BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069P09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 32,046,934 - 32,148,421
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043827, Apbh, Abpe, LOC100043326
Upstream geneWdr62, EG668354, 1700020L13Rik, Clip3, Alkbh6, AI428936, 0610010E21Rik, Lrfn3, Tyrobp, Hcst, AY078069, Aplp1, Kirrel2, Nphs1, LOC100034728, Prodh2, Gm1082, Snx26, BC053749, Hspb6, 1810054G18Rik, Psenen, U2af1l4, Tmem149, Wbp7, Zbtb32, Upk1a, Cox6b1, Etv2, 3100004P22Rik, 2310022K01Rik, 4930479M11Rik, 2200002J24Rik, EG233075, Atp4a, Tmem147, Gapdhs, Sbsn, Dmkn, Krtdap, Ffar2, Ffar3, Ffar1, Cd22, Mag, Hamp2, Usf2-ps1, Hamp1, Usf2, LOC100043823, Lsr, Tmem162, Fxyd5, Fxyd7, Fxyd1, Lgi4, Fxyd3, Hpn, Scn1b, Gramd1a, LOC672598, LOC100043323
Downstream geneEG384585, LOC100043328, LOC100043331, LOC626181, LOC100043334, LOC100043834, LOC546947, LOC677233, LOC100043337, LOC546949, LOC100043836, EG626305, EG668342, EG626330, LOC100043340, LOC100043343, EG626358, LOC668351, EG384593, LOC100043351, LOC100043352, LOC100043353, EG384594, LOC100043838, EG668361, LOC668362, EG624584, LOC100043355, LOC546951, EG626740, EG668371, EG668377, LOC100043842, LOC634929, EG668379, EG668381, LOC668386
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069P09.bB6Ng01-069P09.g
ACCDH888108DH888109
length1,1041,116
definitionDH888108|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069P09, 5' end.DH888109|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069P09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,046,934 - 32,048,044)(32,147,276 - 32,148,421)
sequence
gaattcttctgtgagatgtacaaactccgacttttattcatttatctgcc
atgcaactgttcacaccagcatgggtttatagattatttcacaatcatag
tacaatctaatatcatgttatttagtttgttgttcaaattctttgacatt
cctccattaggagcttgttcacgattcctcatgctagtttttacagacat
ttgtaggtgtctgttcgtgtgtttatgtgcttctgtgtgtgtggtgtgtt
tgtgtctgtgtatgggcagaggtgctaagatatgtgtgagagcatgtgaa
agtgtgacgaaaatttggaggagttaattctcttctaccatgtgggttct
gggatttgaactcaggtcttcaccttcaattacttcacctttaatcactg
atctatctcaacagtcttccatcttattgtctgagaccaggtctctttct
gaatctgaagtacacatgggattagatgtgcctgccagcattttcacggg
tcctggggacttgaacccaggtctttatggatgcataacaagcaatttgc
atatgtttctatctctttggctgtccctgtttatgtgtgtcatgctatgg
aataatgcaaggggctttacatgctaaaaacaatagttcccattgttgta
ggcaactagtgaaaaaaatgccgggttagaagtatcatttccgctcaaac
tttgaagagacacagcccatcacagtgagctaggcacagtgaaggcactt
gggtggttgatcacatctacaatcaggaagcagtgaggcacagatacttg
tcctcagtttgttttcctctttgcacccattctatgaccatagtcatatg
ccacatgaaagtcagtctactcacatcaattgaccaagcctaaaagcttc
cacacagagctttgttttcatggcaacataaccatcacacactgcagcat
gtgatcttgatttaaaagcttcctgtctggagaaagtgtagtacaacatc
cagctggcaatctgattggtgctgataatgtcctccttagggtaagtaag
ttgatctgaacttggagaagtcaacactacacactacctgtggcctgtta
gcat
gaattcttgcgtaataagcactatcaacatttgtccatgaatttggctgc
ccatatttatgtgtgtgttgcagtggaataaaccccgtgctttgcacttg
ctgaaaacaatactccactactgttgtaaggaactagtgacaaaatgcca
gaagagaagcaacatttctgctcacaattttaagagacatagtccatcag
ggtgagctaggcaaagggcagcaacttgaggtagttggtcacatctacaa
tcaggaagcagagatgtacaaatggttgtgctcagttagttatccccaaa
acaccccatctatgaccatagtccacactacccctggaaaattagtctcc
cctcatcaattgatgaagcataaagacttccacacagagccttgttttta
tggaaactctcaacccagtcaggatgatcatcaagattaacatcacacac
tgcaagcaggatgagcttgaatttaagactttcctgtctccagaactgag
tagtacaacatccagctgacaatctcattggtgctgaaaatgtcttcctt
agtgtaagtaggttgacctgaacttgagacaatctacacacacagcactg
cctatggcctgtggagcagtgtagtttacagccaggcagtccacagtagc
ctgtggggttgtggacaactgagagttcatgtactggggtgaatccctca
ctctattgctcagtgctctcaacacgtgtactctactgctcaaacctctt
tgagacatggatcctgacagggctgagaggggataaggtgagcaggacaa
caggaatgagctaccgtggagtgaagcagaatttgtggtacaaaaccatc
aaaagccccgagatactcacatgggccaaaaagttggggactaacatggc
tgaaatcacagagaggtagatggtgcctccatgtctcgtcttccatccaa
aggtctcagaagttggacagttagagcaggagagtgagagtgtacaacga
gatgactagtggacagacactgcatttggctcagacttggctgctaacaa
gtcagcttaactcttttgcaacaaaacacttttctcagaatgaaactcta
gcttttgttcgtcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_32046934_32048044
seq2: B6Ng01-069P09.b_46_1149

