BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042I19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 142,542,319 - 142,669,115
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFoxi2
Upstream gene4933400E14Rik, LOC100043248, LOC100043699, LOC668750, Dock1, B830028B13Rik, EG668693, LOC100043254
Downstream geneClrn3, Ptpre, Mki67, LOC668764
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042I19.bB6Ng01-042I19.g
ACCDH868896DH868897
length594783
definitionDH868896|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I19, 5' end.DH868897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,542,319 - 142,542,891)(142,668,335 - 142,669,115)
sequence
gaattcaaactctggatatttggtattatggatgtaggttttaaagtttg
ttaaacatatgttatcttttagacataggtactgtcttagtcactcttta
gttagtgtgataaaattctctgaaaaaaaaaaacacagatgaaatgagag
agggtttattccagctcacagctcagcagtccatcattatgtgacaggag
cttggagcagctggccatataatgtttaccgtcgggaagcagagagcaat
ggatgcttgccactgctcagtcccatttctacatttaaacagagcaagat
cccagctcaggaagtgatagcacccaaaatgggcaggtcttcccccttca
tttaacacaatcaagaaaatgagtgccctgtggtatctccagaggctcaa
ccctcaggtgattctagattctagcaagttgacagcactaaccatcctgt
gctccaaaatagttctgaatgagcttacttctcgaggatttgtttttgtt
tgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgta
tgtgtgtgtgtgtgtgtgaaaataaaaaaaatatttgtgtgtgt
gaattcctcaggggagggggcagcctggtcctaattacagacctagcaag
ggcccacggcaggtttctttagagtcagaggtggagacctaggggctcca
ggctcttagagccaagcatgctcacaagcccgtgcatccagtcaccatat
cctcactccagacaccgtcccagaagctggagggaatcaagtcagtgtct
cactcagtgtttcagctctccgcagactggatgggatggatggtttgtct
ctcttccaactgctaattcccttctggccagtggccctgaccctcttgat
ctctggccttttagcttggcctgagcatgcttattcacctcaaggagggc
atctcagggtaaaaataccatggcatctgcctacccaggggctggccctt
ccctcccacaaactcaaaaaaccagaaccatctacagttaaagaaagaat
acaatgaaggaagtaagaaagacatcagctaaaggcacttgccaccaaga
ggctctgacatacacagacagacagacagacagacagacacacacacaca
cacacacacacactaaatatgtgaaatacatttttgaagaggtatgggga
gtcctgagcagttgcaaacagtacctgctcacagaagtgagacctaggtt
tgagacccagtagggactcaggctgatgatgtacagctagggggtggggt
gtgggaggaagtgagctggcaggctcagatagatctcaggctttctcatt
gatcctatctccttcctgctccaatttcatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_142542319_142542891
seq2: B6Ng01-042I19.b_38_631

seq1  GAATTCAAACTCTGGATATTTGGTATTATGGATGTAGGTTTTAAAGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTCTGGATATTTGGTATTATGGATGTAGGTTTTAAAGTTTG  50

seq1  TTAAACATATGTTATCTTTTAGACATAGGTACTGTCTTAGTCACTCTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATATGTTATCTTTTAGACATAGGTACTGTCTTAGTCACTCTTTA  100

seq1  GTTAGTGTGATAAAATTCTCTGAAAAAAAAAAACACAGATGAAATGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTGATAAAATTCTCTGAAAAAAAAAAACACAGATGAAATGAGAG  150

seq1  AGGGTTTATTCCAGCTCACAGCTCAGCAGTCCATCATTATGTGACAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTATTCCAGCTCACAGCTCAGCAGTCCATCATTATGTGACAGGAG  200

seq1  CTTGGAGCAGCTGGCCATATAATGTTTACCGTCGGGAAGCAGAGAGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGCAGCTGGCCATATAATGTTTACCGTCGGGAAGCAGAGAGCAAT  250

seq1  GGATGCTTGCCACTGCTCAGTCCCATTTCTACATTTAAACAGAGCAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTTGCCACTGCTCAGTCCCATTTCTACATTTAAACAGAGCAAGAT  300

seq1  CCCAGCTCAGGAAGTGATAGCACCCAAAATGGGCAGGTCTTCCCCCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTCAGGAAGTGATAGCACCCAAAATGGGCAGGTCTTCCCCCTTCA  350

seq1  TTTAACACAATCAAGAAAATGAGTGCCCTGTGGTATCTCCAGAGGCTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACACAATCAAGAAAATGAGTGCCCTGTGGTATCTCCAGAGGCTCAA  400

seq1  CCCTCAGGTGATTCTAGATTCTAGCAAGTTGACAGCACTAACCATCCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGGTGATTCTAGATTCTAGCAAGTTGACAGCACTAACCATCCTGT  450

seq1  GCTCCAAAATAGTTCTGAATGAGCTTACTTCTCGAGGATTTGTTTTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAAAATAGTTCTGAATGAGCTTACTTCTCGAGGATTTGTTTTTGTT  500

