BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105K02
Chromosome7 (Build37)
Map Location 18,073,699 - 18,236,432
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC414361, LOC671132
Upstream geneGrlf1, LOC670915, LOC100038912, Ceacam15, EG666641, LOC434127, Ceacam9, Ap2s1, Slc1a5, Fkrp, Strn4, Prkd2, Dact3, Gng8, Ptgir, Calm3, EG434128, 0710005I19Rik, LOC100042835, LOC434130, Ppp5c, Hif3a, Psg16, LOC100042844, LOC640145, Ceacam3, Psg29
Downstream geneLOC100042868, Psg-ps1, LOC666767, Psg30, Ppia-ps7_184.1, Ceacam14, EG381852, Ceacam11, Ceacam13, LOC384560, Ceacam12, Igfl3, LOC671190, Mill1, Psg18, LOC546936, Psg28, LOC666831, EG574429, EG232930, Psg25, EG545925, Psg23, Psg21
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105K02.bB6Ng01-105K02.g
ACCDH913599DH913600
length1,1441,043
definitionDH913599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105K02, 5' end.DH913600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105K02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,235,293 - 18,236,432)(18,073,699 - 18,074,751)
sequence
gaattcaatcttcagctcccacatgggagatggaaagatgaaacttttgc
tggctctttaccctcatcacagatattgtggcatgtacaggcacatgctg
acactggagacatgtacctctacacaaatttccaacaaacaccttcacac
aggcacactaagacacctcccttcaaaaatagacatatatactacataag
aaaatgtaaaagtatttaaatttcacttgagtataattactgtcattagc
tccaaacctgggaactatgtagataaaccagggagacacacatagttccg
ttcttgcttccttcctgctttccactttctttactttatccactgatgtt
tgagtcttttccagaaactgtagtatcaaaaaaatccttgtccttaaaag
accctggttttagtaaaacaaaagttagaatatctggaagatgatgtaag
ggtttgacttttgcacaaaaggaacagagaacaaaattcagaaagtaagg
acccccctaggagagaaagtcagagaggcatcctcccacaaaatatgtta
atactaagtggggagacaaatgagcagagaattccatagagttgaaaaca
cagtgtgagactctgacataacggaactcatgtcactcacctccaataag
aagggttgatacatccctctgcaacacctaagccaggtgatgatcacacc
tgctcaatactaatggtttctctctctttcccatttagctttccttttaa
cctactggcacctgtctacctcttcccaagtcaccattgaattagtgcca
ccccaagtggttgaaggagaagatgtcctatttccttgtccacaaaatgc
cagaaaatcttatgtccttaggctggttcaaagggaagacagttataaat
tgtggaattttaatttatgcaacaaacacaaaagtaactgtgatggggcc
caggtacagttctagagagtccttgtacagaatggtccctgttgatccac
aatgtcacccaaaaggatataggattctacaccctatgaactttaaatag
ccatggagatactatgttcaacatcacatttcctccccgtgaaccgtaag
tggattctttggtgaattcctggaaattggatgggtcgtcatcc
gaattcaaacaaataagtgtccttctgcttctcaaaggataaacaggctg
agaaagaaatgagggaagcaacatctttcacaatagtcacaagtcaaaac
aaacaaacaaaccaaccaaggacattaaaaaatttctcaacaataaaaga
atttctgggggaaatcaccattactgaactcaagctttactacagagcaa
tagtgataaaaactgcatggtattggtacagtgacagaaaagtagatcaa
tggaatagaattgaagactaaacatgaacccacacacctatggtcacttg
atctttgacaaaggtgctaaaactatccagtggaaaaaaagacagcattt
tcaacaattgttgctggttctgaaagaaagaaaactaaattcaaggtttc
aaggccctagtcagaaggtttacagacttaaagccataaagataagagag
ttgggctgatacaaaggctgtaaagtcataccaggaaccaactagccttt
gagataagaaaagcacacaaggacaatctccggacaagatcagatgagta
atgggtcacctgctgatatggtttgagcttagccagatgccctgcccacc
aagttaaacaccctctctttagagttactttcacatactgctcgctgatg
tttaaacaccccacttatgtgtaactgcaccaatttcccctatcccccca
ctcctttcctatataaccccctatctttttagccttagggtcgactcccc
tgtctcctgcatgagatacgcatgggcctggagctctgttcattaaactg
cctcgttatttgcatcaaaatggtctctcattattccttgggtgtgcacc
aactcagacttgagtgggggtttccctgctaggttctttcatttgtaggt
tccacagattgtgtgacacccaagaaccccgaagaccctttgtagtatat
ctgtgtgagtttatatgttgtctgtgtctgagtgcagtgctgagttgtgt
tggtttcagttttctgcagctgcactgcgactgtaagaaccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_18235293_18236432
seq2: B6Ng01-105K02.b_37_1180 (reverse)

seq1  GGATGACGA-CCACCCAATATCCA-GAATTCA-CAAAGAAT-CACTTACG  46
      ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GGATGACGACCCATCCAATTTCCAGGAATTCACCAAAGAATCCACTTACG  50

