BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060F09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 63,132,325 - 63,311,325
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyfip1, Nipa2, Nipa1, LOC672959, Herc2
Upstream geneLuzp2, LOC668796, Siglech, Tubgcp5
Downstream genep, LOC100040839, Gabrg3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060F09.bB6Ng01-060F09.g
ACCDH881336DH881337
length1,1421,090
definitionDH881336|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060F09, 5' end.DH881337|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060F09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,310,168 - 63,311,325)(63,132,325 - 63,133,431)
sequence
gaattctactgtgaagaaacaatacttaaatagggaaagagaatcccaat
acatcaatttaccattgaccatattcttttatttaagcatctaagcaacc
agctgggtaattagtcaaaaccataagaagagcattcattaaatgtccat
gcatatacaccttttgatctactgatatatctaagcataatatgaccata
tttatattcaacgtttaatttttaagtacactttaagcctaaagttgatg
actgtcaaatacagacaaatagatggtccagatttaattactgctgtaac
tcaaaaactgtcagcaattatgctaaatgaacaaagttatctcagaaaaa
ccacacaccatatgacgacaacctcagaataacaactccatagagcagat
cagttctcagtgccagagatcacagatggggatggaagtcactacaaggg
agcatcaccaagtagatcctctagtggtgacggttacatgactgacatta
caacagaaaggcacagaactgtgcacataagctgtaaaaatataaatctg
attctgatataccaattaagtaaagtataaccattggaagcatccggtaa
aagaaaacactcattattttgttggtaacttcctgagtctatcactatct
tcaaaactaaaaggtttacaaatgcttcatgcatatctaatttcatgtgc
catttcaaagactccttaaatagaaaattcctgaatgcaacttatgtaag
aaagagcaacaaatttctattctggactcatgctcaaaaacatactctta
gcctttcatcaagattggaagaaaactctaaaggtgcaatgcactaagtt
cactatgctcagttcctttatgtaatttcctttttggtttaatggaaaag
tacaattacatcagataatagaaatatgggccacacatcttaggccttat
attgtcatttcaagagatatgaaggaaagctagatgcctcaatgatctac
ttaaagttaggattgctaacatcaagtgtgaagagactttgacatgttgt
gtgcatgtggtgtgtatgtgcatactgggtgcagtcacatacattcaatg
gtgtctggagacaaattgacattaggctttcctttcatcctt
gaattcattgtggatatggtccttccttgcggaaccataaaagtttaaga
ttctgggttgcccagatagagccttgtgggcagtttctgttacatgtaaa
gatttctcacagtttctccacacagacgtaacatgtgcctttgaggattt
taccgtgcaagcccttttgtctgcctcacattgtgtagctgaatagttgg
caaatctcgggctctgggaagttccagtactagtgcgctgaaacagcgta
actggggaggggcacttacttcttgttagaaatagtggtggcggagaggg
tttcggaaagatccttaagaatgtgtttcagggctttttggagtcagaat
atgcatagacaagttcttctctgacacagacactaggagtcaacactttg
acctgtagataaaggtagacattcacctatgcctaggagagaccagagta
tagatacctgttgatgaagtccattggccatgaacaatagagtacaaaag
ctctctggtgtatacgatatgtctgagttggcaaaagtctcccctaaagt
caaggtcagggatgctgcaagaggctgaaaccaaaagcagctacttcaac
acttatttctgcaaataactgcaggcagagaagaatagtgattttttttt
tttctctccaaggtccccatggggcctcctccactctccccaattaattt
gcagatatgttttggaattgcctcttttctttctagggctgctcagtttt
tacgtaaaatggcagatccacaatccatccaggagtcacagaatctgtcc
atgttcctggccaaccacaacaagatacacaagtaaggcccgtgtctctg
cacaccattgacatcctgtgtgctggtgaggctggagtggcgcagctaat
ctcttcctttgtgctccagtctctgcagcagcagcttgaggtcatttctg
gctatgaagagcttctggcagacatcgtgatctgtgtgtgatactatgag
acaggatgtacttgacacccagccgaaacccatgcttttcaagtactgtt
agcgagaggttccgctttcttcggggatcagcatgccgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_63310168_63311325
seq2: B6Ng01-060F09.b_46_1187 (reverse)

seq1  AAGGATGGAAAAGGAAGAGCCCTAATGTCAAATTTTGTCCTCCAGACACA  50
      |||||||  ||||||| || |||||||||||  ||||| |||||||||| 
seq2  AAGGATG--AAAGGAA-AG-CCTAATGTCAA--TTTGT-CTCCAGACACC  43

seq1  TTTGTATGTATGTGTACCTGCACACAGTAATGCACCAATACACA-CACAT  99
       ||| |||||||||   |||||| |||| ||||||  ||||||| |||||
seq2  ATTGAATGTATGTG--ACTGCACCCAGT-ATGCAC--ATACACACCACAT  88

seq1  GCACACAAACATGTCAAAAGTCTCTTCACACTTTAATGTTTAGCAATCCT  149
      |||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||
seq2  GCACAC-AACATGTC-AAAGTCTCTTCACAC-TTGATG-TTAGCAATCCT  134

