BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056C11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 4,928,222 - 5,033,569
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp579, Fiz1, Zfp524, 6430526N21Rik, 4632433K11Rik, Zfp784, Zfp580, Ccdc106, U2af2, Epn1
Upstream geneLOC664841, Lair1, Ttyh1, Leng8, Leng9, Cdc42ep5, LOC384521, EG232801, Ncr1, Gp6, LOC100041851, Atp6v0c-ps1, Rdh13, Eps8l1, Ppp1r12c, Tnnt1, Tnni3, 6030429G01Rik, Syt5, Ptprh, LOC669557, Tmem86b, Saps1, EG628211, 1500019G21Rik, Brsk1, BC022651, Suv420h2, Cox6b2, 4930401F20Rik, Il11, 4930572D21Rik, 2210411K11Rik, Rpl28, Ube2s, D430041B17Rik, Isoc2b, Isoc2a, LOC384524, Zfp628, Nat14, A430110N23Rik, LOC665049, Gm1079, Gm1078
Downstream geneRfpl4, Rasl2-9, EG665126, V1rd5, V1rd3, EG665150, Nlrp2, EG272350, V1rd4, EG665163, V1rd10, EG630071, EG665255, EG636697, EG636705, LOC636731, LOC673215, V1rd2, LOC100041627, LOC100041637, V1rd1, LOC100041647, V1rd11, LOC100041666, V1rd6, EG384525, EG269859, Nlrp4c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056C11.bB6Ng01-056C11.g
ACCDH878404DH878405
length1,099161
definitionDH878404|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056C11, 5' end.DH878405|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,928,222 - 4,929,324)(5,033,409 - 5,033,569)
sequence
gaattcctcagtgagaggagaaagaatgtgagcttccttaggcagtgcca
cacagccctcccacctgactttaggctatgtatgtatgtatgtatgtatg
tatgtatgtatgtatgtatgtattattgaggtcacagacctgtctgacaa
cctgaggaaagctgaagattgttgcattatctaatatatgataaccacag
atagccctttgggacttgacacatgactcgtccaacttgagaacaatgga
aaatagattctcaaaaccacctttgaggaccttgaaagataggccagtgg
ttaaggacacttgatgctcttgaagaggatctggttcagtcctctgcatg
gtaggtgactgacttacaaataaatgcctgttaacgccagctccgggatc
tggcaccctcttctggcctctgcagggactgcacttttactcacatgcac
atacgcacacatacacatacgcacatgcgcacacacacactaaataagta
tttacagaattaataatgactaataaaagtgggcagaggaaatggcccaa
caggagagcgcttgtttagcaaagtgtgagaccctggatttaatccctag
taccagtaataaaaagaaaggacaggaaggaaaataggaagaaagaataa
caaaagccagtcacagtacttattggtttgttttgtttgaaacagagcct
tattctgtagctcaggctaacctcacatgatcctcctgaataaaaaacaa
aacaaacaacaacagcaaatctgtgtaggcaagctccaatcagacatgag
ctggatgctgttggtgttgagttcaatgtcattgaaccaacagtatatat
ttatggggccagtgacctagctgagccaacctgatgacctgagttcattc
ctgggacccatgtggttaaagagtagaactgaagagcactgaggtggctc
agtgggttaagagcactgactgctctcgaaggtcctgagttcaaatctca
gcaaccacatggtggcttcacatcctcctgtaatgaaacctgatggcctc
ttctgccggatggtggggtcccacctcttaatcccaccttgggaggaag
aggccagaaaatggagcacctgcaaacaggcataactaggcaaagaaaaa
aaaaaaaaaaaagcagctgggtcccaagtcaggcctggacagacaccaga
agacaaacatatgacaaacataaggagactgggggaggggagagaaaggg
agggagaaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_4928222_4929324
seq2: B6Ng01-056C11.b_46_1144

seq1  GAATTCCTCAGTGAGAGGAGAAAGAATGTGAGCTTCCTTAGGCAGTGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGTGAGAGGAGAAAGAATGTGAGCTTCCTTAGGCAGTGCCA  50

seq1  CACAGCCCTCCCACCTGACTTTAGGCTATGTATGTATGTATGTATGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCTCCCACCTGACTTTAGGCTATGTATGTATGTATGTATGTATG  100

seq1  TATGTATGTATGTATGTATGTATTATTGAGGTCACAGACCTGTCTGACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTATGTATGTATTATTGAGGTCACAGACCTGTCTGACAA  150

seq1  CCTGAGGAAAGCTGAAGATTGTTGCATTATCTAATATATGATAACCACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGAAAGCTGAAGATTGTTGCATTATCTAATATATGATAACCACAG  200

seq1  ATAGCCCTTTGGGACTTGACACATGACTCGTCCAACTTGAGAACAATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCCTTTGGGACTTGACACATGACTCGTCCAACTTGAGAACAATGGA  250

