BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080N24
Chromosome7 (Build37)
Map Location 139,450,326 - 139,567,082
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4631426J05Rik, LOC100043682
Upstream geneCuzd1, 1700007K09Rik, 1700063I17Rik, 2310057M21Rik, Pstk, Ikzf5, Acadsb, Hmx3, Hmx2, Bub3, LOC677073, LOC100043679, Gpr26, Cpxm2
Downstream geneLOC100043683, Oat, Nkx1-2, 2310007H09Rik, A930008G19Rik, 2010208K18Rik, C430003P19Rik, Zranb1, Ctbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080N24.bB6Ng01-080N24.g
ACCDH895890DH895891
length1,0741,106
definitionDH895890|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080N24, 5' end.DH895891|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,566,004 - 139,567,082)(139,450,326 - 139,451,442)
sequence
gaattcagtagagggcattctgggggaatattcatactacaatggaaggt
aacaagattttaaaaatataactgacaaataattcatactgtgacagcta
aagagttgcagtgtttttaagcactccaactgcaacggttgcaaagtaaa
gactatggtagaagccaaccatgagagaagattgttcttcttggtagtaa
ttgcggcaattaagcttgggctatcactctgtactatccattggatcatt
tactgtttgaccttgaacccccagcccttgccaggttaaggtgaaaagag
cagagtcactgaagccagtggcattgttaccagggatgatgtgtctgaat
aaaatcatgatacagagcgagaaccataaacatccatccagtctaaccaa
tcccttctttccccacatgaaactgggtgctaagaagactcaaatggagg
caaagctcacatctgcaaaaatgtgcgttaacattagaatagtgagtttg
atagtggaacagaatagagagaaaagcaaatgaccttaacgttccaagag
aaggagatctatcagttacagagtaacttctctactcaagcaaacacaga
gaaaggattagttgctgtgttagggctaaggcttaagtgccttggagggg
ggaacctgtgtgcatgggttacacttacatatgtgtacatttgaggggca
ctcatccttctgtgtctatgtggaggccacaggtcaaccttggggatttt
cctccattgctcccctccttccttttgaggcagagtctctcactaagttt
gagagcttcattttccactagactgactggccagtgagctctagagatcc
atcctcctctgcttcccagtgctgggggtttcacatacacactgccatgc
caaacttttatgtgagtgctgggatccaaacttaggtcctcatatttata
gcagttgctttacccaccgagccatctccaagtccagagaaatctcttat
gaatcaatgatgaatcaataatgaatgattgatgaatcaaatcaatcggt
ctctctcacttctcatcctcccct
gaattcatggcaagcctctgccattcgaacctccccccaccccaagactt
cttcattattcctctatctccccccagggtgggggttggatttactgctt
ctgtctttctctgggaacttaaaagtcattaggattagccttctccaacc
ccagcacagttcaacccctctgccttcaatcagttaacagaaacaaaggc
taaccgaaaatcagaaactacaaacggtccctcctccacctcagctgact
tgtagaactaaacgaaccatttggaccaatccagctggcatggatcagcc
cagggaatctcccacgtgcagaaggcaaagccagggaacagctaaagtag
gccaaaggcccaggagccagtttcactaatggggacatgggctctagtgt
ttgtttctccaagagtagcctaaacacacactatttatcattctttctgg
ctgagataggaaaggagctgagctggccactccagataggccatgagcta
tgggtttcaaaagtcgaacttcccactgttgcgtatgtttggtaatgttt
aagaagcagcagagctgcggccctcactaactcacagcacgcacgtgaca
gcttcccgaaggcgctggagctgacatcaagttgaagttactcttctctg
ggctacagggcgggtaccaggtttccaagcaccaggtgggaaataagcac
ccaggagagaggctagaccagggcatgtgtctgtgacacacaaaatatgg
caacagtattggaatggcacactggcgactgatcatagttggtcactgat
gatcagctagccaacatctcccttgctgctttgatgacatcattagccat
tctggaaaagcctactgcccagggattgagggacacctccagctgagtca
gaaaagaaaaagaaaagagcagaggcctgtgctccacagccctgcggaaa
cccagttctgcacaccatgtggagtgtgggacctaatccgcctccctccc
agctttgggatgagaccccacattaacagacactaaccctgagtgaaaac
tcagtgatgagcagtgatctcagagggaattcccagaacctctgaaatag
tagtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_139566004_139567082
seq2: B6Ng01-080N24.b_49_1122 (reverse)

seq1  AGGGGAGGAAGGAGGGAGGGGGAGAGAGAACGATTGA-TTGATTCATTCA  49
      |||||||| | |||     | |||||||| ||||||| |||||||| |||
seq2  AGGGGAGG-ATGAG---AAGTGAGAGAGACCGATTGATTTGATTCA-TCA  45

seq1  TTCATTCATTTATTGATTCATTCATTGATTCATAAGAGATTTCTCTGGAC  99
       ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCA-TTATTGATTCA-TCATTGATTCATAAGAGATTTCTCTGGAC  93

