BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098J22
Chromosome7 (Build37)
Map Location 32,391,352 - 32,571,582
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC677233, LOC100043337, LOC546949, LOC100043836, EG626305, EG668342, EG626330, LOC100043340
Upstream geneUpk1a, Cox6b1, Etv2, 3100004P22Rik, 2310022K01Rik, 4930479M11Rik, 2200002J24Rik, EG233075, Atp4a, Tmem147, Gapdhs, Sbsn, Dmkn, Krtdap, Ffar2, Ffar3, Ffar1, Cd22, Mag, Hamp2, Usf2-ps1, Hamp1, Usf2, LOC100043823, Lsr, Tmem162, Fxyd5, Fxyd7, Fxyd1, Lgi4, Fxyd3, Hpn, Scn1b, Gramd1a, LOC672598, LOC100043323, LOC100043827, Apbh, Abpe, LOC100043326, EG384585, LOC100043328, LOC100043331, LOC626181, LOC100043334, LOC100043834, LOC546947
Downstream geneLOC100043343, EG626358, LOC668351, EG384593, LOC100043351, LOC100043352, LOC100043353, EG384594, LOC100043838, EG668361, LOC668362, EG624584, LOC100043355, LOC546951, EG626740, EG668371, EG668377, LOC100043842, LOC634929, EG668379, EG668381, LOC668386, LOC626373, EG384589, EG668393, EG330689, LOC100043362, LOC100043365, EG384591, LOC668398, EG384596, LOC100043370, LOC434161, EG270499, LOC100043845
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098J22.bB6Ng01-098J22.g
ACCDH908658DH908659
length1,1081,004
definitionDH908658|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098J22, 5' end.DH908659|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098J22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,570,462 - 32,571,582)(32,391,352 - 32,392,357)
sequence
gaattcctttgttgtttttttttttttaaagaagatcttgcccaggttgg
tcttgacctcataaccttcctgagaaatgagtgtgtggtcctgcctgcct
gcctaactatctgtcttctgtttgtctgtctgtggttctgtctgtctctc
tgtctgttaatgtgtatgtgtgtagattcaactttcttaggggctggtgg
aaatcattgtcaaaatcacttagcaatgaacaggtatggtaattctcacc
tttgatctcagtattttggaggaagaaccttcctatctttgtgagttaga
ggtcagtctggtctacacaaagagttctaggctacccaaaattacacagg
aagaccctgttaataaacatcattagtgtgttaattaaggtctcacttcc
agtgccttgtgctcattttctcataactaagcaaggatatttcagttctg
agctatctggcctcctaattggtcactgccagactatgtattgctgctct
tgctattctgactactgatcaaaaagcctgcattatggtcattttcaata
ttgcacagctatcctgaaaaaattagagtccaatctcagctcgaatccca
agatcctgaaggctcagcatcagtccatctgtgccagtgtgtccagctga
tctttgctaccacagaattccagatgacccttcaaccccctctacctggg
cctgtagtagagcatctctcactgcacagggacatcaggggactgttgga
aggatgctaagaggcaagactgtggtaggccccctgttccacccaccttg
gcaatggactgcttaagcccattctctgagatagagagaaactgtcaccc
ctggtattgccattttaggcttcatgaaagggttcttttgacagtctttt
gtcctctttaggaagtgtgggctgaacaacaccaatgaggagctgagaca
gtagagcaaagctctgaagcagacatgtgaaggctgagggtcagcagatg
agcttatgaatcggccagagtttactgctctatgtagtttgaagtattga
cggggaaatgcaagaaagtgtagtagggtcatggatgacagagaaagagg
aaaactct
gaattccagaggatctgtagatgttacttctggtaattgatctccctcca
gtaaaaagacccaagataaggtaatgtatttgggaaagaggttaatttgc
ttcatgatctgaaatgttgaaagtcaaggacagggcaagcttaggtcgcc
agggacttgtgatgtgtgatctcagggtacacagcagaagaatacctggg
gattgtggaagacagagagcagagactccactctgcttctcaagcatcca
tgatatgatcactgaccaggcctgccacaatggggtcaaataatcaacgt
gggtattggtgtgtgcctcatacttgttaatgcataggtggccttttcat
ctgacatgttggtttttaatgcagactgggtatttaggagccaaattacc
caggcaggtggagacaaagtgttttaggcaatgagggcagagcatatgaa
ggccctgctttttgcttgtgtcacacttatagagaaagggtgccatacct
agtacaaagtctctgcaaatgacaaacacagtggttaaatggtaaattgc
aggtacaggcttacacagagcaaatacatgaccagtaaagtcgaaagaaa
tgatgtgaagacatgctgctttccacctgtgatctccatttgtgggaagc
taaggtaggtgtgccccagttacctgtttggcatctccttaatcacaaag
ataaaaattgtgctcaggtagggggatgctctaccaggctggcttccacc
tcttctttgccctccatgtttggcaacagtgagtagaagctggctctaaa
tgaaatatatattttagctagcctctataaaagacacaaagacttggtag
acaggattttaacaaaagcctgcacttgttaaataaatgctcctgtgatt
tcttcctttgagtctgtgacaacacttaagcatatatgtacattgagcca
cctctggaatgatgtgttctttaattgagtacaaaccacttactgagaat
attg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_32570462_32571582
seq2: B6Ng01-098J22.b_45_1152 (reverse)

