BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062N17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 122,626,882 - 122,764,227
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox6
Upstream genePde3b, Cyp2r1, Calca, LOC100043295, Calcb, Insc, EG627967, LOC668472
Downstream geneLOC100042779, 1110006G14Rik, EG668479, LOC100043313, 1110004F10Rik, Plekha7, Rps13, Pik3c2a, LOC100042798, Nucb2, LOC100043320, EG668484, LOC668485
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062N17.bB6Ng01-062N17.g
ACCDH883121DH883122
length1,1271,089
definitionDH883121|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062N17, 5' end.DH883122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062N17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,626,882 - 122,628,033)(122,763,114 - 122,764,227)
sequence
gaattcaatatctttccattgtggttgcttaaaagtcatccccattggat
actctgcaatatctaagtaactccctataagttcaaaggtaagttactac
atgtgtttccaaataaaaagcagctttagtaatgattcccaagaaaaata
tatcactaaagctacatgggcctcagtgaatatcaattctgtatccacag
aataatcacaaaatcctgatacttaatctaccatttgaaggagttaaatc
ccaggcaaggggaaactctattacatgctattgacagaattctttttgtg
attgctaagttttaaaacaaatctaactcagcagttacagttgtgcagtc
atataaatgtacagaaatgtaaagtaatgtatgtagtgttactggctcaa
aagggatgcatgccttttcaaaatcagctataaaaattgatcttgcccca
tcaagacgtcaatagtgatctttgagtttttgtttgttttgctttctgct
cctatggttgtaatcttagagctaatgaagatcaatttccaaagttgagc
cttggggacttaccaatctatcagacttaactatttaaaagaaaatagga
atccgtgagtagggataatacctaactttatgtagcagatgttactgtaa
ctgggcagagggacacactcagcacttcagattgaggacaggccattctg
gtcattgcctgccatttggcagcccgactccttctatacactaaaatgcc
cttccttatacaggtcttcctgcactgtcaagagcagccgagctgggaat
ggtgacacacactgagtggtcccagcactcgggaggcagaggcaggagga
tttctgagttcgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagcc
agggctacagagaaaccctgtctcaaaaaaaaacaaaagaaaaaaaaaaa
aagagcagcctaactcctgacgtaaagctctttatcagcacaccatggtc
atgtgccacactggtttcaaggtcatgacccttatgaccacacagctatg
ctcatgtctgttcagaagagcttgtgagggccttttgagtacacgtagga
agttcttgcatgtgggatgcaggcaaa
gaattcaaatcctgagccctctacctgtgagttgcctgaccttgagggga
actactgaccttccaatgctcatctgtaaagtaaggggaatggcagtacc
tacctcatctacgtgatttgagaattacatgtgttagttcatatgaagcc
cataggaaagcacctgacatgttgcagatgctggattggtgtggctttca
ttagtattattacattatcgttattatcatcacccatgtaattaccacag
tggcttaaagcagggtaataacaccataatatcattataatgccataaga
ttcagattagcatctgtcattacatcttcagtctgcccctcttacttttg
tgtctgataaagtaatttagaatcactactgctaaccctctgtagacagt
tcagtgaaaaccttggtctttgtcttgtgaaacttttctctaaatacctt
tataggaaacctttaaagggttgtgcattgtgattctttgggatatgatc
tgctgctctttaaaacatgcttctgtgattcttaagacacatatagctgc
caccccactgtagaacacacacgaatacactcagacatacacacatatat
acatgcatacatatacacaaaagtagtagctacatacaacatgtccatac
acccacaaacacagatccagatgtacacacatatatttgcacgcgtgtgt
gcgtgcacacacacacacacacacacacaatttattttgcaaatcatttt
tcccagcttgttttttcagttgtgtattttcaaggttcattgaattttgt
ttgagtgaaggaagatttatttatgtcaaaatcaaagttcataatttggc
tgatgtggtttttttctttttagcttcattatgtacacatattttaatta
tttgtctaatccaatgtcacaaagcctcttcctacattttgtctagaagt
tttctacctaacttttatgtatatatgatccatttgattagacttgtgta
taatgtagatgaatagttatctacttttcgtgatgtatctatttctaaca
atttcagagactatccttctctttaataccttgactcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_122626882_122628033
seq2: B6Ng01-062N17.b_48_1174

seq1  GAATTCAATATCTTTCCATTGTGGTTGCTTAAAAGTCATCCCCATTGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATCTTTCCATTGTGGTTGCTTAAAAGTCATCCCCATTGGAT  50

seq1  ACTCTGCAATATCTAAGTAACTCCCTATAAGTTCAAAGGTAAGTTACTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCAATATCTAAGTAACTCCCTATAAGTTCAAAGGTAAGTTACTAC  100

seq1  ATGTGTTTCCAAATAAAAAGCAGCTTTAGTAATGATTCCCAAGAAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTCCAAATAAAAAGCAGCTTTAGTAATGATTCCCAAGAAAAATA  150

