BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081B18
Chromosome7 (Build37)
Map Location 53,397,184 - 53,617,654
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAbcc8, Ush1c, Otog
Upstream geneAldh16a1, Pih1d1, Slc17a7, Gm581, LOC100039953, Tifp39, BC050196, Dkkl1, Tead2, Cd37, Slc6a16, 1700039E15Rik, Trpm4, LOC100040970, Hrc, 2410127E16Rik, Mtag2, Lin7b, Snrp70, Kcna7, Ntf5, LOC100040019, Lhb, Ruvbl2, Gys1, Ftl1, Bax, Dhdh, Nucb1, Tulp2, Myd116, Plekha4, Hsd17b14, Bcat2, Fgf21, Fut1, Izumo1, Rasip1, 5430432N15Rik, Fut2, Sec1, Gm484, Car11, Dbp, Sphk2, Rpl18, 4930403C10Rik, Spaca4, Sult2b1, EG545963, Lmtk3, Pscd2, Kcnj14, Grwd1, Grin2d, Kdelr1, Syngr4, Tmem143, Emp3, BC013491, LOC677321, Abcc6, Nomo1, Kcnj11
Downstream geneMyod1, Kcnc1, Sergef, Tph1, Saal1, Saa3, Saa4, LOC100040106, Saa1, Saa2, Hps5, Gtf2h1, EG668838, EG384622, Ldha, Ldhc, Tsg101, Uevld, C86187, LOC384623, ENSMUSG00000056509, Spty2d1, LOC100040174, Tmem86a, Ptpn5, LOC100041710, Mrgpra6, EG668725, Gm660, Mrgpra1, LOC668846, LOC100040217
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081B18.bB6Ng01-081B18.g
ACCDH896054DH896055
length793694
definitionDH896054|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081B18, 5' end.DH896055|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081B18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,616,865 - 53,617,654)(53,397,184 - 53,397,876)
sequence
gaattccctgggactgcctcagtccctcccacacagcagctctcatgcac
tcatctcgttgttactgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttg
ttgttgttgttgttgttgttagaggcatggcaaagactaaggactgtccc
tcaacatccatacaaaatgaattttgtttgagcacatggtgtattaatca
ggttgggattttcaaaacatggtactaaggattgtgtggcttaatagttc
tggaggatgggagtctgggagcatcatgttggcagggatacttctcctga
ggcttctttcctggcttccagacaactgccctctgtgtgtccccacatgg
cctttctctgtgtatgcaaatccccttgtctctctccttataaggacact
agtcatattggattaggctctcacttttatgaccccatttaaccttaatt
acttcctcaatgtctctgctttcaaatacaatcacaatgaaggtcaaggc
ttcaatataagaatagtgtgtggttctttttttaaggatgttattgtagt
tactccatagcatatgatcacccacaatttcccatattctcttgcagcta
catagttcatatgactaatgttatggaaggtagattattggtagaaggaa
atttgtgtgtaacctcttggttatgactttaagagacaactctgtctctt
tctgtcttcttcttcctcctctccctcttcctcctcttcttcatttgttt
tattattgagacatgggtttctctgttaagcactggcttgtgt
gaattccttgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctgtg
ctgtgtgtgctgtgctgtgctgtgttgtgctgtgtgtgctgtgctgtgct
gtgctgtgctgggctgtgctgtgtgtgctgtgctgtgctgtgtgtgctgt
gctgtgctgtgctgtgctgtgtgtgctgtgctgggctgtgctgggctgtg
ctgggctgtgctgtgctgtgctgtgctgggctgtgctgtgctgggctgtg
tgtgctgtgctgtgctgtgctgtgtgtgctgtgctgtgctgtgctgtgct
gtgctgtgctgtgctgtgctgtgtgtgctgtgctgtgctgtgctgtgctg
tgctgtgctgtgctgtgctgtgctggttgttgcaggagagaactgagaat
gtgatttttccagtttcctctccctcgcctggaaggatgaccagtacagg
aggaaggatgaccactacaggaggtgccgagtcccctgtggcgtgggagc
tggggcaggggcatcaccagtcgctgtatttcaaacccctctcagaagat
caccccatcaccctgggagggatgtggccaccttgtggggtgtcagtggt
gcagactaggggtctgggtctgggactctgtcctctaagtatggcagaca
actagggggaggagaatatgtaagtggacaggtgtgatggtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_53616865_53617654
seq2: B6Ng01-081B18.b_46_838 (reverse)

seq1  ACAC-AGCCAGTGCTTCACAGAGAAACCC-TGTCTCAAAAATAAAAACAA  48
      |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||||
seq2  ACACAAGCCAGTGCTTAACAGAGAAACCCATGTCTCAATAAT-AAAACAA  49

seq1  ATGGAAGAAGAGGAGGAAGAGGGAGAGGAGGAAGAAGAAGACAGAAAAGA  98
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AT-GAAGAAGAGGAGGAAGAGGGAGAGGAGGAAGAAGAAGACAG-AAAGA  97