seq1  AACTTTTAAGTAGATTCATTGAGGCATCTAGCTTTCCTTCATATCTCTTG  199
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAC-TTTAAGTAGA-TCATTGAGGCATCTAGCTTTCCTTCATATCTCTTG  182

seq1  AAATGACAATATAAGGCCTAAGATGTGTGG-CCATATTTCTATTATCTGA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAATATAAGGCCTAAGATGTGTGGCCCATATTTCTATTATCTGA  232

seq1  TGTAATTGTACTTTTCCATTAAACCAAAAAGGAAATTACATAAAGGAACT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTGTACTTTTCCATTAAACCAAAAAGGAAATTACATAAAGGAACT  282

seq1  GAGCATAGTGAACTTAGTGCATTGCACCTTTAGAGTTTTCTTCCAATCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATAGTGAACTTAGTGCATTGCACCTTTAGAGTTTTCTTCCAATCTT  332

seq1  GATGAAAGGCTAAGAGTATGTTTTTGAGCATGAGTCCAGAATAGAAATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGGCTAAGAGTATGTTTTTGAGCATGAGTCCAGAATAGAAATTT  382

seq1  GTTGCTCTTTCTTACATAAGTTGCATTCAGGAATTTTCTATTTAAGGAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCTTTCTTACATAAGTTGCATTCAGGAATTTTCTATTTAAGGAGT  432

seq1  CTTTGAAATGGCACATGAAATTAGATATGCATGAAGCATTTGTAAACCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAATGGCACATGAAATTAGATATGCATGAAGCATTTGTAAACCTT  482

seq1  TTAGTTTTGAAGATAGTGATAGACTCAGGAAGTTACCAACAAAATAATGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTTGAAGATAGTGATAGACTCAGGAAGTTACCAACAAAATAATGA  532

seq1  GTGTTTTCTTTTACCGGATGCTTCCAATGGTTATACTTTACTTAATTGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCTTTTACCGGATGCTTCCAATGGTTATACTTTACTTAATTGGT  582

seq1  ATATCAGAATCAGATTTATATTTTTACAGCTTATGTGCACAGTTCTGTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGAATCAGATTTATATTTTTACAGCTTATGTGCACAGTTCTGTGC  632

seq1  CTTTCTGTTGTAATGTCAGTCATGTAACCGTCACCACTAGAGGATCTACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTGTAATGTCAGTCATGTAACCGTCACCACTAGAGGATCTACT  682

seq1  TGGTGATGCTCCCTTGTAGTGACTTCCATCCCCATCTGTGATCTCTGGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATGCTCCCTTGTAGTGACTTCCATCCCCATCTGTGATCTCTGGCA  732

seq1  CTGAGAACTGATCTGCTCTATGGAGTTGTTATTCTGAGGTTGTCGTCATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAACTGATCTGCTCTATGGAGTTGTTATTCTGAGGTTGTCGTCATA  782

seq1  TGGTGTGTGGTTTTTCTGAGATAACTTTGTTCATTTAGCATAATTGCTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGTGGTTTTTCTGAGATAACTTTGTTCATTTAGCATAATTGCTGA  832

seq1  CAGTTTTTGAGTTACAGCAGTAATTAAATCTGGACCATCTATTTGTCTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTTGAGTTACAGCAGTAATTAAATCTGGACCATCTATTTGTCTGT  882

seq1  ATTTGACAGTCATCAACTTTAGGCTTAAAGTGTACTTAAAAATTAAACGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACAGTCATCAACTTTAGGCTTAAAGTGTACTTAAAAATTAAACGT  932

seq1  TGAATATAAATATGGTCATATTATGCTTAGATATATCAGTAGATCAAAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATAAATATGGTCATATTATGCTTAGATATATCAGTAGATCAAAAG  982

seq1  GTGTATATGCATGGACATTTAATGAATGCTCTTCTTATGGTTTTGACTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATGCATGGACATTTAATGAATGCTCTTCTTATGGTTTTGACTAA  1032

seq1  TTACCCAGCTGGTTGCTTAGATGCTTAAATAAAAGAATATGGTCAATGGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCAGCTGGTTGCTTAGATGCTTAAATAAAAGAATATGGTCAATGGT  1082

seq1  AAATTGATGTATTGGGATTCTCTTTCCCTATTTAAGTATTGTTTCTTCAC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATGTATTGGGATTCTCTTTCCCTATTTAAGTATTGTTTCTTCAC  1132

seq1  AGTAGAATTC  1158
      ||||||||||
seq2  AGTAGAATTC  1142

seq1: chr7_63132325_63133431
seq2: B6Ng01-060F09.g_68_1157

seq1  GAATTCATTGTGGATATGGTCCTTCCTTGCGGAACCATAAAAGTTTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTGGATATGGTCCTTCCTTGCGGAACCATAAAAGTTTAAGA  50

