BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108F11
Chromosome7 (Build37)
Map Location 123,332,383 - 123,509,364
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlekha7, Rps13, Pik3c2a
Upstream geneSox6, LOC100042779, 1110006G14Rik, EG668479, LOC100043313, 1110004F10Rik
Downstream geneLOC100042798, Nucb2, LOC100043320, EG668484, LOC668485, LOC546993, LOC100043330
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108F11.bB6Ng01-108F11.g
ACCDH915551DH915552
length1,1301,065
definitionDH915551|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108F11, 5' end.DH915552|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,332,383 - 123,333,521)(123,508,295 - 123,509,364)
sequence
gaattcccgcagggatcctctgccccatctcagctctacaatcttcccac
caggtggggagtgtcgtcagagcacagtgtacaaggtgatgtttcaggag
aaagggtgttttaggaggctctgatcataccaccacagaacgtcctgcag
cctccctctccgcccacatcctctccccagacgtgtgaacactgagaaat
aaaactcttctcacttggaatcaacccagccactccaagccccctctacc
tgacacaaaacaaacaacaaaccaaaacagcacaaacagcctagcaagcg
aggtgttgggctcacatcttcaagctttcaaactctgcctgactaaggag
aacattaaaaataataataataaaataataataataataataaatactta
ctcctcccgcagaacgtattcactgttttctgaagaaaactgtccagtca
caggatgcctgaatgttgttgtctgctgattgtggctagagagagaagaa
gaagtcaagtcaatgaggggacaacaaggacaccaaagtcagcatgccca
gggccctggccatcaaatattcctcagaaaaggaggaacatagctggcta
gaactcaccacactgtagcccaggttgacctcaaactcatactgattccc
ctgcctctgacacctaagtgtccaactggttttcttttctgaaacagggt
ctggctacatgtccttgcctgccctggaacttcagtgtagactaggctgg
cctcaaccttcggacagtccttctatttctgccttgtacgtagtgggatt
atagttgtgtgtcaccacacccaggaaaatacaatatcttaaaggcatat
ttcactaagttccaatacactgaaacatgaaggggaggggaggggaaaag
cccttacgatagtacaagctgatacaagaatgaaggaaacaggcgacgct
ttcaacagcttccctgaactgacgccagggagagaatgccaggattaacc
acccaccctgcagtctatcttctaaattcctctcagtgctaccagatgtc
ttcagtcactgaagggataataaacgtatgggcatgtctcttacgccgac
ccgcatgtttcctacacacaggcacttcta
gaattctggggtttgaacatgcttgaccccactcacagcctgctttccca
gtcccaaggcttcctgacctggcaatacagatgcttgtctataggagaat
taggaagattcctgtcttagttaaggttactattgctgtaaaacaccatg
accaaagcaacttgggaagaaagtgtttatttggcttacacttacttcca
catcactgttcctcactgaaagaagtcaaggcaagagctcaaacaggact
ggagcctacaggcaggagctgatacaaagaccatggaggactgctgctta
ctgccttgctcctcatgtcttgctgagcttgccttcttatatatagaaac
taggaccaccagccctgagatgacaccacccagagattgtatgggtcctc
catcctttatcattacttaagaaaatatatgggcttgtctgcattttcag
ttaaagttctatcctctcagataattgtagcttgtattaagttgacctaa
aactagccagcataacttgcatacttcttatcatatttgtgggcttttcc
atactgaatatgagattaatacattttacttgagtactgtgtgcacaaag
ataaatgtgtgagccagacatgctattgaacacctgtaatctcaacacag
gcaatagaggcaggaggaacaggagtttgaatccatctcaagctgcatgg
caagtttgatgccagccagggctatataagatcctgcctcaaaaagaatg
aggaacaacagtgaaatatttcatgaacatgtcatttgaacttaactcag
agaatgtctccaaaatactttttttccccattttgactattttttcaatt
cactgtatgcctccctaaaaacagaccgcagcagcatttgttttccttgt
tgcacttgatttacttgtgtgggatggaattcttgctgccttgcaggggg
agctctgcttatttaactctgactttgtaggcttggcatcttgttggatt
ccctttattttaacaaattgcactttgtcaagcagaacgattttcatctc
caaataaggtagata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_123332383_123333521
seq2: B6Ng01-108F11.b_47_1176

seq1  GAATTCCCGCAGGGATCCTCTGCCCCATCTCAGCTCTACAATCTTCCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGCAGGGATCCTCTGCCCCATCTCAGCTCTACAATCTTCCCAC  50

seq1  CAGGTGGGGAGTGTCGTCAGAGCACAGTGTACAAGGTGATGTTTCAGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGGGAGTGTCGTCAGAGCACAGTGTACAAGGTGATGTTTCAGGAG  100