seq1  GAATTCTTCTGTGAGATGTACAAACTCCGACTTTTATTCATTTATCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGTGAGATGTACAAACTCCGACTTTTATTCATTTATCTGCC  50

seq1  ATGCAACTGTTCACACCAGCATGGGTTTATAGATTATTTCACAATCATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACTGTTCACACCAGCATGGGTTTATAGATTATTTCACAATCATAG  100

seq1  TACAATCTAATATCATGTTATTTAGTTTGTTGTTCAAATTCTTTGACATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCTAATATCATGTTATTTAGTTTGTTGTTCAAATTCTTTGACATT  150

seq1  CCTCCATTAGGAGCTTGTTCACGATTCCTCATGCTAGTTTTTACAGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATTAGGAGCTTGTTCACGATTCCTCATGCTAGTTTTTACAGACAT  200

seq1  TTGTAGGTGTCTGTTCGTGTGTTTATGTGCTTCTGTGTGTGTGGTGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGGTGTCTGTTCGTGTGTTTATGTGCTTCTGTGTGTGTGGTGTGTT  250

seq1  TGTGTCTGTGTATGGGCAGAGGTGCTAAGATATGTGTGAGAGCATGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTGTATGGGCAGAGGTGCTAAGATATGTGTGAGAGCATGTGAA  300

seq1  AGTGTGACGAAAATTTGGAGGAGTTAATTCTCTTCTACCATGTGGGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACGAAAATTTGGAGGAGTTAATTCTCTTCTACCATGTGGGTTCT  350

seq1  GGGATTTGAACTCAGGTCTTCACCTTCAATTACTTCACCTTTAATCACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTGAACTCAGGTCTTCACCTTCAATTACTTCACCTTTAATCACTG  400

seq1  ATCTATCTCAACAGTCTTCCATCTTATTGTCTGAGACCAGGTCTCTTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTCAACAGTCTTCCATCTTATTGTCTGAGACCAGGTCTCTTTCT  450

seq1  GAATCTGAAGTACACATGGGATTAGATGTGCCTGCCAGCATTTTCACGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGAAGTACACATGGGATTAGATGTGCCTGCCAGCATTTTCACGGG  500

seq1  TCCTGGGGACTTGAACCCAGGTCTTTATGGATGCATAACAAGCAATTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGACTTGAACCCAGGTCTTTATGGATGCATAACAAGCAATTTGC  550

seq1  ATATGTTTCTATCTCTTTGGCTGTCCCTGTTTATGTGTGTCATGCTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTTCTATCTCTTTGGCTGTCCCTGTTTATGTGTGTCATGCTATGG  600

