BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073M10
Chromosome7 (Build37)
Map Location 12,254,542 - 12,373,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneV1rg1, V1rg2
Upstream geneNlrp4b, LOC333184, V1re13, BQ559217, LOC637237, LOC236479, EG665879, Zscan4b, LOC665793, EG665798, Gm397, Zscan4-ps1, LOC635187, LOC100042997, LOC100042293, Zscan4d, LOC628737, LOC676750, LOC672893, LOC546931, LOC675762, Zscan4e, LOC665857, LOC665861, Zscan4f, LOC673742, LOC665887, LOC637541, LOC100042361, Zscan4-ps2, LOC675782, LOC100042386, LOC665926, LOC637571, LOC100043042, LOC628853
Downstream geneEG628898, V1rg5, V1rg6, LOC665999, V1rg4, LOC100042423, LOC628946, LOC100043075, LOC100042433, V1rg7, LOC100042437, V1rg3, LOC100042446, LOC100043092, V1rg9, V1rg12, V1rg8, V1rg11, Zfp551, EG666065, Zfp606, 2900092C05Rik, EG637908, EG666085, Vmn2r55, LOC629079, LOC629081, EG232875
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073M10.bB6Ng01-073M10.g
ACCDH890804DH890805
length1,1501,166
definitionDH890804|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073M10, 5' end.DH890805|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073M10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,372,486 - 12,373,649)(12,254,542 - 12,255,723)
sequence
gaattccagattcagggaacccagtgcctcttatgacatataaaggctct
ttcacacataagatacatacataatatacttagtcataaacacattaaat
attttttgggaagtctattacagtagtgtatttctgttatatttgttcct
aagagatgtacagaatgaagacaagaggatctctgtgagctacagggaaa
cttcactcaaagtagaaattgctgaataagagagagtctgtctcaaacaa
ttttctccatggcctaataagtttatgagtagtctaggctatgagataat
atttgctgaaacatgctagtagcaaaaaatagaaatggagtgaaaaagga
gaaccccaaattcctggtttctggccactccattttaattccttatctgg
tctatcaatcaatgttttataagaaggaaatatactttcctctctgtgta
gaaaaagttagtctggttcatccttagacatttttttatattatgctcag
actattcctggttgcttcttgcccttatctcattccatagttaatgcttt
gatcatgttcatgcaaaatttgggatctaaacctctgtgtaaaacaggaa
atatttacaacaatggaagaagccacatgtgactacacagaatcagaatt
aatgggagatgaatgtgaatcccaagaccactctgctgtaatactccatc
tgcagggttcctcactcactttttctttcatggtatttgctgactggcac
gtttgccagctcaaatctagatccacaacaccatctacataagaactgag
aaaacttttgaatgactttcaataaattaagcaacagtgcaaatgtgtcc
acatcacaagatcaaatgcaatgaagcagttaggaataataaggaagaaa
ccatttgtgtgaacccacagtgtcacaaggagggattcaaagccagtgct
aagagtatgaagttgattcatgaccttgataaatgtggtacagtcttaga
gcctttttcaatccccagaaatactctgatatatgtttaaactttgagaa
caacagaataataggcctgagtcaaggagttacagtaattgtttgtctcc
tatatgtcatatttttaaggaagtcattttactgagcatgtcattcattc