seq1  AGAGTCTTCCTCTTTCTCTCTTCATTCCATGACCCTACCTACACTCTCCT  50
      ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||| || |
seq2  AGAGTTTTCCTCTTTCTCT-GTCA-TCCATGACCCTA-CTACACTTTCTT  47

seq1  GCATTTCCCCCGTCAAATACTTC-AACTACCATAGAGCAGTAAACCTCTT  99
      |||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |
seq2  GCATTT-CCCCGTC-AATACTTCAAACTA-CATAGAGCAGTAAA-CTC-T  92

seq1  GGCCGATTTCAT-AGCTCATCCTGCTGACCCTTCAGCCTTCACATGTCTG  148
      |||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGCCGA-TTCATAAGCTCAT-CTGCTGACCC-TCAGCCTTCACATGTCTG  139

seq1  CCTCAG-GCTTTGCTCTACTGTCTTCAGCCTCCTCCATTGGTGTTTGTTC  197
      | |||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||
seq2  CTTCAGAGCTTTGCTCTACTGTC-TCAG-CTCCT-CATTGGTG-TTGTTC  185

seq1  AGCCCACACTTCCTAAAGAAGGACAAAAGACTGTCAAAAGAACCCTTTCA  247
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACACTTCCTAAAG-AGGACAAAAGACTGTCAAAAGAACCCTTTCA  234

seq1  TGAAGCCTAAAATGGCAATACCAGGGGTGACAGTTTCTCTCTATCTCAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCTAAAATGGCAATACCAGGGGTGACAGTTTCTCTCTATCTCAGA  284

seq1  GAATGGGCTTAAGCAGTCCATTGCCAAGGTGGGTGGAACAGGGGGCCTAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGCTTAAGCAGTCCATTGCCAAGGTGGGTGGAACAGGGGGCCTAC  334

seq1  CACAGTCTTGCCTCTTAGCATCCTTCCAACAGTCCCCTGATGTCCCTGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCTTGCCTCTTAGCATCCTTCCAACAGTCCCCTGATGTCCCTGTG  384

seq1  CAGTGAGAGATGCTCTACTACAGGCCCAGGTAGAGGGGGTTGAAGGGTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGAGATGCTCTACTACAGGCCCAGGTAGAGGGGGTTGAAGGGTCA  434

seq1  TCTGGAATTCTGTGGTAGCAAAGATCAGCTGGACACACTGGCACAGATGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATTCTGTGGTAGCAAAGATCAGCTGGACACACTGGCACAGATGG  484

seq1  ACTGATGCTGAGCCTTCAGGATCTTGGGATTCGAGCTGAGATTGGACTCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGCTGAGCCTTCAGGATCTTGGGATTCGAGCTGAGATTGGACTCT  534

seq1  AATTTTTTCAGGATAGCTGTGCAATATTGAAAATGACCATAATGCAGGCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTCAGGATAGCTGTGCAATATTGAAAATGACCATAATGCAGGCT  584

seq1  TTTTGATCAGTAGTCAGAATAGCAAGAGCAGCAATACATAGTCTGGCAGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATCAGTAGTCAGAATAGCAAGAGCAGCAATACATAGTCTGGCAGT  634

seq1  GACCAATTAGGAGGCCAGATAGCTCAGAACTGAAATATCCTTGCTTAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATTAGGAGGCCAGATAGCTCAGAACTGAAATATCCTTGCTTAGTT  684

seq1  ATGAGAAAATGAGCACAAGGCACTGGAAGTGAGACCTTAATTAACACACT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAATGAGCACAAGGCACTGGAAGTGAGACCTTAATTAACACACT  734

seq1  AATGATGTTTATTAACAGGGTCTTCCTGTGTAATTTTGGGTAGCCTAGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGTTTATTAACAGGGTCTTCCTGTGTAATTTTGGGTAGCCTAGAA  784

seq1  CTCTTTGTGTAGACCAGACTGACCTCTAACTCACAAAGATAGGAAGGTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGTGTAGACCAGACTGACCTCTAACTCACAAAGATAGGAAGGTTC  834

seq1  TTCCTCCAAAATACTGAGATCAAAGGTGAGAATTACCATACCTGTTCATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCAAAATACTGAGATCAAAGGTGAGAATTACCATACCTGTTCATT  884

seq1  GCTAAGTGATTTTGACAATGATTTCCACCAGCCCCTAAGAAAGTTGAATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTGATTTTGACAATGATTTCCACCAGCCCCTAAGAAAGTTGAATC  934

seq1  TACACACATACACATTAACAGACAGAGAGACAGACAGAACCACAGACAGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACATACACATTAACAGACAGAGAGACAGACAGAACCACAGACAGA  984

seq1  CAAACAGAAGACAGATAGTTAGGCAGGCAGGCAGGACCACACACTCATTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGAAGACAGATAGTTAGGCAGGCAGGCAGGACCACACACTCATTT  1034

seq1  CTCAGGAAGGTTATGAGGTCAAGACCAACCTGGGCAAGATCTTCTTTAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAAGGTTATGAGGTCAAGACCAACCTGGGCAAGATCTTCTTTAAA  1084

seq1  AAAAAAAAAACAACAAAGGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAACAACAAAGGAATTC  1108

seq1: chr7_32391352_32392357
seq2: B6Ng01-098J22.g_68_1071

seq1  GAATTCCAGAGGATCTGTAGATGTTACTTCTGGTAATTGATCTCCCTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGGATCTGTAGATGTTACTTCTGGTAATTGATCTCCCTCCA  50

seq1  GTAAAAAGACCCAAGATAAGGTAATGTATTTGGGAAAGAGGTTAATTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAGACCCAAGATAAGGTAATGTATTTGGGAAAGAGGTTAATTTGC  100

seq1  TTCATGATCTGAAATGTTGAAAGTCAAGGACAGGGCAAGCTTAGGTCGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATCTGAAATGTTGAAAGTCAAGGACAGGGCAAGCTTAGGTCGCC  150

seq1  AGGGACTTGTGATGTGTGATCTCAGGGTACACAGCAGAAGAATACCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTTGTGATGTGTGATCTCAGGGTACACAGCAGAAGAATACCTGGG  200

seq1  GATTGTGGAAGACAGAGAGCAGAGACTCCACTCTGCTTCTCAAGCATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGGAAGACAGAGAGCAGAGACTCCACTCTGCTTCTCAAGCATCCA  250

seq1  TGATATGATCACTGACCAGGCCTGCCACAATGGGGTCAAATAATCAACGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGATCACTGACCAGGCCTGCCACAATGGGGTCAAATAATCAACGT  300

seq1  GGGTATTGGTGTGTGCCTCATACTTGTTAATGCATAGGTGGCCTTTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTGGTGTGTGCCTCATACTTGTTAATGCATAGGTGGCCTTTTCAT  350

seq1  CTGACATGTTGGTTTTTAATGCAGACTGGGTATTTAGGAGCCAAATTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATGTTGGTTTTTAATGCAGACTGGGTATTTAGGAGCCAAATTACC  400

seq1  CAGGCAGGTGGAGACAAAGTGTTTTAGGCAATGAGGGCAGAGCATATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGTGGAGACAAAGTGTTTTAGGCAATGAGGGCAGAGCATATGAA  450

seq1  GGCCCTGCTTTTTGCTTGTGTCACACTTATAGAGAAAGGGTGCCATACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGCTTTTTGCTTGTGTCACACTTATAGAGAAAGGGTGCCATACCT  500

seq1  AGTACAAAGTCTCTGCAAATGACAAACACAGTGGTTAAATGGTAAATTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAAGTCTCTGCAAATGACAAACACAGTGGTTAAATGGTAAATTGC  550

seq1  AGGTACAGGCTTACACAGAGCAAATACATGACCAGTAAAGTCGAAAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAGGCTTACACAGAGCAAATACATGACCAGTAAAGTCGAAAGAAA  600

seq1  TGATGTGAAGACATGCTGCTTTCCACCTGTGATCTCCATTTGTGGGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGAAGACATGCTGCTTTCCACCTGTGATCTCCATTTGTGGGAAGC  650

seq1  TAAGGTAGGTGTGCCCCAGTTACCTGTTTGGCATCTCCTTAATCACAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTAGGTGTGCCCCAGTTACCTGTTTGGCATCTCCTTAATCACAAAG  700

seq1  ATAAAAATTGTGCTCAGGTAGGGGGATGCTCTACCAGGCTGGCTTCCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATTGTGCTCAGGTAGGGGGATGCTCTACCAGGCTGGCTTCCACC  750

seq1  TCTTCTTTGCCCTCCATGTTTGGCAACAGTGAGTAGAAGCTGGCTCTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTGCCCTCCATGTTTGGCAACAGTGAGTAGAAGCTGGCTCTAAA  800

seq1  TGAAATATATATTTTAGCTAGCCTCTATAAAAGACACAAAGACTTGGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATATATTTTAGCTAGCCTCTATAAAAGACACAAAGACTTGGTAG  850

seq1  ACAGGATTTTAACAAAAGCCTGCACTTGTTAAATAAATGCTCCTGTGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATTTTAACAAAAGCCTGCACTTGTTAAATAAATGCTCCTGTGATT  900

seq1  TCTTCCTTTGAGTCTGTGACAACACTTAAGCATATATGTACATTGAGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTTGAGTCTGTGACAACACTTAAGCATATATGTACATTGAGCCA  950

seq1  CCTCTGGAATGATGTGTTCTTTAATTGAGTACAACACAACTTTACTGAGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
seq2  CCTCTGGAATGATGTGTTCTTTAATTGAGTACAA-ACCAC-TTACTGAGA  998

seq1  ATATTG  1006
      ||||||
seq2  ATATTG  1004