BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068N23
Chromosome7 (Build37)
Map Location 17,051,394 - 17,243,600
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas1, LOC629352, Grlf1, LOC670915, LOC100038912
Upstream geneEG545921, LOC100042762, Obox1, LOC100042765, Obox3, LOC100042771, Obox5, EG638338, Obox6, Crx, Crxos1, Sepw1, Gltscr2, Ehd2, Gltscr1, Zfp541, Napa, Kptn, Slc8a2, Mrg2, Dhx34, Gpr77, C5ar1, 2610014I16Rik, Ccdc9, Bbc3, Sae1, BC057627, Tmem160
Downstream geneCeacam15, EG666641, LOC434127, Ceacam9, Ap2s1, Slc1a5, Fkrp, Strn4, Prkd2, Dact3, Gng8, Ptgir, Calm3, EG434128, 0710005I19Rik, LOC100042835, LOC434130, Ppp5c, Hif3a, Psg16, LOC100042844, LOC640145, Ceacam3, Psg29, LOC414361, LOC671132
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068N23.bB6Ng01-068N23.g
ACCDH887339DH887340
length1,0211,110
definitionDH887339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068N23, 5' end.DH887340|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,051,394 - 17,052,413)(17,242,486 - 17,243,600)
sequence
gaattctccagtgagtggctctgtggtagagtgcttgtctagtattcata
ggctctgggttcaatcctctgcactgaaagacagtaacaaaatccaaaga
aatacaaaattatgagagtagctagagaagtttgcactgcagggtggact
gcacattaagatagcagctgaagacaacagctcggtgattcttcaataag
tgaaaagagagctatgacgtgagcctctggcaatccctttataacccaac
aaccttaagataggtactgtgaggagtgctgtatgcacacggagagaaca
gcattacacagagccaagaaaaattccccaacgtccagcctccgagaacc
aatacaaaatgcggtagatccaagatgaagaggaattgaagccttgattt
gtgatgaaatattataaaagcagacaggcacaaaaaggccacagtgaccc
cacgcctatgaaatgtctaaaactggcaagtcgatgggagcagaaagcag
gtctgtgcttggcagcattgggctgcttcatggctgcaggactcctttgg
gactatgcagtaaatggtgctggtttggatactttaaaacagccttgtgt
gtacagcaagatccagaccagtcagggcacagagcgagaccctgtctaaa
agccgggatgggggaggtgtggagaactggctaagtggttaagagcacgc
cctcttgcggaagaacccctctagtctcagggatttgatgccctcttctg
gcctctgtcagtactacacatctgtggtacatacattcatgtaaaacacc
cacacacttaaatataaataaatatttttaaaagttgtagaaatgggttt
agtggataaaatgcatgcaccatcagacttgaagttcccagaacttatgt
gatacaatgagacttgattctcacagattgtcctctgacttccacctgtg
tgctgtgtctgcccacatacactatgaacacataaacaaatacgttttgt
ttttgttttgtggtggttgtt
gaattcactctgtagaccaggctggcctcgagctcagagatccacctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtggtgtggccaatgcctggc
tcatatagaacttttttcattttaattttatatgtaatcgtgctttgcct
ggctgcctgtaggtctgattaagggtgttagatcccacggaactggattc
acagtcagtcgtgagctgcgatgtggctgctgagaatttaacttgggtct
tctggaagagtagccatcttccccaccctgagatatagaacttttaaggt
atcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacaca
taaaacacttctaaaggtgacagtcctgggaagagactatcagactggcc
tgagggcatgtcagtggcacattctcatgattactgattgatgtgggagg
tcccagccccctgtggacctctcatccataggtaactgagtctagactgt
ttaagaaatagtgaacgtgatcctggaagtagggcagtaaacataattcc
cccacggactctgcttcagttcctgcctcctggtttcagccttcagttcc
atggatgttgagctgtaaactgtccctggaagggacaggaagcagtaggc
atgggatgagagaaaacatgacccatagtcctgtgactctgggaagggct
cccatggctcacgtgtgaaggaataagagcagcacatgtgtgaggcagag
ctggagatgagacaagcacgcacagagaacatggtgtcctctcctctctc
ttttcttcaagggctcctgctcacagtgagacaagccctgaccgtgtctg
ggagaagggacctcagaggacagagggccccaaggggattcactttcttc
tgaatctgaggagacaggacacagaggccgaacagggcctgtgcagctgg
aagctttggggacaggaagtatcagggccaggggagccatgttatacttt
atcaaccgagtcaaacattactgttgtagtttcctatggtgctgacagct
gggtccagaagagggttcctaattgaccaaatgtgggggacacagggggg
tcgttttgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_17051394_17052413
seq2: B6Ng01-068N23.b_50_1070

