BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057M21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 81,501,277 - 81,634,978
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlco3a1, EG665308
Upstream geneLOC665588, Rgma, Chd2, 1810026B05Rik, EG665610, LOC244061, A830073O21Rik, St8sia2, LOC100042127, LOC100042140, LOC546979
Downstream geneEG665641, 0610006L08Rik, Sv2b, 1500012K07Rik, LOC100042171, Akap13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057M21.bB6Ng01-057M21.g
ACCDH879562DH879563
length9431,096
definitionDH879562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057M21, 5' end.DH879563|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,501,277 - 81,502,226)(81,633,885 - 81,634,978)
sequence
gaattcatattcttatatctagcttaaccatggctctgtgtaactggctc
ttttccaggaaagaatgacacagacattacatgctgtcaggaggattggt
gacagactcttgtagagaggaccaggagggtcagcctggccaccactgca
tggactctgaggtggatcctttccttttcggtctgcagacttggttacac
cccactaaagctgctcctgagtcctagacccacttcagaaccgtgagaca
acagccaggtgtggtggcacacacctttaattccagcacgtgggagacag
aggcatatctcagtgagttcgaagccagcctggtccacagagttccggga
cagccaaaaaccaaaagaaaaaaagaaaaaaaaaagttagctatgagacg
aggtgtttccttcatgggtaactttacatacgactctacatatgttatag
acttgcgctggtaatgagcaggatgcattacttctgatcacagactttaa
ggaccagtgtataatgtcctgcctggaaattataaacactgggatcagga
taaacatctgtgggtctgggccccaaaacagccatagagagctaagtccc
acgtctttccaacaccaatctgtgttgaacaagttatctaccaaattaat
tttcagcatatccaaatcagtaaaatgtgaggactatttgttaccacaga
gcagccatgatggtcaagcccttttgccagtggaatgtgctgggggaagg
ggggtgcaagcctctgggtatgcccaagagggattatgtattcattgagg
tgggatgatccacccacttacccactgcaagtagcagcattaccctggtt
gggtttttggaatgactaaaaagaataaatttgtgatgctttctgcctct
ttggtaagaggaagcaacactctcagtactaaaggaaggagga
gaattcattgaatagccttactagttgctaggagctcaggcttgtaattg
ctttatgaaaactggcaaagaaccttctccagtgttccttatcattctgt
ggatcactgccctccaggagcctggctataacttcagctcaccaaagagc
aaaacccactgagctctgggtagaaacactcttcggagggagccctctcg
agcagtttgacatccagtgactttcctgattagggttgttaggttaaatg
agaaaatgttaaaagtccgttctctctacagatgatgggagaagtggcct
cttgagttggaagagagacaaaaagcagcatggagtgtgtttgccagtgt
ggtcttacctgggctccagtgaggaaagcaggcaccaaagagggaagcaa
aagagagagagtgctggagaggggagaaaaatcagaagtcccagggcagg
gaagggataggaagtgctccccctctgccaccttcaccttaaaatctagt
ctatcactgttagctgctaggaagagaacaatttaatccaaccagcttgg
gcattgaaggtgtgctactctagattagaataaactcagcatatttttaa
tggaaaaataatgctctgtttcctgagttttaacctcttaaacaatttgt
acatttttaagggaaaagtccaaatgaaatgtttgcgaatcttaacgaaa
ggtggtgggcatttggggacatttggggacaggaaagggtcattctcagg
gtgcctggtgcattgggtacagtttacattcagtaaaacttctccttcct
agtgacttctcagaatctcacgtgtgtgaattgtacagaattgtcgctga
gcagttatgagtctgtggtagctgctcgttcaggagattttacacttctc
tttgacctcgtcttgggaggcatttgtcttgaagcaggcacattggcatc
tttcaagactcaaaattgttttgagaggaaaacattcttaagccttggga
acaggagaaggcaatggaaggctgggtccctacaatctccttgcacacgg
ttccagctagaacaccatagcttgtttcttagctaacccatagtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_81501277_81502226
seq2: B6Ng01-057M21.b_50_992

seq1  GAATTCATATTCTTATATCTAGCTTAACCATGGCTCTGTGTAACTGGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTCTTATATCTAGCTTAACCATGGCTCTGTGTAACTGGCTC  50

seq1  TTTTCCAGGAAAGAATGACACAGACATTACATGCTGTCAGGAGGATTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGGAAAGAATGACACAGACATTACATGCTGTCAGGAGGATTGGT  100

