BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066C03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 83,205,451 - 83,376,534
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSv2b, 1500012K07Rik, LOC100042171, Akap13, Klhl25, LOC100042210
Downstream geneLOC434200, EG244071
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066C03.bB6Ng01-066C03.g
ACCDH885395DH885396
length1,1321,124
definitionDH885395|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066C03, 5' end.DH885396|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066C03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,375,389 - 83,376,534)(83,205,451 - 83,206,592)
sequence
gaattctatataacttcagaaattacaacaaaatgttaacttgtggtatc
cgatgatcaaagcatctagccacaaaattgcttttagatacacttcacca
gctgattttgaggtttgctcccaccttccacgcccctgaagcagatatgc
ccttgtcttccacacatcgcatacaatgagccaaacaacactcaacaact
gaacgtcttgagagacgacccagtcagtgaagtgcttaccttacaagcat
aagggcctgagtgtgattgctagaatccacacacaagagctaggcatggt
agatgtgcttaaaaatcccaacactgggagatggggccaggcaggttgtt
gggatttacagccagccagccttgtgaattagcaagcttcaggttcagtg
ggagaactccgcctctaagatcaaggagaagaatgataaatacccaaggt
tgtcctctgacatccacatatgcatgcacacatggacatatgcacacgca
aacatacacggggctgggggacataaatgtattcacgcaaatgaatttga
agttcttgagtgctggcccagcttctccttttcaacagtcatgtgatatt
gaaaacttactccattcgctgctaagacttattctcctctggatacctga
aaggtaggttccctaaacatttaagtcgcatgaacagtaagcaaacattt
cacagttggaagaagggagcaaatacagaatgctgacaaaaatctagtcc
cctacctccaaccccaccccagaaggctgttgtcctgtgatttctgttca
taacatctgggttgaagcctcccagggaagaaaacccatcagatctccct
gagcatgaacattctctgaatcccacaaaacctaagtatctttccaagca
gtttcagctttagctgtgtattaacaaccagaaatttccaaactttcatg
agggtttctctccctaaccccaaaaagagaactcagtctttggttggggc
tggcattcagacatcagtatttccatcattctctagtgactcccaggtgc
aacactttttgcaaacactgtcccagaaaaagcttctcaaattacagtga
aaacatacccaggaagaaaggcattcctaggt
gaattcatgaatttgtttcaagcaaggtttaccgaattaaaaattccaac
aaaataaaatattctgaaatatgatgctgtactccattaacatgtaccat
tttatatttttatgtataaattaggcataaatttaataaaaatatacaag
ccagtttatgttgattaagcaaatgcatcttcagaactaacctagcttgt
aggctgttaattttcaggctctgggctaaatatgccgtggagagaaccta
cagtcatgcgtgtctggaagaggagagactacatgtcacccagacctggg
caacatttactctgcatttgagctggggtttgagaactctgagcaggcat
gagaaaggctaagctcatatcgagtcactgagaacatccaaaggaaatcg
atttatttttttgctaccaacagttttttaaaaactatgtttaatttgca
tatattaattatgcacaacactaggtttcatgatagcatcttcatcgtgt
atatattttgattctattccacttattttctattccactctggcagttcc
ctcttactttcttccccactagctccctcttactttcatgtctttttctt
tatggtgacttaatcagttccacaaggattatagaaagatgggagagggg
tcatttataggaatgtggccccttaccagtagatcccactggaaaaaaat
gtcctttctttccccctacaacaactaactgcctatagatccttagggtt
ttgtgagtccaccccccctccacccctgcatcatagttgtcttttttcaa
atttgctttttcatggcaaaaagtaccagagagtcatttaataaacatct
tttcctatgacttccaggacgaagcttcaaacttatctgtttcaggtaga
gggagcatagatgttctctaatatatacagcagcatgcatggaaatgtct
ggtgaagcccaggagaggatgctccttgagatggtgcctgcagtcagttg
gcagaagaaacccataacataaaggggctgctgtgattcccagactttga
ccctgagcctgactgctgaacatccttgtgcatgaccccaagggcctgga
agagcaggctgtaatgaaatcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_83375389_83376534
seq2: B6Ng01-066C03.b_42_1173 (reverse)

seq1  ACCTAGGAATTGGCTTTCTTCCTGGTGATGTTATTCACTGGTAATTTTGA  50
      ||||||||| || ||||||||||||  ||||| |||||| |||| |||||
seq2  ACCTAGGAA-TGCCTTTCTTCCTGGGTATGTT-TTCACT-GTAA-TTTGA  46

seq1  GAAGCCTTTTTCTGGGGCAGTGTTTTGCAAAAAGTGTTTGCACTGTGGAG  100
      |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||   ||||
seq2  GAAG-CTTTTTCTGGGACAGTG-TTTGCAAAAAGTG-TTGCACCTGGGAG  93

seq1  TCACCTAGAGAATGATGGAAATACTGATGTCTGGAATGCCAGCCCCAAAC  150
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  TCA-CTAGAGAATGATGGAAATACTGATGTCT-GAATGCCAGCCCCAACC  141

