BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077H08
Chromosome7 (Build37)
Map Location 138,086,823 - 138,252,426
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHtra1, Dmbt1
Upstream geneLOC100043150, Fgfr2, LOC546005, Ate1, LOC100043163, Nsmce4a, Tacc2, LOC619876, Btbd16, EG434249, Plekha1
Downstream gene4933402N03Rik, 5430419D17Rik, LOC546006, LOC100043173, Cuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb, Hmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679, Gpr26, Cpxm2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077H08.bB6Ng01-077H08.g
ACCDH893428DH893429
length1,1581,127
definitionDH893428|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077H08, 5' end.DH893429|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077H08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,251,248 - 138,252,426)(138,086,823 - 138,087,940)
sequence
gaattcagacatctagagcaaggaacatgactacatagctatttctacct
atccagttcacggagtcaaatgctgttaccctcttgcagagacatagtat
tatgggttagatttgaaacatatactaataatgtcattattaaagacgtg
gaggccaactcataaatccaatcctgtgactgtatgctgagagctttgag
cagatttatagattaattgtttgataatatagaataatcattgggtaatg
gggcctggttgaataaaataggtcactggggacatcccctagaaacatat
accttggctgtaatgcctgtccctccctctacatattctctgtgtgtctg
tctatgtgtctgtgtgcctgtgtgtctctctctcttccctctcatttttg
acccaccacagataagaaataaaatacttaccataggaaggacttgtagt
ccaccaacctagaaagggaaacaaagctggattagaatgagatttcatga
atcaagggtgaagcccagtgtggctgggacatggggtgcaggagccagga
agtcactatggctgggaggcagggactcgttttatacagagccaggaata
ccctagaccacactcagggatgcccaccttggggatagtaaggtggccag
acctgctggcaactttaactctctcctaaatgttgtcatgagaactctca
ggtgccccctaacacacaatgcatggataagacaatgctttgaccagaat
agatcccaatagctcaggaaagtactgcttaataacatagattaattact
gtaacattcttattccactgggtcaggccagagggtgatgcgagctcctc
ggaaggtacttttctactctaaggaaaacacagaaagttctggggcagca
atattctttgatccctacctactctgtagctactgcctggtattgtgagc
agcgcaaagaaaagagggacacatgggaataaaggacacctggactcact
ggactgggagagtcacctcaggacttgtagaaaaagagccatgttagatc
agaggtgactaatctgactgagcggggtgacactgggcagacttgattag
cctgctcaccctccccctcagtgaaatgtatgcatctatcctaggaagat
tttttttt
gaattctcggagggctggttgtcgtggttggaattttcgataatttccaa
atttgaataacccatgtcttcatgagtcagagccttgtgcaatatttcag
acttcaggaacgtcttcttccctggttgcgcaatgagctctctagaagga
aggagatgctaggctgcctgtgtaatgagtgtgtttgtctcagcgtggat
gagatgtagaattcccttctacacagccttggacaagatgctacctgacc
atccaatactcgggcatctcacaccctgtgactaaggcaagttctctatt
tggtgcccatactcaaagcaggagtcatcactctgtggacagatggatac
agattgttgccagttggggttgcctcagtacatgccagccagctggatat
gggagagggagggctcatgcagaagtaaacatctgctttttacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacatgcgcacacaca
cggtgagctacttgggtcaggatgagggaaatgtcaccaaaccacagtga
tctaaagagtgaccaccactgttctaactgggtgacagaccttgtcttgt
tccgtggtagataccgggaaggccgcctagctatagaaacagtagaggtt
ccaagaggtttcatccacctggggccacccactaaggagagagctaggat
ttgaacttggagccacctcactaccagactggggacttccttgactcggg
ctgtttaaaagcatgctgattaatcttcaaatatttggagtgctttccag
cctcctcccttttctgactctctggttgagttctgctgtggagaacatgc
gtggtgatttccgatcttttggatttattggggtgtatttttctgacctt
gaactgtggtcagctgggtgactgctcccgcttgtgcttccgaagaagcg
tgtgttccgctgttgttggctggaatcttccaatattcagctgtaaggtt
tggtggtgctgttcagatcaactagacactgactttgcaccttctgttga
cagggttcgaagagaagacgccaagcacccctcagcctacagttcgttcc
ttctgggacttccatttaaggaaactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_138251248_138252426
seq2: B6Ng01-077H08.b_46_1203 (reverse)

seq1  AAAAAAAAATCTTCCTATGAGTATAGATGGCTATCAATTTCTACTTGGTG  50
      ||||||||||||||||   || |||||||   ||  ||||| |||  | |
seq2  AAAAAAAAATCTTCCT---AGGATAGATG--CATACATTTC-ACT--GAG  42

seq1  GTGGGGGGTGAGCAGGGCTTAATTCAAAGTCTGCCCAGTGTCA-CCCGCT  99
      | || |||||||||||   ||||   ||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGGAGGGTGAGCAGG--CTAAT--CAAGTCTGCCCAGTGTCACCCCGCT  88

