BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047D06
Chromosome7 (Build37)
Map Location 65,397,639 - 65,585,035
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGabrg3, Gabra5, Gabrb3, EG668807, LOC434189
Downstream geneAtp10a, LOC621446, LOC668811, LOC668813, LOC668815, EG668818, Ube3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047D06.bB6Ng01-047D06.g
ACCDH872130DH872131
length1,0121,129
definitionDH872130|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047D06, 5' end.DH872131|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,397,639 - 65,398,406)(65,583,889 - 65,585,035)
sequence
gaattctggactaagtcgaaaatagaaagggagttggcacagacatctat
tgttctctgcttgcttcctagctgcagatgcctgcttcttctgccactgt
acctttctgtcgcaatggactgtttccagggtctctaaggcacaataagc
ccctccttcacagtaaaagtaaaggaaccaatgaataattaagaaatact
tagaagagcactagtttccaaaccaaggtcattaatggctagtgacttta
cagaagcacaatcaggtgtttgaagagaaaacataagaattctttgaaaa
gtcggttgtattggatggtgttttgctggggcaagcaggtgaaggtatgt
tttcctgaagtgaacacaggtgaaaagataaggcagattcatgaaggaac
attttgatgaaacagacacaagtgaaaggatgttctgctaaagtaagcac
atgaatggacatatgatgaaaatttctttgctaatgtcacacatgttata
gtccaccttacattgtgtccatttgtcagaactccatagaaaatggtcca
aaaatcttctcgtgctgtgctgcagtttcttgtcacttatgcaacttggg
ctgattggcagagtgatgtcagctgagatagacattcttgttgtggcaag
aaactcatgctgaagcaagacatgtggaggacatgtggtatttagatgga
gtataaaaaggactcaacgaacagtaaaggaggctgaacttggcttgttg
gtacagctatctgtgtaaagctttttggtatcctgtctttgttgatcttc
cctttgctgagagaggcatagccaagaactcctggcatccctccaggtgc
cccctgctcacttgtgctgaggctgaggcctggcggtctcttgctagaca
aaactaccactgctgattcatgtttgctacccttgctttacagactggac
tgctgatatatcaatgaagtgtttgaaaggtggatcaagctgctgctgct
actatcaactga
gaattcaattccaataactttatggtggaaatgaagggctgattgcctca
aattctcctgtgacttccatatacacatgatggcatgtgctttgtatcta
caaacatctatgcatatacttgcaaacaaatgaataaacatattcacatg
aaattcagtggccaaggtagacactatcttttttctagttatcttaggaa
tgctaagatgctgcttgaaacctcccagaagcaaagaaatgtaaagatat
tagaataactattagttcattttctattgctgtgacaaaagtattgacca
acactgacttggggaaaatgggtttatttggcttacacaccttacttcat
acttgactgacaaaagccgaggcagaaagtcgaagcaggaatttggagat
aggaactgaaacagaggccatcaaggggttgatgcttattggcttgctct
ccatatgcctcctggtttactttcttatacaaccaagggccactcatata
gggatggtaacacccacaatgagctgggtcctcccacatcaatcactcat
tatgaaaatgcccttcatatttgcttataggaattctgagagaagaattt
tcttcccagatagcacaggatttgtatctagctgacacttgcctatgagt
gcatatggacttcagaattccaagcctgaaggagaacttggccatttatt
ggacaacagaaaacaggcaaggttttccaaaaatcagaattgtccataaa
acataggatgctttaagaagaattcatgttcaactctattcatattgcta
tatgtattgttacacaaactcacaactcctattcactatgaactagaaag
atctccctagcacagcacagattctaaatgcttggtgttatggttcagag
cttagtcatccttgaaaagtccaggtttgaatgcctagtccctatcctgt
ggaaaatgaatgtgaaacacctccacccaccccatagctagtatttgatg
cttgtttgtagttctctttggggaggttatggaactcatagagtgagggg
gctttgaggttaatcctcatgatacctctgctgcattcttatttctgtgt
gtgatgcaagtgaatcagctagctctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_65397639_65398406
seq2: B6Ng01-047D06.b_45_812

seq1  GAATTCTGGACTAAGTCGAAAATAGAAAGGGAGTTGGCACAGACATCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGACTAAGTCGAAAATAGAAAGGGAGTTGGCACAGACATCTAT  50