seq1  AAAGACCTGAGTTCTCTTTTTTGGGGGTTAGGGGAGAGAAACCCTCATTG  200
      ||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  AAAGA-CTGAGTTCTCTTTTT--GGGGTTA-GGGAGAGAAACCCTCA-TG  186

seq1  AAAGTTTGGAAATTTCTGGTTGTTAATACACAGCTAAAGCTGAAACTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGGAAATTTCTGGTTGTTAATACACAGCTAAAGCTGAAACTGCT  236

seq1  TGGAAAGATACTTAGGTTTTGTGGGATTCAGAGAATGTTCATGCTCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGATACTTAGGTTTTGTGGGATTCAGAGAATGTTCATGCTCAGGG  286

seq1  AGATCTGATGGGTTTTCTTCCCTGGGAGGCTTCAACCCAGATGTTATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGATGGGTTTTCTTCCCTGGGAGGCTTCAACCCAGATGTTATGAA  336

seq1  CAGAAATCACAGGACAACAGCCTTCTGGGGTGGGGTTGGAGGTAGGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCACAGGACAACAGCCTTCTGGGGTGGGGTTGGAGGTAGGGGAC  386

seq1  TAGATTTTTGTCAGCATTCTGTATTTGCTCCCTTCTTCCAACTGTGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTTGTCAGCATTCTGTATTTGCTCCCTTCTTCCAACTGTGAAAT  436

seq1  GTTTGCTTACTGTTCATGCGACTTAAATGTTTAGGGAACCTACCTTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTACTGTTCATGCGACTTAAATGTTTAGGGAACCTACCTTTCAG  486

seq1  GTATCCAGAGGAGAATAAGTCTTAGCAGCGAATGGAGTAAGTTTTCAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCAGAGGAGAATAAGTCTTAGCAGCGAATGGAGTAAGTTTTCAATA  536

seq1  TCACATGACTGTTGAAAAGGAGAAGCTGGGCCAGCACTCAAGAACTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGACTGTTGAAAAGGAGAAGCTGGGCCAGCACTCAAGAACTTCAA  586

seq1  ATTCATTTGCGTGAATACATTTATGTCCCCCAGCCCCGTGTATGTTTGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTGCGTGAATACATTTATGTCCCCCAGCCCCGTGTATGTTTGCG  636

seq1  TGTGCATATGTCCATGTGTGCATGCATATGTGGATGTCAGAGGACAACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATATGTCCATGTGTGCATGCATATGTGGATGTCAGAGGACAACCT  686

seq1  TGGGTATTTATCATTCTTCTCCTTGATCTTAGAGGCGGAGTTCTCCCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATTTATCATTCTTCTCCTTGATCTTAGAGGCGGAGTTCTCCCACT  736

seq1  GAACCTGAAGCTTGCTAATTCACAAGGCTGGCTGGCTGTAAATCCCAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGAAGCTTGCTAATTCACAAGGCTGGCTGGCTGTAAATCCCAACA  786

seq1  ACCTGCCTGGCCCCATCTCCCAGTGTTGGGATTTTTAAGCACATCTACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCTGGCCCCATCTCCCAGTGTTGGGATTTTTAAGCACATCTACCA  836

seq1  TGCCTAGCTCTTGTGTGTGGATTCTAGCAATCACACTCAGGCCCTTATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGCTCTTGTGTGTGGATTCTAGCAATCACACTCAGGCCCTTATGC  886

seq1  TTGTAAGGTAAGCACTTCACTGACTGGGTCGTCTCTCAAGACGTTCAGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGGTAAGCACTTCACTGACTGGGTCGTCTCTCAAGACGTTCAGTT  936

seq1  GTTGAGTGTTGTTTGGCTCATTGTATGCGATGTGTGGAAGACAAGGGCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTGTTGTTTGGCTCATTGTATGCGATGTGTGGAAGACAAGGGCAT  986

seq1  ATCTGCTTCAGGGGCGTGGAAGGTGGGAGCAAACCTCAAAATCAGCTGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTTCAGGGGCGTGGAAGGTGGGAGCAAACCTCAAAATCAGCTGGT  1036

seq1  GAAGTGTATCTAAAAGCAATTTTGTGGCTAGATGCTTTGATCATCGGATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTATCTAAAAGCAATTTTGTGGCTAGATGCTTTGATCATCGGATA  1086

seq1  CCACAAGTTAACATTTTGTTGTAATTTCTGAAGTTATATAGAATTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGTTAACATTTTGTTGTAATTTCTGAAGTTATATAGAATTC  1132

seq1: chr7_83205451_83206592
seq2: B6Ng01-066C03.g_68_1191

seq1  GAATTCATGAATTTGTTTCAAGCAAGGTTTACCGAATTAAAAATTCCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAATTTGTTTCAAGCAAGGTTTACCGAATTAAAAATTCCAAC  50

