BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109E17
Chromosome7 (Build37)
Map Location 122,296,605 - 122,491,271
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668472
Upstream geneLOC668451, Copb1, Psma1, 4933406I18Rik, Pde3b, Cyp2r1, Calca, LOC100043295, Calcb, Insc, EG627967
Downstream geneSox6, LOC100042779, 1110006G14Rik, EG668479, LOC100043313, 1110004F10Rik, Plekha7, Rps13, Pik3c2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109E17.bB6Ng01-109E17.g
ACCDH916238DH916239
length9531,033
definitionDH916238|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109E17, 5' end.DH916239|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,296,605 - 122,297,556)(122,490,230 - 122,491,271)
sequence
gaattcatccttaatttacagagaacctgggtccagagaaaagtcagata
tccccatcatacctaatggtgcaaccagtacctttcaaatggagagtctt
ccagttctcagaaccaatgcctggggaaagtgggtacctaggatcccatt
ggccgtgtgactttgtacttatgtttggggaaacagaagtgctctggact
tgcagcactgtctgatgcatagtacagacatccaagtcacctcaaaaaaa
atgaccatataccatgctgaaagacacttgctctcaatacccatttctag
tgcctgcctagaacttctcatgtggactgcttgtctacagagtaccatgg
atatgtggctggctatcaagtccaaggttagacatgtgggttccagatgt
gcacaagatcactttcagctgtgtttttgccagctgtagaagtaccacat
ggcaattataagccaccaaacatctggaaaacagatcccacaagagaaga
aactcttaagcaaggtgaccatttagatgacagtcacaatgttcatgatg
aatccaagtgaatgctgggaacagaattctgaccaatatagtcaagaaat
agctacagagtgcctgctttgtgggattctagagaactagtgaaaacaag
acagactaaagtatgctggggaggatgagggtgactgtggtccccaaagc
atccttctagaaagaccagtggggaaagcattcaatattaaagccataat
tgttaccattgctttgcattgaatattgttctccctacttccctaacctc
agcttgcccagtcaactccacctacactggcttctttatacccctagaac
atactaaatatgcttctgtctcatgacctttgtgccccatagtctcttag
tgtcaggttaaacaggagctctttgttctttgcctttaccctccatcctc
ccc
gaattctgctcttgtttagtcctggcagcagtaacttgagggtactgatc
acattacatctgcagtcatgaagcagagaagactgcagtgaaaattttgg
tatctttaaaaccccagttatgttatgtgaatatgttatagttttaatcc
caggtgtgggatatggggctgcttcagattgtcctgggctgatctggtaa
acagactcatgtagtttgtggagaaataggtctgaactgagttaagccag
gtcattttcagacatctactcagtcatagcctttaagactgttggtcatt
cttaaaaccaaaataggcttgaacagaatgaaggagtgccaaaccagtca
tcacaagatctgggttgtgaagcagctcagccgttggctatgtgactttg
agcaggtcaccgaagtgattcagatatcaagttgctaatctgtaatgtgg
ggttagaaatcctaaatggacagagttaatatgaaaaacatatgacagtg
cccatgagcgcttcttacaaatcctaaaagcctgcgtaaatatgaaaacc
tgtgttattacaaataattacatttaaaaaaatcttatagcattgtgaaa
ttgacacaggggccattgtgggaacatgggcagacactaaagcagaattg
caagagcactgaagggcaccctgttattgtgtacctggaagactctaggc
agaaccaccacatagagggcaaaagtagctttctgttgggcagttgtcca
tgtgtgtgggagaagtcaatctggctacttgagttcctgcctctttgaac
actttttaccaaagtggggaagtgaagctggttgtaaaagagcctctatg
caacagacatgtcttagttgtttttctcattgtggaaaacatcaatcata
caaactaacaacaagtaaaaccaaccaaccttgacggagcttaaggaggc
agggcttattgtgactcaagcgagtagaacccagcagggtgtttatccag
taacagtaacctggagggggctggtcactatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_122296605_122297556
seq2: B6Ng01-109E17.b_46_998

seq1  GAATTCATCCTTAATTTACAGAGAACCTGGGTCCAGAGAAAAGTCAGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCTTAATTTACAGAGAACCTGGGTCCAGAGAAAAGTCAGATA  50

seq1  TCCCCATCATACCTAATGGTGCAACCAGTACCTTTCAAATGGAGAGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATCATACCTAATGGTGCAACCAGTACCTTTCAAATGGAGAGTCTT  100

seq1  CCAGTTCTCAGAACCAATGCCTGGGGAAAGTGGGTACCTAGGATCCCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCTCAGAACCAATGCCTGGGGAAAGTGGGTACCTAGGATCCCATT  150

seq1  GGCCGTGTGACTTTGTACTTATGTTTGGGGAAACAGAAGTGCTCTGGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGTGTGACTTTGTACTTATGTTTGGGGAAACAGAAGTGCTCTGGACT  200

seq1  TGCAGCACTGTCTGATGCATAGTACAGACATCCAAGTCACCTCAAAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCACTGTCTGATGCATAGTACAGACATCCAAGTCACCTCAAAAAAA  250

