BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042B07
Chromosome7 (Build37)
Map Location 57,719,416 - 57,862,757
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNell1, 4933405O20Rik
Upstream geneDbx1, Htatip2, Prmt3, Slc6a5
Downstream geneEG668766, EG668767, EG668768, EG638046, EG668770, EG668774, LOC668776, LOC434186, LOC546971, LOC668779, Tmem16e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042B07.bB6Ng01-042B07.g
ACCDH868558DH868559
length1,1101,123
definitionDH868558|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042B07, 5' end.DH868559|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042B07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,861,629 - 57,862,757)(57,719,416 - 57,720,543)
sequence
gaattcactaatagcaaatgttcacgcatgacctctcaaagatggtaact
ctagagctacctgcatcagtcacctcatgttggtgatactgcaggaaaat
ttcttaatgtctgtttctcagttttctcctctgttaaatgatgagcataa
taatcattgaatagagttaacatgagtattgtaaatgatatatgcaaagt
gtgcaaaataaggaatgaagcataatagacaaaatatgtcacataaactg
taatataatcttcaacataatgggatgtatatacctcctatgcaatcact
gcaatggtcaatataagaactagaagttcatcaagaaatatatcctaccc
ccaaacactatgtgatatattaagactattatcaaatagatgagttgttg
ttgcaagacaaaatgtgagatgaaggtgttcaaacctaggatgttagtag
agggttctttaatccttagttggctaaaagcataaaaggaaagaggggag
atggagttaacacagagcattgtagagcagaattcatagatcctaaagct
agttaagaggtcatgggaaaagtggagaatcagaagagcaacttctggat
aagcaatgcctatggcaagcaaggcaggcacagaaacaaattgtcattat
tacatattgtgtttcctagtgtggccacataacactgtgtattccactga
atgctgtgcaataagtccccagactccaatgttaacctaaccctctaaat
atttccttattcttaaatcggctctatctccagcccattctgaccaacag
aatgtggaagaaacagtattaagacattttcaaggctaagccttaagaaa
tctacagacttagttttctttctttttttttttcttttcttttttttttc
agcttagaaacaaggtattgtgctatgaaggacccagttacttcaatttg
tacatgtgggacaactgagattctgacaggcagccatactgtcatcatcc
agaaagacatctgatgtcccagcattcccagcatccctttaacctacaga
ctaaaacacacatcattgtctaaaccactagatgaggtcccatagcagta
gacagcattt
gaattccagtagaatttggtgactggcatgtgtctatcggtatgagcatc
tgaagtcatggttctttcttagtgcattcattaactcagtggtttgtcaa
caacagaaagggacgtcttctcactcaggcagaaacttctagatcaaagc
aactgcagatttcatgcctagaaaggacatatttgtcacttgatctttac
atggtgcaaggggtgagggaccttcctagatgtcttgtataagggcactg
atgacctatttgtatccctgaggcttcacctatggaatgaattccaggat
gtagcagatgtgcaactcactacagatgttctcttgtcctttggtaccta
gcacctgacatcacatcttaccacttggtatgatacaagctcttctggca
gaatttccagaaccagagcggttgcccaggtttttatgcaccagggttga
gacaaagatattgagcagagacacaaaacaccaagggtttcctcggtaaa
gtggcctttaaatcagagtcaggaaatggcctcacgtagctctcgccaat
agtccaccagatgaattgcgccaaggctatatatagttttcttttctttg
ttggaccttggcagattaaagtttcagtcagaggggttgggattacaaat
tagatttcttctgaaaagagattctacaaaagaggattttacaaactatt
acttttctaattctgtgattctgtaagatttggttcctgacctccaggag
gttatggtctctttgggagacattaaatttacatttaaggagaataactt
tatagggcatataactgactgctaaattgtgagacacgggcgataaatgc
cagagaacacggataccaggaagaagaaggaattaattactcagaaaggg
agagagaatgtgtgctttccacccttccacaggtatctgacctgttaggg
tttgatactgggaaggagtttagtgaggacaatgagatttatggggtcag
gtgctttcgaattagtccatttgtgtatgtcatctacaatgggttctgga
aatgacttaattaaaaacaaaaagacatggtgggctggaagatggtcaag
ttgtaagtacttttgtgttcttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_57861629_57862757
seq2: B6Ng01-042B07.b_42_1151 (reverse)

seq1  AAATGCTTGTCTACTGCTAAATGGGACCCTCAATCTAGTGGTTTAGGACA  50
      |||||| |||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||| ||| 
seq2  AAATGC-TGTCTACTGCT--ATGGGA-CCTC-ATCTAGTGGTTTA-GAC-  43

seq1  AATGATTGTGTGTTATAGTTCTGTAGGTTAAAGGGAATGCTGGGAATGGC  100
      ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AATGA-TGTGTGTTTTAG-TCTGTAGGTTAAAGGG-ATGCTGGGAAT-GC  89