seq1  AAAATAAAATATTCTGAAATATGATGCTGTACTCCATTAACATGTACCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATATTCTGAAATATGATGCTGTACTCCATTAACATGTACCAT  100

seq1  TTTATATTTTTATGTATAAATTAGGCATAAATTTAATAAAAATATACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTTTATGTATAAATTAGGCATAAATTTAATAAAAATATACAAG  150

seq1  CCAGTTTATGTTGATTAAGCAAATGCATCTTCAGAACTAACCTAGCTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTATGTTGATTAAGCAAATGCATCTTCAGAACTAACCTAGCTTGT  200

seq1  AGGCTGTTAATTTTCAGGCTCTGGGCTAAATATGCCGTGGAGAGAACCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTTAATTTTCAGGCTCTGGGCTAAATATGCCGTGGAGAGAACCTA  250

seq1  CAGTCATGCGTGTCTGGAAGAGGAGAGACTACATGTCACCCAGACCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATGCGTGTCTGGAAGAGGAGAGACTACATGTCACCCAGACCTGGG  300

seq1  CAACATTTACTCTGCATTTGAGCTGGGGTTTGAGAACTCTGAGCAGGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTTACTCTGCATTTGAGCTGGGGTTTGAGAACTCTGAGCAGGCAT  350

seq1  GAGAAAGGCTAAGCTCATATCGAGTCACTGAGAACATCCAAAGGAAATCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGCTAAGCTCATATCGAGTCACTGAGAACATCCAAAGGAAATCG  400

seq1  ATTTATTTTTTTGCTACCAACAGTTTTTTAAAAACTATGTTTAATTTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTTTTGCTACCAACAGTTTTTTAAAAACTATGTTTAATTTGCA  450

seq1  TATATTAATTATGCACAACACTAGGTTTCATGATAGCATCTTCATCGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAATTATGCACAACACTAGGTTTCATGATAGCATCTTCATCGTGT  500

seq1  ATATATTTTGATTCTATTCCACTTATTTTCTATTCCACTCTGGCAGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTTGATTCTATTCCACTTATTTTCTATTCCACTCTGGCAGTTCC  550

seq1  CTCTTACTTTCTTCCCCACTAGCTCCCTCTTACTTTCATGTCTTTTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTTTCTTCCCCACTAGCTCCCTCTTACTTTCATGTCTTTTTCTT  600

seq1  TATGGTGACTTAATCAGTTCCACAAGGATTATAGAAAGATGGGAGAGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTGACTTAATCAGTTCCACAAGGATTATAGAAAGATGGGAGAGGGG  650

seq1  TCATTTATAGGAATGTGGCCCCTTACCAGTAGATCCCACTGGAAAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATAGGAATGTGGCCCCTTACCAGTAGATCCCACTGGAAAAAAAT  700

seq1  GTCCTTTCTTTCCCCCTACAACAACTAACTGCCTATAGATCCTTAGGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTCTTTCCCCCTACAACAACTAACTGCCTATAGATCCTTAGGGTT  750

seq1  TTGTGAGTCCACCCCCCCTCCACCCCTGCATCATAGTTGTCTTTTTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGTCCACCCCCCCTCCACCCCTGCATCATAGTTGTCTTTTTTCAA  800

seq1  ATTTGCTTTTTCATGGCAAAAAGTACCAGAGAGTCATTTAATAAACATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTTTTCATGGCAAAAAGTACCAGAGAGTCATTTAATAAACATCT  850

seq1  TTTCCTATGACTTCCAGGACGAAGCTTCAAACTTATCTGTTTCAGGGTAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCCTATGACTTCCAGGACGAAGCTTCAAACTTATCTGTTTCA-GGTAG  899

seq1  AGGGAGCATAGATGTTCTCTAATATAATACAGCAGGCATGCATGGAAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGGAGCATAGATGTTCTCTAATAT-ATACAGCA-GCATGCATGGAAATG  947

seq1  TCTGGTGAAGCCCAGGAAGAGGATGCTCCTTAGAGATGGTGCCTGCAGTC  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGAAGCCCAGG-AGAGGATGCTCCTT-GAGATGGTGCCTGCAGTC  995

seq1  AGGTTGGCAGAAGAAAACCCATAACATAAGGGGCTTGCTGTGATTCCCAG  1050
      | ||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||
seq2  A-GTTGGCAGAAG-AAACCCATAACATAAAGGGGCTGCTGTGATTCCCAG  1043

seq1  AACTTTGAACCCTGAGCCTTGACTGGCTGAACATCCCTGTGCAGTGACCC  1100
       |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||| ||
seq2  -ACTTTG-ACCCTGAGCC-TGACT-GCTGAACATCCTTGTGCA-TGA-CC  1087

seq1  CCAAGGGGCTTGTGAGGAGCAGGCTGTTAATGGAAATTCAGT  1142
      ||||||| ||   || |||||||||| |||||  || |||||
seq2  CCAAGGGCCT--GGAAGAGCAGGCTG-TAATG--AAATCAGT  1124