seq1  TTGGAGATGGCTCGGTGGGTAAAGCAACTGCTATAAATATGAGGACCTAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGATGGCTCGGTGGGTAAAGCAACTGCTATAAATATGAGGACCTAA  143

seq1  GTTTGGATCCCAGCACTCACATAAAAGTTTGGCATGGCAGTGTGTATGTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGATCCCAGCACTCACATAAAAGTTTGGCATGGCAGTGTGTATGTG  193

seq1  AAA-CCCCAGCACTGGGAAGCAGAGGAGGATGGATCTCTAGAGCTCACTG  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCCAGCACTGGGAAGCAGAGGAGGATGGATCTCTAGAGCTCACTG  243

seq1  GCCAGTCAGTCTAGTGGAAAATGAAGCTCTCAAACTTAGTGAGAGACTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCAGTCTAGTGGAAAATGAAGCTCTCAAACTTAGTGAGAGACTCT  293

seq1  GCCTCAAAAGGAAGGAGGGGAGCAATGGAGGAAAATCCCCAAGGTTGACC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAAAGGAAGGAGGGGAGCAATGGAGGAAAATCCCCAAGGTTGACC  343

seq1  TGTGGCCTCCACATAGACACAGAAGGATGAGTGCCCCTCAAATGTACACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTCCACATAGACACAGAAGGATGAGTGCCCCTCAAATGTACACA  393

seq1  TATGTAAGTGTAACCCATGCACACAGGTTCCCCCCTCCAAGGCACTTAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAGTGTAACCCATGCACACAGGTTCCCCCCTCCAAGGCACTTAAG  443

seq1  CCTTAGCCCTAACACAGCAACTAATCCTTTCTCTGTGTTTGCTTGAGTAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCCCTAACACAGCAACTAATCCTTTCTCTGTGTTTGCTTGAGTAG  493

seq1  AGAAGTTACTCTGTAACTGATAGATCTCCTTCTCTTGGAACGTTAAGGTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTACTCTGTAACTGATAGATCTCCTTCTCTTGGAACGTTAAGGTC  543

seq1  ATTTGCTTTTCTCTCTATTCTGTTCCACTATCAAACTCACTATTCTAATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTTTCTCTCTATTCTGTTCCACTATCAAACTCACTATTCTAATG  593

seq1  TTAACGCACATTTTTGCAGATGTGAGCTTTGCCTCCATTTGAGTCTTCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACGCACATTTTTGCAGATGTGAGCTTTGCCTCCATTTGAGTCTTCTT  643

seq1  AGCACCCAGTTTCATGTGGGGAAAGAAGGGATTGGTTAGACTGGATGGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCAGTTTCATGTGGGGAAAGAAGGGATTGGTTAGACTGGATGGAT  693

seq1  GTTTATGGTTCTCGCTCTGTATCATGATTTTATTCAGACACATCATCCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGGTTCTCGCTCTGTATCATGATTTTATTCAGACACATCATCCCT  743

seq1  GGTAACAATGCCACTGGCTTCAGTGACTCTGCTCTTTTCACCTTAACCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACAATGCCACTGGCTTCAGTGACTCTGCTCTTTTCACCTTAACCTG  793

seq1  GCAAGGGCTGGGGGTTCAAGGTCAAACAGTAAATGATCCAATGGATAGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGCTGGGGGTTCAAGGTCAAACAGTAAATGATCCAATGGATAGTA  843

seq1  CAGAGTGATAGCCCAAGCTTAATTGCCGCAATTACTACCAAGAAGAACAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGATAGCCCAAGCTTAATTGCCGCAATTACTACCAAGAAGAACAA  893

seq1  TCTTCTCTCATGGTTGGCTTCTACCATAGTCTTTACTTTGCAACCGTTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTCATGGTTGGCTTCTACCATAGTCTTTACTTTGCAACCGTTGC  943

seq1  AGTTGGAGTGCTTAAAAACACTGCAACTCTTTAGCTGTCACAGTATGAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGAGTGCTTAAAAACACTGCAACTCTTTAGCTGTCACAGTATGAAT  993

seq1  TATTTGTCAGTTATATTTTTAAAATCTTGTTACCTTCCATTGTAGTATGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTCAGTTATATTTTTAAAATCTTGTTACCTTCCATTGTAGTATGA  1043

seq1  ATATTCCCCCAGAATGCCCTCTACTGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCCCCAGAATGCCCTCTACTGAATTC  1074

seq1: chr7_139450326_139451442
seq2: B6Ng01-080N24.g_68_1173

seq1  GAATTCATGGCAAGCCTCTGCCATTCGAACCTCCCCCCACCCCAAGACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCAAGCCTCTGCCATTCGAACCTCCCCCCACCCCAAGACTT  50

seq1  CTTCATTATTCCTCTATCTCCCCCCAGGGTGGGGGTTGGATTTACTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTATTCCTCTATCTCCCCCCAGGGTGGGGGTTGGATTTACTGCTT  100

seq1  CTGTCTTTCTCTGGGAACTTAAAAGTCATTAGGATTAGCCTTCTCCAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTCTCTGGGAACTTAAAAGTCATTAGGATTAGCCTTCTCCAACC  150

seq1  CCAGCACAGTTCAACCCCTCTGCCTTCAATCAGTTAACAGAAACAAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACAGTTCAACCCCTCTGCCTTCAATCAGTTAACAGAAACAAAGGC  200

seq1  TAACCGAAAATCAGAAACTACAAACGGTCCCTCCTCCACCTCAGCTGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCGAAAATCAGAAACTACAAACGGTCCCTCCTCCACCTCAGCTGACT  250

seq1  TGTAGAACTAAACGAACCATTTGGACCAATCCAGCTGGCATGGATCAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAACTAAACGAACCATTTGGACCAATCCAGCTGGCATGGATCAGCC  300

seq1  CAGGGAATCTCCCACGTGCAGAAGGCAAAGCCAGGGAACAGCTAAAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAATCTCCCACGTGCAGAAGGCAAAGCCAGGGAACAGCTAAAGTAG  350

seq1  GCCAAAGGCCCAGGAGCCAGTTTCACTAATGGGGACATGGGCTCTAGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGGCCCAGGAGCCAGTTTCACTAATGGGGACATGGGCTCTAGTGT  400

seq1  TTGTTTCTCCAAGAGTAGCCTAAACACACACTATTTATCATTCTTTCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTCCAAGAGTAGCCTAAACACACACTATTTATCATTCTTTCTGG  450

seq1  CTGAGATAGGAAAGGAGCTGAGCTGGCCACTCCAGATAGGCCATGAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATAGGAAAGGAGCTGAGCTGGCCACTCCAGATAGGCCATGAGCTA  500

seq1  TGGGTTTCAAAAGTCGAACTTCCCACTGTTGCGTATGTTTGGTAATGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTCAAAAGTCGAACTTCCCACTGTTGCGTATGTTTGGTAATGTTT  550

seq1  AAGAAGCAGCAGAGCTGCGGCCCTCACTAACTCACAGCACGCACGTGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCAGCAGAGCTGCGGCCCTCACTAACTCACAGCACGCACGTGACA  600

seq1  GCTTCCCGAAGGCGCTGGAGCTGACATCAAGTTGAAGTTACTCTTCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCGAAGGCGCTGGAGCTGACATCAAGTTGAAGTTACTCTTCTCTG  650

seq1  GGCTACAGGGCGGGTACCAGGTTTCCAAGCACCAGGTGGGAAATAAGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAGGGCGGGTACCAGGTTTCCAAGCACCAGGTGGGAAATAAGCAC  700

seq1  CCAGGAGAGAGGCTAGACCAGGGCATGTGTCTGTGACACACAAAATATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGAGAGGCTAGACCAGGGCATGTGTCTGTGACACACAAAATATGG  750

seq1  CAACAGTATTGGAATGGCACACTGGCGACTGATCATAGTTGGTCACTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTATTGGAATGGCACACTGGCGACTGATCATAGTTGGTCACTGAT  800

seq1  GATCAGCTAGCCAACATCTCCCTTGCTGCTTTGATGACATCATTAGCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCTAGCCAACATCTCCCTTGCTGCTTTGATGACATCATTAGCCAT  850

seq1  TCTGGAAAAGCCTACTGCCCAGGGATTGAGGGACACCTCCAGCTGAGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAAAGCCTACTGCCCAGGGATTGAGGGACACCTCCAGCTGAGTCA  900

seq1  GAAAAGAAAAAGAAAAGAGCAGAGGCCTGTGCTCCAACAGCCCTGCGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAAAAGAAAAGAGCAGAGGCCTGTGCTCC-ACAGCCCTGCGGAA  949

seq1  ACCCAGTTCTGCCACAACCATGT-GAGTGTGGGACCTAATCCGCCTCCCT  999
      ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTTCTG-CAC-ACCATGTGGAGTGTGGGACCTAATCCGCCTCCCT  997

seq1  CCCAAGCCTTTGGATGAGACCCCAACATTAACAGACACCTTAACCCTGAA  1049
      ||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| 
seq2  CCC-AGCTTTGGGATGAGACCCC-ACATTAACAGACAC--TAACCCTGA-  1042

seq1  GGTGAAAACTCAGTGATGAAGCCAGTGATCTCCAGA-GGAATCCCCAGAA  1098
       ||||||||||||||||||   ||||||||| |||| ||||| |||||||
seq2  -GTGAAAACTCAGTGATGA--GCAGTGATCT-CAGAGGGAATTCCCAGAA  1088

seq1  ACTCTGAGATAGTAAGTAG  1117
       |||||| ||||| |||||
seq2  CCTCTGAAATAGT-AGTAG  1106