BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041K23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 56,236,744 - 56,387,166
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9130015G15Rik
Upstream geneMrgpra4, Mrgprx1, Mrgprb7-ps, Mrgprb12-ps, EG270335, Mrgprb5, Mrgprb4, Mrgprb13, Mrgprb8, Mrgprb1, Mrgprx2, Mrgprb2, Mrgprb9-ps, Mrgprb3, EG639116, Zdhhc13, Csrp3, E2f8, LOC100040465
Downstream gene5330421F07Rik, Dbx1, Htatip2, Prmt3, Slc6a5, Nell1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041K23.bB6Ng01-041K23.g
ACCDH868277DH868278
length1,1341,087
definitionDH868277|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041K23, 5' end.DH868278|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,236,744 - 56,237,887)(56,386,090 - 56,387,166)
sequence
gaattcaagtagataggagagtgcataggatggcttcccctgactgcctc
tttcctgcccagttctcctaggccaggagaacagtttgcagctcaggtgt
gccagaatccccttggctggaggaaaccatggagcttgaggctaacagac
taagcatttcagaggagtgaggcagagaatgccctgcaagagctaaatgg
catggaacttcagttgaaacccagacatctccttacaagcagatccgcat
gctttccagcctcaattagctcacccgataaagcaagggactatagctgt
gatgccaactgagagccccagagagaaccctgaaaatggaccagagagag
gagagatgaggataagagaaaccctacccctttcctcctcactgtgacta
gacaagtagctgaggctgcgagccgcactccagcatcagctgagatgtct
ctcctgtgcttgggagtgctcttcactttgcctggggactgtgcagggca
tcagccctttgatccaaagatctttaaattcacggtcatcatcctataga
caaagcactgttgtttctggagtcattgaacccagacctggccctccatc
caaagcacacaggacctttgtgtggcccctccacactactgaaccactct
tccttctgccaggaatcccatttaccatctgctggcctgttcaccttccc
gagttgacctctgtggtggcacttgtcacatggcagtgtgacaatgagct
tgtcaaggtttcacgctaagtcttaatcatttttgtgtttctatggtcac
gtctggcacactgtgagttctccaagaggtcttcaccagagaataaaaga
atatacaagcaaacataaagggcctaagatgcttatgacagtggcctttc
caaagaggctgctaccagctctgttaacagacagcagagcccactcatgg
cttttagaaatctttgccttctactgctatggtctcactttcttgaagag
tcacatagcagccagcaccatttcagctatgtggtctatccttgatggca
tagaagtctttctctgtcacacccgcaagagtctggattggaaggactgt
atgaagaacaactttggcatttcttgaccttgtc
gaattcttgccagcctgggcccctcacagtttcccttacagatatgacat
gggactcagttttacatggtcccttccttcctgagattcctcaggtcagc
caactctgggctggccataaccagagcatggctctgctttctttttagca
tcctgtcctgatgctgatttatcatccacccccaatccaagctccagggc
cacagaaacctgaagctgaaaaagaagaaaagtagtaagcaagaatcgag
gaggtaaggtgaagttcagcatggctggcaaagtcagaggctatgttaac
gtctttgctctatcctatagacagccagggccccagagatgtcctaaaga
caccaggaccccaaagatgtcctaaagatggagagggcccccaaagatgt
cttaaacacagagaggccccccaatggtgtcctaaagaccgagagattcc
ccaaagatgtcctaaagactaagaagggcccagagattgcctagagacag
ccagtacaccagagatgtcctaaaacagtgaggggtccccaaagatgtct
taaagactgagagggccccagagaagtcctaaagactccaggaccccaga
gatatcctaaagacagagagggccccagagatgtcctaaagacacctgga
ctccagagatgtcttaaagatagagaggactccagagatatcctaaagac
accaagaccccagagatgtcctaaagacagagagggccccagagatgtcc
taaagacaccaggactacagagatgtcctaaagatacccgaactccagag
atgtcttaaagataggactccagagatgtcctaaaagacaacaggactcc
agagatgtcctaaagacagagaaggccccaaagatctcctagagacacca
ggacccaaaagatgtcctaaagatggagagggcccccatcgatgtcttaa
acacagcaaggctctcaaagatgtgtctaaagactgaggaggtctcataa
gatgtcctaatgaaccaggatggctccaagagatgtgcttaagacagcca
gtatccagagaatgctctagacagtggaggggtctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_56236744_56237887
seq2: B6Ng01-041K23.b_46_1179

seq1  GAATTCAAGTAGATAGGAGAGTGCATAGGATGGCTTCCCCTGACTGCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTAGATAGGAGAGTGCATAGGATGGCTTCCCCTGACTGCCTC  50

seq1  TTTCCTGCCCAGTTCTCCTAGGCCAGGAGAACAGTTTGCAGCTCAGGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGCCCAGTTCTCCTAGGCCAGGAGAACAGTTTGCAGCTCAGGTGT  100

seq1  GCCAGAATCCCCTTGGCTGGAGGAAACCATGGAGCTTGAGGCTAACAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATCCCCTTGGCTGGAGGAAACCATGGAGCTTGAGGCTAACAGAC  150

