BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084C07
Chromosome7 (Build37)
Map Location 129,657,279 - 129,782,161
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkcb1
Upstream geneUsp31, Scnn1g, Scnn1b, Cog7, Gga2, Ears2, Ubfd1, Ndufab1, Palb2, Dctn5, Plk1, Ern2, 2010110P09Rik, LOC668486
Downstream geneCacng3, 4930413G21Rik, Rbbp6, LOC628696, LOC100042977, LOC100042981, Tnrc6a, Slc5a11, Arhgap17, Lcmt1, Aqp8, Zkscan2, LOC100043482
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084C07.bB6Ng01-084C07.g
ACCDH898195DH898196
length1,1471,142
definitionDH898195|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084C07, 5' end.DH898196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,780,997 - 129,782,161)(129,657,279 - 129,658,425)
sequence
gaattcacatggtggctcaaaatcatctgcagctccactttccaaggatc
cagtgacctcttttgacatccaagggcatcgagcatgcatgtggtgtaca
tatgtacaagcaggcgaaacacataaaacaaatcttcaaaaagaagatag
tacctgagttttgaggtgctagattactgatgcagagttatattatgtgt
gtttttctgtgagcttatcttggtacggtttgtattcctgaagataaagg
gatatgattcctcagagggtaggattcaaacccctgccttaaccactgaa
cttaactatgaaataactgataagtccatagaccaatgcaaagccgagtg
ggtcttcccagtgttggcttgcctctcatgtatctctggccccaaacatc
ttgaaggaaatccaaatttcccacatgtaaagaatatacttttgtggttt
gtgtacatctccatttgttcctaaagccaggctccaaatcttattcagag
atcccattctgcatccacgtgctctggtggctctttgcttctagctgcag
tggtgtggctcacatctgtgctgcaagcagcctctgagatggtcctcaaa
cactctacctcctggctgtctcaccatgcttaacccccccccccccgccc
ccttgaatctaggctgaacttgctgaatggtatctgaacaacagcaatgt
aaggagtcacttttcatgtaaggatgcaaagtctgtggtctccaacttgg
acattcccatttgatcactgaccccagaaaccactgtgtatgcccatgct
ctatgggaatctcatgagaaattgatgctgttggcaaaattatggggaag
gcaagaagtaaaacctggtccttttgttgaatgtcatatgagattacaat
cttgcccaacagtttgcctaaaacccagtaagactgtcaactaactaagc
cctaccaatattccaagtccacaaaaaaaatggagagggatattccctgc
ataaagtttagaggtagcttgtaaatgcactagctagtaccccacttggc
ctgggcatgagcctcctgccttcctattcacccagaccaatttctagtcc
acaatgtcctggaccagcctaagcccatcagtagccgcatactttct
gaattcaacccttggtgttgttaaataaataaacaaataagcaaatgaat
ggatgggttgatggatgggtggatggcaagtgtggtcagagggcactgac
caagagcaatgagacagtaatgacatgatctatgtttatcgagtattttc
taggttctgctataaatactctttgtccaaatttactgttaaatcaacat
attttattgatcaagaaaccaaggttgaaggtttacagtaatagctaagt
aagagcccactccacaactacaatactatgtagcctggctactgtctgga
tttcagtacagaaatcaatgatgcttttaacaaacttggtttcatatgtt
ctgtgtggacaggatccgcatcttaggttctccccagtttccttggaaca
taccagaatgcttagggtgtagtaggaacctgttcactgagttcatggaa
ttaaggccagaaaggactatttcttgcttttgggatataacttgtggctg
agatggagaatgaattcaacccatgtcttagcagaagaaagcccatccac
atctctggtaattcatttgttaggtcctaacacctggaaaattctccttc
ctggcctgcttcctccccacacttcttttcctgtttcctgcttccctttt
cttccctttcctctgctttgaatgtctacacatgcttcctccctccctct
ctctgaccctttgtccctcccttcttccctccctttcttctcttcctccc
ttccctccctccctccctctccctttctctctcccaccatttcttccact
tcttctgtctttcctagagtggtcacctggattggatgtaggaaagatgt
ttgaatttaaccatgacttgtattttgtcagataagcaagtagaaagaaa
atggtgaggagattgggagtgttttctatgaaaccagttcacctgtaccc
taaaattcgtgccctacaaatagagtggaaaggagatgagtagggctcag
atatgtgtctggctcattgagctgatggtgaaaaaagattgttgccagga
taacagaattctgaaatggaaacaactaagaactgggtcttgtacctgta
ctacctggggaaaaactgtgattatgtggaaaggaactattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_129780997_129782161
seq2: B6Ng01-084C07.b_44_1190 (reverse)

