGCCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTGGGCATAGGATAATATTGTAATCTCCAGCACAGGGGAAGCCG  487

seq1  AAGCAGGAGGATTGCTATGAATATGAGGGCAGCCAGAGCTACATAGCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAGGATTGCTATGAATATGAGGGCAGCCAGAGCTACATAGCTAT  537

seq1  GTCTTAAACAAAGCAAATAAGAAAACCCCCACTCGTTTGGGGTGCTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAACAAAGCAAATAAGAAAACCCCCACTCGTTTGGGGTGCTTCCA  587

seq1  GGAGAATAGGGGAAGGTTGTTATCATGGAGACTTAAGGATAGCTGCGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATAGGGGAAGGTTGTTATCATGGAGACTTAAGGATAGCTGCGGTG  637

seq1  TAGACAATGCTAGTAACTAACTGTGCACGCGTGAGGTTCCCATGTGATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAATGCTAGTAACTAACTGTGCACGCGTGAGGTTCCCATGTGATGA  687

seq1  GTGAGAGCCCCAGGAGAGGCACCTTAGAGAGGAGCTGAGAGAGAGAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGCCCCAGGAGAGGCACCTTAGAGAGGAGCTGAGAGAGAGAGAGA  737

seq1  CAGAGACAAGGAGAGACACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGACAGGCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAAGGAGAGACACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGACAGGCAGA  787

seq1  GGCAGAGACAGACAGAGTTCAAACTTGGAGGCCACACGAGTTTCCTTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGACAGACAGAGTTCAAACTTGGAGGCCACACGAGTTTCCTTAGG  837

seq1  GGTCTGAGAATTGTGCCACCCAAAGGAGGAGGCTGGTGCTGGTGCCCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGAGAATTGTGCCACCCAAAGGAGGAGGCTGGTGCTGGTGCCCAGC  887

seq1  GGTGGAGAGTGCTTGTCTGGGGTGTACTAAGTCCATGTTCCATCCTCAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGAGTGCTTGTCTGGGGTGTACTAAGTCCATGTTCCATCCTCAGT  937

seq1  TCCACATAAGCCAAGTGTGGTGACATACTCTTGCAACCCTAGCTCCTGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATAAGCCAAGTGTGGTGACATACTCTTGCAACCCTAGCTCCTGCA  987

seq1  GGTAGAGGCAGGATCAGGAGTTAAGGCCATCCATGGCTACATAATGAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGCAGGATCAGGAGTTAAGGCCATCCATGGCTACATAATGAATT  1037

seq1  C  1051
      |
seq2  C  1038