seq1  TGGGACATCCAAGATGTCTTTCTGGATGATGACAGTAATGGCTGCCTGTC  150
      |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGGACATC--AGATGTCTTTCTGGATGATGACAGT-ATGGCTGCCTGTC  136

seq1  AGAATCCTCAGTTGTCCCACATGTACAAATTGAAGTAACTGGGTCCCTTC  200
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAT-CTCAGTTGTCCCACATGTACAAATTGAAGTAACTGGGT-CCTTC  184

seq1  ATAGCACAATACCTTGTTTCTAAGCTGAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||
seq2  ATAGCACAATACCTTGTTTCTAAGCTGAAAAAAAAAA---GAAAAGAAAA  231

seq1  AAAAAAAGAAAGAAAACTAAGTCTGTAGATTTCTTAAGGCTTAGCCTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGAAAGAAAACTAAGTCTGTAGATTTCTTAAGGCTTAGCCTTGA  281

seq1  AAATGTCTTAATACTGTTTCTTCCACATTCTGTTGGTCAGAATGGGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTTAATACTGTTTCTTCCACATTCTGTTGGTCAGAATGGGCTGG  331

seq1  AGATAGAGCCGATTTAAGAATAAGGAAATATTTAGAGGGTTAGGTTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAGCCGATTTAAGAATAAGGAAATATTTAGAGGGTTAGGTTAACA  381

seq1  TTGGAGTCTGGGGACTTATTGCACAGCATTCAGTGGAATACACAGTGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTCTGGGGACTTATTGCACAGCATTCAGTGGAATACACAGTGTTA  431

seq1  TGTGGCCACACTAGGAAACACAATATGTAATAATGACAATTTGTTTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCACACTAGGAAACACAATATGTAATAATGACAATTTGTTTCTGT  481

seq1  GCCTGCCTTGCTTGCCATAGGCATTGCTTATCCAGAAGTTGCTCTTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTTGCTTGCCATAGGCATTGCTTATCCAGAAGTTGCTCTTCTGA  531

seq1  TTCTCCACTTTTCCCATGACCTCTTAACTAGCTTTAGGATCTATGAATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCACTTTTCCCATGACCTCTTAACTAGCTTTAGGATCTATGAATTC  581

seq1  TGCTCTACAATGCTCTGTGTTAACTCCATCTCCCCTCTTTCCTTTTATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTACAATGCTCTGTGTTAACTCCATCTCCCCTCTTTCCTTTTATGC  631

seq1  TTTTAGCCAACTAAGGATTAAAGAACCCTCTACTAACATCCTAGGTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCCAACTAAGGATTAAAGAACCCTCTACTAACATCCTAGGTTTGA  681

seq1  ACACCTTCATCTCACATTTTGTCTTGCAACAACAACTCATCTATTTGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTCATCTCACATTTTGTCTTGCAACAACAACTCATCTATTTGATA  731

seq1  ATAGTCTTAATATATCACATAGTGTTTGGGGGTAGGATATATTTCTTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTAATATATCACATAGTGTTTGGGGGTAGGATATATTTCTTGAT  781

seq1  GAACTTCTAGTTCTTATATTGACCATTGCAGTGATTGCATAGGAGGTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCTAGTTCTTATATTGACCATTGCAGTGATTGCATAGGAGGTATA  831

seq1  TACATCCCATTATGTTGAAGATTATATTACAGTTTATGTGACATATTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCCATTATGTTGAAGATTATATTACAGTTTATGTGACATATTTTG  881

seq1  TCTATTATGCTTCATTCCTTATTTTGCACACTTTGCATATATCATTTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTATGCTTCATTCCTTATTTTGCACACTTTGCATATATCATTTACA  931

seq1  ATACTCATGTTAACTCTATTCAATGATTATTATGCTCATCATTTAACAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCATGTTAACTCTATTCAATGATTATTATGCTCATCATTTAACAGA  981

seq1  GGAGAAAACTGAGAAACAGACATTAAGAAATTTTCCTGCAGTATCACCAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAACTGAGAAACAGACATTAAGAAATTTTCCTGCAGTATCACCAA  1031

seq1  CATGAGGTGACTGATGCAGGTAGCTCTAGAGTTACCATCTTTGAGAGGTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGTGACTGATGCAGGTAGCTCTAGAGTTACCATCTTTGAGAGGTC  1081

seq1  ATGCGTGAACATTTGCTATTAGTGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGTGAACATTTGCTATTAGTGAATTC  1110

seq1: chr7_57719416_57720543
seq2: B6Ng01-042B07.g_67_1189

seq1  GAATTCCAGTAGAATTTGGTGACTGGCATGTGTCTATCGGTATGAGCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTAGAATTTGGTGACTGGCATGTGTCTATCGGTATGAGCATC  50

seq1  TGAAGTCATGGTTCTTTCTTAGTGCATTCATTAACTCAGTGGTTTGTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCATGGTTCTTTCTTAGTGCATTCATTAACTCAGTGGTTTGTCAA  100

