BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068C07
Chromosome7 (Build37)
Map Location 56,080,267 - 56,227,555
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZdhhc13, Csrp3, E2f8, LOC100040465
Upstream geneMrgpra18-ps, EG435978, Mrgprc2-ps, Mrgpra4, Mrgprx1, Mrgprb7-ps, Mrgprb12-ps, EG270335, Mrgprb5, Mrgprb4, Mrgprb13, Mrgprb8, Mrgprb1, Mrgprx2, Mrgprb2, Mrgprb9-ps, Mrgprb3, EG639116
Downstream gene9130015G15Rik, 5330421F07Rik, Dbx1, Htatip2, Prmt3, Slc6a5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068C07.bB6Ng01-068C07.g
ACCDH886818DH886819
length1,0831,095
definitionDH886818|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C07, 5' end.DH886819|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,226,468 - 56,227,555)(56,080,267 - 56,081,385)
sequence
gaattccaggcagtgagagatcctgtctccagggcatgggagttgttttt
gagggtgttatttgaggttgtctgtgccaggctatctgtcactatcctcc
tcgatgcgcagttaacttctagaccctatcacctggaacacaaatatacc
acacacatatcctggaaatcctatatcttggacagttaccttgcgtctgg
gcctactctcctcttccctctgtcctcacctacattactaaatgatccca
ggatctcctaatgtgtcccacggagctccttgctgtcatggaagacatca
gcgctgatgagtgtcctcagggaacttccagaacaggcagttatagtcag
attacctttaacttgtcctcttagcacttcggctggtgttagctgccagg
acaaaactccacatgctggatagctaaaccaggcacagtgtctcaaagat
ctgcagtctggaggcaaggtgagggtacaggagcttgcattgtccagctt
ctccccttgatatgcagacagcggccttcttgtcctccctcacgttgcct
tgcgctttgcctacatcccagggactcaaatcctattggaggaggcccac
agccttaagacctggcctgaaccttaattgccttcttaaaggacttatct
ccaatgaatgtcacattgggtggggatgagggagctagagtttcaacaca
tgaattctggtaggacagattctatctataatggtggcaccccagctgta
accccaccacagagcaatccctttcctggaaactgcttgcttagtccccc
acctcccaccatacttttcattcagtccctcccatatatattttgggtcg
cttatgctccaaggagactttcttggcttctccaaaccagatagacattt
gcttaatatccctgacatactggttcaagtggcacaagctccatgacatt
aatactaggcccatcatacagtagctggatgacagacagcgagtactctg
taatgttgagtagatgggtaatggtggactagggatgaaggcaggtatca
agcttaccactctcagcccttccccctaccctg
gaattccgtccactggagtccttgcaaatataagcttactttgaagtttt
gccaagatggggattctccagttgaaccaagtgtcacaaggttgtgtctt
gctggcaaggagtcagtgtgagatagttaagctggcatgtgtctgacaag
ccagcctcagggttctctgtagaaagcatcaggtagtgtgctttgccaga
acttccgcatggccttctagccccagaaattcttttattctctttgtaat
gtgcccacctgggtcagggaaaagctgcatttttagatttggagtatatc
tcgttagaacttgagctctgtaaaacctgttcccagtttgaaaattagag
tgcttggtaggaactctgctcttgtcatgtgaaaggacaggctttgaagc
ttatctcctgccacctacatcagtgtcttggaggctgggcgtatggcaga
ggtgacggagagctctcgagattgagcactcactgtgtatctcatgagca
gtctgcttcaaagcctgctcttagtgtttggcggttagacaaaggaatca
gactggtttgagattacagtgtggatttatagcggagagaggagatggct
gtgctcaggactggagagtggtgtaaagctggtgatgctcacttcaaact
ggcagtcatagtctgtgtcttggtggttaagctaaaggggtgaatatttg
ctttattgaagtctggaagcaggtcagaggtggtcgtgcatgcctctaat
cccaacgttcttaaaatacaggcgtctcgtgatagaggtagaagagatgt
atatcaggcagggtctgatagaggagggagggcaggctgaggcctagaga
aacgtccatggagcagcacaagtgaagttgagccttattgctaaggtaga
acatgagaccaagaactaaagaccttgagtcactttgaactatcttcaaa
tcctgtccaatcagatcttacttctttgcccacttgtagcaattcagaat
attctggagctgaccctgtgattgccagctgtcttccactgtaccagtca
gcctccttctgaaagacgtttccattaagttatcatgtagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_56226468_56227555
seq2: B6Ng01-068C07.b_43_1125 (reverse)