seq1  CAGGTTCCAGATTAGTCACCTTCTGATCTAACATGGCTTCTTTTTCTTAC  149
      |||    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  CAG---TCAGATTAGTCACC-TCTGATCTAACATGGC-TCTTTTTC-TAC  132

seq1  AGTCCCTGAGGTGACTTCTCCCAGTCCAGGTGAGTCCAGGTGTCCTTTAA  199
      |   ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  AAGTCCTGAGGTGAC-TCTCCCAGTCCA-GTGAGTCCAGGTGTCCTTT-A  179

seq1  TTCCCATGTGTCCCTCTTTTCTTTGCGCTGCTCACAATACCAGGCAGTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGTGTCCCTCTTTTCTTTGCGCTGCTCACAATACCAGGCAGTAG  229

seq1  CTACAGAGTAGGTAGGGATCAAAGAAATATTGCTGCCCCAGAACCTTCTG  299
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTACAGAGTAGGTAGGGATCAAAG-AATATTGCTGCCCCAGAACTTTCTG  278

seq1  TGTTTTCCTTAGAGTAGAAAAGTACCTTCCGAGGAGCTCGCATCACCCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCCTTAGAGTAGAAAAGTACCTTCCGAGGAGCTCGCATCACCCTC  328

seq1  TGGCCTGACCCAGTGGAATAAGAATGTTACAGTAATTAATCTATGTTATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGACCCAGTGGAATAAGAATGTTACAGTAATTAATCTATGTTATT  378

seq1  AAGCAGTACTTTCCTGAGCTATTGGGATCTATTCTGGTCAAAGCATTGTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTACTTTCCTGAGCTATTGGGATCTATTCTGGTCAAAGCATTGTC  428

seq1  TTATCCATGCATTGTGTGTTATGGGGCACCTGACAGTTCTCATGACAACA  499
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTATCCATGCATTGTGTGTTAGGGGGCACCTGAGAGTTCTCATGACAACA  478

seq1  TTTAGGAGAGAGTTAAAGTTGCCAGCAGGTCTGGCCACCTTACTATCCCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGAGAGTTAAAGTTGCCAGCAGGTCTGGCCACCTTACTATCCCC  528

seq1  AAGGTGGGCATCCCTGAGTGTGGTCTAGGGTATTCCTGGCTCTGTATAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGGCATCCCTGAGTGTGGTCTAGGGTATTCCTGGCTCTGTATAAA  578

seq1  ACGAGTCCCTGCCTCCCAGCCATAGTGACTTCCTGGCTCCTGCACCCCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGTCCCTGCCTCCCAGCCATAGTGACTTCCTGGCTCCTGCACCCCAT  628

seq1  GTCCCAGCCACACTGGGCTTCACCCTTGATTCATGAAATCTCATTCTAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGCCACACTGGGCTTCACCCTTGATTCATGAAATCTCATTCTAAT  678

seq1  CCAGCTTTGTTTCCCTTTCTAGGTTGGTGGACTACAAGTCCTTCCTATGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTTGTTTCCCTTTCTAGGTTGGTGGACTACAAGTCCTTCCTATGG  728

seq1  TAAGTATTTTATTTCTTATCTGTGGTGGGTCAAAAATGAGAGGGAAGAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATTTTATTTCTTATCTGTGGTGGGTCAAAAATGAGAGGGAAGAGA  778

seq1  GAGAGACACACAGGCACACAGACACATAGACAGACACACAGAGAATATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACACACAGGCACACAGACACATAGACAGACACACAGAGAATATGT  828

seq1  AGAGGGAGGGACAGGCATTACAGCCAAGGTATATGTTTCTAGGGGATGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGGGACAGGCATTACAGCCAAGGTATATGTTTCTAGGGGATGTC  878

seq1  CCCAGTGACCTATTTTATTCAACCAGGCCCCATTACCCAATGATTATTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGACCTATTTTATTCAACCAGGCCCCATTACCCAATGATTATTCT  928

seq1  ATATTATCAAACAATTAATCTATAAATCTGCTCAAAGCTCTCAGCATACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATCAAACAATTAATCTATAAATCTGCTCAAAGCTCTCAGCATACA  978

seq1  GTCACAGGATTGGATTTATGAGTTGGCCTCCACGTCTTTAATAATGACAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGATTGGATTTATGAGTTGGCCTCCACGTCTTTAATAATGACAT  1028

seq1  TATTAGTATATGTTTCAAATCTAACCCATAATACTATGTCTCTGCAAGAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTATATGTTTCAAATCTAACCCATAATACTATGTCTCTGCAAGAG  1078

seq1  GGTAACAGCATTTGACTCCGTGAACTGGATAGGTAGAAATAGCTATGTAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACAGCATTTGACTCCGTGAACTGGATAGGTAGAAATAGCTATGTAG  1128

seq1  TCATGTTCCTTGCTCTAGATGTCTGAATTC  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCCTTGCTCTAGATGTCTGAATTC  1158

seq1: chr7_138086823_138087940
seq2: B6Ng01-077H08.g_66_1192

seq1  GAATTCTCGGAGGGCTGGTTGTCGTGGTTGGAATTTTCGATAATTTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGGAGGGCTGGTTGTCGTGGTTGGAATTTTCGATAATTTCCAA  50

