BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089A13
Chromosome7 (Build37)
Map Location 63,046,375 - 63,228,859
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTubgcp5, Cyfip1, Nipa2
Upstream geneLuzp2, LOC668796, Siglech
Downstream geneNipa1, LOC672959, Herc2, p, LOC100040839, Gabrg3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089A13.bB6Ng01-089A13.g
ACCDH901725DH901726
length1,069934
definitionDH901725|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089A13, 5' end.DH901726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089A13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,046,375 - 63,047,444)(63,228,291 - 63,228,859)
sequence
gaattcactttgtagaccaggttggcctcgaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccgagtgctgggattaaaagcgtgtgccaccacacctggcta
cgtaacaagtttcaaaccaaactccctaccatgttgatttcagtcaactg
ctatagaaaaccaaagcctactactcagtcaagagatagtcttatgggcc
ttcttcttaatgccccaaagctgtgtataaggatatgacaagagaatggg
gacaggagaatggggacaacagcacccaaattagcatacaaagcaagcct
gttttcagggaaactggacgcttcttcatctgagctttacacaacaccgg
gagagagctcaagccagttggcagattaaacataggcacacttgtggtgt
gtctttccacaatgtcagagtttattgaatagcaataaattcacaaggct
ttctggctttaatgacagcaatttgccataaaatcttggtagcctatgtt
agcattctgtctaagctcaaccccacagagatacctggcaacaggagcca
ggtatgctcctccccacagttaccctgcaatagccaggtaggcctgaccc
actataaaagaggctgaatgacacccccccttcttgctcttcccttcttg
ctcccactctgtcccttcccccatctctccccattcccttctccgtctct
cttcacgtgctcatggccagcctctactcctctactcctcttcttctcta
ttcctctctctctctctgcctttctctgactctactaccctcttaactcc
cctccccatgccctgaataaactctattctatgggcctgctgagacaccc
tcttcttccatacctcaccacaggctccatagaacatatcccctcctctc
ttttatctttttataaaccacattccgcctagatgaatacaagttccaac
cttaattaccatatcagtctcatatcacacagcacacataaatatatcca
aatctgtcctgtctctatctctgtctatctgtctgtctgtctgtctcctg
tgtgtgtgtgtgtgtgagt
gaattcttatgtattctgaggttctaaatcatcccaatgtatcgcatttt
tgttgttttatttatacacaagctgggcatggtggtgcatgcctttaatt
ccagcactcaggagacagagacaggcagatctcttgagttcaaggccagc
ctggtctccacagtgagttccaggacagtcagagctacataaaaataact
tgtctccaaaaaaattatgtgtactgtggtgtgcctaagtatatttatgt
atgccatatgcattcagtgcccagggagactagaaggtggcattggatct
cctggaactgcagctttaggtgggtatgaactgtccagtgtgggtgctga
gattcaaaccttggctccctgcaagagcagcaagtgctcttaatcactga
gttatcattccagcccataatacagcagatgtttattgtataagctgaca
acatgactgctccatgatatggttaagcagaaggttttcgttgtagatgt
gagagagactagccagaggcatcaggaagagtcgggagcagagagagaaa
gaaagtagcaggctgaccatggccagcaggctggacctggggaggggaaa
ggtgaagaaaaagagaggaataagagacaacccagagagagggactaaag
agaacacctcactgaaacagcagggttggagggggaaatgagcagctggg
ggaggggagctcctgagctggagaaggttatggtaggagaggcggtgaga
gaagagctgggatatttgggatactgagagagcatggcggacagcatgct
ctctggtactaataacatcacaggttcccatatgtcccttctgccagagg
taagggaatggctctttcctagggggaaccagctcacgagtcctgaggaa
tgctggcttttgtccttgcacctgaattgagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_63046375_63047444
seq2: B6Ng01-089A13.b_45_1113

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGTTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGTTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAAGCGTGTGCCACCACACCTGGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAAGCGTGTGCCACCACACCTGGCTA  100

seq1  CGTAACAAGTTTCAAACCAAACTCCCTACCATGTTGATTTCAGTCAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAACAAGTTTCAAACCAAACTCCCTACCATGTTGATTTCAGTCAACTG  150

seq1  CTATAGAAAACCAAAGCCTACTACTCAGTCAAGAGATAGTCTTATGGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGAAAACCAAAGCCTACTACTCAGTCAAGAGATAGTCTTATGGGCC  200

seq1  TTCTTCTTAATGCCCCAAAGCTGTGTATAAGGATATGACAAGAGAATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTAATGCCCCAAAGCTGTGTATAAGGATATGACAAGAGAATGGG  250

seq1  GACAGGAGAATGGGGACAACAGCACCCAAATTAGCATACAAAGCAAGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAGAATGGGGACAACAGCACCCAAATTAGCATACAAAGCAAGCCT  300

seq1  GTTTTCAGGGAAACTGGACGCTTCTTCATCTGAGCTTTACACAACACCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAGGGAAACTGGACGCTTCTTCATCTGAGCTTTACACAACACCGG  350

seq1  GAGAGAGCTCAAGCCAGTTGGCAGATTAAACATAGGCACACTTGTGGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGCTCAAGCCAGTTGGCAGATTAAACATAGGCACACTTGTGGTGT  400