seq1  AAAGGGTGTTTTAGGAGGCTCTGATCATACCACCACAGAACGTCCTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTGTTTTAGGAGGCTCTGATCATACCACCACAGAACGTCCTGCAG  150

seq1  CCTCCCTCTCCGCCCACATCCTCTCCCCAGACGTGTGAACACTGAGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCTCCGCCCACATCCTCTCCCCAGACGTGTGAACACTGAGAAAT  200

seq1  AAAACTCTTCTCACTTGGAATCAACCCAGCCACTCCAAGCCCCCTCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCTTCTCACTTGGAATCAACCCAGCCACTCCAAGCCCCCTCTACC  250

seq1  TGACACAAAACAAACAACAAACCAAAACAGCACAAACAGCCTAGCAAGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAAAACAAACAACAAACCAAAACAGCACAAACAGCCTAGCAAGCG  300

seq1  AGGTGTTGGGCTCACATCTTCAAGCTTTCAAACTCTGCCTGACTAAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTGGGCTCACATCTTCAAGCTTTCAAACTCTGCCTGACTAAGGAG  350

seq1  AACATTAAAAATAATAATAATAAAATAATAATAATAATAATAAATACTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAAAATAATAATAATAAAATAATAATAATAATAATAAATACTTA  400

seq1  CTCCTCCCGCAGAACGTATTCACTGTTTTCTGAAGAAAACTGTCCAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCGCAGAACGTATTCACTGTTTTCTGAAGAAAACTGTCCAGTCA  450

seq1  CAGGATGCCTGAATGTTGTTGTCTGCTGATTGTGGCTAGAGAGAGAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGCCTGAATGTTGTTGTCTGCTGATTGTGGCTAGAGAGAGAAGAA  500

seq1  GAAGTCAAGTCAATGAGGGGACAACAAGGACACCAAAGTCAGCATGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAAGTCAATGAGGGGACAACAAGGACACCAAAGTCAGCATGCCCA  550

seq1  GGGCCCTGGCCATCAAATATTCCTCAGAAAAGGAGGAACATAGCTGGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTGGCCATCAAATATTCCTCAGAAAAGGAGGAACATAGCTGGCTA  600

seq1  GAACTCACCACACTGTAGCCCAGGTTGACCTCAAACTCATACTGATTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACCACACTGTAGCCCAGGTTGACCTCAAACTCATACTGATTCCC  650

seq1  CTGCCTCTGACACCTAAGTGTCCAACTGGTTTTCTTTTCTGAAACAGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTGACACCTAAGTGTCCAACTGGTTTTCTTTTCTGAAACAGGGT  700

seq1  CTGGCTACATGTCCTTGCCTGCCCTGGAACTTCAGTGTAGACTAGGCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTACATGTCCTTGCCTGCCCTGGAACTTCAGTGTAGACTAGGCTGG  750

seq1  CCTCAACCTTCGGACAGTCCTTCTATTTCTGCCTTGTACGTAGTGGGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAACCTTCGGACAGTCCTTCTATTTCTGCCTTGTACGTAGTGGGATT  800

seq1  ATAGTTGTGTGTCACCACACCCAGGAAAATACAATATCTTAAAGGCATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGTGTGTCACCACACCCAGGAAAATACAATATCTTAAAGGCATAT  850

seq1  TTCACTAAGTTCCAATACACTGAAACATGAAGGGGAGGGGAGGGGAAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAAGTTCCAATACACTGAAACATGAAGGGGAGGGGAGGGGAAAAG  900

seq1  CCCTTACGATAGTACAAGCTGATACAAGAATGAAGGAAAACAGGCGACGC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCTTACGATAGTACAAGCTGATACAAGAATGAAGG-AAACAGGCGACGC  949

seq1  TTTCAACAGCTTCCCTGAACTGGACGCCAGGGAGAGAATGCCAAGAATTA  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
seq2  TTTCAACAGCTTCCCTGAACT-GACGCCAGGGAGAGAATGCC-AGGATTA  997

seq1  ACCACCCACCCTGCAAGTCCTATCTTCTTAAAATTCCTCTCAGTGCTACC  1050
      |||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCACCCTGC-AGT-CTATCTTCT--AAATTCCTCTCAGTGCTACC  1043

seq1  AGATGTCTTCAGTTCACTGAAGGGATAATAAACGTATGGGCATGTCTCTA  1100
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGATGTCTTCAG-TCACTGAAGGGATAATAAACGTATGGGCATGTCTCTT  1092

seq1  CAGCGCGACCCGCATGGTTCCAACACACAGGCACTTCTA  1139
        || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  ACGC-CGACCCGCATGTTTCCTACACACAGGCACTTCTA  1130

seq1: chr7_123508295_123509364
seq2: B6Ng01-108F11.g_73_1136 (reverse)

seq1  ATCTACCTTTATTTGGAGATGAAAATCGTTCTGCCTTGACAAAGTGCCAT  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   
seq2  ATCTACC-TTATTTGGAGATGAAAATCGTTCTG-CTTGACAAAGTGC--A  46

