BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084J21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 119,142,041 - 119,301,426
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042678, Usp47, Dkk3
Upstream geneCtr9, Eif4g2, LOC100043221, LOC100042658, LOC384658, Galntl4, LOC668399
Downstream geneMical2, Micalcl, Parva, LOC627808, Tead1, 4632411J06Rik, LOC434227
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084J21.bB6Ng01-084J21.g
ACCDH898523DH898524
length1,1081,077
definitionDH898523|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084J21, 5' end.DH898524|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,142,041 - 119,143,169)(119,300,347 - 119,301,426)
sequence
gaattcagtgcatagaattagaatgtctggaaatgaccttagaaggtttt
tttctcctaattttccactttctgcatcaattatcctacgataaagcacc
acagccatgcccacaggggattcggactctgactcaacacctctgctgat
tataaatcagggtcccctggggcagcctcttccatttctggattgttcta
atcattaaaatgttctgttgtgctagccaaaattatccccctgtagcgtc
tgtgtgagaaataccaagcaagcccttctcctcctggcagcctcactttg
tttgatggcagctgtcatatccctgcagagtgccatgcccctgaactaaa
tacacccaactgctcatatgacaaagttcataggttccgtactatcttgg
tcatcacttcttgaacacattgcagttcaacaacgtccttcttcaaaagt
ttcatcttgagtggattaaaatgccacaggagatagagtggaaggaagtt
tctgtctactgaaaaaaaacaaaacaaaaacaaaaaacaagacaccaaga
gccacacccacaagaaagagagctttgttgtttgttgttatcagagtggt
attttcccttgtgaagggacaaagaagagagcttgccttgttttcactct
gctcttctgtaataaaatgtcaattgcacgcgcacacacacacacacaca
cacacacacacacacattcatacacaccaagtccacatgctatttttaac
cctttgtctcatccctccttctgtgacttgaagttgcacagggtttttga
cataataggctgatagcagccattcattttaaagggccccactaggcaca
gactactcttgggaaaatgtattacctttgttgcttgataaacacaaaca
aaattgccttacaaaaaaataacttatttagacttaagtttcagagaaat
gtcaatatggaggagagcatgcagctgctgatgttctagagcagagctga
gagattgcattctcagtccacctattgacggagtcagtgaactgagtgaa
acaggctctaacctcaactaactcactcactgatgtactaactcctcagc
catgcctc
gaattcttcctaaggagcaggagccactgtgtcgcagctggctgtcccct
gttggagctgagctgaggttggggccactcgggtgtctcagcgcaatggg
tttgcagaggctggggcagctgcagacagcttcaagttccaacgtgtccc
ttgggcattgagcctgtaccatcttccccaagaaacagtcaggacgctag
tcatgcggaaaagaatcttgagctctgctggcaatctgtctggctccctt
aaatgtgttgtggggcagcgaaggaggactaaagtaagtcctaagaccat
gccatagtgagtggtcagaagggagggcatgagggtgttcacagcaaccc
tattcacctacacccagtgggttttggagaccaaggttcagattctctgc
cactcaacagtaggtggaccgtggtcaatcatttagcagcccgacctcag
tttcctgtgagaatagccgaagtcccaaaaagtttggcagatgagagcca
aactttggttcctcatcttccaggggccaacactttgcatggcaccctgc
tctgtttcctaaaatggcctccaaccatgttgaaagtggcctgaatcttc
ttgatcagcatattaggctagccgtccttggcacctagtgagatggggat
ttggatctgaatggaactagctattgcagtgaacagacaagtgggttggg
tgtttaccatctctattgtggtaaccaccttaggtagttctaaatgttgg
ccaccgcctgctggaataggttgatttcccctcagcctttcgtcctttgg
gtgtattttgccttccattccccaagccagcctgatgacttttgcaggaa
cactgggttgggaggcagggacacgagcagacctcttgaatattctacca
gccaggcctgtaggttttctgagctttatggaatgtttgtgtgtacataa
ttgaagagggcagtcagccagacccagcagcctccacttctgttagctgt
gattgcacggagctcctgacattctcgctcaagtcaggcttctgctgtcc
ttaccttggttgaagaaccccccccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_119142041_119143169
seq2: B6Ng01-084J21.b_44_1151

seq1  GAATTCAGTGCATAGAATTAGAATGTCTGGAAATGACCTTAGAAGGTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCATAGAATTAGAATGTCTGGAAATGACCTTAGAAGGTTTT  50

seq1  TTTCTCCTAATTTTCCACTTTCTGCATCAATTATCCTACGATAAAGCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTAATTTTCCACTTTCTGCATCAATTATCCTACGATAAAGCACC  100

seq1  ACAGCCATGCCCACAGGGGATTCGGACTCTGACTCAACACCTCTGCTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATGCCCACAGGGGATTCGGACTCTGACTCAACACCTCTGCTGAT  150

