BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042F03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 30,694,608 - 30,756,939
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp74, LOC625437, LOC100043796
Upstream geneActn4, Eif3s12, Map4k1, Ryr1, Rasgrp4, 1110006G06Rik, Spred3, Ggn, Psmd8, A230107C01Rik, Kcnk6, Yif1b, Spint2, Ppp1r14a, Neud4, Sipa1l3, LOC100043791, 4932431P20Rik, 4930432E11Rik, 1700067C01Rik, Zfp84, LOC100043794, Zfp30, EG625349, 6330581L23Rik, BC027344, Zfp420, Zfp27
Downstream geneZfp568, Zfp14, LOC100043798, Zfp82, Zfp566, Zfp260, Zfp382, Zfp146, EG330503, Cox7a1, Capns1, Tbcb, Polr2i, Ovol3, Wdr62, EG668354, 1700020L13Rik, Clip3, Alkbh6, AI428936, 0610010E21Rik, Lrfn3, Tyrobp, Hcst, AY078069, Aplp1, Kirrel2, Nphs1, LOC100034728, Prodh2, Gm1082, Snx26, BC053749, Hspb6, 1810054G18Rik, Psenen, U2af1l4, Tmem149, Wbp7, Zbtb32, Upk1a, Cox6b1, Etv2, 3100004P22Rik, 2310022K01Rik, 4930479M11Rik, 2200002J24Rik, EG233075, Atp4a, Tmem147, Gapdhs, Sbsn, Dmkn, Krtdap, Ffar2, Ffar3, Ffar1, Cd22, Mag, Hamp2, Usf2-ps1, Hamp1, Usf2, LOC100043823, Lsr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042F03.bB6Ng01-042F03.g
ACCDH868733DH868734
length785618
definitionDH868733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042F03, 5' end.DH868734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042F03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,756,153 - 30,756,939)(30,694,608 - 30,695,223)
sequence
gaattctttaaccccaaatcaattggcttatggctcagcttcactctagt
gtaggtccttctcatcctgagggtctatgtgcaaactcagaggagacttt
gaggttgtcagccagcactctgtagctttccggtagatgggattctgggc
attccgtgttttttgtttttgttttttgtttgttttcttttttaaatgaa
ggcacgatggctgtgcctgcttggtggccacttggtgggagtggccatgt
tcaaaattgtggtatacagtaaaatcctttactaggctgggaatttggct
attgtaggacaagtaaagtaggtgcccccgaaactccaaacacagctaca
cttaaattgtaggaaccctaatgtcccaacataatggctgcaacagccaa
gagggtgaggttggtcatcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttta
agtgcatttgtttttgttcatttcaggaagggttgatataacccaagcta
gcctcgaactcttgatctctatgcttccatttccaaaggattaagattgc
aagtatgctgccctgtagctgtaaccccggtcccagtctgtcaagctggg
gcaaccgtttaactgtaaactctatgatactcattgaaaccactcaacgg
agcccatgaagagtgattgcattcattaaggatacccatctgacatatct
tctcatacgtgagtttacagctatagcactggactcgggacccaagaagt
tatcatgtgcaaagaaatcacggaaacctatcacc
gaattctcactacaattggaagatggcatgtaattgtcaagctgacagta
tgtgtgtcttaggggctgttatgttctgttgaatgtgtattgtgtattga
ttgtgtaaaatttcatgagggcaactggaagtgattataactgttgtgtg
actccgccgtgagtctcctgttgtgcccgtttgtagcactgtggttttat
gtggtgttgtatttaagggttctataaatgtggttgtgatttcatcctca
ggatggatgtgtgactgtgactatccaaccatacattgttgtgctgtcat
ttgggtagggtgtgcttgtgaggatatatgtggttccatggtgggtgact
gacagcagctgtgggtttgtagatttggtgtgcctctgactgcccaagtg
actccaattttctgtcctaagagacccccagtgagataagaacagattcc
agtattggacaacataggctacattccttctctgactctagacattatca
tgagaacctagacttctccctgggtgacaggtatggatgcatggtggcct
tttattaaaagacttaggactttcatgactcaatttttcccccagctcca
ctccctccataggtaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_30756153_30756939
seq2: B6Ng01-042F03.b_42_826 (reverse)

seq1  GGTGATAGGTTTCCGTGCTTTCTTTGCACATGGTAACTTCTTGGCTTCCG  50
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||
seq2  GGTGATAGGTTTCCGTGATTTCTTTGCACATGATAACTTCTTGGGTCCCG  50

seq1  TGTCCAGTGCTATGGCTGTATAACTCACCTATGAGATGATATGTCCGATG  100
       |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||
seq2  AGTCCAGTGCTATAGCTGTA-AACTCACGTATGAGAAGATATGTCAGATG  99

seq1  GGTATCCTTAATGAATGCAGTCACTCTTCCTTGGGCTCCGTTGGGTGGTT  150
      ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||
seq2  GGTATCCTTAATGAATGCAATCACTCTT-CATGGGCTCCGTTGAGTGGTT  148

seq1  TCACTGAGTCTCATAGAGTTTACAGTTAAACGGTTGCGCCAGCTTGACAG  200
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAATGAGTATCATAGAGTTTACAGTTAAACGGTTGCCCCAGCTTGACAG  198

seq1  ACTGGGACTGGGGTTACAGCTACAGGGCAGCATACGTGCAATCCTAATCC  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  ACTGGGACCGGGGTTACAGCTACAGGGCAGCATACTTGCAATCTTAATCC  248