seq1  ATTTGTTAAAATAAAGGGAAATTCCAACAAGATGCCAAGCACTACAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTTGTTAAAATAAAGGGAA--TCCAACAAGATGCCAAGC-CTACAAAGT  93

seq1  CAGAGTTAAATAAGCAGAGCTCACCCTGCAAGGCAGCAAGAATTCCAT-C  149
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGAGTTAAATAAGCAGAGCTCCCCCTGCAAGGCAGCAAGAATTCCATCC  143

seq1  CACACAAGTAAAATCAAGTGCAACAGGGAAAACAAATGCTGCTGCGGTCT  199
      ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAGT-AAATCAAGTGCAACAAGGAAAACAAATGCTGCTGCGGTCT  192

seq1  GTTTTTAGGGAAGCATACAGTTGAATTG-AAAAATAGTCAAAATGGGGAA  248
      ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAGGGAGGCATACAG-TGAATTGAAAAAATAGTCAAAATGGGGAA  241

seq1  AAAAAGTATTTTGGAGACATTCTCTGAGTTAAGTTC-AATGACATGTTCA  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAAAGTATTTTGGAGACATTCTCTGAGTTAAGTTCAAATGACATGTTCA  291

seq1  TGAAATATTTCACTGTTGTTCCTCATTCTTTTTGAGGCAGGATCTTATAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATTTCACTGTTGTTCCTCATTCTTTTTGAGGCAGGATCTTATAT  341

seq1  AGCCCTGGCTGGCATCAAACTTGCCATGCAGCTTGAGATGGATTCAAACT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGCTGGCATCAAACTTGCCATGCAGCTTGAGATGGATTCAAACT  391

seq1  CCTGTTCCTCCTGCCTCTATTGCCTGTGTTGAGATTACAGGTGTTCAATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCCTCCTGCCTCTATTGCCTGTGTTGAGATTACAGGTGTTCAATA  441

seq1  GCATGTCTGGCTCACACATTTATCTTTGTGCACACAGTACTCAAGTAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCTGGCTCACACATTTATCTTTGTGCACACAGTACTCAAGTAAAA  491

seq1  TGTATTAATCTCATATTCAGTATGGAAAAGCCCACAAATATGATAAGAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAATCTCATATTCAGTATGGAAAAGCCCACAAATATGATAAGAAG  541

seq1  TATGCAAGTTATGCTGGCTAGTTTTAGGTCAACTTAATACAAGCTACAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAGTTATGCTGGCTAGTTTTAGGTCAACTTAATACAAGCTACAAT  591

seq1  TATCTGAGAGGATAGAACTTTAACTGAAAATGCAGACAAGCCCATATATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGAGAGGATAGAACTTTAACTGAAAATGCAGACAAGCCCATATATT  641

seq1  TTCTTAAGTAATGATAAAGGATGGAGGACCCATACAATCTCTGGGTGGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAGTAATGATAAAGGATGGAGGACCCATACAATCTCTGGGTGGTG  691

seq1  TCATCTCAGGGCTGGTGGTCCTAGTTTCTATATATAAGAAGGCAAGCTCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCAGGGCTGGTGGTCCTAGTTTCTATATATAAGAAGGCAAGCTCA  741

seq1  GCAAGACATGAGGAGCAAGGCAGTAAGCAGCAGTCCTCCATGGTCTTTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACATGAGGAGCAAGGCAGTAAGCAGCAGTCCTCCATGGTCTTTGT  791

seq1  ATCAGCTCCTGCCTGTAGGCTCCAGTCCTGTTTGAGCTCTTGCCTTGACT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTCCTGCCTGTAGGCTCCAGTCCTGTTTGAGCTCTTGCCTTGACT  841

seq1  TCTTTCAGTGAGGAACAGTGATGTGGAAGTAAGTGTAAGCCAAATAAACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGTGAGGAACAGTGATGTGGAAGTAAGTGTAAGCCAAATAAACA  891

seq1  CTTTCTTCCCAAGTTGCTTTGGTCATGGTGTTTTACAGCAATAGTAACCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCCCAAGTTGCTTTGGTCATGGTGTTTTACAGCAATAGTAACCT  941

seq1  TAACTAAGACAGGAATCTTCCTAATTCTCCTATAGACAAGCATCTGTATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAGACAGGAATCTTCCTAATTCTCCTATAGACAAGCATCTGTATT  991

seq1  GCCAGGTCAGGAAGCCTTGGGACTGGGAAAGCAGGCTGTGAGTGGGGTCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTCAGGAAGCCTTGGGACTGGGAAAGCAGGCTGTGAGTGGGGTCA  1041

seq1  AGCATGTTCAAACCCCAGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTTCAAACCCCAGAATTC  1064