BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078B16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 135,929,474 - 136,034,876
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSetd1a, Hsd3b7, Stx1b2, Stx4a, Zfp668, Zfp646, BC039632, Vkorc1, Bckdk, Myst1, Prss8, Prss36, Fus, Pycard, Trim72, LOC436010, EG668675, Itgam, Itgax, Itgad, Cox6a2, LOC100043133, Armc5, Tgfb1i1, Slc5a2, BC017158, EG628781, Rgs10, LOC100043643, Tial1, Bag3, EG639030, Inpp5f, LOC100043651, 1110007A13Rik, Sec23ip
Downstream geneLOC210714, LOC100043144, Ppapdc1a, Brwd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078B16.bB6Ng01-078B16.g
ACCDH893898DH893899
length8271,055
definitionDH893898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B16, 5' end.DH893899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,929,474 - 135,930,300)(136,033,837 - 136,034,876)
sequence
gaattcacatctaaccttttccaaagttatcccttgaaaagagttttgct
tatgaagaaagaaatgggctctgactgcctgggtgctcataaaaactgaa
gcagcaatttgcaaatacttggttttttttttttttaatggatattaaag
ccttatattaatgaaaatcctctaatactttttctgaacaagatacaact
atttctataaataccctttgaattgaagttgaggaccatatacaagatgt
tttatttgtccttagggtataggaagtattaaatactatagaaagtattt
tatatgtgtggaatatacacatacacacacacacacacatatataatata
tatatatatatatataaagtgtccattgagtcgctatcttggttgctgtg
actgtttcctctattcctgtatgtgtatatgtgtgtgtgtgatggagttt
tacttacccataatgaataaaatgttttttcttatccatccatccaggat
gcaactggaagccattcactgtgctaagtgaaacaagccagacttggata
aatattgcatgctctcttctataggcagaatctagaattttaaaagtagg
agttggggctggttttgcagaggaccataattcagttcccagtgtatata
ctaggtggttcacagccacctgtttctccacctccatgggatccagtgcc
ctcttgtgatctctgagggcagctgcactcacatgatcatgcctgcacat
agacatacataacaaaaatgaatcttaaaaaaacaagaggacaaggacaa
tagggaggaggaggaagaagagggaga
gaattcaagaccaggctgcatagtgaaaacctgtttcaagattaaacaca
tacatacatacatacatacatacatacatacatacatcatattgtgttat
ggtctgaatgcttgtcaccccaaaattcacacattgaaacttaatcccta
gtgcaatagcattaagaggtttagcaaggctctccctcaggccgagatca
ctgccctttgtaaaggaggcctgagagagtccttccatcacttctgtcac
ctgagaacacaacaagaagcaccaagcttgaagcaaacagtgctccccgg
ctttccattctgctgatgccctgatcttggatgacccagccccagaactg
tgaataataaatatctgttgtttataagcaagccaacctaaggtgctctg
ctgcctcagctcaataaacaggcacacttaacgcaaacttccagatctaa
cccaagaaccacaggtacgccaggcacttagaggttagtgcccataacaa
ttcagttcttgttgggacaaggtgacacctgtctatacaaatgtcttctt
acctagatttctgggtttttttattaatcattttatttgtttacatttta
aataatatccccattcctggttacccttccaccaattcccccaccccaaa
tcctccctctcccccctcccctttgcctctatgggagtgctcctctaccc
atttaccactcctgcctcacccctctagcatccccctatgctgggggcat
taagcctccctcctctcccattgatgtcagataagcatcctctgatacat
gtgtatctggagccatgtatactctttggatgatggtttagtccctggga
gctctgggtggtccaattagttgataatgttcttcttatgaggtgcaatc
cctttcagctccttcagtccctagttcttccactggggtcccgggttcag
ctcaatggttgactgtatctcatctgtattggtcagtcctggcagagcct
ctcatgaacagccacatcagcttctgtcagcaagctctttcttgcatcag
caaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_135929474_135930300
seq2: B6Ng01-078B16.b_45_871