seq1  TGTTCTCTGCTTGCTTCCTAGCTGCAGATGCCTGCTTCTTCTGCCACTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGCTTGCTTCCTAGCTGCAGATGCCTGCTTCTTCTGCCACTGT  100

seq1  ACCTTTCTGTCGCAATGGACTGTTTCCAGGGTCTCTAAGGCACAATAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCTGTCGCAATGGACTGTTTCCAGGGTCTCTAAGGCACAATAAGC  150

seq1  CCCTCCTTCACAGTAAAAGTAAAGGAACCAATGAATAATTAAGAAATACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTTCACAGTAAAAGTAAAGGAACCAATGAATAATTAAGAAATACT  200

seq1  TAGAAGAGCACTAGTTTCCAAACCAAGGTCATTAATGGCTAGTGACTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAGCACTAGTTTCCAAACCAAGGTCATTAATGGCTAGTGACTTTA  250

seq1  CAGAAGCACAATCAGGTGTTTGAAGAGAAAACATAAGAATTCTTTGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCACAATCAGGTGTTTGAAGAGAAAACATAAGAATTCTTTGAAAA  300

seq1  GTCGGTTGTATTGGATGGTGTTTTGCTGGGGCAAGCAGGTGAAGGTATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGTTGTATTGGATGGTGTTTTGCTGGGGCAAGCAGGTGAAGGTATGT  350

seq1  TTTCCTGAAGTGAACACAGGTGAAAAGATAAGGCAGATTCATGAAGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGAAGTGAACACAGGTGAAAAGATAAGGCAGATTCATGAAGGAAC  400

seq1  ATTTTGATGAAACAGACACAAGTGAAAGGATGTTCTGCTAAAGTAAGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGATGAAACAGACACAAGTGAAAGGATGTTCTGCTAAAGTAAGCAC  450

seq1  ATGAATGGACATATGATGAAAATTTCTTTGCTAATGTCACACATGTTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGGACATATGATGAAAATTTCTTTGCTAATGTCACACATGTTATA  500

seq1  GTCCACCTTACATTGTGTCCATTTGTCAGAACTCCATAGAAAATGGTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCTTACATTGTGTCCATTTGTCAGAACTCCATAGAAAATGGTCCA  550

seq1  AAAATCTTCTCGTGCTGTGCTGCAGTTTCTTGTCACTTATGCAACTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTTCTCGTGCTGTGCTGCAGTTTCTTGTCACTTATGCAACTTGGG  600

seq1  CTGATTGGCAGAGTGATGTCAGCTGAGATAGACATTCTTGTTGTGGCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGGCAGAGTGATGTCAGCTGAGATAGACATTCTTGTTGTGGCAAG  650

seq1  AAACTCATGCTGAAGCAAGACATGTGGAGGACATGTGGTATTTAGATGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCATGCTGAAGCAAGACATGTGGAGGACATGTGGTATTTAGATGGA  700

seq1  GTATAAAAAGGACTCAACGAACAGTAAAGGAGGCTGAACTTGGCTTGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAAGGACTCAACGAACAGTAAAGGAGGCTGAACTTGGCTTGTTG  750

seq1  GTACAGCTATCTGTGTAA  768
      ||||||||||||||||||
seq2  GTACAGCTATCTGTGTAA  768

seq1: chr7_65583889_65585035
seq2: B6Ng01-047D06.g_66_1194 (reverse)

seq1  CAGAGAGCTAGCTGA-TCACATTGCATCTACACACAGGAAATAAAGAAAG  49
      ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| ||||| |
seq2  CAGAGAGCTAGCTGATTCAC-TTGCATC-ACACACA-GAAAT-AAGAATG  46

seq1  CAAGCAGGAGGTATCATGAGGATTTAAACCCTCAAAGCCCACTTCCACCT  99
      | |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||| ||  || ||
seq2  C-AGCA-GAGGTATCATGAGGATT---AACCTCAAAGCCCCCT--CA-CT  88

seq1  CTATGAGTTCTCATAACCTCCCCAAAGAGAACTACAAACCAAGCATTCAA  149
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CTATGAGTTC-CATAACCTCCCCAAAGAGAACTACAAA-CAAGCA-TCAA  135

seq1  ATACCTAAGCCTATGGGGTGGGTGGAGGTGTTTCACATTCATTTTTCCAC  199
      ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATA-CTA--GCTATGGGGTGGGTGGAGGTGTTTCACATTCA-TTTTCCAC  181