seq1  GAACAGCTGTTGTCTCTTAAAGTCATAACCAAGAGGTTACACACAAA-TT  147
      | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  G-ACAG-AGTTGTCTCTTAAAGTCATAACCAAGAGGTTACACACAAATTT  145

seq1  CCTTCTACCCATAATCTACCTTCCATAAC-TTAGTCATATGAACTATGTA  196
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTACCAATAATCTACCTTCCATAACATTAGTCATATGAACTATGTA  195

seq1  GCTGCAAGAGAATCTGGG-AATTGTGGGTGATCATATGCTATGGAGTAAC  245
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAAGAGAATATGGGAAATTGTGGGTGATCATATGCTATGGAGTAAC  245

seq1  TACAATAACATCCTTCTACAAAGAACCACACACTATTCTTATATTGAAGC  295
      |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAACATCCTTAAAAAAAGAACCACACACTATTCTTATATTGAAGC  295

seq1  CTTGACCTTCATTGTGATTGTATTTGAAAGCAGAGACATTGAGGAAGTAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCTTCATTGTGATTGTATTTGAAAGCAGAGACATTGAGGAAGTAA  345

seq1  TTAAGGTTAAATGGGGTCATAAAAGTGAGAGCCTAATCCAATATGACTAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTTAAATGGGGTCATAAAAGTGAGAGCCTAATCCAATATGACTAG  395

seq1  TGTCCTTATAAGGAGAGAGACAAGGGGATTTGCATACACAGAGAAAGGCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTATAAGGAGAGAGACAAGGGGATTTGCATACACAGAGAAAGGCC  445

seq1  ATGTGGGGACACACAGAGGGCAGTTGTCTGGAAGCCAGGAAAGAAGCCTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGGACACACAGAGGGCAGTTGTCTGGAAGCCAGGAAAGAAGCCTC  495

seq1  AGGAGAAGTATCCCTGCCAACATGATGCTCCCAGACTCCCATCCTCCAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAGTATCCCTGCCAACATGATGCTCCCAGACTCCCATCCTCCAGA  545

seq1  ACTATTAAGCCACACAATCCTTAGTACCATGTTTTGAAAATCCCAACCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAAGCCACACAATCCTTAGTACCATGTTTTGAAAATCCCAACCTG  595

seq1  ATTAATACACCATGTGCTCAAACAAAATTCATTTTGTATGGATGTTGAGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATACACCATGTGCTCAAACAAAATTCATTTTGTATGGATGTTGAGG  645

seq1  GACAGTCCTTAGTCTTTGCCATGCCTCT---AACAACAACAACAACAACA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCCTTAGTCTTTGCCATGCCTCTAACAACAACAACAACAACAACA  695

seq1  ACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAGTAACAACGAGATGAGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAGTAACAACGAGATGAGT  745

seq1  GCATGAGAGCTGCTGTGTGGGAGGGACTGAGGCAGTCCCAGGGAATTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGAGCTGCTGTGTGGGAGGGACTGAGGCAGTCCCAGGGAATTC  793

seq1: chr7_53397184_53397876
seq2: B6Ng01-081B18.g_68_760

seq1  GAATTCCTTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTG  50

seq1  CTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCT  100

seq1  GTGCTGTGCTGGGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGCTGGGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGT  150

seq1  GCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGGGCTGTGCTGGGCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGGGCTGTGCTGGGCTGTG  200

seq1  CTGGGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGGGCTGTGCTGTGCTGGGCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGGGCTGTGCTGTGCTGGGCTGTG  250

seq1  TGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCT  300

seq1  GTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTG  350

seq1  TGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGGTTGTTGCAGGAGAGAACTGAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGCTGTGCTGTGCTGTGCTGGTTGTTGCAGGAGAGAACTGAGAAT  400

seq1  GTGATTTTTCCAGTTTCCTCTCCCTCGCCTGGAAGGATGACCAGTACAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTTTCCAGTTTCCTCTCCCTCGCCTGGAAGGATGACCAGTACAGG  450

seq1  AGGAAGGATGACCACTACAGGAGGTGCCGAGTCCCCTGTGGCGTGGGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGATGACCACTACAGGAGGTGCCGAGTCCCCTGTGGCGTGGGAGC  500

seq1  TGGGGCAGGGGCATCACCAGTCGCTGTATTTCAAACCCCTCTCAGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAGGGGCATCACCAGTCGCTGTATTTCAAACCCCTCTCAGAAGAT  550

seq1  CACCCCATCACCCTGGGAGGGATGTGGCCACCTTGTGGGGTGTCAGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCATCACCCTGGGAGGGATGTGGCCACCTTGTGGGGTGTCAGTGGT  600

seq1  GCAGACTAGGGGTCTGGGTCTGGGACTCTGTCCTCTAAGTATGGCAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTAGGGGTCTGGGTCTGGGACTCTGTCCTCTAAGTATGGCAGACA  650

seq1  ACTAGGGGGAGGAGAATATGTAAGTGGACAGGTGTGATGGTTT  693
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGGGAGGAGAATATGTAAGTGGACAGGTGTGATGGTTT  693