BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061P01
Chromosome7 (Build37)7 (Build37)
Map Location 46,428,189 - 46,429,35246,597,913 - 46,599,007
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneLOC100038967
Upstream geneLOC100038955
Downstream geneLOC620018, LOC100038914, EG668531, EG628058, EG668618, EG330513, EG434168, 9430025M13Rik, LOC100038985, 3000002G13Rik, EG215208, LOC100039133, LOC100039050, EG668540, 4930558N11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061P01.bB6Ng01-061P01.g
ACCDH882480DH882481
length1,1471,082
definitionDH882480|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061P01, 5' end.DH882481|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061P01, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,428,189 - 46,429,352)(46,597,913 - 46,599,007)
sequence
gaattcaatatgaccatcactaaccaagacactggactctcctccctgtc
tgtgacatcccagtgtaataaaattttagatcccaataccatagcccctt
tccatccatcacttttaaccagttttgtccaagttacaccaccacaggta
ccagatcaaggatacagcctggcaccttcctaccaggatggcagccaggt
gtactactacaaccacaacagcctggaccgtctgatacccggagaactag
gacagtgtttgcagtcctacagctctgtgtcctaccctgtgagcaagggg
tctgcccctcaaccagagatgctgatggtgggaaaggagattcagccaag
gaatgtccaaataccaatctccacctctggcttctcctattccacatctg
gtcaaaatatgccagacatcagtcttcagggtaagtacaaactcaggagg
gaaaggcacgtgatcaagagtccaagatgctcaagtctacttttcatagt
ggatattccacacagccagagattatgagtgtttacaggttaaatagagc
tctgcttttcatccccatcttcagactgaataatgatagagaaagcaagg
ccacagtgagtggtatccatcctgcattcagtggtgtcaggagcatacca
cactcacatatgtgacagcataagttagtcactatcacatccctgcacac
tgttactaactccttgaactattgctctggggtacagatgacaatgagga
ctttttgttttggaaacctgggatttttctgtcagttgaaaactctctcc
agagaaatgcaactcagaatctgtcctggaggaagaattcctcccagatc
ccagcaactgttctggcattttcttacacttaaaattatagagtagggta
cagaccatgtaccattgctaaggaagccaaggctactttccttctttttc
cttctgttgtagtacttcagagtgacccattgacacatataagatcatgt
agatgtttctctatggagatcataaccaggccaaatattcatttttcttg
ttcattgcatatgcttacagtagtctggtgagaatacagggttggagaaa
gctctttgggtccatgctgtccaggagggcccagctagctgggatac
gaattcatttgaccaagtatctttaagatattgttttaggacttcagtgg
tattatgtacctagtaaggggttaggcagattgtgtgaaacctggggtca
catgccaatagaaacatgtccctaaaaagggccaactcttctgccagtga
gtcaatatgttgttttaaaatgtggatggcttgataaagatgttgattta
gtaactcttatgcctgcagtgcctcagctgatttagagactatagcattg
gtagtctctgctatagtggctgtctgggtcaaagcaacaggagctgttgt
ggccccagaaatacctgcaatgatggctgcaatgataatagctgtaatat
caaaatcccactttccctggtatagcagttataagtgagtctgtgtcatc
agagtgatggcatgaaagtgggtgatatttaccacatgcatccaaatagt
ggcttgttcccccatcaggatagctattgttgaataccccatccaacagg
cagtcaggagatatttctcatcgaattagtcaaggctgtctctgacaatg
gaagtattaatggccagaatgtaaagggggagggtcagacacagactggg
gtttctttccagccaacctcattcccaatgataacattcagtggggttgc
cccagtccacattttcaccaaccagtttaagtggaaatatgtcccactaa
agtcctactagactttgtaggagactaaggaagcataaatcaatcatatc
agaatctagtggaatccctcttaacattgggagtaatattggaagcatca
tgtaaggtaaacctccacataccaagtgtgaagatagatgacaatattgc
atagtccccagcaaattttataccaagttcagcctgacagtgctcccaag
ggataggaagtcccatgacagtggtcatttgagcgactcttgaacagcaa
ggcagggtgatgtgatatgcttgggggatctttgggatttgtaatcatta
aagggcatgtgaagttcatgcttatatggtaccataatagataccatgaa
agtactcatgaatcctgctggtagctgggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_46428189_46429352
seq2: B6Ng01-061P01.b_47_1193 (reverse)

seq1  GTATCCAAACCTAGCTGGGCCCTCCTTTGAGACAAGCATTTGAACAAAAG  50
      ||||||  | ||||||||||||||||    ||| |||| | || | ||||
seq2  GTATCC-CAGCTAGCTGGGCCCTCCT---GGAC-AGCA-TGGACCCAAAG  44

seq1  AGCTTTCTTCTACCCCTGTA-TCTCA-CAGACCTACTGTAAGCAATATGC  98
      ||||||| || | ||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||
seq2  AGCTTTC-TCCAACCCTGTATTCTCACCAGA-CTACTGTAAGC-ATATGC  91

seq1  AAATTGACATAGAAAAATGAAATATTTGGGCTTGGTTATGATTCTCCATT  148
      ||  |||   ||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||| |
seq2  AA--TGAACAAGAAAAATG-AATATTT-GGCCTGGTTATGA-TCTCCA-T  135

seq1  AGAGAAAACATCTACATGATCTTATATTGTTGTCAATGGGTCACCTCTGA  198
      |||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||
seq2  AGAG-AAACATCTACATGATCTTATAT--GTGTCAATGGGTCA-CTCTGA  181

seq1  AGTACTACAACAGAAGGAAAAAGAAGGAAAGTAGCCTTGGCTTCCTTAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTACAACAGAAGGAAAAAGAAGGAAAGTAGCCTTGGCTTCCTTAGC  231

seq1  AATGGTACATGGTCTGTACCCTACTCTATAATTTTAAGTGTAAGAAAATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTACATGGTCTGTACCCTACTCTATAATTTTAAGTGTAAGAAAATG  281

seq1  CCAGAACAGTTGCTGGGATCTGGGAGGAATTCTTCCTCCAGGACAGATTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACAGTTGCTGGGATCTGGGAGGAATTCTTCCTCCAGGACAGATTC  331

seq1  TGAGTTGCATTTCTCTGGAGAGAGTTTTCAACTGACAGAAAAATCCCAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGCATTTCTCTGGAGAGAGTTTTCAACTGACAGAAAAATCCCAGG  381

seq1  TTTCCAAAACAAAAAGTCCTCATTGTCATCTGTACCCCAGAGCAATAGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAAACAAAAAGTCCTCATTGTCATCTGTACCCCAGAGCAATAGTT  431

seq1  CAAGGAGTTAGTAACAGTGTGCAGGGATGTGATAGTGACTAACTTATGCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGTTAGTAACAGTGTGCAGGGATGTGATAGTGACTAACTTATGCT  481

seq1  GTCACATATGTGAGTGTGGTATGCTCCTGACACCACTGAATGCAGGATGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATATGTGAGTGTGGTATGCTCCTGACACCACTGAATGCAGGATGG  531

seq1  ATACCACTCACTGTGGCCTTGCTTTCTCTATCATTATTCAGTCTGAAGAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACTCACTGTGGCCTTGCTTTCTCTATCATTATTCAGTCTGAAGAT  581

seq1  GGGGATGAAAAGCAGAGCTCTATTTAACCTGTAAACACTCATAATCTCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGAAAAGCAGAGCTCTATTTAACCTGTAAACACTCATAATCTCTG  631

seq1  GCTGTGTGGAATATCCACTATGAAAAGTAGACTTGAGCATCTTGGACTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGGAATATCCACTATGAAAAGTAGACTTGAGCATCTTGGACTCT  681

seq1  TGATCACGTGCCTTTCCCTCCTGAGTTTGTACTTACCCTGAAGACTGATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACGTGCCTTTCCCTCCTGAGTTTGTACTTACCCTGAAGACTGATG  731

seq1  TCTGGCATATTTTGACCAGATGTGGAATAGGAGAAGCCAGAGGTGGAGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCATATTTTGACCAGATGTGGAATAGGAGAAGCCAGAGGTGGAGAT  781

seq1  TGGTATTTGGACATTCCTTGGCTGAATCTCCTTTCCCACCATCAGCATCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTTGGACATTCCTTGGCTGAATCTCCTTTCCCACCATCAGCATCT  831

seq1  CTGGTTGAGGGGCAGACCCCTTGCTCACAGGGTAGGACACAGAGCTGTAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGAGGGGCAGACCCCTTGCTCACAGGGTAGGACACAGAGCTGTAG  881

seq1  GACTGCAAACACTGTCCTAGTTCTCCGGGTATCAGACGGTCCAGGCTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCAAACACTGTCCTAGTTCTCCGGGTATCAGACGGTCCAGGCTGTT  931

seq1  GTGGTTGTAGTAGTACACCTGGCTGCCATCCTGGTAGGAAGGTGCCAGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGTAGTAGTACACCTGGCTGCCATCCTGGTAGGAAGGTGCCAGGC  981

seq1  TGTATCCTTGATCTGGTACCTGTGGTGGTGTAACTTGGACAAAACTGGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCCTTGATCTGGTACCTGTGGTGGTGTAACTTGGACAAAACTGGTT  1031

seq1  AAAAGTGATGGATGGAAAGGGGCTATGGTATTGGGATCTAAAATTTTATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGATGGATGGAAAGGGGCTATGGTATTGGGATCTAAAATTTTATT  1081

seq1  ACACTGGGATGTCACAGACAGGGAGGAGAGTCCAGTGTCTTGGTTAGTGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGGATGTCACAGACAGGGAGGAGAGTCCAGTGTCTTGGTTAGTGA  1131

seq1  TGGTCATATTGAATTC  1164
      ||||||||||||||||
seq2  TGGTCATATTGAATTC  1147

seq1: chr7_46597913_46599007
seq2: B6Ng01-061P01.g_70_1151

seq1  GAATTCATTTGACCAAGTATCTTTAAGATATTGTTTTAGGACTTCAGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGACCAAGTATCTTTAAGATATTGTTTTAGGACTTCAGTGG  50