seq1  TAAGCATTTCAGAGGAGTGAGGCAGAGAATGCCCTGCAAGAGCTAAATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATTTCAGAGGAGTGAGGCAGAGAATGCCCTGCAAGAGCTAAATGG  200

seq1  CATGGAACTTCAGTTGAAACCCAGACATCTCCTTACAAGCAGATCCGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAACTTCAGTTGAAACCCAGACATCTCCTTACAAGCAGATCCGCAT  250

seq1  GCTTTCCAGCCTCAATTAGCTCACCCGATAAAGCAAGGGACTATAGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCAGCCTCAATTAGCTCACCCGATAAAGCAAGGGACTATAGCTGT  300

seq1  GATGCCAACTGAGAGCCCCAGAGAGAACCCTGAAAATGGACCAGAGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCAACTGAGAGCCCCAGAGAGAACCCTGAAAATGGACCAGAGAGAG  350

seq1  GAGAGATGAGGATAAGAGAAACCCTACCCCTTTCCTCCTCACTGTGACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGAGGATAAGAGAAACCCTACCCCTTTCCTCCTCACTGTGACTA  400

seq1  GACAAGTAGCTGAGGCTGCGAGCCGCACTCCAGCATCAGCTGAGATGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTAGCTGAGGCTGCGAGCCGCACTCCAGCATCAGCTGAGATGTCT  450

seq1  CTCCTGTGCTTGGGAGTGCTCTTCACTTTGCCTGGGGACTGTGCAGGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTGCTTGGGAGTGCTCTTCACTTTGCCTGGGGACTGTGCAGGGCA  500

seq1  TCAGCCCTTTGATCCAAAGATCTTTAAATTCACGGTCATCATCCTATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTTTGATCCAAAGATCTTTAAATTCACGGTCATCATCCTATAGA  550

seq1  CAAAGCACTGTTGTTTCTGGAGTCATTGAACCCAGACCTGGCCCTCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCACTGTTGTTTCTGGAGTCATTGAACCCAGACCTGGCCCTCCATC  600

seq1  CAAAGCACACAGGACCTTTGTGTGGCCCCTCCACACTACTGAACCACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCACACAGGACCTTTGTGTGGCCCCTCCACACTACTGAACCACTCT  650

seq1  TCCTTCTGCCAGGAATCCCATTTACCATCTGCTGGCCTGTTCACCTTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGCCAGGAATCCCATTTACCATCTGCTGGCCTGTTCACCTTCCC  700

seq1  GAGTTGACCTCTGTGGTGGCACTTGTCACATGGCAGTGTGACAATGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGACCTCTGTGGTGGCACTTGTCACATGGCAGTGTGACAATGAGCT  750

seq1  TGTCAAGGTTTCAGGCTAAGTCTTAATCATTTTTGTGTTTCTATGGTCAC  800
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGGTTTCACGCTAAGTCTTAATCATTTTTGTGTTTCTATGGTCAC  800

seq1  GTCTGGCACACTGTGAGTTCTCCAAGAGGTCTTCACCAGAGAATAAAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGCACACTGTGAGTTCTCCAAGAGGTCTTCACCAGAGAATAAAAGA  850

seq1  ATATACAAGCAAACATAAAGGGCCTAAGATGCTTATGACAGTGGCCTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAAGCAAACATAAAGGGCCTAAGATGCTTATGACAGTGGCCTTTC  900

seq1  CAAAGAGGCTGCTACCAGCTCTGTTAACAGGACAGCAGAGCCCACCCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CAAAGAGGCTGCTACCAGCTCTGTTAACA-GACAGCAGAGCCCACTCATG  949

seq1  GCTTTTAGAAATCTTTGCCTTCTACTGCTATGGTCTCACTTTCTTG-AGA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCTTTTAGAAATCTTTGCCTTCTACTGCTATGGTCTCACTTTCTTGAAGA  999

seq1  GTCCACATAGCAGCCAGCACCATTCCAGCTATGT-GTCTATCCTTGATGG  1048
      || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  GT-CACATAGCAGCCAGCACCATTTCAGCTATGTGGTCTATCCTTGATGG  1048

seq1  CATTAGGAAGTCTTCCTCTGTCACACCCGC-AGAGTCTGAGATTGGAGGG  1097
      |||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||
seq2  CAT--AGAAGTCTTTCTCTGTCACACCCGCAAGAGTCTG-GATTGGAAGG  1095

seq1  TCTGTATGAAGTACAACTTTTGCCATTTTCTTGGCTCTGTCCTTGTC  1144
       |||||||||| |||||||| ||   |||||      || |||||||
seq2  ACTGTATGAAGAACAACTTTGGC--ATTTCT------TGACCTTGTC  1134

seq1: chr7_56386090_56387166
seq2: B6Ng01-041K23.g_69_1150 (reverse)

seq1  CCCCT-CACTGTCTTAGGGCA-TCTCTGGTGTACTGGCTGTCTTTAGGCG  48
      ||||| ||||||| ||| ||| |||||||  ||||||||||||| ||   
seq2  CCCCTCCACTGTC-TAGAGCATTCTCTGG-ATACTGGCTGTCTTAAGCAC  48

seq1  ATCTC-TGGGGCCTTCTTGG-TCTATAGGACATCTT-TGAGGACCT-CTC  94
      ||||| ||| ||| || ||| ||  ||||||||||| ||| ||||| |||
seq2  ATCTCTTGGAGCCATCCTGGTTCATTAGGACATCTTATGA-GACCTCCTC  97

seq1  AGTCTTTAG-GACATCTTTGGGAGCCTTGCTGTGTTTAAGACATCGTTGG  143
      |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTCTTTAGACACATCTTTGAGAGCCTTGCTGTGTTTAAGACATCGATGG  147

seq1  GGGCCCTCTCCATCTTTAGGACATCTTTTGGGTCCTGGTGTCTCTAGGAG  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTCTCCATCTTTAGGACATCTTTTGGGTCCTGGTGTCTCTAGGAG  197

seq1  ATCTTTGGGGCCTTCTCTGTCTTTAGGACATCTCTGGAGTCCTGTTGTC-  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATCTTTGGGGCCTTCTCTGTCTTTAGGACATCTCTGGAGTCCTGTTGTCT  247

seq1  TTTAGGACATCTCTGGAGTCCTATCTTTAAGACATCTCTGGAGTTCGGGT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGACATCTCTGGAGTCCTATCTTTAAGACATCTCTGGAGTTCGGGT  297

seq1  ATCTTTAGGACATCTCTGTAGTCCTGGTGTCTTTAGGACATCTCTGGGGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAGGACATCTCTGTAGTCCTGGTGTCTTTAGGACATCTCTGGGGC  347

seq1  CCTCTCTGTCTTTAGGACATCTCTGGGGTCTTGGTGTCTTTAGGATATCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTGTCTTTAGGACATCTCTGGGGTCTTGGTGTCTTTAGGATATCT  397

seq1  CTGGAGTCCTCTCTATCTTTAAGACATCTCTGGAGTCCAGGTGTCTTTAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTCCTCTCTATCTTTAAGACATCTCTGGAGTCCAGGTGTCTTTAG  447

seq1  GACATCTCTGGGGCCCTCTCTGTCTTTAGGATATCTCTGGGGTCCTGGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTCTGGGGCCCTCTCTGTCTTTAGGATATCTCTGGGGTCCTGGAG  497

seq1  TCTTTAGGACTTCTCTGGGGCCCTCTCAGTCTTTAAGACATCTTTGGGGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGGACTTCTCTGGGGCCCTCTCAGTCTTTAAGACATCTTTGGGGA  547

seq1  CCCCTCACTGTTTTAGGACATCTCTGGTGTACTGGCTGTCTCTAGGCAAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCACTGTTTTAGGACATCTCTGGTGTACTGGCTGTCTCTAGGCAAT  597

seq1  CTCTGGGCCCTTCTTAGTCTTTAGGACATCTTTGGGGAATCTCTCGGTCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCCCTTCTTAGTCTTTAGGACATCTTTGGGGAATCTCTCGGTCT  647

seq1  TTAGGACACCATTGGGGGGCCTCTCTGTGTTTAAGACATCTTTGGGGGCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACACCATTGGGGGGCCTCTCTGTGTTTAAGACATCTTTGGGGGCC  697

seq1  CTCTCCATCTTTAGGACATCTTTGGGGTCCTGGTGTCTTTAGGACATCTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATCTTTAGGACATCTTTGGGGTCCTGGTGTCTTTAGGACATCTC  747

seq1  TGGGGCCCTGGCTGTCTATAGGATAGAGCAAAGACGTTAACATAGCCTCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCCCTGGCTGTCTATAGGATAGAGCAAAGACGTTAACATAGCCTCT  797

seq1  GACTTTGCCAGCCATGCTGAACTTCACCTTACCTCCTCGATTCTTGCTTA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGCCAGCCATGCTGAACTTCACCTTACCTCCTCGATTCTTGCTTA  847

seq1  CTACTTTTCTTCTTTTTCAGCTTCAGGTTTCTGTGGCCCTGGAGCTTGGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTCTTCTTTTTCAGCTTCAGGTTTCTGTGGCCCTGGAGCTTGGA  897

seq1  TTGGGGGTGGATGATAAATCAGCATCAGGACAGGATGCTAAAAAGAAAGC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGTGGATGATAAATCAGCATCAGGACAGGATGCTAAAAAGAAAGC  947

seq1  AGAGCCATGCTCTGGTTATGGCCAGCCCAGAGTTGGCTGACCTGAGGAAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCATGCTCTGGTTATGGCCAGCCCAGAGTTGGCTGACCTGAGGAAT  997

seq1  CTCAGGAAGGAAGGGACCATGTAAAACTGAGTCCCATGTCATATCTGTAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAAGGAAGGGACCATGTAAAACTGAGTCCCATGTCATATCTGTAA  1047

seq1  GGGAAACTGTGAGGGGCCCAGGCTGGCAAGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACTGTGAGGGGCCCAGGCTGGCAAGAATTC  1082