seq1  AAATAGATTCTCAAAACCACCTTTGAGGACCTTGAAAGATAGGCCAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGATTCTCAAAACCACCTTTGAGGACCTTGAAAGATAGGCCAGTGG  300

seq1  TTAAGGACACTTGATGCTCTTGAAGAGGATCTGGTTCAGTCCTCTGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGACACTTGATGCTCTTGAAGAGGATCTGGTTCAGTCCTCTGCATG  350

seq1  GTAGGTGACTGACTTACAAATAAATGCCTGTTAACGCCAGCTCCGGGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTGACTGACTTACAAATAAATGCCTGTTAACGCCAGCTCCGGGATC  400

seq1  TGGCACCCTCTTCTGGCCTCTGCAGGGACTGCACTTTTACTCACATGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCCTCTTCTGGCCTCTGCAGGGACTGCACTTTTACTCACATGCAC  450

seq1  ATACGCACACATACACATACGCACATGCGCACACACACACTAAATAAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGCACACATACACATACGCACATGCGCACACACACACTAAATAAGTA  500

seq1  TTTACAGAATTAATAATGACTAATAAAAGTGGGCAGAGGAAATGGCCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGAATTAATAATGACTAATAAAAGTGGGCAGAGGAAATGGCCCAA  550

seq1  CAGGAGAGCGCTTGTTTAGCAAAGTGTGAGACCCTGGATTTAATCCCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAGCGCTTGTTTAGCAAAGTGTGAGACCCTGGATTTAATCCCTAG  600

seq1  TACCAGTAATAAAAAGAAAGGACAGGAAGGAAAATAGGAAGAAAGAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTAATAAAAAGAAAGGACAGGAAGGAAAATAGGAAGAAAGAATAA  650

seq1  CAAAAGCCAGTCACAGTACTTATTGGTTTG-TTTGTTTGAAACAGAGCCT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCCAGTCACAGTACTTATTGGTTTGTTTTGTTTGAAACAGAGCCT  700

seq1  TATTCTGTAGCTCAGGCTAACCTCACATGATCCTCCTGAATAAAAAACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGTAGCTCAGGCTAACCTCACATGATCCTCCTGAATAAAAAACAA  750

seq1  AACAAACAACAACAGCAAATCTGTGTAAGGCAAGCTCCAATCAGACATGA  799
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAACAACAGCAAATCTGTGT-AGGCAAGCTCCAATCAGACATGA  799

seq1  GCTGGATGCTGTTGGTGTTGAGTTCAATGTCATTGAACCAACAGTATATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATGCTGTTGGTGTTGAGTTCAATGTCATTGAACCAACAGTATATA  849

seq1  TTTATGGGGCCAGTGACCTAGCTGAGCAAACCTGATGACCTGAGTTCAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTATGGGGCCAGTGACCTAGCTGAGCCAACCTGATGACCTGAGTTC-AT  898

seq1  CCCTGGGACCCATGTGGTTAAAGAGTAGAACTGAAGAGCACTGAGGTGGC  949
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGACCCATGTGGTTAAAGAGTAGAACTGAAGAGCACTGAGGTGGC  948

seq1  TCAGTGGG-TAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAAT  998
      |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGTTAAGAGCACTGACTGCTCT--CGAAGGTCCTGAGTTCAAAT  996

seq1  CTCAGCAACCACATGGTGGC-TCACAACCACCTGTAATGAGACCTGATGC  1047
      |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||| 
seq2  CTCAGCAACCACATGGTGGCTTCACATCCTCCTGTAATGAAACCTGATGG  1046

seq1  CCTCTTCTGCCGGATGGTGGTGTCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGG  1097
      |||||||||||||||||||| ||| ||| |  |||||||||   ||||||
seq2  CCTCTTCTGCCGGATGGTGGGGTCCCAC-CTCTTAATCCCA--CCTTGGG  1093

seq1  AGGAAG  1103
      ||||||
seq2  AGGAAG  1099

seq1: chr7_5033409_5033569
seq2: B6Ng01-056C11.g_76_236 (reverse)

seq1  CCTTTCTCCCTCCCTTTCTCTCCCCTCCCCCAGTCTCCTTATGTTTGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCCCTCCCTTTCTCTCCCCTCCCCCAGTCTCCTTATGTTTGTCA  50

seq1  TATGTTTGTCTTCTGGTGTCTGTCCAGGCCTGACTTGGGACCCAGCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTGTCTTCTGGTGTCTGTCCAGGCCTGACTTGGGACCCAGCTGCT  100

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTCTTTGCCTAGTTATGCCTGTTTGCAGGTGCTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTCTTTGCCTAGTTATGCCTGTTTGCAGGTGCTCCA  150

seq1  TTTTCTGGCCT  161
      |||||||||||
seq2  TTTTCTGGCCT  161