seq1  GACAGACTCTTGTAGAGAGGACCAGGAGGGTCAGCCTGGCCACCACTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACTCTTGTAGAGAGGACCAGGAGGGTCAGCCTGGCCACCACTGCA  150

seq1  TGGACTCTGAGGTGGATCCTTTCCTTTTCGGTCTGCAGACTTGGTTACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCTGAGGTGGATCCTTTCCTTTTCGGTCTGCAGACTTGGTTACAC  200

seq1  CCCACTAAAGCTGCTCCTGAGTCCTAGACCCACTTCAGAACCGTGAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTAAAGCTGCTCCTGAGTCCTAGACCCACTTCAGAACCGTGAGACA  250

seq1  ACAGCCAGGTGTGGTGGCACACACCTTTAATTCCAGCACGTGGGAGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAGGTGTGGTGGCACACACCTTTAATTCCAGCACGTGGGAGACAG  300

seq1  AGGCATATCTCAGTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTCCACAGAGTTCCGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATATCTCAGTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTCCACAGAGTTCCGGGA  350

seq1  CAGCCAAAAACCAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGTTAGCTATGAGACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAAAACCAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGTTAGCTATGAGACG  400

seq1  AGGTGTTTCCTTCATGGGTAACTTTACATACGACTCTACATATGTTATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTTCCTTCATGGGTAACTTTACATACGACTCTACATATGTTATAG  450

seq1  ACTTGCGCTGGTAATGAGCAGGATGCATTACTTCTGATCACAGACTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCGCTGGTAATGAGCAGGATGCATTACTTCTGATCACAGACTTTAA  500

seq1  GGACCAGTGTATAATGTCCTGCCTGGAAATTATAAACACTGGGATCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAGTGTATAATGTCCTGCCTGGAAATTATAAACACTGGGATCAGGA  550

seq1  TAAACATCTGTGGGTCTGGGCCCCAAAACAGCCATAGAGAGCTAAGTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATCTGTGGGTCTGGGCCCCAAAACAGCCATAGAGAGCTAAGTCCC  600

seq1  ACGTCTTTCCAACACCAATCTGTGTTGAACAAGTTATCTACCAAATTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCTTTCCAACACCAATCTGTGTTGAACAAGTTATCTACCAAATTAAT  650

seq1  TTTCAGCATATCCAAATCAGTAAAATGTGAGGACTATTTGTTACCACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCATATCCAAATCAGTAAAATGTGAGGACTATTTGTTACCACAGA  700

seq1  GCAGCCATGATGGTCAAGCCCTTTTGCCAGTGGAATGTGCTGGGGGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCATGATGGTCAAGCCCTTTTGCCAGTGGAATGTGCTGGGGGAAGG  750

seq1  GGGGTGCAAGCCTCTGGGTATGCCCAAGAGGGATTATGTATTCATTGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGCAAGCCTCTGGGTATGCCCAAGAGGGATTATGTATTCATTGAGG  800

seq1  TGGGATGATCCACCCACTTACCCACTGCAGGTAGCAGCATTACCCTGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGATCCACCCACTTACCCACTGCAAGTAGCAGCATTACCCTGGTT  850

seq1  GGGTTTTTGGAATGACTAAAAAGAATAAATTTGTGATGCTTTTCTGCCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  GGGTTTTTGGAATGACTAAAAAGAATAAATTTGTGATGC-TTTCTG-CCT  898

seq1  CTTGTGGTAAGAGGAAGCAACAACTCTCAAGTACCTAAAGGAAAGGAGGA  950
      ||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||
seq2  CTT-TGGTAAGAGGAAGCAAC-ACTCTC-AGTA-CTAAAGG-AAGGAGGA  943

seq1: chr7_81633885_81634978
seq2: B6Ng01-057M21.g_70_1165 (reverse)

seq1  ATACTAT-GGTTAGCTTAAGAAACAAGGCTTATGGTGTTCTAGCTGTGAA  49
      ||||||| ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| |||
seq2  ATACTATGGGTTAGC-TAAGAAACAAG--CTATGGTGTTCTAGCTG-GAA  46

seq1  CAG-CTGCA--GAGATTGTAGCGACCCAGCCTTCCATTGCC-TCTCCTGT  95
      | |  ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCGTGTGCAAGGAGATTGTAGGGACCCAGCCTTCCATTGCCTTCTCCTGT  96

seq1  TCCCAAGGC-TAAGAATGTTATCCTCTC-AAACAGTTTGGAGGTCTTGAA  143
      ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||
seq2  TCCCAAGGCTTAAGAATGTTTTCCTCTCAAAACAATTTTGA-GTCTTGAA  145

