BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086H21
Chromosome7 (Build37)
Map Location 57,668,184 - 57,789,640
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNell1
Upstream gene5330421F07Rik, Dbx1, Htatip2, Prmt3, Slc6a5
Downstream gene4933405O20Rik, EG668766, EG668767, EG668768, EG638046, EG668770, EG668774, LOC668776, LOC434186, LOC546971, LOC668779, Tmem16e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086H21.bB6Ng01-086H21.g
ACCDH899874DH899875
length1,0841,116
definitionDH899874|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086H21, 5' end.DH899875|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,788,573 - 57,789,640)(57,668,184 - 57,669,308)
sequence
gaattctagaagtttgaagacaaatgatccatacatactgcaagagggtt
tgattttcagcttggtatgtaataaccactgcaattggaaaaggtgagtt
ccagttgaaaagggggagatggaggggactcaagcaatggaggggcctcc
agtatgctgtctgagttcatggtggcaagggtctgcctctgccagcctga
ccatcttgctagtaggacctgagctataaaatattggctacagtggggta
ggggtgagagcacaattctccaaaaactggacagaaggggttctgcccat
acaccagcagaaattttcaagaacgatcaaaagttgagcactttgtcagg
gataggggtggctggcatatgaaatatagtatcatattccagaaggctag
aatcctgaaaagggataaacatatccatttactcacagggcatggacagg
ctgttggaatatcacccaacaggttcagattattcctcctcctcctcctc
ctcctcctcctcttccttctaaatgaatgaccatctcatgggggagaagg
agtaggaggagatagtccagaatgcccaagagcactgggatgcccttgaa
gattcaaagaggcttaaaaagttttctcttgagtgatttgttcatttctg
atactaattatgaggctgacactgttttcagatgtatttgaatctatgaa
catttaatgtttgttcagacagttatatgagtgatggtcacttactgtgt
accaactatacttactaggctacactgtgtagatagggaagcctaagttt
tctggacaaaattttcaagttgttgggaaaggtgacactcataaaagttt
ggggtcacaaactccctaaataaatgctttcccctagctcttaaatagac
ttatttcaagtcttaaagttaaaggaatgcaattaagattcctgaaatcc
aaggctctatctggccaacttactttcttgttaggctatttgtgtctggg
ggcctgtaacggaggatgtcataaaaaacactatgaccaaaagaaccttg
tgtaatggaaggaagaatatttctcatttttaat
gaattcaaacaccgcctcaggattatggaatcatatagtttctgttaaca
agactcttaggtggtattgggtgctgatacagaagctgtgctgtaggaaa
cagaagcctgggaaatgtgatttacatataacaaagttcacctgtaagga
aaccttttttattctttctgtattattctgatgtacagttgagatgagaa
tatgccatagaagagtgatagttgactatcctattttcctaataaaaata
tatcctgagactagacaatggagatgtaatgattaattatttacaaggga
tagcaaaatcatttaggtcttgtactatgtctgtatgatttgataggctg
tgtcaggagagttacacctgaggcctttcttaattctccctcatgtgggg
tttctttccatacagaaatttaaaagattctatggtatataaaatgttta
gaatttgtaccaaatccaacacaaccaaactccacaggtgcaacagcagg
catagtgatctaatttcttctctgttgctgtgataatacatcctgaccaa
aagcaacttaggagaggaaagggttcatttggtttaaacttgtaggtcat
agcccagcattggaagaagtctgggcaggcattcaaataagagcatgaaa
cagaaatcatggagaaacaatgcttgctgactcactaacaggtgcttaaa
cagtcaaggaccacctgcctagggaatagtctgcccacaatgggctggac
cctcttaaatcaattaacagtctctccactcacatgcccaaaagatgatt
gtattgatttcacctatggtgaacttagtcaagggtttgttgtgatgatg
ggttggaggcagtatgtgtgtgaggaattaggacttttattttgcaagat
ggatgtcatacaaggactctagtttttttctcagtttcctagcacaaaaa
ttatttttatgctctaagaccaggaaggaaagtagagacaccctggcaat
ctagtgtgatgacttttcataggagctgggttagtttctatactgaatct
gctttccatttaaactgagaaaaggaagaagagttatcatgagaaaataa
agtatgtggaaaggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_57788573_57789640
seq2: B6Ng01-086H21.b_47_1130 (reverse)

seq1  ATTATAAAAT--GAAATATTC-TCCTTCC--TTCCCAAGTTTCTTTTGGT  45
      |||| |||||  ||||||||| |||||||  | | |||| ||||||||||
seq2  ATTA-AAAATGAGAAATATTCTTCCTTCCATTACACAAGGTTCTTTTGGT  49

seq1  CATAGTG--TTTTATGACATCCTCGTTAACAGG-CCCCAGACACAAATAG  92
      |||||||  |||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||
seq2  CATAGTGTTTTTTATGACATCCTCCGTTACAGGCCCCCAGACACAAATAG  99