seq1  CAGGGTAGGGGTGAAGGGCTGGAGAGTGGTAAGCTTGGTACCTGCCCTCA  50
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  CAGGGTAGGGG-GAAGGGCT-GAGAGTGGTAAGCTTGATACCTGCCTTCA  48

seq1  TCCCTAGT-CACCATTACCCATCTACTCAACATTTACAGAGTACTCGCTG  99
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTCCACCATTACCCATCTACTCAACA-TTACAGAGTACTCGCTG  97

seq1  TCTGTCATCCAGCTACTGTATGATGGGCCTAGGTATTAATGTCATGGAGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATCCAGCTACTGTATGATGGGCCTA-GTATTAATGTCATGGAGC  146

seq1  TTGTGCCACTTGAACCAGTAATGTCAGGGATATTAAGCAAATGTCTATCT  199
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCACTTGAACCAGT-ATGTCAGGGATATTAAGCAAATGTCTATCT  195

seq1  GGTTTGGAGAAGCCAAGAAAGTCTCCTTGGAGCATAAGCGACCCAAAATA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGAGAAGCCAAGAAAGTCTCCTTGGAGCATAAGCGACCCAAAATA  245

seq1  TATATGGGAGGGACTGAATGAAAAGTATGGTGGGAGGTGGGGGACTAAGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGGAGGGACTGAATGAAAAGTATGGTGGGAGGTGGGGGACTAAGC  295

seq1  AAGCAGTTTCCAGGAAAGGGATTGCTCTGTGGTGGGGTTACAGCTGGGGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTTCCAGGAAAGGGATTGCTCTGTGGTGGGGTTACAGCTGGGGT  345

seq1  GCCACCATTATAGATAGAATCTGTCCTACCAGAATTCATGTGTTGAAACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCATTATAGATAGAATCTGTCCTACCAGAATTCATGTGTTGAAACT  395

seq1  CTAGCTCCCTCATCCCCACCCAATGTGACATTCATTGGAGATAAGTCCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCCCTCATCCCCACCCAATGTGACATTCATTGGAGATAAGTCCTT  445

seq1  TAAGAAGGCAATTAAGGTTCAGGCCAGGTCTTAAGGCTGTGGGCCTCCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGGCAATTAAGGTTCAGGCCAGGTCTTAAGGCTGTGGGCCTCCTC  495

seq1  CAATAGGATTTGAGTCCCTGGGATGTAGGCAAAGCGCAAGGCAACGTGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGGATTTGAGTCCCTGGGATGTAGGCAAAGCGCAAGGCAACGTGAG  545

seq1  GGAGGACAAGAAGGCCGCTGTCTGCATATCAAGGGGAGAAGCTGGACAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACAAGAAGGCCGCTGTCTGCATATCAAGGGGAGAAGCTGGACAAT  595

seq1  GCAAGCTCCTGTACCCTCACCTTGCCTCCAGACTGCAGATCTTTGAGACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTCCTGTACCCTCACCTTGCCTCCAGACTGCAGATCTTTGAGACA  645

seq1  CTGTGCCTGGTTTAGCTATCCAGCATGTGGAGTTTTGTCCTGGCAGCTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCTGGTTTAGCTATCCAGCATGTGGAGTTTTGTCCTGGCAGCTAA  695