gaattctagttccagtggatccaacatacttgccttgtgtctgtgggcag
caaacatgcattttgtttccctatatgcatctaggtacacatacacacaa
aaaattaaaatatactcaaaatattcaggcttggtgcttgaagggcctga
ttgctcttccacacgtcccaggatttatttttatcatgcaggagtggctc
aaagctaacagtaactccagccataaggagtacaatgccctcttaaagac
tgaccagatattgtgcatatgttgtacacagacataacacagaaaacaga
aaaatgaagatacatacagaaatacacatagatgcagcacacacacatcc
gctctgtgtgtatgtgtttatgtttcattgagatctcatgacaaacttgg
aggaagctatctcttaacaaagtagggtaaaaacagcctggaaatgggct
tcatattgctgagaagaacaaagggacaaaatatgggaaaacatatttcc
acgaatgtaaatacacttactccccatagcattggatatttggagtaggt
tgtaaagatgaccacaatagaagagaatgagtaagagatgataaatgtga
acaccaggatgaggattgtttgggtagctctgttttctggtgattgtttt
agaaagtactgagccttataaatatgtctcacttgtctcttgtgtctgta
gaggataatgatcatggacacacttgagcaggccatgagacccaagcaca
gtccatcagagaagcatagtaagaacatatagagtgcagttgcaaaattg
cctgatgaaaaccatgagcagtaggcatagctcatcatgttagtcatatt
tttcttgtaactggggcctaacactcttgctggagtcaagatgtttagaa
aatatgcacaagccaactgactgaacaggaaggaccaatgtacttgatga
ctctttgtttaagcatcagccctttggagttattagggctgatgtgattg
cttgaaagcaactcagtagcacatttgcataagggacaccctcttgttat
tctgtaaatatcttatcattacattcagtgacatccaggaaatttttaat
cataatcttgcaggctgcggattcctcttgagatgatagacaagcagtgg
caaggtcaagtgtcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_12372486_12373649
seq2: B6Ng01-073M10.b_47_1196 (reverse)

seq1  GAATGAATGACAATTGCTCAGTAAAATGAACCTACCTTTAAAAATATGAC  50
      ||||||||||||  |||||||||||||||  || || |||||||||||||
seq2  GAATGAATGACA--TGCTCAGTAAAATGA--CTTCC-TTAAAAATATGAC  45

seq1  ATTAATAAAGGAAGACAAAACAAATTACTGTAACTCCTTGACTCAGGCCT  100
      ||  |||   | |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT--ATA---GGAGACAAA--CAATTACTGTAACTCCTTGACTCAGGCCT  88

seq1  ATTAATTCTGTTGTTCTTCAAAGTTTAAACATATATCAGAGTATTTCTGG  150
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATT-ATTCTGTTGTTC-TCAAAGTTTAAACATATATCAGAGTATTTCTGG  136

seq1  GGATTGAAAAAGGCTCTAAGACTGTACCACATTTATCAAGGTCATGAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAAAAAGGCTCTAAGACTGTACCACATTTATCAAGGTCATGAATC  186

seq1  AACTTCATACTCTTAGCACTGGCTTTGAATCCCTCCTTGTGACACTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCATACTCTTAGCACTGGCTTTGAATCCCTCCTTGTGACACTGTGG  236

seq1  GTTCACACAAATGGTTTCTTCCTTATTATTCCTAACTGCTTCATTGCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACACAAATGGTTTCTTCCTTATTATTCCTAACTGCTTCATTGCATT  286

seq1  TGATCTTGTGATGTGGACACATTTGCACTGTTGCTTAATTTATTGAAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTGTGATGTGGACACATTTGCACTGTTGCTTAATTTATTGAAAGT  336

seq1  CATTCAAAAGTTTTCTCAGTTCTTATGTAGATGGTGTTGTGGATCTAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAAAAGTTTTCTCAGTTCTTATGTAGATGGTGTTGTGGATCTAGAT  386

seq1  TTGAGCTGGCAAACGTGCCAGTCAGCAAATACCATGAAAGAAAAAGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTGGCAAACGTGCCAGTCAGCAAATACCATGAAAGAAAAAGTGAG  436

seq1  TGAGGAACCCTGCAGATGGAGTATTACAGCAGAGTGGTCTTGGGATTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAACCCTGCAGATGGAGTATTACAGCAGAGTGGTCTTGGGATTCAC  486

seq1  ATTCATCTCCCATTAATTCTGATTCTGTGTAGTCACATGTGGCTTCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCTCCCATTAATTCTGATTCTGTGTAGTCACATGTGGCTTCTTCC  536

seq1  ATTGTTGTAAATATTTCCTGTTTTACACAGAGGTTTAGATCCCAAATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGTAAATATTTCCTGTTTTACACAGAGGTTTAGATCCCAAATTTT  586