seq1  GTTCACGTGGAGG-AATGTGGATGTTG-ACATAGTATCTCCATGGCTATT  94
      ||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACGGGGAGGAAATGT-GATGTTGAACATAGTATCTCCATGGCTATT  99

seq1  TAAGGTTCATAGGGTGTAGAATCCTATATCCTTTTGGGTGACATTGTGGA  144
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTCATAGGGTGTAGAATCCTATATCCTTTTGGGTGACATTGTGGA  149

seq1  TCAACAGGGACCCATTTCTGTACAAGGACTCTCTAGAACTGTACCTGGGC  194
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGGGACC--ATTCTGTACAAGGACTCTCTAGAACTGTACCTGGGC  197

seq1  CCCATCACAGTTACTTTTGTGTTTGTTGCATAAATTAAAATTCCACAATT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCACAGTTACTTTTGTGTTTGTTGCATAAATTAAAATTCCACAATT  247

seq1  TATAACTGTCTTCCCTTTGAACCAGCCTAAGGACATAAGATTTTCTGGCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTGTCTTCCCTTTGAACCAGCCTAAGGACATAAGATTTTCTGGCA  297

seq1  TTTTGTGGACAAGG-AATAGGACATCTTCTCCTTCAACCACTTGGGGTGG  343
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGACAAGGAAATAGGACATCTTCTCCTTCAACCACTTGGGGTGG  347

seq1  CACTAATTCAATGGTGACTTGGGAAGAGGTAGACAGGTGCCAGTAGGTTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAATTCAATGGTGACTTGGGAAGAGGTAGACAGGTGCCAGTAGGTTA  397

seq1  AAAGGAAAGCTAAATGGGAAAGAGAGAGAAACCATTAGTATTGAGCAGGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAAGCTAAATGGGAAAGAGAGAGAAACCATTAGTATTGAGCAGGT  447

seq1  GTGATCATCACCTGGCTTAGGTGTTGCAGAGGGATGTATCAACCCTTCTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCATCACCTGGCTTAGGTGTTGCAGAGGGATGTATCAACCCTTCTT  497

seq1  ATTGGAGGTGAGTGACATGAGTTCCGTTATGTCAGAGTCTCACACTGTGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGGTGAGTGACATGAGTTCCGTTATGTCAGAGTCTCACACTGTGT  547

seq1  TTTCAACTCTATGGAATTCTCTGCTCATTTGTCTCCCCACTTAGTATTAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTCTATGGAATTCTCTGCTCATTTGTCTCCCCACTTAGTATTAA  597

seq1  CATATTTTGTGGGAGGATGCCTCTCTGACTTTCTCTCCTAGGGGGGTCCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTTGTGGGAGGATGCCTCTCTGACTTTCTCTCCTAGGGGGGTCCT  647

seq1  TACTTTCTGAATTTTGTTCTCTGTTCCTTTTGTGCAAAAGTCAAACCCTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCTGAATTTTGTTCTCTGTTCCTTTTGTGCAAAAGTCAAACCCTT  697

seq1  ACATCATCTTCCAGATATTCTAACTTTTGTTTTACTAAAACCAGGGTCTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATCTTCCAGATATTCTAACTTTTGTTTTACTAAAACCAGGGTCTT  747

seq1  TTAAGGACAAGGATTTTTTTGATACTACAGTTTCTGGAAAAGACTCAAAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGACAAGGATTTTTTTGATACTACAGTTTCTGGAAAAGACTCAAAC  797

seq1  ATCAGTGGATAAAGTAAAGAAAGTGGAAAGCAGGAAGGAAGCAAGAACGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGGATAAAGTAAAGAAAGTGGAAAGCAGGAAGGAAGCAAGAACGG  847

seq1  AACTATGTGTGTCTCCCTGGTTTATCTACATAGTTCCCAGGTTTGGAGCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGTGTGTCTCCCTGGTTTATCTACATAGTTCCCAGGTTTGGAGCT  897

seq1  AATGACAGTAATTATACTCAAGTGAAATTTAAATACTTTTACATTTTCTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGTAATTATACTCAAGTGAAATTTAAATACTTTTACATTTTCTT  947

seq1  ATGTAGTATATATGTCTATTTTTGAAGGGAGGTGTCTTAGTGTGCCTGTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTATATATGTCTATTTTTGAAGGGAGGTGTCTTAGTGTGCCTGTG  997

seq1  TGAAGGTGTTTGTTGGAAATTTGTGTAGAGGTACATGTCTCCAGTGTCAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTGTTTGTTGGAAATTTGTGTAGAGGTACATGTCTCCAGTGTCAG  1047

seq1  CATGTGCCTGTACATGCCACAATATCTGTGATGAGGGTAAAGAGCCAGCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCCTGTACATGCCACAATATCTGTGATGAGGGTAAAGAGCCAGCA  1097

seq1  AAAGTTTCATCTTTCCATCTCCCATGTGGGAGCTGAAGATTGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTCATCTTTCCATCTCCCATGTGGGAGCTGAAGATTGAATTC  1144