seq1  GAATTCTCCAGTGAGTGGCTCTGTGGTAGAGTGCTTGTCTAGTATTCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGTGAGTGGCTCTGTGGTAGAGTGCTTGTCTAGTATTCATA  50

seq1  GGCTCTGGGTTCAATCCTCTGCACTGAAAGACAGTAACAAAATCCAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGGGTTCAATCCTCTGCACTGAAAGACAGTAACAAAATCCAAAGA  100

seq1  AATACAAAATTATGAGAGTAGCTAGAGAAGTTTGCACTGCAGGGTGGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAAATTATGAGAGTAGCTAGAGAAGTTTGCACTGCAGGGTGGACT  150

seq1  GCACATTAAGATAGCAGCTGAAGACAACAGCTCGGTGATTCTTCAATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTAAGATAGCAGCTGAAGACAACAGCTCGGTGATTCTTCAATAAG  200

seq1  TGAAAAGAGAGCTATGACGTGAGCCTCTGGCAATCCCTTTATAACCCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGAGAGCTATGACGTGAGCCTCTGGCAATCCCTTTATAACCCAAC  250

seq1  AACCTTAAGATAGGTACTGTGAGGAGTGCTGTATGCACACGGAGAGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAAGATAGGTACTGTGAGGAGTGCTGTATGCACACGGAGAGAACA  300

seq1  GCATTACACAGAGCCAAGAAAAATTCCCCAACGTCCAGCCTCCGAGAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACACAGAGCCAAGAAAAATTCCCCAACGTCCAGCCTCCGAGAACC  350

seq1  AATACAAAATGCGGTAGATCCAAGATGAAGAGGAATTGAAGCCTTGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAAATGCGGTAGATCCAAGATGAAGAGGAATTGAAGCCTTGATTT  400

seq1  GTGATGAAATATTATAAAAGCAGACAGGCACAAAAAGGCCACAGTGACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAAATATTATAAAAGCAGACAGGCACAAAAAGGCCACAGTGACCC  450

seq1  CACGCCTATGAAATGTCTAAAACTGGCAAGTCGATGGGAGCAGAAAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCTATGAAATGTCTAAAACTGGCAAGTCGATGGGAGCAGAAAGCAG  500

seq1  GTCTGTGCTTGGCAGCATTGGGCTGCTTCATGGCTGCAGGACTCCTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGCTTGGCAGCATTGGGCTGCTTCATGGCTGCAGGACTCCTTTGG  550

seq1  GACTATGCAGTAAATGGTGCTGGTTTGGATACTTTAAAACAGCCTTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGCAGTAAATGGTGCTGGTTTGGATACTTTAAAACAGCCTTGTGT  600

seq1  GTACAGCAAGATCCAGACCAGTCAGGGCACAGAGCGAGACCCTGTCTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGCAAGATCCAGACCAGTCAGGGCACAGAGCGAGACCCTGTCTAAA  650

seq1  AGCCGGGATGGGGGAGGTGTGGAGAACTGGCTAAGTGGTTAAGAGCACGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGGGATGGGGGAGGTGTGGAGAACTGGCTAAGTGGTTAAGAGCACGC  700

seq1  CCTCTTGCGGAAGAACCCCTCTAGTCTCAGGGATTTGATGCCCTCTTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGCGGAAGAACCCCTCTAGTCTCAGGGATTTGATGCCCTCTTCTG  750

seq1  GCCTCTGTCAGTACTACACATCTGTGGTACATACATTCATGTAAAACACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGTCAGTACTACACATCTGTGGTACATACATTCATGTAAAACACC  800

seq1  CACACACTTAAATATAAATAAATATTTTTAAAAGTTGTAGAAAT-GGTTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CACACACTTAAATATAAATAAATATTTTTAAAAGTTGTAGAAATGGGTTT  850

seq1  AGTGGAT-AAATGCATGCACCATCAGACTTGAAGATCCCCAGAACTTATG  898
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  AGTGGATAAAATGCATGCACCATCAGACTTGAAG-TTCCCAGAACTTATG  899

seq1  TGATACAATGAGACTTGATTCTCACAGATTGTCCTCTGACTTCCACCTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAATGAGACTTGATTCTCACAGATTGTCCTCTGACTTCCACCTGT  949

seq1  GTGCTGTGTCCTGCCCACATACACATATGAACACATAAACAAATACGTTT  998
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGCTGTGT-CTGCCCACATACAC-TATGAACACATAAACAAATACG-TT  996

seq1  TTGTTTTTGTTTTGTTGTTGTT---  1020
      ||||||||||||||| || |||   
seq2  TTGTTTTTGTTTTGTGGTGGTTGTT  1021

seq1: chr7_17242486_17243600
seq2: B6Ng01-068N23.g_67_1176 (reverse)

seq1  TGCAAAACGCACCCCCTGTGTCCCCCACA-TTGGTCA--TAGAGACCCCT  47
      |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||  ||| || ||||
seq2  TGCAAAACGACCCCCCTGTGTCCCCCACATTTGGTCAATTAG-GAACCCT  49