seq1  GTCTTTCCACAATGTCAGAGTTTATTGAATAGCAATAAATTCACAAGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCCACAATGTCAGAGTTTATTGAATAGCAATAAATTCACAAGGCT  450

seq1  TTCTGGCTTTAATGACAGCAATTTGCCATAAAATCTTGGTAGCCTATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCTTTAATGACAGCAATTTGCCATAAAATCTTGGTAGCCTATGTT  500

seq1  AGCATTCTGTCTAAGCTCAACCCCACAGAGATACCTGGCAACAGGAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCTGTCTAAGCTCAACCCCACAGAGATACCTGGCAACAGGAGCCA  550

seq1  GGTATGCTCCTCCCCACAGTTACCCTGCAATAGCCAGGTAGGCCTGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCTCCTCCCCACAGTTACCCTGCAATAGCCAGGTAGGCCTGACCC  600

seq1  ACTATAAAAGAGGCTGAATGACACCCCCCCTTCTTGCTCTTCCCTTCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAAAAGAGGCTGAATGACACCCCCCCTTCTTGCTCTTCCCTTCTTG  650

seq1  CTCCCACTCTGTCCCTTCCCCCATCTCTCCCCATTCCCTTCTCCGTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTCTGTCCCTTCCCCCATCTCTCCCCATTCCCTTCTCCGTCTCT  700

seq1  CTTCACGTGCTCATGGCCAGCCTCTACTCCTCTACTCCTCTTCTTCTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACGTGCTCATGGCCAGCCTCTACTCCTCTACTCCTCTTCTTCTCTA  750

seq1  TTCCTCTCTCTCTCTCTGCCTTTCTCTGACTCTACTACCCTCTTAACTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCTCTCTCTCTGCCTTTCTCTGACTCTACTACCCTCTTAACTCC  800

seq1  CCTCCCCATGCCCTGAATAAACTCTATTCTATGGGCCTGCTGAGACACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCATGCCCTGAATAAACTCTATTCTATGGGCCTGCTGAGACACCC  850

seq1  TCTTCTTCCATACCTCACCACA-GCTCCATAGAACATATCCCCTCCTCTC  899
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCATACCTCACCACAGGCTCCATAGAACATATCCCCTCCTCTC  900

seq1  -TTTATCTTTTTATAAA-CACA-TCCGCCTAGATGAATACAAGTTCCAAC  946
       |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTTTTTATAAACCACATTCCGCCTAGATGAATACAAGTTCCAAC  950

seq1  CTTAATTACCAATATCAAGTCTCATATCACACAGCACACAATAAATATAT  996
      |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTAATTACC-ATATC-AGTCTCATATCACACAGCACAC-ATAAATATAT  997

seq1  CCAAATCTGTCCTTGTCTCTATCTCTGTCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCT  1046
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCTGTCC-TGTCTCTATCTCTGTCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCT  1046

seq1  CCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1070
       |||||||||||||||||||| ||
seq2  -CCTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGT  1069

seq1: chr7_63228291_63228859
seq2: B6Ng01-089A13.g_69_637 (reverse)

seq1  TGGTCAGCCTGCTACTTTCTTTCTCTCTCTGCTCCCGACTCTTCCTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGCCTGCTACTTTCTTTCTCTCTCTGCTCCCGACTCTTCCTGATG  50

seq1  CCTCTGGCTAGTCTCTCTCACATCTACAACGAAAACCTTCTGCTTAACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGCTAGTCTCTCTCACATCTACAACGAAAACCTTCTGCTTAACCA  100

seq1  TATCATGGAGCAGTCATGTTGTCAGCTTATACAATAAACATCTGCTGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGGAGCAGTCATGTTGTCAGCTTATACAATAAACATCTGCTGTAT  150

seq1  TATGGGCTGGAATGATAACTCAGTGATTAAGAGCACTTGCTGCTCTTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCTGGAATGATAACTCAGTGATTAAGAGCACTTGCTGCTCTTGCA  200

seq1  GGGAGCCAAGGTTTGAATCTCAGCACCCACACTGGACAGTTCATACCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCAAGGTTTGAATCTCAGCACCCACACTGGACAGTTCATACCCAC  250

seq1  CTAAAGCTGCAGTTCCAGGAGATCCAATGCCACCTTCTAGTCTCCCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCTGCAGTTCCAGGAGATCCAATGCCACCTTCTAGTCTCCCTGGG  300

seq1  CACTGAATGCATATGGCATACATAAATATACTTAGGCACACCACAGTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAATGCATATGGCATACATAAATATACTTAGGCACACCACAGTACA  350

seq1  CATAATTTTTTTGGAGACAAGTTATTTTTATGTAGCTCTGACTGTCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTTTTTTGGAGACAAGTTATTTTTATGTAGCTCTGACTGTCCTGG  400

seq1  AACTCACTGTGGAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAAGAGATCTGCCTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTGTGGAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAAGAGATCTGCCTGTC  450

seq1  TCTGTCTCCTGAGTGCTGGAATTAAAGGCATGCACCACCATGCCCAGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCCTGAGTGCTGGAATTAAAGGCATGCACCACCATGCCCAGCTT  500

seq1  GTGTATAAATAAAACAACAAAAATGCGATACATTGGGATGATTTAGAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAAATAAAACAACAAAAATGCGATACATTGGGATGATTTAGAACC  550

seq1  TCAGAATACATAAGAATTC  569
      |||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATACATAAGAATTC  569