seq1  CCTAAC-AGGAAGT-AGTTGGCCAGATAGAGCCTTGGATTTCA-GAATCT  139
      |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTAACAAGAAAGTAAGTTGGCCAGATAGAGCCTTGGATTTCAGGAATCT  149

seq1  TAATTGCATT-CTTTAACTTTAAGACTTGAAATAAGTCTATTTAAGAGCT  188
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCATTCCTTTAACTTTAAGACTTGAAATAAGTCTATTTAAGAGCT  199

seq1  AGGGG-AAGCATT--ATTAGGGAGTTTGTGACCCCAAACTTTTATGAGTG  235
      ||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAGCATTTATTTAGGGAGTTTGTGACCCCAAACTTTTATGAGTG  249

seq1  TCACCTTTCCCAACAACTTGAAAATTTTGTCCAGAAAACTTAGGCTT-CC  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCACCTTTCCCAACAACTTGAAAATTTTGTCCAGAAAACTTAGGCTTCCC  299

seq1  TATCTACACAGTGTAGCCTAGTAAGTATAGTTGGTACACAGTAAGTGACC  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACACAGTGTAGCCTAGTAAGTATAGTTGGTACACAGTAAGTGACC  349

seq1  ATCACTCATATAACTGTCTGAACAAACATTAAATGTTCATAGATTC-AAT  383
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATCACTCATATAACTGTCTGAACAAACATTAAATGTTCATAGATTCAAAT  399

seq1  ACATCTGAAAACAGTGTCAGCCTCATAATTAGTATCAGAAATGAACAAAT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGAAAACAGTGTCAGCCTCATAATTAGTATCAGAAATGAACAAAT  449

seq1  CACTCAAGAGAAAACTTTTTAAGCCTCTTTGAATCTTCAAGGGCATCCCA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAGAGAAAACTTTTTAAGCCTCTTTGAATCTTCAAGGGCATCCCA  499

seq1  GTGCTCTTGGGCATTCTGGACTATCTCCTCCTACTCCTTCTCCCCCATGA  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTGGGCATTCTGGACTATCTCCTCCTACTCCTTCTCCCCCATGA  549

seq1  GATGGTCATTCATTTAGAAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCATTCATTTAGAAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG  599

seq1  GAATAATCTGAACCTGTTGGGTGATATTCCAACAGCCTGTCCATGCCCTG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATCTGAACCTGTTGGGTGATATTCCAACAGCCTGTCCATGCCCTG  649

seq1  TGAGTAAATGGATATGTTTATCCCTTTTCAGGATTCTAGCCTTCTGGAAT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAAATGGATATGTTTATCCCTTTTCAGGATTCTAGCCTTCTGGAAT  699

seq1  ATGATACTATATTTCATATGCCAGCCACCCCTATCCCTGACAAAGTGCTC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACTATATTTCATATGCCAGCCACCCCTATCCCTGACAAAGTGCTC  749

seq1  AACTTTTGATCGTTCTTGAAAATTTCTGCTGGTGTATGGGCAGAACCCCT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTGATCGTTCTTGAAAATTTCTGCTGGTGTATGGGCAGAACCCCT  799

seq1  TCTGTCCAGTTTTTGGAGAATTGTGCTCTCACCCCTACCCCACTGTAGCC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCAGTTTTTGGAGAATTGTGCTCTCACCCCTACCCCACTGTAGCC  849

seq1  AATATTTTATAGCTCAGGTCCTACTAGCAAGATGGTCAGGCTGGCAGAGG  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTATAGCTCAGGTCCTACTAGCAAGATGGTCAGGCTGGCAGAGG  899

seq1  CAGACCCTTGCCACCATGAACTCAGACAGCATACTGGAGGCCCCTCCATT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCTTGCCACCATGAACTCAGACAGCATACTGGAGGCCCCTCCATT  949

seq1  GCTTGAGTCCCCTCCATCTCCCCCTTTTCAACTGGAACTCACCTTTTCCA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGTCCCCTCCATCTCCCCCTTTTCAACTGGAACTCACCTTTTCCA  999

seq1  ATTGCAGTGGTTATTACATACCAAGCTGAAAATCAAACCCTCTTGCAGTA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGTGGTTATTACATACCAAGCTGAAAATCAAACCCTCTTGCAGTA  1049

seq1  TGTATGGATCATTTGTCTTCAAACTTCTAGAATTC  1068
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGATCATTTGTCTTCAAACTTCTAGAATTC  1084

seq1: chr7_57668184_57669308
seq2: B6Ng01-086H21.g_67_1182

seq1  GAATTCAAACACCGCCTCAGGATTATGGAATCATATAGTTTCTGTTAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACACCGCCTCAGGATTATGGAATCATATAGTTTCTGTTAACA  50

seq1  AGACTCTTAGGTGGTATTGGGTGCTGATACAGAAGCTGTGCTGTAGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTAGGTGGTATTGGGTGCTGATACAGAAGCTGTGCTGTAGGAAA  100