seq1  TATTATGTACCTAGTAAGGGGTTAGGCAGATTGTGTGAAACCTGGGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGTACCTAGTAAGGGGTTAGGCAGATTGTGTGAAACCTGGGGTCA  100

seq1  CATGCCAATAGAAACATGTCCCTAAAAAGGGCCAACTCTTCTGCCAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAATAGAAACATGTCCCTAAAAAGGGCCAACTCTTCTGCCAGTGA  150

seq1  GTCAATATGTTGTTTTAAAATGTGGATGGCTTGATAAAGATGTTGATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATATGTTGTTTTAAAATGTGGATGGCTTGATAAAGATGTTGATTTA  200

seq1  GTAACTCTTATGCCTGCAGTGCCTCAGCTGATTTAGAGACTATAGCATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCTTATGCCTGCAGTGCCTCAGCTGATTTAGAGACTATAGCATTG  250

seq1  GTAGTCTCTGCTATAGTGGCTGTCTGGGTCAAAGCAACAGGAGCTGTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCTCTGCTATAGTGGCTGTCTGGGTCAAAGCAACAGGAGCTGTTGT  300

seq1  GGCCCCAGAAATACCTGCAATGATGGCTGCAATGATAATAGCTGTAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCAGAAATACCTGCAATGATGGCTGCAATGATAATAGCTGTAATAT  350

seq1  CAAAATCCCACTTTCCCTGGTATAGCAGTTATAAGTGAGTCTGTGTCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCCCACTTTCCCTGGTATAGCAGTTATAAGTGAGTCTGTGTCATC  400

seq1  AGAGTGATGGCATGAAAGTGGGTGATATTTACCACATGCATCCAAATAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGATGGCATGAAAGTGGGTGATATTTACCACATGCATCCAAATAGT  450

seq1  GGCTTGTTCCCCCATCAGGATAGCTATTGTTGAATACCCCATCCAACAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTTCCCCCATCAGGATAGCTATTGTTGAATACCCCATCCAACAGG  500

seq1  CAGTCAGGAGATATTTCTCATCGAATTAGTCAAGGCTGTCTCTGACAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGGAGATATTTCTCATCGAATTAGTCAAGGCTGTCTCTGACAATG  550

seq1  GAAGTATTAATGGCCAGAATGTAAAGGGGGAGGGTCAGACACAGACTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATTAATGGCCAGAATGTAAAGGGGGAGGGTCAGACACAGACTGGG  600

seq1  GTTTCTTTCCAGCCAACCTCATTCCCAATGATAACATTCAGTGGGGTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTCCAGCCAACCTCATTCCCAATGATAACATTCAGTGGGGTTGC  650

seq1  CCCAGTCCACATTTTCACCAACCAGTTTAAGTGGAAATATGTCCCACTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTCCACATTTTCACCAACCAGTTTAAGTGGAAATATGTCCCACTAA  700

seq1  AGTCCTACTAGACTTTGTAGGAGACTAAGGAAGCATAAATCAATCATATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTACTAGACTTTGTAGGAGACTAAGGAAGCATAAATCAATCATATC  750

seq1  AGAATCTAGTGGAATCCCTCTTAACATTGGGAGTAATATTGGAAGCATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTAGTGGAATCCCTCTTAACATTGGGAGTAATATTGGAAGCATCA  800

seq1  TGTAAGGTAAACCTCCACATACCAAGTGTGAAGATAGATGACAATATTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGTAAACCTCCACATACCAAGTGTGAAGATAGATGACAATATTGC  850

seq1  ATAGTCCCCAGCAAATTTTATACCAAGTTCAGCCTGACAGTGCTCCCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCCCCAGCAAATTTTATACCAAGTTCAGCCTGACAGTGCTCCCAAG  900

seq1  GGATAGGAAGTCCCATGACAGTGGTCATTTGAGCGACCCTTGAACAGCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGATAGGAAGTCCCATGACAGTGGTCATTTGAGCGACTCTTGAACAGCAA  950

seq1  GGCAGGGGTGGATGTGATATGCTTGGGGGATCCTTTGGGGATTTGTAATC  1000
      |||||||   ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||
seq2  GGCAGGG--TGATGTGATATGCTTGGGGGATC--TTTGGGATTTGTAATC  996

seq1  ATTAAGGGCAATGTGAAGTTCCATGCCTAATATGGTACCATAAATTAGAT  1050
      ||||| ||  |||||||||| |||| || ||||||||||||||  |||| 
seq2  ATTAAAGGGCATGTGAAGTT-CATG-CTTATATGGTACCATAA--TAGA-  1041

seq1  TACCATGAAAGTACCCATGAATCACGCCATGGGTAAGCTGGGGGT  1095
      |||||||||||||| ||||||||  ||  |||   ||||||||||
seq2  TACCATGAAAGTACTCATGAATCCTGC--TGG--TAGCTGGGGGT  1082