seq1  TTCTGGGTTGCCCAGATAGAGCCTTGTGGGCAGTTTCTGTTACATGTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTTGCCCAGATAGAGCCTTGTGGGCAGTTTCTGTTACATGTAAA  100

seq1  GATTTCTCACAGTTTCTCCACACAGACGTAACATGTGCCTTTGAGGATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTCACAGTTTCTCCACACAGACGTAACATGTGCCTTTGAGGATTT  150

seq1  TACCGTGCAAGCCCTTTTGTCTGCCTCACATTGTGTAGCTGAATAGTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGTGCAAGCCCTTTTGTCTGCCTCACATTGTGTAGCTGAATAGTTGG  200

seq1  CAAATCTCGGGCTCTGGGAAGTTCCAGTACTAGTGCGCTGAAACAGCGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTCGGGCTCTGGGAAGTTCCAGTACTAGTGCGCTGAAACAGCGTA  250

seq1  ACTGGGGAGGGGCACTTACTTCTTGTTAGAAATAGTGGTGGCGGAGAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGAGGGGCACTTACTTCTTGTTAGAAATAGTGGTGGCGGAGAGGG  300

seq1  TTTCGGAAAGATCCTTAAGAATGTGTTTCAGGGCTTTTTGGAGTCAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGAAAGATCCTTAAGAATGTGTTTCAGGGCTTTTTGGAGTCAGAAT  350

seq1  ATGCATAGACAAGTTCTTCTCTGACACAGACACTAGGAGTCAACACTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGACAAGTTCTTCTCTGACACAGACACTAGGAGTCAACACTTTG  400

seq1  ACCTGTAGATAAAGGTAGACATTCACCTATGCCTAGGAGAGACCAGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTAGATAAAGGTAGACATTCACCTATGCCTAGGAGAGACCAGAGTA  450

seq1  TAGATACCTGTTGATGAAGTCCATTGGCCATGAACAATAGAGTACAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACCTGTTGATGAAGTCCATTGGCCATGAACAATAGAGTACAAAAG  500

seq1  CTCTCTGGTGTATACGATATGTCTGAGTTGGCAAAAGTCTCCCCTAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGGTGTATACGATATGTCTGAGTTGGCAAAAGTCTCCCCTAAAGT  550

seq1  CAAGGTCAGGGATGCTGCAAGAGGCTGAAACCAAAAGCAGCTACTTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCAGGGATGCTGCAAGAGGCTGAAACCAAAAGCAGCTACTTCAAC  600

seq1  ACTTATTTCTGCAAATAACTGCAGGCAGAGAAGAATAGTGATTTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTTCTGCAAATAACTGCAGGCAGAGAAGAATAGTGATTTTTTTTT  650

seq1  TTTCTCCCCAAGGTCCCCATGGGGCCTCCTCCACCCTCCCCAATTAATTT  700
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTCTCTCCAAGGTCCCCATGGGGCCTCCTCCACTCTCCCCAATTAATTT  700

seq1  GCAGATATGTTTTGGAATTGCCTCTTTTCTTTCTAGGGCTGCTCAGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATATGTTTTGGAATTGCCTCTTTTCTTTCTAGGGCTGCTCAGTTTT  750

seq1  TACGTAAAATGGCAGATCCACAATCCATCCAGGAGTCACAGAATCTGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTAAAATGGCAGATCCACAATCCATCCAGGAGTCACAGAATCTGTCC  800

seq1  ATGTTCCTGGCCAACCACAACAAGATTACACAAGTAAGGCCCGTGTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCTGGCCAACCACAACAAGA-TACACAAGTAAGGCCCGTGTCTCT  849

seq1  GCACACCATTGACATCCTGTGTTGCTGGTGAGGCTGGAGTGGGCGGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||
seq2  GCACACCATTGACATCCTGTG-TGCTGGTGAGGCTGGAGTGG--CGCAGC  896

seq1  TAATCTCTTTCCTTTGTGCTCCAGTCTCTGCAGCAGCAGCTTGAGGTCAT  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTC-TTCCTTTGTGCTCCAGTCTCTGCAGCAGCAGCTTGAGGTCAT  945

seq1  TTCTGGCTATGAAGAGCTCCTGGCAGACATCGTGAATCTGTGTGTGGATT  1000
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   |
seq2  TTCTGGCTATGAAGAGCTTCTGGCAGACATCGTG-ATCTGTGTGTG--AT  992

seq1  ACTATGAGAACAGGATGTACTTGACACCCAGCGAAAAACACATGCTTCTC  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| ||
seq2  ACTATGAG-ACAGGATGTACTTGACACCCAGC-CGAAACCCATGCTTTTC  1040

seq1  AAAGTACGTGTGTAGCGGAGAGGGTCCAGCCTTCCTCGGGGATCAAGCAT  1100
       |||||| ||| |||| |||||| ||| || ||| ||||||||| |||||
seq2  -AAGTAC-TGT-TAGC-GAGAGGTTCC-GCTTTCTTCGGGGATC-AGCAT  1084

seq1  GGCCGTT  1107
       ||||||
seq2  -GCCGTT  1090