seq1  AATAATGCAAGGGGCTTTACATGCTAAAAACAATAGTTCCCATTGTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGCAAGGGGCTTTACATGCTAAAAACAATAGTTCCCATTGTTGTA  650

seq1  GGCAACTAGTGAAAAAAATGCCGGGTTAGAAGTATCATTTCCGCTCAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACTAGTGAAAAAAATGCCGGGTTAGAAGTATCATTTCCGCTCAAAC  700

seq1  TTTGAAGAGACACAGCCCATCACAGTGAGCTAGGCACAGTGAAGGCACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGAGACACAGCCCATCACAGTGAGCTAGGCACAGTGAAGGCACTT  750

seq1  GGGTGGTTGATCACATCTACAATCAGGAAGCAGTGAGGCACAGATACTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTTGATCACATCTACAATCAGGAAGCAGTGAGGCACAGATACTTG  800

seq1  TCCTCAGTTTGTTTTCCTCTTTGCACCCATTCTATGACCATAGTCATATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGTTTGTTTTCCTCTTTGCACCCATTCTATGACCATAGTCATATG  850

seq1  CCACATGAAAGTCAGTCTACTCACATCAATTGACCAAGCCTAAAAGCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGAAAGTCAGTCTACTCACATCAATTGACCAAGCCTAAAAGCTTC  900

seq1  CACACAGAGCTTTGTTTTCATGGCAACATAACCATCACACACTGCAAGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  CACACAGAGCTTTGTTTTCATGGCAACATAACCATCACACACTGC-AGC-  948

seq1  AGGTGATCTTGAATTTAAGAGCTTCCTGTCTGGAGAAAAGTGTAGTACAA  1000
      | ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTGATCTTG-ATTTAAAAGCTTCCTGTCTGGAG-AAAGTGTAGTACAA  996

seq1  CATCCAGCTGGCAATCTGATTGGTGCTGATAATGTCTTCCTTAGGGTAAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATCCAGCTGGCAATCTGATTGGTGCTGATAATGTCCTCCTTAGGGTAAG  1046

seq1  TAAGTTGATCTGAACTT-GAGACAGTCGACACATACAACACTACCTGTGG  1099
      ||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||| |||||||||||||
seq2  TAAGTTGATCTGAACTTGGAGA-AGTCAACAC-TAC-ACACTACCTGTGG  1093

seq1  CCTGTTCAGCAT  1111
      |||||| |||||
seq2  CCTGTT-AGCAT  1104

seq1: chr7_32147276_32148421
seq2: B6Ng01-069P09.g_68_1183 (reverse)

seq1  TCTGACGAACAAACAGCCTGATGTTCTCATTTTCTGGGGAAAAGTTGTTT  50
      ||||||||||||| |||  || ||| ||||| |   | |||||||  |||
seq2  TCTGACGAACAAA-AGCTAGA-GTT-TCATTCT---GAGAAAAGTGTTTT  44

seq1  TTTGTTTGCCAAAAGAGTTAGAGCTGACCTTTGTAAGCAGCCCAAGTGCT  100
       |||     ||||||||||| |||||||  |||| ||||| |||||| ||
seq2  GTTG-----CAAAAGAGTTA-AGCTGAC--TTGTTAGCAG-CCAAGT-CT  84

seq1  GAGCCAAATGCCCTGTGGTCCTGTTCCACTTGTCATCTCTGTTTGTACAC  150
      |||||||||||  |||    ||| |||||| ||||||||   ||||||||
seq2  GAGCCAAATGCAGTGT----CTG-TCCACTAGTCATCTC--GTTGTACAC  127

seq1  TCCTCACCTCTCCTTGCTCTAACTGTCCAACTTCTGAGACCTTTGGATTG  200
      | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  T-CTCA-CTCTCC-TGCTCTAACTGTCCAACTTCTGAGACCTTTGGA-TG  173

seq1  GAAGACCGAGGACATGGAGGCACCATCTACCTCTCTGTGATTTTCAGCCA  250
      ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGA-CGA-GACATGGAGGCACCATCTACCTCTCTGTGA-TTTCAGCCA  220