seq1  CACCAGCCGAAGTGCTAAGAGGACAAGTTAAAGGTAATCTGACTATAACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCCGAAGTGCTAAGAGGACAAGTTAAAGGTAATCTGACTATAACT  745

seq1  GCCTGTTCTGGAAGTTCCCTGAGGACACTCATCAGCGCTGATGTCTTCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTTCTGGAAGTTCCCTGAGGACACTCATCAGCGCTGATGTCTTCCA  795

seq1  TGACAGCATGGAGCTCCCTGGGACACATTAGGAGATCCTGGGATCATTTA  849
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCAAGGAGCTCCGTGGGACACATTAGGAGATCCTGGGATCATTTA  845

seq1  GTAATGTAGGTGAGGACAGAGGGAAGAGGAGAGTAGGCCCAGATGCAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTAATGTAGGTGAGGACAGAGGGAAGAGGAGAGTAGGCCCAGACGCAAGG  895

seq1  TAACTGTCCAAGATATAGGATTTACAGGATCTGGGTGTGGTCTATTTGTG  949
      ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||
seq2  TAACTGTCCAAGATATAGGATTTCCAGGATATGTGTGTGGTATATTTGTG  945

seq1  TTCCAGGTGATAGGGTCTAGAAGTTAACTCTGCATCAAGGAGGATAGTGA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||
seq2  TTCCAGGTGATAGGGTCTAGAAGTTAACTGCGCATCGAGGAGGATAGTGA  995

seq1  CAGATAGCCTGGCACAGACAACCTCAGATAACACCCTCAAAAACAACTCC  1049
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGCCTGGCACAGACAACCTCAAATAACACCCTCAAAAACAACTCC  1045

seq1  CATGCCTTGGAGACAGGATCTCTCACTGCCTTGGAATTC  1088
      |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATGCCCTGGAGACAGGATCTCTCACTGCC-TGGAATTC  1083

seq1: chr7_56080267_56081385
seq2: B6Ng01-068C07.g_68_1162

seq1  GAATTCAGTCCACTGGACTCAGTGCAAATATAAG-TTACTTTGAAGTTTT  49
      |||||| |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAATTCCGTCCACTGGAGTCCTTGCAAATATAAGCTTACTTTGAAGTTTT  50

seq1  GCCAAGATGGGGATTCTCCAGTTGAACCAAGTGTCACAAGGTTGTGTCTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGATGGGGATTCTCCAGTTGAACCAAGTGTCACAAGGTTGTGTCTT  100

seq1  GCTGGCAAGGAGTCAGTGTGAGATAGTTAAGCTGGCATGTGTCTGACAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAAGGAGTCAGTGTGAGATAGTTAAGCTGGCATGTGTCTGACAAG  150

seq1  CCAGCCTCAGGGTTCTCTGTAGAAAGCATCAGGTAGTGTGCTTTGCCAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTCAGGGTTCTCTGTAGAAAGCATCAGGTAGTGTGCTTTGCCAGA  200

seq1  ACTTCCGCATGGCCTTCTAGCCCCAGAAATTCTTTTATTCTCTTTGTAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCGCATGGCCTTCTAGCCCCAGAAATTCTTTTATTCTCTTTGTAAT  250

seq1  GTGCCCACCTGGGTCAGGGAAAAGCTGCATTTTTAGATTTGGAGTATATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCACCTGGGTCAGGGAAAAGCTGCATTTTTAGATTTGGAGTATATC  300

seq1  TCGTTAGAACTTGAGCTCTGTAAAACCTGTTCCCAGTTTGAAAATTAGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTAGAACTTGAGCTCTGTAAAACCTGTTCCCAGTTTGAAAATTAGAG  350