seq1  TATCACTAAAGCTACATGGGCCTCAGTGAATATCAATTCTGTATCCACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTAAAGCTACATGGGCCTCAGTGAATATCAATTCTGTATCCACAG  200

seq1  AATAATCACAAAATCCTGATACTTAATCTACCATTTGAAGGAGTTAAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCACAAAATCCTGATACTTAATCTACCATTTGAAGGAGTTAAATC  250

seq1  CCAGGCAAGGGGAAACTCTATTACATGCTATTGACAGAATTCTTTTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAAGGGGAAACTCTATTACATGCTATTGACAGAATTCTTTTTGTG  300

seq1  ATTGCTAAGTTTTAAAACAAATCTAACTCAGCAGTTACAGTTGTGCAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTAAGTTTTAAAACAAATCTAACTCAGCAGTTACAGTTGTGCAGTC  350

seq1  ATATAAATGTACAGAAATGTAAAGTAATGTATGTAGTGTTACTGGCTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATGTACAGAAATGTAAAGTAATGTATGTAGTGTTACTGGCTCAA  400

seq1  AAGGGATGCATGCCTTTTCAAAATCAGCTATAAAAATTGATCTTGCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATGCATGCCTTTTCAAAATCAGCTATAAAAATTGATCTTGCCCCA  450

seq1  TCAAGACGTCAATAGTGATCTTTGAGTTTTTGTTTGTTTTGCTTTCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACGTCAATAGTGATCTTTGAGTTTTTGTTTGTTTTGCTTTCTGCT  500

seq1  CCTATGGTTGTAATCTTAGAGCTAATGAAGATCAATTTCCAAAGTTGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGGTTGTAATCTTAGAGCTAATGAAGATCAATTTCCAAAGTTGAGC  550

seq1  CTTGGGGACTTACCAATCTATCAGACTTAACTATTTAAAAGAAAATAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGACTTACCAATCTATCAGACTTAACTATTTAAAAGAAAATAGGA  600

seq1  ATCCGTGAGTAGGGATAATACCTAACTTTATGTAGCAGATGTTACTGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTGAGTAGGGATAATACCTAACTTTATGTAGCAGATGTTACTGTAA  650

seq1  CTGGGCAGAGGGACACACTCAGCACTTCAGATTGAGGACAGGCCATTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGAGGGACACACTCAGCACTTCAGATTGAGGACAGGCCATTCTG  700

seq1  GTCATTGCCTGCCATTTGGCAGCCCGACTCCTTCTATACACTAAAATGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGCCTGCCATTTGGCAGCCCGACTCCTTCTATACACTAAAATGCC  750

seq1  CTTCCTTATACAGGTCTTCCTGCACTGTCAAGAGCAGCCGAGCTGGGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTATACAGGTCTTCCTGCACTGTCAAGAGCAGCCGAGCTGGGAAT  800

seq1  GGTGACACACACTGAGTGGTCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACACACACTGAGTGGTCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGAGGA  850

seq1  TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCC  900

seq1  AGGGCTACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAACAAAAGAAAAAAAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||
seq2  AGGGCTACAGAGAAACCCTGTCTC-AAAAAAAAACAAAAG---AAAAAAA  946

seq1  AAAAAAGAGCAGCCTAACCCCTGAACGTAAAGCTCCTTTAATCAGCACAC  1000
      |||||||||||||||||| |||| |||||||||||  || ||||||||| 
seq2  AAAAAAGAGCAGCCTAACTCCTG-ACGTAAAGCTC--TTTATCAGCACA-  992

seq1  CCATGGTCATGTGCCACACTGGTTTCAAGGTCCATGACCCCTTAATGAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||| ||
seq2  CCATGGTCATGTGCCACACTGGTTTCAAGGT-CATGACCC--TTATG-AC  1038

seq1  CACACAGCTATGCTCATGTCTGTTCCAGAAGAGCTTGTGAGGTGCCTTTT  1100
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACACAGCTATGCTCATGTCTGTT-CAGAAGAGCTTGTGAGG-GCCTTTT  1086

seq1  GAGGTAACACGGTAAGGAGAGTTTCTTTGCCATGTGGGATGGCAGAGGCA  1150
      |||   |||| ||| | ||   |||||   |||||||||||    |||||
seq2  GAG--TACAC-GTAGGAAG---TTCTT--GCATGTGGGATG---CAGGCA  1125

seq1  AA  1152
      ||
seq2  AA  1127

seq1: chr7_122763114_122764227
seq2: B6Ng01-062N17.g_67_1155 (reverse)

seq1  AGGATGTCAAGGTAATTTAAAGAAGAAAGGATAGTTTCTTTAAATGAAAT  50
      |||| |||||||||  |||||||   ||||||||| ||      ||||| 
seq2  AGGA-GTCAAGGTA--TTAAAGA--GAAGGATAGTCTC------TGAAA-  38