seq1  TGTTAGTCCCCAACTTTTTGG-CCATGTGGGTATCCTCGGGGCTTTTGAT  299
      ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  TGTTAGTCCCCAACTTTTTGGCCCATGTGAGTAT-CTCGGGGCTTTTGAT  269

seq1  GGTTTTGTACCACAAATTCTGCTTCACTCCACGGTAGCTCATTCCTGTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTACCACAAATTCTGCTTCACTCCACGGTAGCTCATTCCTGTTG  319

seq1  TCCTGCTCACCTTATCCCCTCTCAGCCCTGTCAGGATCCATGTCTCAAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCACCTTATCCCCTCTCAGCCCTGTCAGGATCCATGTCTCAAAG  369

seq1  AGGTTTGAGCAGTAGAGTACACGTGTTGAGAGCACTGAGCAATAGAGTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGAGCAGTAGAGTACACGTGTTGAGAGCACTGAGCAATAGAGTGA  419

seq1  GGGATTCACCCCAGTACATGAACTCTCAGTTGTCCACAACCCCACAGGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCACCCCAGTACATGAACTCTCAGTTGTCCACAACCCCACAGGCT  469

seq1  ACTGTGGACTGCCTGGCTGTAAACTACACTGCTCCACAGGCCATAGGCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGACTGCCTGGCTGTAAACTACACTGCTCCACAGGCCATAGGCAG  519

seq1  TGCTGTGTGTGTAGATTGTCTCAAGTTCAGGTCAACCTACTTACACTAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTGTGTAGATTGTCTCAAGTTCAGGTCAACCTACTTACACTAAG  569

seq1  GAAGACATTTTCAGCACCAATGAGATTGTCAGCTGGATGTTGTACTACTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATTTTCAGCACCAATGAGATTGTCAGCTGGATGTTGTACTACTC  619

seq1  AGTTCTGGAGACAGGAAAGTCTTAAATTCAAGCTCATCCTGCTTGCAGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGAGACAGGAAAGTCTTAAATTCAAGCTCATCCTGCTTGCAGTG  669

seq1  TGTGATGTTAATCTTGATGATCATCCTGACTGGGTTGAGAGTTTCCATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGTTAATCTTGATGATCATCCTGACTGGGTTGAGAGTTTCCATAA  719

seq1  AAACAAGGCTCTGTGTGGAAGTCTTTATGCTTCATCAATTGATGAGGGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGGCTCTGTGTGGAAGTCTTTATGCTTCATCAATTGATGAGGGGA  769

seq1  GACTAATTTTCCAGGGGTAGTGTGGACTATGGTCATAGATGGGGTGTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATTTTCCAGGGGTAGTGTGGACTATGGTCATAGATGGGGTGTTTT  819

seq1  GGGGATAACTAACTGAGCACAACCATTTGTACATCTCTGCTTCCTGATTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAACTAACTGAGCACAACCATTTGTACATCTCTGCTTCCTGATTG  869

seq1  TAGATGTGACCAACTACCTCAAGTTGCTGCCCTTTGCCTAGCTCACCCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTGACCAACTACCTCAAGTTGCTGCCCTTTGCCTAGCTCACCCTG  919

seq1  ATGGACTATGTCTCTTAAAATTGTGAGCAGAAATGTTGCTTCTCTTCTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTATGTCTCTTAAAATTGTGAGCAGAAATGTTGCTTCTCTTCTGG  969

seq1  CATTTTGTCACTAGTTCCTTACAACAGTAGTGGAGTATTGTTTTCAGCAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTCACTAGTTCCTTACAACAGTAGTGGAGTATTGTTTTCAGCAA  1019

seq1  GTGCAAAGCACGGGGTTTATTCCACTGCAACACACACATAAATATGGGCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAAGCACGGGGTTTATTCCACTGCAACACACACATAAATATGGGCA  1069

seq1  GCCAAATTCATGGACAAATGTTGATAGTGCTTATTACGCAAGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATTCATGGACAAATGTTGATAGTGCTTATTACGCAAGAATTC  1116