seq1  CAGAAGCCTGGGAAATGTGATTTACATATAACAAAGTTCACCTGTAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCTGGGAAATGTGATTTACATATAACAAAGTTCACCTGTAAGGA  150

seq1  AACCTTTTTTATTCTTTCTGTATTATTCTGATGTACAGTTGAGATGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTTTTATTCTTTCTGTATTATTCTGATGTACAGTTGAGATGAGAA  200

seq1  TATGCCATAGAAGAGTGATAGTTGACTATCCTATTTTCCTAATAAAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCATAGAAGAGTGATAGTTGACTATCCTATTTTCCTAATAAAAATA  250

seq1  TATCCTGAGACTAGACAATGGAGATGTAATGATTAATTATTTACAAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGAGACTAGACAATGGAGATGTAATGATTAATTATTTACAAGGGA  300

seq1  TAGCAAAATCATTTAGGTCTTGTACTATGTCTGTATGATTTGATAGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAATCATTTAGGTCTTGTACTATGTCTGTATGATTTGATAGGCTG  350

seq1  TGTCAGGAGAGTTACACCTGAGGCCTTTCTTAATTCTCCCTCATGTGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGAGAGTTACACCTGAGGCCTTTCTTAATTCTCCCTCATGTGGGG  400

seq1  TTTCTTTCCATACAGAAATTTAAAAGATTCTATGGTATATAAAATGTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCCATACAGAAATTTAAAAGATTCTATGGTATATAAAATGTTTA  450

seq1  GAATTTGTACCAAATCCAACACAACCAAACTCCACAGGTGCAACAGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGTACCAAATCCAACACAACCAAACTCCACAGGTGCAACAGCAGG  500

seq1  CATAGTGATCTAATTTCTTCTCTGTTGCTGTGATAATACATCCTGACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGATCTAATTTCTTCTCTGTTGCTGTGATAATACATCCTGACCAA  550

seq1  AAGCAACTTAGGAGAGGAAAGGGTTCATTTGGTTTAAACTTGTAGGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTTAGGAGAGGAAAGGGTTCATTTGGTTTAAACTTGTAGGTCAT  600

seq1  AGCCCAGCATTGGAAGAAGTCTGGGCAGGCATTCAAATAAGAGCATGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGCATTGGAAGAAGTCTGGGCAGGCATTCAAATAAGAGCATGAAA  650

seq1  CAGAAATCATGGAGAAACAATGCTTGCTGACTCACTAACAGGTGCTTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCATGGAGAAACAATGCTTGCTGACTCACTAACAGGTGCTTAAA  700

seq1  CAGTCAAGGACCACCTGCCTAGGGAATAGTCTGCCCACAATGGGCTGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAGGACCACCTGCCTAGGGAATAGTCTGCCCACAATGGGCTGGAC  750

seq1  CCTCTTAAATCAATTAACAGTCTCTCCACTCACATGCCCAAAAGATGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTAAATCAATTAACAGTCTCTCCACTCACATGCCCAAAAGATGATT  800

seq1  GTATTGATTTCACCTATGGTGAACTTAGTCAAGGGTTTGTTGTGATGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGATTTCACCTATGGTGAACTTAGTCAAGGGTTTGTTGTGATGATG  850

seq1  GGTTGGAGGCAGTATGTGTGTGAGGAATTAGGACTTTTATTTTGCAAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAGGCAGTATGTGTGTGAGGAATTAGGACTTTTATTTTGCAAGAT  900

seq1  GGATGTCATACAAGGACTCTAGTTTTTTTCTCAGTTTCCTAGCACAAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTCATACAAGGACTCTAGTTTTTTTCTCAGTTTCCTAGCACAAAAA  950

seq1  TAATTTTTAGGCTCTAAGACCAGGAAGGAAAAGTAAGAGAACACCCTGGC  1000
      | ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||
seq2  TTATTTTTATGCTCTAAGACCAGGAAGG-AAAGT-AGAG-ACACCCTGGC  997

seq1  AAATCTAGTGTGATGACTTTTCATAGAAGCTGGGTTAAGTTTCCTTCATG  1050
       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  |    
seq2  -AATCTAGTGTGATGACTTTTCATAGGAGCTGGGTT-AGTTTC--TATAC  1043

seq1  TGAATCTGCCTTCCCATTTTAAACTGAGAAAAGGGAAAGAAGAGTATCCA  1100
      ||||||||| ||||   |||||||||||||||||  |||||||||   ||
seq2  TGAATCTGCTTTCC--ATTTAAACTGAGAAAAGG--AAGAAGAGTTATCA  1089

seq1  TGAG--AATAAAGTA-GTGGAAGAGGTC  1125
      ||||  ||||||||| |||||| |||||
seq2  TGAGAAAATAAAGTATGTGGAA-AGGTC  1116