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTA  550

seq1  TGTGTGTGTGTGTG---------------------TGTGTGTGT  573
      ||||||||||||||                     |||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGAAAATAAAAAAAATATTTGTGTGTGT  594

seq1: chr7_142668335_142669115
seq2: B6Ng01-042I19.g_66_848 (reverse)

seq1  TACATG-AATTGTAGCAGGAAGGAGAT-GGATCAATGAGAATGCCTGAGA  48
      |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TACATGAAATTGGAGCAGGAAGGAGATAGGATCAATGAGAAAGCCTGAGA  50

seq1  TCTATCTGAGCCTGCCAGCTCACTTCCTCCCACACCCCACCCCCTAGCTG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTGAGCCTGCCAGCTCACTTCCTCCCACACCCCACCCCCTAGCTG  100

seq1  TACATCATCAGCCTGAGTCCCTACTGGGTCTCAAACCTAGGTCTCACTTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCATCAGCCTGAGTCCCTACTGGGTCTCAAACCTAGGTCTCACTTC  150

seq1  TGTGAGCAGGTACTGTTTGCAACTGCTCAGGACTCCCCATACCTCTTCAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCAGGTACTGTTTGCAACTGCTCAGGACTCCCCATACCTCTTCAA  200

seq1  AAATGTATTTCACATATTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTTCACATATTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGT  250

seq1  CTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGTATGTCAGAGCCTCTTGGTGGCAAGTGCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGTATGTCAGAGCCTCTTGGTGGCAAGTGCC  300

seq1  TTTAGCTGATGTCTTTCTTACTTCCTTCATTGTATTCTTTCTTTAACTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTGATGTCTTTCTTACTTCCTTCATTGTATTCTTTCTTTAACTGT  350

seq1  AGATGGTTCTGGTTTTTTGAGTTTGTGGGAGGGAAGGGCCAGCCCCTGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTTCTGGTTTTTTGAGTTTGTGGGAGGGAAGGGCCAGCCCCTGGG  400

seq1  TAGGCAGATGCCATGGTATTTTTACCCTGAGATGCCCTCCTTGAGGTGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAGATGCCATGGTATTTTTACCCTGAGATGCCCTCCTTGAGGTGAA  450

seq1  TAAGCATGCTCAGGCCAAGCTAAAAGGCCAGAGATCAAGAGGGTCAGGGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGCTCAGGCCAAGCTAAAAGGCCAGAGATCAAGAGGGTCAGGGC  500

seq1  CACTGGCCAGAAGGGAATTAGCAGTTGGAAGAGAGACAAACCATCCATCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCCAGAAGGGAATTAGCAGTTGGAAGAGAGACAAACCATCCATCC  550

seq1  CATCCAGTCTGCGGAGAGCTGAAACACTGAGTGAGACACTGACTTGATTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGTCTGCGGAGAGCTGAAACACTGAGTGAGACACTGACTTGATTC  600

seq1  CCTCCAGCTTCTGGGACGGTGTCTGGAGTGAGGATATGGTGACTGGATGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCTTCTGGGACGGTGTCTGGAGTGAGGATATGGTGACTGGATGC  650

seq1  ACGGGCTTGTGAGCATGCTTGGCTCTAAGAGCCTGGAGCCCCTAGGTCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCTTGTGAGCATGCTTGGCTCTAAGAGCCTGGAGCCCCTAGGTCTC  700

seq1  CACCTCTGACTCTAAAGAAACCTGCCGTGGGCCCTTGCTAGGTCTGTAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTGACTCTAAAGAAACCTGCCGTGGGCCCTTGCTAGGTCTGTAAT  750

seq1  TAGGACCAGGCTGCCCCCTCCCCTGAGGAATTC  781
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACCAGGCTGCCCCCTCCCCTGAGGAATTC  783