seq1  TATAAATCAGGGTCCCCTGGGGCAGCCTCTTCCATTTCTGGATTGTTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATCAGGGTCCCCTGGGGCAGCCTCTTCCATTTCTGGATTGTTCTA  200

seq1  ATCATTAAAATGTTCTGTTGTGCTAGCCAAAATTATCCCCCTGTAGCGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAAAATGTTCTGTTGTGCTAGCCAAAATTATCCCCCTGTAGCGTC  250

seq1  TGTGTGAGAAATACCAAGCAAGCCCTTCTCCTCCTGGCAGCCTCACTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGAAATACCAAGCAAGCCCTTCTCCTCCTGGCAGCCTCACTTTG  300

seq1  TTTGATGGCAGCTGTCATATCCCTGCAGAGTGCCATGCCCCTGAACTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGGCAGCTGTCATATCCCTGCAGAGTGCCATGCCCCTGAACTAAA  350

seq1  TACACCCAACTGCTCATATGACAAAGTTCATAGGTTCCGTACTATCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCAACTGCTCATATGACAAAGTTCATAGGTTCCGTACTATCTTGG  400

seq1  TCATCACTTCTTGAACACATTGCAGTTCAACAACGTCCTTCTTCAAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACTTCTTGAACACATTGCAGTTCAACAACGTCCTTCTTCAAAAGT  450

seq1  TTCATCTTGAGTGGATTAAAATGCCACAGGAGATAGAGTGGAAGGAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTGAGTGGATTAAAATGCCACAGGAGATAGAGTGGAAGGAAGTT  500

seq1  TCTGTCTACTGAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAAAACAAGACACCAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTACTGAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAAAACAAGACACCAAGA  550

seq1  GCCACACCCACAAGAAAGAGAGCTTTGTTGTTTGTTGTTATCAGAGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACCCACAAGAAAGAGAGCTTTGTTGTTTGTTGTTATCAGAGTGGT  600

seq1  ATTTTCCCTTGTGAAGGGACAAAGAAGAGAGCTTGCCTTGTTTTCACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCCTTGTGAAGGGACAAAGAAGAGAGCTTGCCTTGTTTTCACTCT  650

seq1  GCTCTTCTGTAATAAAATGTCAATTGCACGCGCACACACACACACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCTGTAATAAAATGTCAATTGCACGCGCACACACACACACACACA  700

seq1  CACACACACACACACATTCATACACACCAAGTCCACATGCTATTTTTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACATTCATACACACCAAGTCCACATGCTATTTTTAAC  750

seq1  CCTTTGTCTCATCCCTCCTTCTGTGACTTGAAGTTGCACAGGGTTTTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTCTCATCCCTCCTTCTGTGACTTGAAGTTGCACAGGGTTTTTGA  800

seq1  CATAATAGGCTGATAGCAGCCATTCATTTTAAAGGGCCCCACTAGGCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAGGCTGATAGCAGCCATTCATTTTAAAGGGCCCCACTAGGCACA  850

seq1  GACTACTCTTGGGAAAATGTATTACCTTTGTTGCTTTGATAAAACACAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  GACTACTCTTGGGAAAATGTATTACCTTTGTTGC-TTGAT-AAACACAAA  898

seq1  CAAAATTGCCTTACAAAAAAATAACTTATTTAGACTTAAGGTTCCAGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| 
seq2  CAAAATTGCCTTACAAAAAAATAACTTATTTAGACTTAA-GTTTCAGAG-  946

seq1  AAATGTCAATAATGGAGGAAGAGGCATGGCAGCTGCTGATG-TCCAGAGC  999
      |||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||| || |||||
seq2  AAATGTCAAT-ATGGAGG-AGA-GCAT-GCAGCTGCTGATGTTCTAGAGC  992

seq1  AGGAAGCTGAGAGATTGCA-TCTCAGTCACACATA-TGAAGGAGTCAGTG  1047
      ||  ||||||||||||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||
seq2  AG--AGCTGAGAGATTGCATTCTCAGTC-CACCTATTGACGGAGTCAGTG  1039

seq1  AACTGGAAGTGAAACAAGGCTCTACACCCTCAAAACTTAGACTCACTCAC  1097
      |||||  |||||||| |||||||  | ||||  ||||   ||||||||||
seq2  AACTG--AGTGAAAC-AGGCTCT--AACCTC--AACT--AACTCACTCAC  1080

seq1  TGATGTACTTAACTCCATCAAGGCCATGCCTC  1129
      |||||||| ||||||| |||  ||||||||||
seq2  TGATGTAC-TAACTCC-TCA--GCCATGCCTC  1108

seq1: chr7_119300347_119301426
seq2: B6Ng01-084J21.g_71_1147 (reverse)

seq1  AGGGGGGGGGTCCTACAACCCAGGTAAGGACAGCAGGAGCCCTGACTTGA  50
      ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||
seq2  AGGGGGGGGGTTCTTCAACCAAGGTAAGGACAGCAGAAG-CCTGACTTGA  49