seq1  GCATGAACATGATCAAAGCATTAACTATGGAATGAGATAAGGGCAAGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAACATGATCAAAGCATTAACTATGGAATGAGATAAGGGCAAGAAG  636

seq1  CAACCAGGAATAGTCTGAGCATAATATAAAAAAATGTCTAAGGATGAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGGAATAGTCTGAGCATAATATAAAAAAATGTCTAAGGATGAACC  686

seq1  AGACTAACTTTTTCTACACAGAGAGGAAAGTATATTTCCTTCTTATAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAACTTTTTCTACACAGAGAGGAAAGTATATTTCCTTCTTATAAAA  736

seq1  CATTGATTGATAGACCAGATAAGGAATTAAAATGGAGTGGCCAGAAACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATTGATAGACCAGATAAGGAATTAAAATGGAGTGGCCAGAAACCA  786

seq1  GGAATTTGGGGTTCTCCTTTTTCACTCCATTTCTATTTTTTGCTACTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTGGGGTTCTCCTTTTTCACTCCATTTCTATTTTTTGCTACTAGC  836

seq1  ATGTTTCAGCAAATATTATCTCATAGCCTAGACTACTCATAAACTTATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCAGCAAATATTATCTCATAGCCTAGACTACTCATAAACTTATTA  886

seq1  GGCCATGGAGAAAATTGTTTGAGACAGACTCTCTCTTATTCAGCAATTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGGAGAAAATTGTTTGAGACAGACTCTCTCTTATTCAGCAATTTC  936

seq1  TACTTTGAGTGAAGTTTCCCTGTAGCTCACAGAGATCCTCTTGTCTTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGAGTGAAGTTTCCCTGTAGCTCACAGAGATCCTCTTGTCTTCAT  986

seq1  TCTGTACATCTCTTAGGAACAAATATAACAGAAATACACTACTGTAATAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACATCTCTTAGGAACAAATATAACAGAAATACACTACTGTAATAG  1036

seq1  ACTTCCCAAAAAATATTTAATGTGTTTATGACTAAGTATATTATGTATGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCAAAAAATATTTAATGTGTTTATGACTAAGTATATTATGTATGT  1086

seq1  ATCTTATGTGTGAAAGAGCCTTTATATGTCATAAGAGGCACTGGGTTCCC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATGTGTGAAAGAGCCTTTATATGTCATAAGAGGCACTGGGTTCCC  1136

seq1  TGAATCTGGAATTC  1164
      ||||||||||||||
seq2  TGAATCTGGAATTC  1150

seq1: chr7_12254542_12255723
seq2: B6Ng01-073M10.g_68_1233

seq1  GAATTCTAGTTCCAGTGGATCCAACATACTTGCCTTGTGTCTGTGGGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTTCCAGTGGATCCAACATACTTGCCTTGTGTCTGTGGGCAG  50

seq1  CAAACATGCATTTTGTTTCCCTATATGCATCTAGGTACACATACACACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGCATTTTGTTTCCCTATATGCATCTAGGTACACATACACACAA  100

seq1  AAAATTAAAATATACTCAAAATATTCAGGCTTGGTGCTTGAAGGGCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAAATATACTCAAAATATTCAGGCTTGGTGCTTGAAGGGCCTGA  150

seq1  TTGCTCTTCCACACGTCCCAGGATTTATTTTTATCATGCAGGAGTGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTTCCACACGTCCCAGGATTTATTTTTATCATGCAGGAGTGGCTC  200

seq1  AAAGCTAACAGTAACTCCAGCCATAAGGAGTACAATGCCCTCTTAAAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAACAGTAACTCCAGCCATAAGGAGTACAATGCCCTCTTAAAGAC  250

seq1  TGACCAGATATTGTGCATATGTTGTACACAGACATAACACAGAAAACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGATATTGTGCATATGTTGTACACAGACATAACACAGAAAACAGA  300

seq1  AAAATGAAGATACATACAGAAATACACATAGATGCAGCACACACACATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAAGATACATACAGAAATACACATAGATGCAGCACACACACATCC  350