seq1  ATTTGAATAACCCATGTCTTCATGAGTCAGAGCCTTGTGCAATATTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATAACCCATGTCTTCATGAGTCAGAGCCTTGTGCAATATTTCAG  100

seq1  ACTTCAGGAACGTCTTCTTCCCTGGTTGCGCAATGAGCTCTCTAGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGGAACGTCTTCTTCCCTGGTTGCGCAATGAGCTCTCTAGAAGGA  150

seq1  AGGAGATGCTAGGCTGCCTGTGTAATGAGTGTGTTTGTCTCAGCGTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGCTAGGCTGCCTGTGTAATGAGTGTGTTTGTCTCAGCGTGGAT  200

seq1  GAGATGTAGAATTCCCTTCTACACAGCCTTGGACAAGATGCTACCTGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTAGAATTCCCTTCTACACAGCCTTGGACAAGATGCTACCTGACC  250

seq1  ATCCAATACTCGGGCATCTCACACCCTGTGACTAAGGCAAGTTCTCTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATACTCGGGCATCTCACACCCTGTGACTAAGGCAAGTTCTCTATT  300

seq1  TGGTGCCCATACTCAAAGCAGGAGTCATCACTCTGTGGACAGATGGATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCCATACTCAAAGCAGGAGTCATCACTCTGTGGACAGATGGATAC  350

seq1  AGATTGTTGCCAGTTGGGGTTGCCTCAGTACATGCCAGCCAGCTGGATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTTGCCAGTTGGGGTTGCCTCAGTACATGCCAGCCAGCTGGATAT  400

seq1  GGGAGAGGGAGGGCTCATGCAGAAGTAAACATCTGCTTTTTACACACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGGAGGGCTCATGCAGAAGTAAACATCTGCTTTTTACACACACA  450

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCGCACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCGCACACACA  500

seq1  CGGTGAGCTACTTGGGTCAGGATGAGGGAAATGTCACCAAACCACAGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGAGCTACTTGGGTCAGGATGAGGGAAATGTCACCAAACCACAGTGA  550

seq1  TCTAAAGAGTGACCACCACTGTTCTAACTGGGTGACAGACCTTGTCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAGTGACCACCACTGTTCTAACTGGGTGACAGACCTTGTCTTGT  600

seq1  TCCGTGGTAGATACCGGGAAGGCCGCCTAGCTATAGAAACAGTAGAGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGGTAGATACCGGGAAGGCCGCCTAGCTATAGAAACAGTAGAGGTT  650

seq1  CCAAGAGGTTTCATCCACCTGGGGCCACCCACTAAGGAGAGAGCTAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGGTTTCATCCACCTGGGGCCACCCACTAAGGAGAGAGCTAGGAT  700

seq1  TTGAACTTGGAGCCACCTCACTACCAGACTGGGGACTTCCTTGACTCGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTTGGAGCCACCTCACTACCAGACTGGGGACTTCCTTGACTCGGG  750

seq1  CTGTTTAAAAGCATGCTGATTAATCTTCAAATATTTGGAGTGCTTTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAAAAGCATGCTGATTAATCTTCAAATATTTGGAGTGCTTTCCAG  800

seq1  CCTCCTCCCTTTTCTGACTCTCTGGTTGAGTTCTGCTGTGGAGAACATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCCTTTTCTGACTCTCTGGTTGAGTTCTGCTGTGGAGAACATGC  850

seq1  GTGGTGATTTCCGATCTTTTGGATTTATTGGGGTGTA-TTTTCTGACCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGTGATTTCCGATCTTTTGGATTTATTGGGGTGTATTTTTCTGACCTT  900

seq1  G-ACTGTGGTCAGCT-GGTGACTGCTCCCGC-TGTGCTTCCGAAG-AGCG  945
      | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GAACTGTGGTCAGCTGGGTGACTGCTCCCGCTTGTGCTTCCGAAGAAGCG  950

seq1  TGTGTTCCGCTGTTGTTGGCTGGAATCTTCCAAATATCAGCTGTAAGGTA  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| 
seq2  TGTGTTCCGCTGTTGTTGGCTGGAATCTTCCAATATTCAGCTGTAAGGT-  999

seq1  TTGGTGGTGCTGTTCAGATCAACTAGACACTGACTTTGCACC-TCTGTTG  1044
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGGTGGTGCTGTTCAGATCAACTAGACACTGACTTTGCACCTTCTGTTG  1049

seq1  ACAGGGTCCG-AGAGAAGGACGCCAAAGCA-CCCTCAG-CTACAGTCTGT  1091
      ||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||  ||
seq2  ACAGGGTTCGAAGAGAA-GACGCC-AAGCACCCCTCAGCCTACAGTTCGT  1097

seq1  --CTTCTGGGAC-TCCATTTTAGGAAACTG  1118
        |||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TCCTTCTGGGACTTCCATTTAAGGAAACTG  1127