BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055M05
Chromosome7 (Build37)
Map Location 56,311,956 - 56,457,882
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9130015G15Rik
Upstream geneMrgprb7-ps, Mrgprb12-ps, EG270335, Mrgprb5, Mrgprb4, Mrgprb13, Mrgprb8, Mrgprb1, Mrgprx2, Mrgprb2, Mrgprb9-ps, Mrgprb3, EG639116, Zdhhc13, Csrp3, E2f8, LOC100040465
Downstream gene5330421F07Rik, Dbx1, Htatip2, Prmt3, Slc6a5, Nell1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055M05.bB6Ng01-055M05.g
ACCDH878119DH878120
length1,1411,106
definitionDH878119|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055M05, 5' end.DH878120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,456,727 - 56,457,882)(56,311,956 - 56,313,103)
sequence
gaattccctttgctgacaaggaaagcttagggtattttagggtctggcag
cacctcttccttttgtagctgatgcatcactaggattttccacatctctg
atccacagatgtggtggttacatgtccaccttctcacctgtccatcaact
gcctgtccatcatttcactagcatcccaagagggtggacaaagtactgac
cttcagggcaatttcctagttatttcttgaaaggcatgtcacatagagga
aaggactccagaaggggttaaccgagaaagtacagtcagcgttgtgcttt
ctgctccctcagaggcccttttaagaccccatgagagtatgaggagacag
caggcttgcctctggcttcatgagcagatgagctgatgggagagagccaa
gatgctgagtagccaagcttggtcactgggacaaagtggctccgcatccc
tcttcaacttcaaaacacggatgagtcaagagcttgaacgaagatgcaca
ggatgaggggaccccaccctggatgagggcagtgcaagataccaactgag
ctataaacacagctcaggtcaccagtgtagttcccaaggctgctttccaa
ggctactgatgagagtgttccatacattttatgttataatgcaaaaagat
ccccacttatatcctaagaactttgattttgccaccccatctctgtctgt
cattttcctcccagaagggagctgctttgccaacgttgtccccttgttct
cacaggagaagaggggttgctgggaccccgggcttgggagacccagagct
ttggctgaggctaattcaggggaaactaagagctataaggaggaagactt
tggagtccccttggtgactaaaaagtcaaataaaggccttagttatattg
aaatttctgtggctctgaactgtttctaatcagacactgcccatggtcca
gtgtttcaccagataatgctttgtgttaatgtatggcaagctaatctcaa
atgtgtccatgcgtggatactggcccagtcaattctctgtcccctagagg
tcagcatggcttgctagttatcatccatctgtttccaacaggttctaagt
aaacaccggtgtggtctaggtctccgggctgagctgaggga
gaattccacagaaaccttgaaatttacccactagcgctcagcatccctag
gagagtccctcctcagacccacacaaggctcagccctgcccacatcccct
ctcagcagcctttgtcagcacacctccaggagggctttccagtgtcgtgg
ctgtttcattacagcctctgggaaagatgaactgaagttagtgtctctgc
acatggcaaagggaaggtctgagggtcacattccacttacaacgataagc
ttctacctgccactgaatgtattaataataataacagcaacgacagtggc
agccttgacctaagggaggaaaaaaacatttcagaggagctaacttttcc
caagtctccgagattacaaaccataaggttggaataatgaagtcaatagg
ctttctgaaatacattctgtattttacagacaccgttctggtcagcccga
ctcatttagattcatgagtttccacagcggagatgatgacccaagaatat
attggttattttcctgctgctgtgataaaacacaatgagcacggtaactc
atagaggaaagtttatttgggcttacagttctagtgggctaggagaatcc
ataccattgaagaggggtgggggcgtctggggcagacagctggcttgcgg
ctggtctctcatctttaaccacaagcacaaaccttagagcgtgaactagg
aatgactgagagtttttaaactctcaaagcccccaccaaatggcatactt
tctccagcaaggccacacctcctaaacctatccaaacaccaccaacatct
ggggagcaggatgcaaagagggacacatttaactcagccacaaatgggtt
gaatccacatctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggtcaaatgatgtgggat
gtaatcaaaagcaaatctcacagagcgttctgagagcagagaagaatggt
acccttcctagacccgagtctgagcacaggtgtgagtactattaagagaa
aaaacatattaaaatatatatggtgtgtgtgtgcagatcctgaggagtca
gatagtatgggtcctggagctgaatgtagagtcccctgtggggctgatca
attgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_56456727_56457882
seq2: B6Ng01-055M05.b_49_1189 (reverse)