seq1  GAATTCACATCTAACCTTTTCCAAAGTTATCCCTTGAAAAGAGTTTTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCTAACCTTTTCCAAAGTTATCCCTTGAAAAGAGTTTTGCT  50

seq1  TATGAAGAAAGAAATGGGCTCTGACTGCCTGGGTGCTCATAAAAACTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGAAAGAAATGGGCTCTGACTGCCTGGGTGCTCATAAAAACTGAA  100

seq1  GCAGCAATTTGCAAATACTTGGTTTTTTTTTTTTTTAATGGATATTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAATTTGCAAATACTTGGTTTTTTTTTTTTTTAATGGATATTAAAG  150

seq1  CCTTATATTAATGAAAATCCTCTAATACTTTTTCTGAACAAGATACAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATATTAATGAAAATCCTCTAATACTTTTTCTGAACAAGATACAACT  200

seq1  ATTTCTATAAATACCCTTTGAATTGAAGTTGAGGACCATATACAAGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTATAAATACCCTTTGAATTGAAGTTGAGGACCATATACAAGATGT  250

seq1  TTTATTTGTCCTTAGGGTATAGGAAGTATTAAATACTATAGAAAGTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGTCCTTAGGGTATAGGAAGTATTAAATACTATAGAAAGTATTT  300

seq1  TATATGTGTGGAATATACACATACACACACACACACACATATATAATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTGGAATATACACATACACACACACACACACATATATAATATA  350

seq1  TATATATATATATATAAAGTGTCCATTGAGTCGCTATCTTGGTTGCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATAAAGTGTCCATTGAGTCGCTATCTTGGTTGCTGTG  400

seq1  ACTGTTTCCTCTATTCCTGTATGTGTATATGTGTGTGTGTGATGGAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTCCTCTATTCCTGTATGTGTATATGTGTGTGTGTGATGGAGTTT  450

seq1  TACTTACCCATAATGAATAAAATGTTTTTTCTTATCCATCCATCCAGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACCCATAATGAATAAAATGTTTTTTCTTATCCATCCATCCAGGAT  500

seq1  GCAACTGGAAGCCATTCACTGTGCTAAGTGAAACAAGCCAGACTTGGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGGAAGCCATTCACTGTGCTAAGTGAAACAAGCCAGACTTGGATA  550

seq1  AATATTGCATGCTCTCTTCTATAGGCAGAATCTAGAATTTTAAAAGTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGCATGCTCTCTTCTATAGGCAGAATCTAGAATTTTAAAAGTAGG  600

seq1  AGTTGGGGCTGGTTTTGCAGAGGACCATAATTCAGTTCCCAGTGTATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGGCTGGTTTTGCAGAGGACCATAATTCAGTTCCCAGTGTATATA  650

seq1  CTAGGTGGTTCACAGCCACCTGTTTCTCCACCTCCATGGGATCCAGTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTGGTTCACAGCCACCTGTTTCTCCACCTCCATGGGATCCAGTGCC  700

seq1  CTCTTGTGATCTCTGAGGGCAGCTGCACTCACATGATCATGCCTGCACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTGATCTCTGAGGGCAGCTGCACTCACATGATCATGCCTGCACAT  750

seq1  AGACATACATAACAAAAATGAATCTTAAAAAAACAAGAGGACAAGGACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATACATAACAAAAATGAATCTTAAAAAAACAAGAGGACAAGGACAA  800

seq1  TAGGGAGGAGGAGGAAGAAGAGGGAGA  827
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGGAGGAGGAAGAAGAGGGAGA  827

seq1: chr7_136033837_136034876
seq2: B6Ng01-078B16.g_86_1120 (reverse)

seq1  TCTTGCTGATGCCAAGAAGAGCTTGCTGACAGGAGCCTGATGTGGCTGTT  50
      |||||||||||| |  |||||||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  TCTTGCTGATGCAAGAAAGAGCTTGCTGACAGAAG-CTGATGTGGCTGTT  49

seq1  CCCTGAGAGGCTCTGCCAGGACCTGACCAATACAGATGAGATACAGTCAA  100
       | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CATGAGAGGCTCTGCCAGGA-CTGACCAATACAGATGAGATACAGTCAA  97