seq1  CAACAGAAAGGGACGTCTTCTCACTCAGGCAGAAACTTCTAGATCAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAAAGGGACGTCTTCTCACTCAGGCAGAAACTTCTAGATCAAAGC  150

seq1  AACTGCAGATTTCATGCCTAGAAAGGACATATTTGTCACTTGATCTTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAGATTTCATGCCTAGAAAGGACATATTTGTCACTTGATCTTTAC  200

seq1  ATGGTGCAAGGGGTGAGGGACCTTCCTAGATGTCTTGTATAAGGGCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCAAGGGGTGAGGGACCTTCCTAGATGTCTTGTATAAGGGCACTG  250

seq1  ATGACCTATTTGTATCCCTGAGGCTTCACCTATGGAATGAATTCCAGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTATTTGTATCCCTGAGGCTTCACCTATGGAATGAATTCCAGGAT  300

seq1  GTAGCAGATGTGCAACTCACTACAGATGTTCTCTTGTCCTTTGGTACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGATGTGCAACTCACTACAGATGTTCTCTTGTCCTTTGGTACCTA  350

seq1  GCACCTGACATCACATCTTACCACTTGGTATGATACAAGCTCTTCTGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGACATCACATCTTACCACTTGGTATGATACAAGCTCTTCTGGCA  400

seq1  GAATTTCCAGAACCAGAGCGGTTGCCCAGGTTTTTATGCACCAGGGTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCCAGAACCAGAGCGGTTGCCCAGGTTTTTATGCACCAGGGTTGA  450

seq1  GACAAAGATATTGAGCAGAGACACAAAACACCAAGGGTTTCCTCGGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGATATTGAGCAGAGACACAAAACACCAAGGGTTTCCTCGGTAAA  500

seq1  GTGGCCTTTAAATCAGAGTCAGGAAATGGCCTCACGTAGCTCTCGCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTTTAAATCAGAGTCAGGAAATGGCCTCACGTAGCTCTCGCCAAT  550

seq1  AGTCCACCAGATGAATTGCGCCAAGGCTATATATAGTTTTCTTTTCTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACCAGATGAATTGCGCCAAGGCTATATATAGTTTTCTTTTCTTTG  600

seq1  TTGGACCTTGGCAGATTAAAGTTTCAGTCAGAGGGGTTGGGATTACAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCTTGGCAGATTAAAGTTTCAGTCAGAGGGGTTGGGATTACAAAT  650

seq1  TAGATTTCTTCTGAAAAGAGATTCTACAAAAGAGGATTTTACAAACTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTCTTCTGAAAAGAGATTCTACAAAAGAGGATTTTACAAACTATT  700

seq1  ACTTTTCTAATTCTGTGATTCTGTAAGATTTGGTTCCTGACCTCCAGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTAATTCTGTGATTCTGTAAGATTTGGTTCCTGACCTCCAGGAG  750

seq1  GTTATGGTCTCTTTGGGAGACATTAAATTTACATTTAAGGAGAATAACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGTCTCTTTGGGAGACATTAAATTTACATTTAAGGAGAATAACTT  800

seq1  TATAGGGCATATAACTGACTGCTAAATTGTGAGACACGGGCGATAAATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGCATATAACTGACTGCTAAATTGTGAGACACGGGCGATAAATGC  850

seq1  CAGAGAACACGGATACCAGGAAGAAGAAGGAATTAATTACTCAGAAAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACACGGATACCAGGAAGAAGAAGGAATTAATTACTCAGAAAGGG  900

seq1  AGAGAGAATGTGTGCTTTCCACCCTTCCACAGGGTATCTGACCTGTTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAATGTGTGCTTTCCACCCTTCCACA-GGTATCTGACCTGTTAGG  949

seq1  GTTTGATACTGGGAAGGAGTTTAGGTGAGGACAATGAGAATTAATGGGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
seq2  GTTTGATACTGGGAAGGAGTTTA-GTGAGGACAATGAG-ATTTATGGGGT  997

seq1  CAGGTGCTTTCGAATTAGGTCCATTTGTGTATGTCAATCTACAATGGGTT  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAGGTGCTTTCGAATTA-GTCCATTTGTGTATGTC-ATCTACAATGGGTT  1045

seq1  CTGGAGATGACTTATATAAAAACAAAAAGACCATGTGGGCTGGAAAGATG  1100
      ||||| ||||||||  |||||||||||||||   ||||||||| ||||||
seq2  CTGGAAATGACTTAATTAAAAACAAAAAGACATGGTGGGCTGG-AAGATG  1094

seq1  GCTCAGTTGTAAGTACATTT-TGTTCTTC  1128
      |   |||||||||||| ||| ||||||||
seq2  GTCAAGTTGTAAGTACTTTTGTGTTCTTC  1123