seq1  AGATGCCATTGTGCCTGCTTCAAGACAGATGCCTTCCAAGACGAGGTCAA  193
      |||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  AGATGCCAATGTGCCTGCTTCAAGACAAATGCCTCCCAAGACGAGGTCAA  195

seq1  AGAGAAGTGTAAAATCTCCTGAACGAGCAGCTACCACAGACTCATAACTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTGTAAAATCTCCTGAACGAGCAGCTACCACAGACTCATAACTG  245

seq1  CTCAGCGACAATTCTGTACAATTCACACACCTGAGATTCTGAGAAGTCAC  293
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCGACAATTCTGTACAATTCACACACGTGAGATTCTGAGAAGTCAC  295

seq1  TAGGAAGGAGAAGTTTTACTGAATGTAAACTGTACCCAATGCACCAGGCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGGAGAAGTTTTACTGAATGTAAACTGTACCCAATGCACCAGGCA  345

seq1  CCCTGAGAATGACCCTTTCCTGTCCCCAAATGTCCCCAAATGCCCACCAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGAATGACCCTTTCCTGTCCCCAAATGTCCCCAAATGCCCACCAC  395

seq1  CTTTCGTTAAGATTCGCAAACATTTCATTTGGACTTTTCCCTTAAAAATG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCGTTAAGATTCGCAAACATTTCATTTGGACTTTTCCCTTAAAAATG  445

seq1  TACAAATTGTTTAAGAGGTTAAAACTCAGGAAACAGAGCATTATTTTTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATTGTTTAAGAGGTTAAAACTCAGGAAACAGAGCATTATTTTTCC  495

seq1  ATTAAAAATATGCTGAGTTTATTCTAATCTAGAGTAGCACACCTTCAATG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAATATGCTGAGTTTATTCTAATCTAGAGTAGCACACCTTCAATG  545

seq1  CCCAAGCTGGTTGGATTAAATTGTTCTCTTCCTAGCAGCTAACAGTGATA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCTGGTTGGATTAAATTGTTCTCTTCCTAGCAGCTAACAGTGATA  595

seq1  GACTAGATTTTAAGGTGAAGGTGGCAGAGGGGGAGCACTTCCTATCCCTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGATTTTAAGGTGAAGGTGGCAGAGGGGGAGCACTTCCTATCCCTT  645

seq1  CCCTGCCCTGGGACTTCTGATTTTTCTCCCCTCTCCAGCACTCTCTCTCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCCTGGGACTTCTGATTTTTCTCCCCTCTCCAGCACTCTCTCTCT  695

seq1  TTTGCTTCCCTCTTTGGTGCCTGCTTTCCTCACTGGAGCCCAGGTAAGAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTCCCTCTTTGGTGCCTGCTTTCCTCACTGGAGCCCAGGTAAGAC  745

seq1  CACACTGGCAAACACACTCCATGCTGCTTTTTGTCTCTCTTCCAACTCAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGCAAACACACTCCATGCTGCTTTTTGTCTCTCTTCCAACTCAA  795

seq1  GAGGCCACTTCTCCCATCATCTGTAGAGAGAACGGACTTTTAACATTTTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCACTTCTCCCATCATCTGTAGAGAGAACGGACTTTTAACATTTTC  845

seq1  TCATTTAACCTAACAACCCTAATCAGGAAAGTCACTGGATGTCAAACTGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAACCTAACAACCCTAATCAGGAAAGTCACTGGATGTCAAACTGC  895

seq1  TCGAGAGGGCTCCCTCCGAAGAGTGTTTCTACCCAGAGCTCAGTGGGTTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGAGGGCTCCCTCCGAAGAGTGTTTCTACCCAGAGCTCAGTGGGTTT  945

seq1  TGCTCTTTGGTGAGCTGAAGTTATAGCCAGGCTCCTGGAGGGCAGTGATC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTGGTGAGCTGAAGTTATAGCCAGGCTCCTGGAGGGCAGTGATC  995

seq1  CACAGAATGATAAGGAACACTGGAGAAGGTTCTTTGCCAGTTTTCATAAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATGATAAGGAACACTGGAGAAGGTTCTTTGCCAGTTTTCATAAA  1045

seq1  GCAATTACAAGCCTGAGCTCCTAGCAACTAGTAAGGCAATTCAATGAATT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAATTACAAGCCTGAGCTCCTAGCAACTAGTAAGGCTATTCAATGAATT  1095

seq1  C  1094
      |
seq2  C  1096