seq1  TCCCTCAGCTCAGCACAGGAAGGACCTAGGACACAACAGATGTTTTACTA  50
      |||||||||||||| | |||  |||||||  ||| || | || |||||| 
seq2  TCCCTCAGCTCAGC-CCGGA--GACCTAGACCAC-ACCGGTG-TTTACTT  45

seq1  GAAACTTGTTGGGAAACAGATGGATGATAAACTAGCAAGCCAATGCCTGA  100
        ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||
seq2  AGAACCTGTT-GGAAACAGATGGATGAT-AACTAGCAAGCC-ATG-CTGA  91

seq1  CCTCTAGGGGGACAGGAGAATTGACTGGGCAAGTATCCACGCATGGACAC  150
      |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCTCTA-GGGGACA-GAGAATTGACTGGGCCAGTATCCACGCATGGACAC  139

seq1  ATTTGAGATTAGCTTGCCATACATTAACACAAAGCATTATCTGGTGAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGATTAGCTTGCCATACATTAACACAAAGCATTATCTGGTGAAAC  189

seq1  ACTGGACCATGGGCAGTGTCTGATTAGAAACAGTTCAGAAGCCAACAGAA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  ACTGGACCATGGGCAGTGTCTGATTAGAAACAGTTCAG-AGCC-ACAGAA  237

seq1  ATTTCAATATAACTTAAGGCCTTTATTTGACTTTTTAGTCACCAAGGGGA  300
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATATAAC-TAAGGCCTTTATTTGACTTTTTAGTCACCAAGGGGA  286

seq1  CTCCAAAGTCTTCCTCCTTATAGCTCTTAGTTTCCCCCTGAATTAGCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGTCTTCCTCCTTATAGCTCTTAGTTT-CCCCTGAATTAGCCTC  335

seq1  AGCCAAAGCTCTGGGTCTCCCAAGCCCGGGGTCCCAGCAACCCCTCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAGCTCTGGGTCTCCCAAGCCCGGGGTCCCAGCAACCCCTCTTCT  385

seq1  CCTGTGAGAACAAGGGGACAACGTTGGCAAAGCAGCTCCCTTCTGGGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGAACAAGGGGACAACGTTGGCAAAGCAGCTCCCTTCTGGGAGG  435

seq1  AAAATGACAGACAGAGATGGGGTGGCAAAATCAAAGTTCTTAGGATATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGACAGACAGAGATGGGGTGGCAAAATCAAAGTTCTTAGGATATAA  485

seq1  GTGGGGATCTTTTTGCATTATAACATAAAATGTATGGAACACTCTCATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGATCTTTTTGCATTATAACATAAAATGTATGGAACACTCTCATCA  535

seq1  GTAGCCTTGGAAAGCAGCCTTGGGAACTACACTGGTGACCTGAGCTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCTTGGAAAGCAGCCTTGGGAACTACACTGGTGACCTGAGCTGTGT  585

seq1  TTATAGCTCAGTTGGTATCTTGCACTGCCCTCATCCAGGGTGGGGTCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCTCAGTTGGTATCTTGCACTGCCCTCATCCAGGGTGGGGTCCCC  635