seq1  TGCTTGGTAGGAACTCTGCTCTTGTCATGTGAAAGGACAGGCTTTGAAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGTAGGAACTCTGCTCTTGTCATGTGAAAGGACAGGCTTTGAAGC  400

seq1  TTATCTCCTGCCACCTACATCAGTGTCTTGGAGGCTGGGCGTATGGCAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCCTGCCACCTACATCAGTGTCTTGGAGGCTGGGCGTATGGCAGA  450

seq1  GGTGACGGAGAGCTCTCGAGATTGAGCACTCACTGTGTATCTCATGAGCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACGGAGAGCTCTCGAGATTGAGCACTCACTGTGTATCTCATGAGCA  500

seq1  GTCTGCTTCAAAGCCTGCTCTTAGTGTTTGGCGGTTAGACAAAGGAATCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTTCAAAGCCTGCTCTTAGTGTTTGGCGGTTAGACAAAGGAATCA  550

seq1  GACTGGTTTGAGATTACAGTGTGGATTTATAGCGGAGAGAGGAGATGGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTTTGAGATTACAGTGTGGATTTATAGCGGAGAGAGGAGATGGCT  600

seq1  GTGCTCAGGACTGGAGAGTGGTGTAAAGCTGGTGATGCTCACTTCAAACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCAGGACTGGAGAGTGGTGTAAAGCTGGTGATGCTCACTTCAAACT  650

seq1  GGCAGTCATAGTCTGTGTCTTGGTGGTTAAGCTAAAGGGGTGAATATTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCATAGTCTGTGTCTTGGTGGTTAAGCTAAAGGGGTGAATATTTG  700

seq1  CTTTATTGAAGTCTGGAAGCAGGTCAGAGGTGGTCGTGCATGCCTCTAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTGAAGTCTGGAAGCAGGTCAGAGGTGGTCGTGCATGCCTCTAAT  750

seq1  CCCAACGTTCTTAAAATACAGGCGTCTCGTGATAGAGGTAGAAGAGATGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACGTTCTTAAAATACAGGCGTCTCGTGATAGAGGTAGAAGAGATGT  800

seq1  ATATCAGGCAGGGTCTGATAGAGGAGGGAGGGCAGGCTGAGGCCTAGAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGGCAGGGTCTGATAGAGGAGGGAGGGCAGGCTGAGGCCTAGAGA  850

seq1  AACGTCCATGGAGCAGCACAGGTGAAAGTTGAGCCTTATTTGCTAAGGAT  899
      |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||  
seq2  AACGTCCATGGAGCAGCACAAGTG-AAGTTGAGCCTTA-TTGCTAAGG--  896

seq1  AAGAACATGAGACCAAGGAACTAAAGACCTTAGAGTCACTTTGAGACTAA  949
       ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| 
seq2  TAGAACATGAGACCAA-GAACTAAAGACCTT-GAGTCACTTTGA-ACTAT  943

seq1  CCTCCAAATTCCTGTCCAAATCAAGATCTTACTTCTTTGCCCACTTGTTA  999
      | ||  || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTC--AAATCCTGTCC-AATC-AGATCTTACTTCTTTGCCCACTTG-TA  988

seq1  GCAAATTCAGTAATATTTCTTGAGCTTGACCCTGTGATTGCCAGCATGTC  1049
      || ||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  GC-AATTCAG-AATA-TTCTGGAGC-TGACCCTGTGATTGCCAGC-TGTC  1033

seq1  TTCCCACTGTTACTCAGTCAGCCCTCTTCCTGAAAAGACGTTTTCCAGTT  1099
      || |||||| ||| ||||||| |||| | ||| ||||||| |||||| ||
seq2  TT-CCACTG-TAC-CAGTCAG-CCTCCTTCTG-AAAGACG-TTTCCA-TT  1076

seq1  AGGTTAGTCATGTAGAGAGA  1119
      | |||| |||||||||||||
seq2  AAGTTA-TCATGTAGAGAGA  1095