seq1  GCTCTGTGTGTATGTGTTTATGTTTCATTGAGATCTCATGACAAACTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGTGTATGTGTTTATGTTTCATTGAGATCTCATGACAAACTTGG  400

seq1  AGGAAGCTATCTCTTAACAAAGTAGGGTAAAAACAGCCTGGAAATGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTATCTCTTAACAAAGTAGGGTAAAAACAGCCTGGAAATGGGCT  450

seq1  TCATATTGCTGAGAAGAACAAAGGGACAAAATATGGGAAAACATATTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTGCTGAGAAGAACAAAGGGACAAAATATGGGAAAACATATTTCC  500

seq1  ACGAATGTAAATACACTTACTCCCCATAGCATTGGATATTTGGAGTAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAATGTAAATACACTTACTCCCCATAGCATTGGATATTTGGAGTAGGT  550

seq1  TGTAAAGATGACCACAATAGAAGAGAATGAGTAAGAGATGATAAATGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGATGACCACAATAGAAGAGAATGAGTAAGAGATGATAAATGTGA  600

seq1  ACACCAGGATGAGGATTGTTTGGGTAGCTCTGTTTTCTGGTGATTGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGGATGAGGATTGTTTGGGTAGCTCTGTTTTCTGGTGATTGTTTT  650

seq1  AGAAAGTACTGAGCCTTATAAATATGTCTCACTTGTCTCTTGTGTCTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTACTGAGCCTTATAAATATGTCTCACTTGTCTCTTGTGTCTGTA  700

seq1  GAGGATAATGATCATGGACACACTTGAGCAGGCCATGAGACCCAAGCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAATGATCATGGACACACTTGAGCAGGCCATGAGACCCAAGCACA  750

seq1  GTCCATCAGAGAAGCATAGTAAGAACATATAGAGTGCAGTTGCAAAATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCAGAGAAGCATAGTAAGAACATATAGAGTGCAGTTGCAAAATTG  800

seq1  CCTGATGAAAACCATGAGCAGTAGGCATAGCTCATCATGTTAGTCATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGAAAACCATGAGCAGTAGGCATAGCTCATCATGTTAGTCATATT  850

seq1  TTTCTTGTAACTGGGGCCTAACACTCTTGCTGGAGTCAAGATGTTTAGAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTCTTGTAACTGGGGCCTAACACTCTTGCTGGAGTCAAGATGTTTAG-A  899

seq1  AAATATGCACAAGCCAACTGACTGAACAGGAAGGACCAATGTACTTGATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCACAAGCCAACTGACTGAACAGGAAGGACCAATGTACTTGATG  949

seq1  ACTCTTTGTTTAAGCATCAGCCCTTTGGAGTTATTAGGGCTGATTGTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTCTTTGTTTAAGCATCAGCCCTTTGGAGTTATTAGGGCTGA-TGTGAT  998

seq1  TGCTTGAAAGCAACTCAGTAGGCACA-TTGCATAAAGGGACACCCCTCTT  1049
      |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||
seq2  TGCTTGAAAGCAACTCAGTA-GCACATTTGCAT-AAGGGACA-CCCTCTT  1045

seq1  GTTATTCTGTAAATATACATTATCAATTTACATCCAGTGACATCCAGGAA  1099
      ||||||||||||||||   ||||||  |||||| ||||||||||||||||
seq2  GTTATTCTGTAAATAT--CTTATCA--TTACATTCAGTGACATCCAGGAA  1091

seq1  ATCTTTAAATCCATAATCTGCCAGTGTCTGCGGAATACCTCTTGAGATGA  1149
      || |||||   ||||||||  ||  | |||||| || |||||||||||||
seq2  ATTTTTAA--TCATAATCTTGCA--GGCTGCGG-ATTCCTCTTGAGATGA  1136

seq1  TAGACAAGCAGTTGGCAAAGGTCAAGTGCTCTA  1182
      ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
seq2  TAGACAAGCAG-TGGC-AAGGTCAAGTG-TCTA  1166