seq1  TCATCCTGTGCATCTTCGTTCAAGCTCTTGACTCATCCGTGTTTTGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTGTGCATCTTCGTTCAAGCTCTTGACTCATCCGTGTTTTGAAGT  685

seq1  TGAAGAGGGATGCGGAGCCACTTTGTCCCAGTGACCAAGCTTGGCTACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGGGATGCGGAGCCACTTTGTCCCAGTGACCAAGCTTGGCTACTC  735

seq1  AGCATCTTGGCTCTCTCCCATCAGCTCATCTGCTCATGAAGCCAGAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTGGCTCTCTCCCATCAGCTCATCTGCTCATGAAGCCAGAGGCA  785

seq1  AGCCTGCTGTCTCCTCATACTCTCATGGGGTCTTAAAAGGGCCTCTGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTGTCTCCTCATACTCTCATGGGGTCTTAAAAGGGCCTCTGAGG  835

seq1  GAGCAGAAAGCACAACGCTGACTGTACTTTCTCGGTTAACCCCTTCTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAAAGCACAACGCTGACTGTACTTTCTCGGTTAACCCCTTCTGGA  885

seq1  GTCCTTTCCTCTATGTGACATGCCTTTCAAGAAATAACTAGGAAATTGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTCCTCTATGTGACATGCCTTTCAAGAAATAACTAGGAAATTGCC  935

seq1  CTGAAGGTCAGTACTTTGTCCACCCTCTTGGGATGCTAGTGAAATGATGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGTCAGTACTTTGTCCACCCTCTTGGGATGCTAGTGAAATGATGG  985

seq1  ACAGGCAGTTGATGGACAGGTGAGAAGGTGGACATGTAACCACCACATCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGTTGATGGACAGGTGAGAAGGTGGACATGTAACCACCACATCT  1035

seq1  GTGGATCAGAGATGTGGAAAATCCTAGTGATGCATCAGCTACAAAAGGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCAGAGATGTGGAAAATCCTAGTGATGCATCAGCTACAAAAGGAA  1085

seq1  GAGGTGCTGCCAGACCCTAAAATACCCTAAGCTTTCCTTGTCAGCAAAGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGCTGCCAGACCCTAAAATACCCTAAGCTTTCCTTGTCAGCAAAGG  1135

seq1  GAATTC  1156
      ||||||
seq2  GAATTC  1141

seq1: chr7_56311956_56313103
seq2: B6Ng01-055M05.g_63_1168

seq1  GAATTCCACAGAAACCTTGAAATTTACCCACTAGCGCTCAGCATCCCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGAAACCTTGAAATTTACCCACTAGCGCTCAGCATCCCTAG  50

seq1  GAGAGTCCCTCCTCAGACCCACACAAGGCTCAGCCCTGCCCACATCCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCCCTCCTCAGACCCACACAAGGCTCAGCCCTGCCCACATCCCCT  100

seq1  CTCAGCAGCCTTTGTCAGCACACCTCCAGGAGGGCTTTCCAGTGTCGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGCCTTTGTCAGCACACCTCCAGGAGGGCTTTCCAGTGTCGTGG  150

seq1  CTGTTTCATTACAGCCTCTGGGAAAGATGAACTGAAGTTAGTGTCTCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCATTACAGCCTCTGGGAAAGATGAACTGAAGTTAGTGTCTCTGC  200

seq1  ACATGGCAAAGGGAAGGTCTGAGGGTCACATTCCACTTACAACGATAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCAAAGGGAAGGTCTGAGGGTCACATTCCACTTACAACGATAAGC  250

seq1  TTCTACCTGCCACTGAATGTATTAATAATAATAACAGCAACGACAGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCTGCCACTGAATGTATTAATAATAATAACAGCAACGACAGTGGC  300

seq1  AGCCTTGACCTAAGGGAGGAAAAAAACATTTCAGAGGAGCTAACTTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGACCTAAGGGAGGAAAAAAACATTTCAGAGGAGCTAACTTTTCC  350

