BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059N18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 149,125,174 - 149,217,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG623757, Brsk2, 2700078K21Rik
Upstream geneAthl1, Ifitm5, Ifitm2, Ifitm1, LOC665143, Ifitm3, Ifitm6, B4galnt4, Pkp3, Sigirr, Trp53i5, Ptdss2, Rnh1, LOC546015, Hras1, Lrrc56, 1600016N20Rik, Rassf7, AA673488, Irf7, Mucdhl, Sct, Drd4, Deaf1, Tmem80, Eps8l2, B230206H07Rik, Taldo1, LOC100043585, Pddc1, Cend1, Slc25a22, Lrdd, Rplp2, Pnpla2, Efcab4a, Cd151, Polr2l, Tspan4, Chid1, Ap2a2, Muc6, LOC100039649, Muc2, Muc5ac, Muc5b, Tollip
Downstream geneDusp8, LOC100039728, EG668763, LOC100043616, EG665295, LOC100043617, Krtap5-2, LOC100039757, LOC100039767, EG665305, Krtap5-5, EG640223, LOC672428, LOC100039800, LOC100043627, LOC100043629, ENSMUSG00000038442, Krtap5-1, Krtap5-4, LOC270015, 6330512M04Rik, Ctsd, Syt8, Tnni2, Lsp1, ENSMUSG00000043795, Tnnt3, Mrpl23, Nctc1, H19, Igf2, Igf2as, Ins2, EG640264, EG624121, Th, Ascl2, Tspan32
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059N18.bB6Ng01-059N18.g
ACCDH881013DH881014
length1,074813
definitionDH881013|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059N18, 5' end.DH881014|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,125,174 - 149,126,255)(149,216,791 - 149,217,578)
sequence
gaattctttcctttggctttcaggaaagtccctgggtccctttagatcag
cacctccctccatagtctctctctttagtaagacatatatttcctggaca
catactacctgagccccatctctttcacctatgcccttgggaacaatgga
ggacatcttgcagggctatttgttgagggaggcgatgtacgtaaacctgt
ttgaggaaattcagagttctgttcacagcatagagttagatccacaaatg
tcaaactaaagcaatgggtccttggcatcccagcatttatgctggtgaca
aaggtttaacagatggcacaactacaaagagtgtgtagaaaggggtctgg
agagttaggtggggtgcactgagaaactggctttcttcagggtcctgatc
acctactgggagcctatggcttcaggctccacccagaagcctctgctcag
agggtacagacccagcccatggctccccttctgggattggctgaaagaag
gcacatgggagaattggcatggaatgggaaggcagtcaagtaagtagtgg
agtcagggtgggacgggacagggctgctcagtatgttttatgcctaggta
tcagggcaggaagaatctgggggtcctcagaacacagggcctgggaggtc
agcaagaaggagaggggtatgctcaggcagcccttctgggagggggagag
tgtttccacgagagcctgcagcttgtgttgcatggtgcacacactctgag
aatggccacaatgccacccttagttccagtgttctcctggacccagtact
gcccaccaagaggtggtgactgccacccttgagctttgagcaatgtttga
aaagattccaaatgactgtcagcttcagacaactttctagagccaacgtg
aggcagatgaaacgattcacttttgcctatggtatttgctaagagtgaat
ggtaaatactgccgagccactgttgatgtaatgatgcaccgtccatgtaa
acatgtttttaatgtttatctttaaatagctaagatgtaaggggctggtg
atttgacttcacagctgttagacc
gaattcctatagccttgataaggtatgttcccaatggactgggacctggc
atgcctctgctttttgtaagatgacttaggttgcatgactggtagcagca
ttatttacttaacccggagcagttaactagactgtctaatatatgtctgg
aggacacacttactttgcttgggcacagtagggcactgagatggctactt
tgttttgagatctatgttcctggctagagtgggtctgtgggccctagagc
ttctcagtcaggaatttgcctcaagtatgtaagcgaaaggcagatgtgtg
catgagggtgctgggaattgaactcaggacctctagcagagcagtcagtg
ctcttaactgctgagctgatgatatctattagttgggggttttatgcttt
gataaaatactgtaaccaaaaacaacttagggaggaaagaagtttttttc
atcttaaagcttgtggtctatcatccagggaactcagggcaggatatcaa
ggcaggaacctggagtcaggaactgatgcagaggccattgaggaatgctg
cttaccagtttgctccccatagttttctctgcctgctttcttatatcacc
tttgacctacccaggtttgtaccacctacagtgggctgtgtcctctcata
tcaattatcaatcaagaaaatatcctacagacttgcctataggacaatcc
tatagaggcatttcctggattaagattacctcttcccagatgatcctaat
ttgtgccaggttgacataaaactagccagaacactgtgtgtgattgtctg
cctttgtaacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_149125174_149126255
seq2: B6Ng01-059N18.b_49_1122