seq1  TTTGTTAGAAATAGATACCATCACGAAAAAGTAAGATTACCTATTCATCT  100
       |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| || ||||||||| 
seq2  -TTGTTAGAAATAGATA-CATCACG-AAAAGT-AGA-TAACTATTCATC-  82

seq1  TACATTATACACAAAGTCTAATTCAAATGGATCAATATATAACATAAAAG  150
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TACATTATACAC-AAGTCTAA-TCAAATGGATC-ATATAT-ACATAAAAG  128

seq1  TTAAGGTTAGAAAACTTCTAGACAAAAATGTAGGAAGAGGCTTTGTGACA  200
      |||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA--GGTAGAAAACTTCTAGAC-AAAATGTAGGAAGAGGCTTTGTGACA  175

seq1  TTGGATTAGACAAATAATTAAAATATGTGTACATAATGAAGCTAAAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTAGACAAATAATTAAAATATGTGTACATAATGAAGCTAAAAAGA  225

seq1  AAAAAACCACATCAGCCAAATTATGAACTTTGATTTTGACATAAATAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCACATCAGCCAAATTATGAACTTTGATTTTGACATAAATAAAT  275

seq1  CTTCCTTCACTCAAACAAAATTCAATGAACCTTGAAAATACACAACTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCACTCAAACAAAATTCAATGAACCTTGAAAATACACAACTGAA  325

seq1  AAAACAAGCTGGGAAAAATGATTTGCAAAATAAATTGTGTGTGTGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAGCTGGGAAAAATGATTTGCAAAATAAATTGTGTGTGTGTGTGT  375

seq1  GTGTGTGTGCACGCACACACGCGTGCAAATATATGTGTGTACATCTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGCACGCACACACGCGTGCAAATATATGTGTGTACATCTGGAT  425

seq1  CTGTGTTTGTGGGTGTATGGACATGTTGTATGTAGCTACTACTTTTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTGTGGGTGTATGGACATGTTGTATGTAGCTACTACTTTTGTGT  475

seq1  ATATGTATGCATGTATATATGTGTGTATGTCTGAGTGTATTCGTGTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGCATGTATATATGTGTGTATGTCTGAGTGTATTCGTGTGTGT  525

seq1  TCTACAGTGGGGTGGCAGCTATATGTGTCTTAAGAATCACAGAAGCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGTGGGGTGGCAGCTATATGTGTCTTAAGAATCACAGAAGCATGT  575

seq1  TTTAAAGAGCAGCAGATCATATCCCAAAGAATCACAATGCACAACCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAGCAGCAGATCATATCCCAAAGAATCACAATGCACAACCCTTT  625

seq1  AAAGGTTTCCTATAAAGGTATTTAGAGAAAAGTTTCACAAGACAAAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTTCCTATAAAGGTATTTAGAGAAAAGTTTCACAAGACAAAGACC  675

seq1  AAGGTTTTCACTGAACTGTCTACAGAGGGTTAGCAGTAGTGATTCTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTTCACTGAACTGTCTACAGAGGGTTAGCAGTAGTGATTCTAAAT  725

seq1  TACTTTATCAGACACAAAAGTAAGAGGGGCAGACTGAAGATGTAATGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTATCAGACACAAAAGTAAGAGGGGCAGACTGAAGATGTAATGACA  775

seq1  GATGCTAATCTGAATCTTATGGCATTATAATGATATTATGGTGTTATTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTAATCTGAATCTTATGGCATTATAATGATATTATGGTGTTATTAC  825

seq1  CCTGCTTTAAGCCACTGTGGTAATTACATGGGTGATGATAATAACGATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTTAAGCCACTGTGGTAATTACATGGGTGATGATAATAACGATAA  875

seq1  TGTAATAATACTAATGAAAGCCACACCAATCCAGCATCTGCAACATGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATAATACTAATGAAAGCCACACCAATCCAGCATCTGCAACATGTCA  925

seq1  GGTGCTTTCCTATGGGCTTCATATGAACTAACACATGTAATTCTCAAATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTTCCTATGGGCTTCATATGAACTAACACATGTAATTCTCAAATC  975

seq1  ACGTAGATGAGGTAGGTACTGCCATTCCCCTTACTTTACAGATGAGCATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGATGAGGTAGGTACTGCCATTCCCCTTACTTTACAGATGAGCATT  1025

seq1  GGAAGGTCAGTAGTTCCCCTCAAGGTCAGGCAACTCACAGGTAGAGGGCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTCAGTAGTTCCCCTCAAGGTCAGGCAACTCACAGGTAGAGGGCT  1075

seq1  CAGGATTTGAATTC  1114
      ||||||||||||||
seq2  CAGGATTTGAATTC  1089