seq1: chr7_18073699_18074751
seq2: B6Ng01-105K02.g_68_1110

seq1  GAATTCAAACAAATAAGTGTCCTTCTGCTTCTCAAAGGATAAACAGGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAAATAAGTGTCCTTCTGCTTCTCAAAGGATAAACAGGCTG  50

seq1  AGAAAGAAATGAGGGAAGCAACATCTTTCACAATAGTCACAAGTCAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAATGAGGGAAGCAACATCTTTCACAATAGTCACAAGTCAAAAC  100

seq1  AAACAAACAAACCAACCAAGGACATTAAAAAATTTCTCAACAATAAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACCAACCAAGGACATTAAAAAATTTCTCAACAATAAAAGA  150

seq1  ATTTCTGGGGGAAATCACCATTACTGAACTCAAGCTTTACTACAGAGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGGGGAAATCACCATTACTGAACTCAAGCTTTACTACAGAGCAA  200

seq1  TAGTGATAAAAACTGCATGGTATTGGTACAGTGACAGAAAAGTAGATCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATAAAAACTGCATGGTATTGGTACAGTGACAGAAAAGTAGATCAA  250

seq1  TGGAATAGAATTGAAGACTAAACATGAACCCACACACCTATGGTCACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATAGAATTGAAGACTAAACATGAACCCACACACCTATGGTCACTTG  300

seq1  ATCTTTGACAAAGGTGCTAAAACTATCCAGTGGAAAAAAAGACAGCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGACAAAGGTGCTAAAACTATCCAGTGGAAAAAAAGACAGCATTT  350

seq1  TCAACAATTGTTGCTGGTTCTGAAAGAAAGAAAACTAAATTCAAGGTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAATTGTTGCTGGTTCTGAAAGAAAGAAAACTAAATTCAAGGTTTC  400

seq1  AAGGCCCTAGTCAGAAGGTTTACAGACTTAAAGCCATAAAGATAAGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCTAGTCAGAAGGTTTACAGACTTAAAGCCATAAAGATAAGAGAG  450

seq1  TTGGGCTGATACAAAGGCTGTAAAGTCATACCAGGAACCAACTAGCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGATACAAAGGCTGTAAAGTCATACCAGGAACCAACTAGCCTTT  500

seq1  GAGATAAGAAAAGCACACAAGGACAATCTCCGGACAAGATCAGATGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAGAAAAGCACACAAGGACAATCTCCGGACAAGATCAGATGAGTA  550

seq1  ATGGGTCACCTGCTGATATGGTTTGAGCTTAGCCAGATGCCCTGCCCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCACCTGCTGATATGGTTTGAGCTTAGCCAGATGCCCTGCCCACC  600

seq1  AAGTTAAACACCCTCTCTTTAGAGTTACTTTCACATACTGCTCGCTGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAACACCCTCTCTTTAGAGTTACTTTCACATACTGCTCGCTGATG  650

seq1  TTTAAACACCCCACTTATGTGTAACTGCACCAATTTCCCCTATCCCCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACACCCCACTTATGTGTAACTGCACCAATTTCCCCTATCCCCCCA  700

seq1  CTCCTTTCCTATATAACCCCCTATCTTTTTAGCCTTAGGGTCGACTCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCCTATATAACCCCCTATCTTTTTAGCCTTAGGGTCGACTCCCC  750

seq1  TGTCTCCTGCATGAGATACGCATGGGCCTGGAGCTCTGTTCATTAAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCTGCATGAGATACGCATGGGCCTGGAGCTCTGTTCATTAAACTG  800

seq1  CCTCGTTATTTGCATCAAAATGGTCTCTCATTATTCCTTGGGTGTGCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGTTATTTGCATCAAAATGGTCTCTCATTATTCCTTGGGTGTGCACC  850

seq1  AACTCAGGACTTGAGTGGGGGTTTCCCTGCTAGGTTCTTTCATTTGTAGG  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCA-GACTTGAGTGGGGGTTTCCCTGCTAGGTTCTTTCATTTGTAGG  899

seq1  TTCCACAGATTTGTGTGACACCCAAGAACCCCGAAGACCCCTTGTAGGTA  950
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TTCCACAGA-TTGTGTGACACCCAAGAACCCCGAAGACCCTTTGTA-GTA  947

seq1  TATCTGTGTGAGTTTTATATGTTGTCTGTTGTCTGAGTGCAGTGCTGAGT  1000
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TATCTGTGTGAG-TTTATATGTTGTCTG-TGTCTGAGTGCAGTGCTGAG-  994

seq1  TTGTGTTTGGTTTCAGTTTTCTGGCAGCTGCCACTGTGGACTGTAAGGAC  1050
      ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||| ||
seq2  TTGTG-TTGGTTTCAGTTTTCT-GCAGCTG-CACTG-CGACTGTAAGAAC  1040

seq1  CTA  1053
      |||
seq2  CTA  1043