seq1  GAATTCTTTCCTTTGGCTTTCAGGAAAGTCCCTGGGTCCCTTTAGATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTTTGGCTTTCAGGAAAGTCCCTGGGTCCCTTTAGATCAG  50

seq1  CACCTCCCTCCATAGTCTCTCTCTTTAGTAAGACATATATTTCCTGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCCTCCATAGTCTCTCTCTTTAGTAAGACATATATTTCCTGGACA  100

seq1  CATACTACCTGAGCCCCATCTCTTTCACCTATGCCCTTGGGAACAATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTACCTGAGCCCCATCTCTTTCACCTATGCCCTTGGGAACAATGGA  150

seq1  GGACATCTTGCAGGGCTATTTGTTGAGGGAGGCGATGTACGTAAACCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCTTGCAGGGCTATTTGTTGAGGGAGGCGATGTACGTAAACCTGT  200

seq1  TTGAGGAAATTCAGAGTTCTGTTCACAGCATAGAGTTAGATCCACAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAATTCAGAGTTCTGTTCACAGCATAGAGTTAGATCCACAAATG  250

seq1  TCAAACTAAAGCAATGGGTCCTTGGCATCCCAGCATTTATGCTGGTGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTAAAGCAATGGGTCCTTGGCATCCCAGCATTTATGCTGGTGACA  300

seq1  AAGGTTTAACAGATGGCACAACTACAAAGAGTGTGTAGAAAGGGGTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTAACAGATGGCACAACTACAAAGAGTGTGTAGAAAGGGGTCTGG  350

seq1  AGAGTTAGGTGGGGTGCACTGAGAAACTGGCTTTCTTCAGGGTCCTGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTAGGTGGGGTGCACTGAGAAACTGGCTTTCTTCAGGGTCCTGATC  400

seq1  ACCTACTGGGAGCCTATGGCTTCAGGCTCCACCCAGAAGCCTCTGCTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTGGGAGCCTATGGCTTCAGGCTCCACCCAGAAGCCTCTGCTCAG  450

seq1  AGGGTACAGACCCAGCCCATGGCTCCCCTTCTGGGATTGGCTGAAAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTACAGACCCAGCCCATGGCTCCCCTTCTGGGATTGGCTGAAAGAAG  500

seq1  GCACATGGGAGAATTGGCATGGAATGGGAAGGCAGTCAAGTAAGTAGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGGAGAATTGGCATGGAATGGGAAGGCAGTCAAGTAAGTAGTGG  550

seq1  AGTCAGGGTGGGACGGGACAGGGCTGCTCAGTATGTTTTATGCCTAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGTGGGACGGGACAGGGCTGCTCAGTATGTTTTATGCCTAGGTA  600

seq1  TCAGGGCAGGAAGAATCTGGGGGTCCTCAGAACACAGGGCCTGGGAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCAGGAAGAATCTGGGGGTCCTCAGAACACAGGGCCTGGGAGGTC  650

seq1  AGCAAGAAGGAGAGGGGTATGCTCAGGCAGCCCTTCTGGGAGGGGGAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAGGAGAGGGGTATGCTCAGGCAGCCCTTCTGGGAGGGGGAGAG  700

seq1  TGTTTCCACGAGAGCCTGCAGCTTGTGTTGCATGGTGCACACACTCTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCACGAGAGCCTGCAGCTTGTGTTGCATGGTGCACACACTCTGAG  750

seq1  AATGGCCACAATGCCACCCTTAGTTCCAGTGTTCTCCTGGACCCAGTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCCACAATGCCACCCTTAGTTCCAGTGTTCTCCTGGACCCAGTACT  800

seq1  GCCCACCAAGAGGTGGTGACTGCCACCCTTGAGCCTTTGAGCAATGTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCCACCAAGAGGTGGTGACTGCCACCCTTGAG-CTTTGAGCAATGTTTG  849

seq1  AAAAGATTCCAAATTGACTGTCAGCCTCAGACAAC-TTCTAGAGCCAACG  899
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAAAGATTCCAAA-TGACTGTCAGCTTCAGACAACTTTCTAGAGCCAACG  898