seq1  CAAGTCTCCGAGATTACAAACCATAAGGTTGGAATAATGAAGTCAATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCCGAGATTACAAACCATAAGGTTGGAATAATGAAGTCAATAGG  400

seq1  CTTTCTGAAATACATTCTGTATTTTACAGACACCGTTCTGGTCAGCCCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAAATACATTCTGTATTTTACAGACACCGTTCTGGTCAGCCCGA  450

seq1  CTCATTTAGATTCATGAGTTTCCACAGCGGAGATGATGACCCAAGAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTAGATTCATGAGTTTCCACAGCGGAGATGATGACCCAAGAATAT  500

seq1  ATTGGTTATTTTCCTGCTGCTGTGATAAAACACAATGAGCACGGTAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTATTTTCCTGCTGCTGTGATAAAACACAATGAGCACGGTAACTC  550

seq1  ATAGAGGAAAGTTTATTTGGGCTTACAGTTCTAGTGGGCTAGGAGAATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGAAAGTTTATTTGGGCTTACAGTTCTAGTGGGCTAGGAGAATCC  600

seq1  ATACCATTGAAGAGGGGTGGGGGCGTCTGGGGCAGACAGCTGGCTTGCGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATTGAAGAGGGGTGGGGGCGTCTGGGGCAGACAGCTGGCTTGCGG  650

seq1  CTGGTCTCTCATCTTTAACCACAAGCACAAACCTTAGAGCGTGAACTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCTCATCTTTAACCACAAGCACAAACCTTAGAGCGTGAACTAGG  700

seq1  AATGACTGAGAGTTTTTAAACTCTCAAAGCCCCCACCAAATGGCATACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTGAGAGTTTTTAAACTCTCAAAGCCCCCACCAAATGGCATACTT  750

seq1  TCTCCAGCAAGGCCACACCTCCTAAACCTATCCAAACACCACCAACATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCAAGGCCACACCTCCTAAACCTATCCAAACACCACCAACATCT  800

seq1  GGGGAGCAGGATGCAAAGAGGGACACATTTAACTCAGCCACAAATGGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCAGGATGCAAAGAGGGACACATTTAACTCAGCCACAAATGGGTT  850

seq1  GAATCCAACATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTCAAAATGATGTGGG  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAATCC-ACATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTC-AAATGATGTGGG  898

seq1  ATGTAATCAAAAAGCAAATCTCACAGAGCGTTCTGAGAAGCAAGAAGAAG  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||
seq2  ATGTAATC-AAAAGCAAATCTCACAGAGCGTTCTGAG-AGCA--GAGAAG  944

seq1  AAATGGTACCCCTTCCTAGGACCCGAGTCTGAGCACAGGTGTGAGTACTA  1000
       ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AATGGTA-CCCTTCCTA-GACCCGAGTCTGAGCACAGGTGTGAGTACTA  991

seq1  ATTAGAGAGAAAAAAAACAATTAATTTAAAAAATTATATATGGGTGTGTG  1050
       | ||||    ||||||||  ||  ||||||   ||||||| ||||||||
seq2  TTAAGAG----AAAAAACA--TA--TTAAAA---TATATAT-GGTGTGTG  1029

seq1  TGTGCAAGATCCCTGAGGAGGTCAGAAGAGGGTATTGGGTCCCCTGGAGC  1100
      ||||| |||| |||||||| |||   |||  ||| |||||  ||||||||
seq2  TGTGC-AGAT-CCTGAGGA-GTC---AGATAGTA-TGGGT--CCTGGAGC  1070

seq1  TGAGATGGTTATGAGTTCCCCCCTGTGGGTGCTGAAACCCAAATTGAG  1148
      ||| |||  || ||||   |||||||||| |||||      |||||||
seq2  TGA-ATG--TA-GAGT---CCCCTGTGGG-GCTGA----TCAATTGAG  1106