seq1  GCGAGAATGGTCAGGAGCTCCGTGCAATCTACAGCT-ACAGAGTTGGGGG  99
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| ||
seq2  GCGAGAAT-GTCAGGAGCTCCGTGCAATC-ACAGCTAACAGAAGTGGAGG  97

seq1  CTGCTGGGGTCTGGCTGACTGCCCTCCTTCAATTATGTTACACACAAACC  149
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
seq2  CTGCT-GGGTCTGGCTGACTGCCCT-CTTCAATTATG-TACACACAAA-C  143

seq1  ATTCCAT-AAGCTCAGAAAACCTACAGGCCTGGCTGGTAG-ATATTC-AG  196
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  ATTCCATAAAGCTCAGAAAACCTACAGGCCTGGCTGGTAGAATATTCAAG  193

seq1  GGGTCTGCTCGTGTCCCTGCCTCCCAACCCAGTGTTCCCTGC-AAAGTCA  245
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  AGGTCTGCTCGTGTCCCTGCCTCCCAACCCAGTGTT-CCTGCAAAAGTCA  242

seq1  TCAGGCTGGCTTGGGGAATGGAAGGCAAAATACACCCAAAGGACGAAAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGGCTTGGGGAATGGAAGGCAAAATACACCCAAAGGACGAAAGG  292

seq1  CTGAGGGGAAATCAACCTATTCCAGCAGGCGGTGGCCAACATTTAGAACT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGGAAATCAACCTATTCCAGCAGGCGGTGGCCAACATTTAGAACT  342

seq1  ACCTAAGGTGGTTACCACAATAGAGATGGTAAACACCCAACCCACTTGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGGTGGTTACCACAATAGAGATGGTAAACACCCAACCCACTTGTC  392

seq1  TGTTCACTGCAATAGCTAGTTCCATTCAGATCCAAATCCCCATCTCACTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACTGCAATAGCTAGTTCCATTCAGATCCAAATCCCCATCTCACTA  442

seq1  GGTGCCAAGGACGGCTAGCCTAATATGCTGATCAAGAAGATTCAGGCCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCAAGGACGGCTAGCCTAATATGCTGATCAAGAAGATTCAGGCCAC  492

seq1  TTTCAACATGGTTGGAGGCCATTTTAGGAAACAGAGCAGGGTGCCATGCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACATGGTTGGAGGCCATTTTAGGAAACAGAGCAGGGTGCCATGCA  542

seq1  AAGTGTTGGCCCCTGGAAGATGAGGAACCAAAGTTTGGCTCTCATCTGCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTGGCCCCTGGAAGATGAGGAACCAAAGTTTGGCTCTCATCTGCC  592

seq1  AAACTTTTTGGGACTTCGGCTATTCTCACAGGAAACTGAGGTCGGGCTGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTTTGGGACTTCGGCTATTCTCACAGGAAACTGAGGTCGGGCTGC  642

seq1  TAAATGATTGACCACGGTCCACCTACTGTTGAGTGGCAGAGAATCTGAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGATTGACCACGGTCCACCTACTGTTGAGTGGCAGAGAATCTGAAC  692

seq1  CTTGGTCTCCAAAACCCACTGGGTGTAGGTGAATAGGGTTGCTGTGAACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCTCCAAAACCCACTGGGTGTAGGTGAATAGGGTTGCTGTGAACA  742

seq1  CCCTCATGCCCTCCCTTCTGACCACTCACTATGGCATGGTCTTAGGACTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATGCCCTCCCTTCTGACCACTCACTATGGCATGGTCTTAGGACTT  792

seq1  ACTTTAGTCCTCCTTCGCTGCCCCACAACACATTTAAGGGAGCCAGACAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGTCCTCCTTCGCTGCCCCACAACACATTTAAGGGAGCCAGACAG  842

seq1  ATTGCCAGCAGAGCTCAAGATTCTTTTCCGCATGACTAGCGTCCTGACTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAGCAGAGCTCAAGATTCTTTTCCGCATGACTAGCGTCCTGACTG  892

seq1  TTTCTTGGGGAAGATGGTACAGGCTCAATGCCCAAGGGACACGTTGGAAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGGGGAAGATGGTACAGGCTCAATGCCCAAGGGACACGTTGGAAC  942

seq1  TTGAAGCTGTCTGCAGCTGCCCCAGCCTCTGCAAACCCATTGCGCTGAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTGTCTGCAGCTGCCCCAGCCTCTGCAAACCCATTGCGCTGAGA  992

seq1  CACCCGAGTGGCCCCAACCTCAGCTCAGCTCCAACAGGGGACAGCCAGCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGAGTGGCCCCAACCTCAGCTCAGCTCCAACAGGGGACAGCCAGCT  1042

seq1  GCGACACAGTGGCTCCTGCTCCTTAGGAAGAATTC  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACACAGTGGCTCCTGCTCCTTAGGAAGAATTC  1077