seq1  AGAAAGTATGCGGCTTACCCTGATTGGCTTAGCCTGGTCCCATGTACACT  50
      |||||||||||||||    ||||| ||||||| ||||| ||| |   || 
seq2  AGAAAGTATGCGGCT---ACTGATGGGCTTAGGCTGGT-CCAGG---ACA  43

seq1  TTGTGGACCTAGAAATGTGTCTGGGTGAATAGGGAAGGCAGGAGCTTCAA  100
      ||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||  ||| 
seq2  TTGTGGA-CTAGAAATTGGTCTGGGTGAATA-GGAAGGCAGGAGGCTCA-  90

seq1  TTGCCCAGGCCCAAGTTGTGTTACTTAGCTAGTGCCATTTTACAAGCTAC  150
       |||||||| ||||| || | ||| ||||||||||   ||||||||||||
seq2  -TGCCCAGG-CCAAG-TGGGGTAC-TAGCTAGTGC--ATTTACAAGCTAC  134

seq1  CTCTAAACTTTATTGCAGTGAATATTCCCTCTCCATTTTTTTTGTGGACT  200
      |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAACTTTA-TGCAGGGAATA-TCCCTCTCCATTTTTTTTGTGGACT  182

seq1  TTGAATATTGGTAGGGCTTAGTTAGTTGACAGTCTTACTGGGTTTTAGGC  250
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATTGGTAGGGCTTAGTTAGTTGACAGTCTTACTGGGTTTTAGGC  232

seq1  AAACTGTTGGGCAAGATTGTAATCTCATATGACATTCAACAAAAGGACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTTGGGCAAGATTGTAATCTCATATGACATTCAACAAAAGGACCA  282

seq1  GGTTTTACTTCTTGCCTTCCCCATAATTTTGCCAACAGCATCAATTTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTACTTCTTGCCTTCCCCATAATTTTGCCAACAGCATCAATTTCTC  332

seq1  ATGAGATTCCCATAGAGCATGGGCATACACAGTGGTTTCTGGGGTCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTCCCATAGAGCATGGGCATACACAGTGGTTTCTGGGGTCAGTG  382

seq1  ATCAAATGGGAATGTCCAAGTTGGAGACCACAGACTTTGCATCCTTACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATGGGAATGTCCAAGTTGGAGACCACAGACTTTGCATCCTTACAT  432

seq1  GAAAAGTGACTCCTTACATTGCTGTTGTTCAGATACCATTCAGCAAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTGACTCCTTACATTGCTGTTGTTCAGATACCATTCAGCAAGTTC  482

seq1  AGCCTAGATTCAAGGGGGCGGGGGGGGGGGGGTTAAGCATGGTGAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGATTCAAGGGGGCGGGGGGGGGGGGGTTAAGCATGGTGAGACAG  532

seq1  CCAGGAGGTAGAGTGTTTGAGGACCATCTCAGAGGCTGCTTGCAGCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGGTAGAGTGTTTGAGGACCATCTCAGAGGCTGCTTGCAGCACAG  582

seq1  ATGTGAGCCACACCACTGCAGCTAGAAGCAAAGAGCCACCAGAGCACGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGCCACACCACTGCAGCTAGAAGCAAAGAGCCACCAGAGCACGTG  632