seq1  AGGATAGGGACTAGGCATTCAATACCTGGACTTTTCAAGGATGACTAAGC  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGGGACTAGGCATTCAA-ACCTGGACTTTTCAAGGATGACTAAGC  230

seq1  TCTGAACCATAACACCAAGCATTTAGAATCTGTGCTGTGCTAGGGAGATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACCATAACACCAAGCATTTAGAATCTGTGCTGTGCTAGGGAGATC  280

seq1  TTTCTAGTTCATAGTGAATAGGAGTTGTGAGTTTGTGTAACAATACATAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGTTCATAGTGAATAGGAGTTGTGAGTTTGTGTAACAATACATAT  330

seq1  AGCAATATGAATAGAGTTGAACATGAATTCTTCTTAAAGCATCCTATGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATATGAATAGAGTTGAACATGAATTCTTCTTAAAGCATCCTATGTT  380

seq1  TTATGGACAATTCTGATTTTTGGAAAACCTTGCCTG-TTTCTGTTGTCCA  448
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTATGGACAATTCTGATTTTTGGAAAACCTTGCCTGTTTTCTGTTGTCCA  430

seq1  ATAAATGGCCAAGTTCTCCTTCAGGCTTGGAATTCTGAAGTCCATATGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGGCCAAGTTCTCCTTCAGGCTTGGAATTCTGAAGTCCATATGCA  480

seq1  CTCATAGGCAAGTGTCAGCTAGATACAAATCCTGTGCTATCTGGGAAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGGCAAGTGTCAGCTAGATACAAATCCTGTGCTATCTGGGAAGAA  530

seq1  AATTCTTCTCTCAGAATTCCTATAAGCAAATATGAAGGGCATTTTCATAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTCTCTCAGAATTCCTATAAGCAAATATGAAGGGCATTTTCATAA  580

seq1  TGAGTGATTGATGTGGGAGGACCCAGCTCATTGTGGGTGTTACCATCCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATTGATGTGGGAGGACCCAGCTCATTGTGGGTGTTACCATCCCT  630

seq1  ATATGAGTGGCCCTTGGTTGTATAAGAAAGTAAACCAGGAGGCATATGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGTGGCCCTTGGTTGTATAAGAAAGTAAACCAGGAGGCATATGGA  680

seq1  GAGCAAGCCAATAAGCATCAACCCCTTGATGGCCTCTGTTTCAGTTCCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCCAATAAGCATCAACCCCTTGATGGCCTCTGTTTCAGTTCCTA  730

seq1  TCTCCAAATTCCTGCTTCGACTTTCTGCCTCGGCTTTTGTCAGTCAAGTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAATTCCTGCTTCGACTTTCTGCCTCGGCTTTTGTCAGTCAAGTA  780

seq1  TGAAGTAAGGTGTGTAAGCCAAATAAACCCATTTTCCCCAAGTCAGTGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTAAGGTGTGTAAGCCAAATAAACCCATTTTCCCCAAGTCAGTGTT  830

seq1  GGTCAATACTTTTGTCACAGCAATAGAAAATGAACTAATAGTTATTCTAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATACTTTTGTCACAGCAATAGAAAATGAACTAATAGTTATTCTAA  880

seq1  TATCTTTACATTTCTTTGCTTCTGGGAGGTTTCAAGCAGCATCTTAGCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTACATTTCTTTGCTTCTGGGAGGTTTCAAGCAGCATCTTAGCAT  930

seq1  TCCTAAGATAACTAGAAAAAAGATAGTGTCTACCTTGGCCACTGAATTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGATAACTAGAAAAAAGATAGTGTCTACCTTGGCCACTGAATTTC  980

seq1  ATGTGAATATGTTTATTCATTTGTTTGCAAGTATATGCATAGATGTTTGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAATATGTTTATTCATTTGTTTGCAAGTATATGCATAGATGTTTGT  1030

seq1  AGATACAAAGCACATGCCATCATGTGTATATGGAAGTCACAGGAGAATTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAAAGCACATGCCATCATGTGTATATGGAAGTCACAGGAGAATTT  1080

seq1  GAGGCAATCAGCCCTTCATTTCCACCATAAAGTTATTGGAATTGAATTC  1147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAATCAGCCCTTCATTTCCACCATAAAGTTATTGGAATTGAATTC  1129