seq1  C-TCTGGACCCCAGCTGTCAGCA-CATAGGAAAACTACAACAGGTAATG-  94
      | |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| 
seq2  CTTCTGGA-CCCAGCTGTCAGCACCATAGG-AAACTACAACA-GTAATGT  96

seq1  TTGACTCGGTTTGAATAAAGTATAACATGGCTCCCCTGCCCTTGATACTT  144
      |||||||||||   |||||||||||||||||||||||| || ||||||||
seq2  TTGACTCGGTT--GATAAAGTATAACATGGCTCCCCTGGCCCTGATACTT  144

seq1  CCTGTCCCCAAAGCTTCCAGCTGCACAGGCCCTGTTCGGCCTCTGTGTCC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCCCAAAGCTTCCAGCTGCACAGGCCCTGTTCGGCCTCTGTGTCC  194

seq1  TGTCTCCTCAGGATTCAGGAAGAAAGTGAATCCCCTTGGGGCCCTCTTGT  244
      |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTCTCCTCA-GATTCA-GAAGAAAGTGAATCCCCTTGGGGCCCTC-TGT  241

seq1  CCTCTGAGGTCCCCTTCTCCCAGACACGGTCAGGGCTTGTCTCACCTGTG  294
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTCTGAGGT-CCCTTCTCCCAGACACGGTCAGGGCTTGTCTCA-CTGTG  289

seq1  AGCAGGAGCCCCTTGAAGAAAAG-GAGAGGAGAGGACACCATGTTCTCTG  343
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAG-CCCTTGAAGAAAAGAGAGAGGAGAGGACACCATGTTCTCTG  338

seq1  TGCCTGCTTGTCTCATCTCCAGCTCTGCCTCACACCTGTGCTGCTCTTAT  393
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCGTGCTTGTCTCATCTCCAGCTCTGCCTCACACATGTGCTGCTCTTAT  388

seq1  TCCTTCACACCTGAGCCATGGGAGCCCTTCCCAGAGTCACAGGACTATGG  443
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACACGTGAGCCATGGGAGCCCTTCCCAGAGTCACAGGACTATGG  438

seq1  GTCATGTTTTCTCTCATCCCATGCCTACTGCTTCCTGTCCCTTCCAGGGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTTTCTCTCATCCCATGCCTACTGCTTCCTGTCCCTTCCAGGGA  488

seq1  CAGTTTACAGCTCAACATCCATGGAACTGAAGGCTGAAACCAGGAGGCAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACAGCTCAACATCCATGGAACTGAAGGCTGAAACCAGGAGGCAG  538

seq1  GAACTGAAGCAGAGTCCGTGGGGGAATTATGTTTACTGCCCTACTTCCAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAAGCAGAGTCCGTGGGGGAATTATGTTTACTGCCCTACTTCCAG  588

seq1  GATCACGTTCACTATTTCTTAAACAGTCTAGACTCAGTTACCTATGGATG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACGTTCACTATTTCTTAAACAGTCTAGACTCAGTTACCTATGGATG  638

seq1  AGAGGTCCACAGGGGGCTGGGACCTCCCACATCAATCAGTAATCATGAGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCCACAGGGGGCTGGGACCTCCCACATCAATCAGTAATCATGAGA  688

seq1  ATGTGCCACTGACATGCCCTCAGGCCAGTCTGATAGTCTCTTCCCAGGAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCACTGACATGCCCTCAGGCCAGTCTGATAGTCTCTTCCCAGGAC  738

seq1  TGTCACCTTTAGAAGTGTTTTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTTTAGAAGTGTTTTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  788

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATACCTTAAAAGTTCTATATCTCAGGGTGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATACCTTAAAAGTTCTATATCTCAGGGTGG  838

seq1  GGAAGATGGCTACTCTTCCAGAAGACCCAAGTTAAATTCTCAGCAGCCAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATGGCTACTCTTCCAGAAGACCCAAGTTAAATTCTCAGCAGCCAC  888

seq1  ATCGCAGCTCACGACTGACTGTGAATCCAGTTCCGTGGGATCTAACACCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAGCTCACGACTGACTGTGAATCCAGTTCCGTGGGATCTAACACCC  938

seq1  TTAATCAGACCTACAGGCAGCCAGGCAAAGCACGATTACATATAAAATTA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAGACCTACAGGCAGCCAGGCAAAGCACGATTACATATAAAATTA  988

seq1  AAATGAAAAAAGTTCTATATGAGCCAGGCATTGGCCACACCACACCTTTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAAAAGTTCTATATGAGCCAGGCATTGGCCACACCACACCTTTA  1038

seq1  ATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGCTCGAGGCCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGCTCGAGGCCA  1088

seq1  GCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1110