seq1  TTTGGAAATGGAAGCATAGAGATCAAGAGTTCGAGGCTAGCCTGGGTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTGGAAATGGAAGCATAGAGATCAAGAGTTCGAGGCTAGCTTGGGTTAT  298

seq1  ATCAACCCTTCCTGAAATGAACAAAAACAAATGCACTTAAACACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCCTTCCTGAAATGAACAAAAACAAATGCACTTAAACACACACAC  348

seq1  ACACACACACACACACACGATGACCAACCTCACCCTCTTGGCTGTTGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACGATGACCAACCTCACCCTCTTGGCTGTTGCAG  398

seq1  CCATTATGTTGGGACATTAGGGTTCCTACAATTTAAGTGTAGCTGTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTATGTTGGGACATTAGGGTTCCTACAATTTAAGTGTAGCTGTGTTT  448

seq1  GGAGTTTCGGGGGCACCTACTTTACTTGTCCTACAATAGCCAAATTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTCGGGGGCACCTACTTTACTTGTCCTACAATAGCCAAATTCCCA  498

seq1  GCCTAGTAAAGGATTTTACTGTATACCACAATTTTGAACATGGCCACTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGTAAAGGATTTTACTGTATACCACAATTTTGAACATGGCCACTCC  548

seq1  CACCAAGTGGCCACCAAGCAGGCACAGCCATCGTGCCTTCATTTAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGTGGCCACCAAGCAGGCACAGCCATCGTGCCTTCATTTAAAAAA  598

seq1  GAAAACAAACAAAAAACAAAAACAAAAAACACGGAATGCCCAGAATCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAACAAAAAACAAAAACAAAAAACACGGAATGCCCAGAATCCCA  648

seq1  TCTACCGGAAAGCTACAGAGTGCTGGCTGACAACCTCAAAGTCTCCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCGGAAAGCTACAGAGTGCTGGCTGACAACCTCAAAGTCTCCTCTG  698

seq1  AGTTTGCACATAGACCCTCAGGATGAGAAGGACCTACACTAGAGTGAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCACATAGACCCTCAGGATGAGAAGGACCTACACTAGAGTGAAGC  748

seq1  TGAGCCATAAGCCAATTGATTTGGGGTTAAAGAATTC  787
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATAAGCCAATTGATTTGGGGTTAAAGAATTC  785

seq1: chr7_30694608_30695223
seq2: B6Ng01-042F03.g_65_682

seq1  GAATTCTCACTACAATTGGAAGATGGCATGTAATTGTCAAGCTGACAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTACAATTGGAAGATGGCATGTAATTGTCAAGCTGACAGTA  50

seq1  TGTGTGTCTTAGGGGCTGTTATGTTCTGTTGAATGTGTATTGTGTATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCTTAGGGGCTGTTATGTTCTGTTGAATGTGTATTGTGTATTGA  100

seq1  TTGTGTAAAATTTCATGAGGGCAACTGGAAGTGATTATAACTGTTGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAAAATTTCATGAGGGCAACTGGAAGTGATTATAACTGTTGTGTG  150

seq1  ACTCCGCCGTGAGTCTCCTGTTGTGCCCGTTTGTAGCACTGTGGTTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGCCGTGAGTCTCCTGTTGTGCCCGTTTGTAGCACTGTGGTTTTAT  200

seq1  GTGGTGTTGTATTTAAGGGTTCTATAAATGTGGTTGTGATTTCATCCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGTTGTATTTAAGGGTTCTATAAATGTGGTTGTGATTTCATCCTCA  250

seq1  GGATGGATGTGTGACTGTGACTATCCAACCATACATTGTTGTGCTGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATGTGTGACTGTGACTATCCAACCATACATTGTTGTGCTGTCAT  300

seq1  TTGGGTAGGGTGTGCTTGTGAGGATATATGTGGTTCCATGGTGGGTGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTAGGGTGTGCTTGTGAGGATATATGTGGTTCCATGGTGGGTGACT  350

seq1  GACAGCAGCTGTGGGTTTGTAGATTTGGTGTGCCTCTGACTGCCCAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGCTGTGGGTTTGTAGATTTGGTGTGCCTCTGACTGCCCAAGTG  400

seq1  ACTCCAATTTTCTGTCCTAAGAGACCCCCAGTGAGATAAGAACAGATTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAATTTTCTGTCCTAAGAGACCCCCAGTGAGATAAGAACAGATTCC  450

seq1  AGTATTGGACAACATAGGCTACATTCCTTCTCTGACTCTAGACATTATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGGACAACATAGGCTACATTCCTTCTCTGACTCTAGACATTATCA  500

seq1  TGAGAACCTAGACTTCTCCCTGGGTGACAGGTATGGATCCAGGGTGGCCT  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
seq2  TGAGAACCTAGACTTCTCCCTGGGTGACAGGTATGGATGCATGGTGGCCT  550

seq1  TTTATTAAAAGACTTAGGAC-TTCATGACTCATTTTTTCCCCCAGCTCCA  599
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTATTAAAAGACTTAGGACTTTCATGACTCAATTTTTCCCCCAGCTCCA  600

seq1  CT-CCTCCAGAGGTACCC  616
      || |||||| ||||||||
seq2  CTCCCTCCATAGGTACCC  618