seq1  CCATTGGGCTGAACCCGGGGACCCCAGTGGAAGAACTAGGGACTGAAGGA  150
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGAGCTGAACCC-GGGACCCCAGTGGAAGAACTAGGGACTGAAGGA  146

seq1  GCTGAAAGGGATTGCAACCTCATAAGAAGAACATTATCAACTAATTGGAC  200
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAAGGGATTGC-ACCTCATAAGAAGAACATTATCAACTAATTGGAC  195

seq1  CACCCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCATCATCCAAAGAGTATACATGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCATCATCCAAAGAGTATACATGGCT  245

seq1  CCAGATACACATGTATCAGAGGATGCTTATCTGACATCAATGGGAGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATACACATGTATCAGAGGATGCTTATCTGACATCAATGGGAGAGGA  295

seq1  GGGAGGCTTAATGCCCCCAGCATAGGGGGATGCTAGAGGGGTGAGGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCTTAATGCCCCCAGCATAGGGGGATGCTAGAGGGGTGAGGCAGG  345

seq1  AGTGGTAAATGGGTAGAGGAGCACTCCCATAGAGGCAAAGGGGAGGGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAAATGGGTAGAGGAGCACTCCCATAGAGGCAAAGGGGAGGGGGG  395

seq1  AGAGGGAGGATTTGGGGTGGGGGAATTGGTGGAAGGGTAACCAGGAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGGATTTGGGGTGGGGGAATTGGTGGAAGGGTAACCAGGAATGG  445

seq1  GGATATTATTTAAAATGTAAACAAATAAAATGATTAATAAAAAAACCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTATTTAAAATGTAAACAAATAAAATGATTAATAAAAAAACCCAG  495

seq1  AAATCTAGGTAAGAAGACATTTGTATAGACAGGTGTCACCTTGTCCCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGGTAAGAAGACATTTGTATAGACAGGTGTCACCTTGTCCCAAC  545

seq1  AAGAACTGAATTGTTATGGGCACTAACCTCTAAGTGCCTGGCGTACCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTGAATTGTTATGGGCACTAACCTCTAAGTGCCTGGCGTACCTGT  595

seq1  GGTTCTTGGGTTAGATCTGGAAGTTTGCGTTAAGTGTGCCTGTTTATTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTGGGTTAGATCTGGAAGTTTGCGTTAAGTGTGCCTGTTTATTGA  645

seq1  GCTGAGGCAGCAGAGCACCTTAGGTTGGCTTGCTTATAAACAACAGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGCAGCAGAGCACCTTAGGTTGGCTTGCTTATAAACAACAGATAT  695

seq1  TTATTATTCACAGTTCTGGGGCTGGGTCATCCAAGATCAGGGCATCAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTCACAGTTCTGGGGCTGGGTCATCCAAGATCAGGGCATCAGCA  745

seq1  GAATGGAAAGCCGGGGAGCACTGTTTGCTTCAAGCTTGGTGCTTCTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAAAGCCGGGGAGCACTGTTTGCTTCAAGCTTGGTGCTTCTTGTT  795

seq1  GTGTTCTCAGGTGACAGAAGTGATGGAAGGACTCTCTCAGGCCTCCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTCAGGTGACAGAAGTGATGGAAGGACTCTCTCAGGCCTCCTTTA  845

seq1  CAAAGGGCAGTGATCTCGGCCTGAGGGAGAGCCTTGCTAAACCTCTTAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCAGTGATCTCGGCCTGAGGGAGAGCCTTGCTAAACCTCTTAAT  895

seq1  GCTATTGCACTAGGGATTAAGTTTCAATGTGTGAATTTTGGGGTGACAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTGCACTAGGGATTAAGTTTCAATGTGTGAATTTTGGGGTGACAAG  945

seq1  CATTCAGACCATAACACAATATGATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGACCATAACACAATATGATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG  995

seq1  TATGTATGTATGTGTTTAATCTTGAAACAGGTTTTCACTA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTGTTTAATCTTGAAACAGGTTTTCACTA  1035