seq1  TGAGGCAGATGAAACGATTCAACTTTTGCCTATGGTATTTGCTTAAGAGT  949
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGAGGCAGATGAAACGATTC-ACTTTTGCCTATGGTATTTGC-TAAGAGT  946

seq1  GAATTGGTAAATACTGCCGAGCCACTGTTGATGTTAATGATGCACCGTCA  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GAA-TGGTAAATACTGCCGAGCCACTGTTGATG-TAATGATGCACCGTCC  994

seq1  TTGTAAACATTGTTTTTAATGTTTATCTTTAAATAAGCTAAGATGTAAGG  1049
       |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTAAACA-TGTTTTTAATGTTTATCTTTAAAT-AGCTAAGATGTAAGG  1042

seq1  GGCTGGGTGATTTGACTTCCCAGCTGTTAGACC  1082
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGCT-GGTGATTTGACTTCACAGCTGTTAGACC  1074

seq1: chr7_149216791_149217578
seq2: B6Ng01-059N18.g_70_857 (reverse)

seq1  CACAGTGTTCTGGCTAGTTTTATGTCAACCTGGCACAAATTAGGATCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTTCTGGCTAGTTTTATGTCAACCTGGCACAAATTAGGATCATC  50

seq1  TGGGAAGAGGTAATCTTAATCCAGGAAATGCCTCTATAGGATTGTCCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGAGGTAATCTTAATCCAGGAAATGCCTCTATAGGATTGTCCTAT  100

seq1  AGGCAAGTCTGTAGGATATTTTCTTGATTGATAATTGATATGAGAGGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGTCTGTAGGATATTTTCTTGATTGATAATTGATATGAGAGGACA  150

seq1  CAGCCCACTGTAGGTGGTACAAACCTGGGTAGGTCAAAGGTGATATAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCACTGTAGGTGGTACAAACCTGGGTAGGTCAAAGGTGATATAAGA  200

seq1  AAGCAGGCAGAGAAAACTATGGGGAGCAAACTGGTAAGCAGCATTCCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGCAGAGAAAACTATGGGGAGCAAACTGGTAAGCAGCATTCCTCA  250

seq1  ATGGCCTCTGCATCAGTTCCTGACTCCAGGTTCCTGCCTTGATATCCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTCTGCATCAGTTCCTGACTCCAGGTTCCTGCCTTGATATCCTGC  300

seq1  CCTGAGTTCCCTGGATGATAGACCACAAGCTTTAAGATGAAAAAAACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTCCCTGGATGATAGACCACAAGCTTTAAGATGAAAAAAACTTC  350

seq1  TTTCCTCCCTAAGTTGTTTTTGGTTACAGTATTTTATCAAAGCATAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCCTAAGTTGTTTTTGGTTACAGTATTTTATCAAAGCATAAAAC  400

seq1  CCCCAACTAATAGATATCATCAGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACTAATAGATATCATCAGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTC  450

seq1  TGCTAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCACCCTCATGCACACATCTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCACCCTCATGCACACATCTGCC  500

seq1  TTTCGCTTACATACTTGAGGCAAATTCCTGACTGAGAAGCTCTAGGGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGCTTACATACTTGAGGCAAATTCCTGACTGAGAAGCTCTAGGGCCC  550

seq1  ACAGACCCACTCTAGCCAGGAACATAGATCTCAAAACAAAGTAGCCATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCCACTCTAGCCAGGAACATAGATCTCAAAACAAAGTAGCCATCT  600

seq1  CAGTGCCCTACTGTGCCCAAGCAAAGTAAGTGTGTCCTCCAGACATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCTACTGTGCCCAAGCAAAGTAAGTGTGTCCTCCAGACATATAT  650

seq1  TAGACAGTCTAGTTAACTGCTCCGGGTTAAGTAAATAATGCTGCTACCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGTCTAGTTAACTGCTCCGGGTTAAGTAAATAATGCTGCTACCAG  700

seq1  TCATGCAACCTAAGTCATCTTACAAAAAGCAGAGGCATGCCAGGTCCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCAACCTAAGTCATCTTACAAAAAGCAGAGGCATGCCAGGTCCCAG  750

seq1  TCCATTGGGAACATACCTTATCAAGGCTATAGGAATTC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGGGAACATACCTTATCAAGGCTATAGGAATTC  788