seq1  GATGCAGAATGGGATCTCTGAATAAGATTTGGAGCCTGGCTTTAGGAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGAATGGGATCTCTGAATAAGATTTGGAGCCTGGCTTTAGGAACA  682

seq1  AATGGAGATGTACACAAACCACAAAAGTATATTCTTTACATGTGGGAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGATGTACACAAACCACAAAAGTATATTCTTTACATGTGGGAAAT  732

seq1  TTGGATTTCCTTCAAGATGTTTGGGGCCAGAGATACATGAGAGGCAAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTTCCTTCAAGATGTTTGGGGCCAGAGATACATGAGAGGCAAGCC  782

seq1  AACACTGGGAAGACCCACTCGGCTTTGCATTGGTCTATGGACTTATCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGGGAAGACCCACTCGGCTTTGCATTGGTCTATGGACTTATCAGT  832

seq1  TATTTCATAGTTAAGTTCAGTGGTTAAGGCAGGGGTTTGAATCCTACCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATAGTTAAGTTCAGTGGTTAAGGCAGGGGTTTGAATCCTACCCT  882

seq1  CTGAGGAATCATATCCCTTTATCTTCAGGAATACAAACCGTACCAAGATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAATCATATCCCTTTATCTTCAGGAATACAAACCGTACCAAGATA  932

seq1  AGCTCACAGAAAAACACACATAATATAACTCTGCATCAGTAATCTAGCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACAGAAAAACACACATAATATAACTCTGCATCAGTAATCTAGCAC  982

seq1  CTCAAAACTCAGGTACTATCTTCTTTTTGAAGATTTGTTTTATGTGTTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAACTCAGGTACTATCTTCTTTTTGAAGATTTGTTTTATGTGTTTC  1032

seq1  GCCTGCTTGTACATATGTACACCACATGCATGCTCGATGCCCTTGGATGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTTGTACATATGTACACCACATGCATGCTCGATGCCCTTGGATGT  1082

seq1  CAAAAGAGGTCACTGGATCCTTGGAAAGTGGAGCTGCAGATGATTTTGAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGGTCACTGGATCCTTGGAAAGTGGAGCTGCAGATGATTTTGAG  1132

seq1  CCACCATGTGAATTC  1165
      |||||||||||||||
seq2  CCACCATGTGAATTC  1147

seq1: chr7_129657279_129658425
seq2: B6Ng01-084C07.g_69_1210

seq1  GAATTCAACCCTTGGTGTTGTTAAATAAATAAACAAATAAGCAAATGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCCTTGGTGTTGTTAAATAAATAAACAAATAAGCAAATGAAT  50

seq1  GGATGGGTTGATGGATGGGTGGATGGCAAGTGTGGTCAGAGGGCACTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGTTGATGGATGGGTGGATGGCAAGTGTGGTCAGAGGGCACTGAC  100

seq1  CAAGAGCAATGAGACAGTAATGACATGATCTATGTTTATCGAGTATTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCAATGAGACAGTAATGACATGATCTATGTTTATCGAGTATTTTC  150

seq1  TAGGTTCTGCTATAAATACTCTTTGTCCAAATTTACTGTTAAATCAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCTGCTATAAATACTCTTTGTCCAAATTTACTGTTAAATCAACAT  200

seq1  ATTTTATTGATCAAGAAACCAAGGTTGAAGGTTTACAGTAATAGCTAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTGATCAAGAAACCAAGGTTGAAGGTTTACAGTAATAGCTAAGT  250

seq1  AAGAGCCCACTCCACAACTACAATACTATGTAGCCTGGCTACTGTCTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCCACTCCACAACTACAATACTATGTAGCCTGGCTACTGTCTGGA  300

seq1  TTTCAGTACAGAAATCAATGATGCTTTTAACAAACTTGGTTTCATATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTACAGAAATCAATGATGCTTTTAACAAACTTGGTTTCATATGTT  350

seq1  CTGTGTGGACAGGATCCGCATCTTAGGTTCTCCCCAGTTTCCTTGGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGACAGGATCCGCATCTTAGGTTCTCCCCAGTTTCCTTGGAACA  400

seq1  TACCAGAATGCTTAGGGTGTAGTAGGAACCTGTTCACTGAGTTCATGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGAATGCTTAGGGTGTAGTAGGAACCTGTTCACTGAGTTCATGGAA  450

seq1  TTAAGGCCAGAAAGGACTATTTCTTGCTTTTGGGATATAACTTGTGGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCCAGAAAGGACTATTTCTTGCTTTTGGGATATAACTTGTGGCTG  500

seq1  AGATGGAGAATGAATTCAACCCATGTCTTAGCAGAAGAAAGCCCATCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGAATGAATTCAACCCATGTCTTAGCAGAAGAAAGCCCATCCAC  550

seq1  ATCTCTGGTAATTCATTTGTTAGGTCCTAACACCTGGAAAATTCTCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGGTAATTCATTTGTTAGGTCCTAACACCTGGAAAATTCTCCTTC  600

seq1  CTGGCCTGCTTCCTCCCCACACTTC-TTTCCTGTTTCCTGCTTCCCTTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGCTTCCTCCCCACACTTCTTTTCCTGTTTCCTGCTTCCCTTTT  650

seq1  CTTCCCTTTCCTCTGC-TTGAATGTCTACACATGCTTCCTCCCTCCCTCT  698
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTTTCCTCTGCTTTGAATGTCTACACATGCTTCCTCCCTCCCTCT  700

seq1  CTCTGACCCTTTGTCCCTCCCTTCTTCCCTCCC-TTCTTCTCTCCCT-CC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||
seq2  CTCTGACCCTTTGTCCCTCCCTTCTTCCCTCCCTTTCTTCTCTTCCTCCC  750

seq1  TTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCCTTTCTCTCTCCCACCATTTCTTCCACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCCTTTCTCTCTCCCACCATTTCTTCCACT  800

seq1  TCTTCTGTC-TTCCTAGAGTGGTCACCT-GATTGGATGTAGGAAAGATGT  844
      ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGTCTTTCCTAGAGTGGTCACCTGGATTGGATGTAGGAAAGATGT  850

seq1  TTGAATTTAACCATGACTTGTATTTTGTCAGATAAGCAAAGTTAGAAAGA  894
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  TTGAATTTAACCATGACTTGTATTTTGTCAGATAAGCAA--GTAGAAAGA  898

seq1  AATTGGTGAGGAGATTGGGAGTGTTTTCTAAGAAACCAGTTCA-CTGTAC  943
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  AAATGGTGAGGAGATTGGGAGTGTTTTCTATGAAACCAGTTCACCTGTAC  948

seq1  CCTAAAATCCGTGCCCCACAAATAGAGTGGAAGGAGGATGGAGTAAGGGC  993
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  ||| |||| |||||
seq2  CCTAAAATTCGTGCCCTACAAATAGAGTGGAAAGGAGAT-GAGT-AGGGC  996

seq1  TCAGAATATGTGTCTGGTCCATTGAGCTGATTGGTGAGAGAAGATTTGTT  1043
      |||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||| | |||| |||||
seq2  TCAG-ATATGTGTCTGGCTCATTGAGCTGA-TGGTGAAAAAAGA-TTGTT  1043

seq1  GCCAGGGAAAACAGAATTCATGACATGGAAACAACATAAGACTGGGGTCT  1093
      |||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||   ||||||
seq2  GCCA-GGATAACAGAATTC-TGAAATGGAAACAAC-TAAGAACTGGGTCT  1090

seq1  GTGACCTGTACCATCTGTGGGAAAAGACCTGTGATTAGGTGGAAGGGAAC  1143
         |||||||| | ||| || ||||   ||||||||| |||||| |||||
seq2  TGTACCTGTACTACCTGGGGAAAAA---CTGTGATTATGTGGAAAGGAAC  1137

seq1  -ATTG  1147
       ||||
seq2  TATTG  1142