seq1  ATGACCATATACCATGCTGAAAGACACTTGCTCTCAATACCCATTTCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCATATACCATGCTGAAAGACACTTGCTCTCAATACCCATTTCTAG  300

seq1  TGCCTGCCTAGAACTTCTCATGTGGACTGCTTGTCTACAGAGTACCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCTAGAACTTCTCATGTGGACTGCTTGTCTACAGAGTACCATGG  350

seq1  ATATGTGGCTGGCTATCAAGTCCAAGGTTAGACATGTGGGTTCCAGATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGGCTGGCTATCAAGTCCAAGGTTAGACATGTGGGTTCCAGATGT  400

seq1  GCACAAGATCACTTTCAGCTGTGTTTTTGCCAGCTGTAGAAGTACCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGATCACTTTCAGCTGTGTTTTTGCCAGCTGTAGAAGTACCACAT  450

seq1  GGCAATTATAAGCCACCAAACATCTGGAAAACAGATCCCACAAGAGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTATAAGCCACCAAACATCTGGAAAACAGATCCCACAAGAGAAGA  500

seq1  AACTCTTAAGCAAGGTGACCATTTAGATGACAGTCACAATGTTCATGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTAAGCAAGGTGACCATTTAGATGACAGTCACAATGTTCATGATG  550

seq1  AATCCAAGTGAATGCTGGGAACAGAATTCTGACCAATATAGTCAAGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAGTGAATGCTGGGAACAGAATTCTGACCAATATAGTCAAGAAAT  600

seq1  AGCTACAGAGTGCCTGCTTTGTGGGATTCTAGAGAACTAGTGAAAACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGAGTGCCTGCTTTGTGGGATTCTAGAGAACTAGTGAAAACAAG  650

seq1  ACAGACTAAAGTATGCTGGGGAGGATGAGGGTGACTGTGGTCCCCAAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTAAAGTATGCTGGGGAGGATGAGGGTGACTGTGGTCCCCAAAGC  700

seq1  ATCCTTCTAGAAAGACCAGTGGGGAAAGCATTCAATATTAAAGCCATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCTAGAAAGACCAGTGGGGAAAGCATTCAATATTAAAGCCATAAT  750

seq1  TGTTACCATTGCTTTGCATTGAATATTGTTCTCCCTACTTCCCTAACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCATTGCTTTGCATTGAATATTGTTCTCCCTACTTCCCTAACCTC  800

seq1  AGCTTGCCCAGTCAACTCCACCTACACTGGCTTCTTTATACCCCTAGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCCCAGTCAACTCCACCTACACTGGCTTCTTTATACCCCTAGAAC  850

seq1  ATACTAAATATGCTTCTGTCTCATGACCTTTGTGCCCCATAGTCTC-TAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATACTAAATATGCTTCTGTCTCATGACCTTTGTGCCCCATAGTCTCTTAG  900

seq1  TGTCAGGTTACACAGGAGCTCTTTGTTCTTTGCCTTTACCCTCCATCCTC  949
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGTTAAACAGGAGCTCTTTGTTCTTTGCCTTTACCCTCCATCCTC  950

seq1  CCC  952
      |||
seq2  CCC  953

seq1: chr7_122490230_122491271
seq2: B6Ng01-109E17.g_69_1101 (reverse)

seq1  GTATAATGTGACCAGCACCCT-CAAGTTACTGCTACTGGGACTAAACACC  49
      |||||  ||||||||| |||| || ||||||| ||||||   ||||||||
seq2  GTATA--GTGACCAGCCCCCTCCAGGTTACTGTTACTGG--ATAAACACC  46

seq1  CTGCTGGGCTCTACTCGCTGTGAGTCACAATAAGCCCTTGCTCCCTTATG  99
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||| |
seq2  CTGCTGGGTTCTACTCGCT-TGAGTCACAATAAGCCC-TGCCTCCTTAAG  94

seq1  CTTCTGTCATGGTTTGTTTGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTT  149
      | || |||| |||| ||| |   ||||  ||| ||||| |||||| || |
seq2  C-TCCGTCAAGGTTGGTTGG---TTTTACTTG-TTGTTAGTTTGTATGAT  139

seq1  TGTTTGTTTTTCCACAATGAGAAAAACAACTAAGACATGTCTGTTGCATA  199
      || |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAT--GTTTTCCACAATGAGAAAAACAACTAAGACATGTCTGTTGCATA  187

seq1  GAGGCTCTTTTACAACCAGCTTCACTT-CCCACTTTGGTAAAAAGTGTTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCTTTTACAACCAGCTTCACTTCCCCACTTTGGTAAAAAGTGTTC  237

seq1  AAAGAGGCAGGAACTCAAGTAGCCAGATTGACTTCTCCCACACACATGGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGCAGGAACTCAAGTAGCCAGATTGACTTCTCCCACACACATGGA  287

seq1  CAACTGCCCAACAGAAAGCTACTTTTGCCCTCTATGTGGTGGTTCTGCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCCCAACAGAAAGCTACTTTTGCCCTCTATGTGGTGGTTCTGCCT  337

seq1  AGAGTCTTCCAGGTACACAATAACAGGGTGCCCTTCAGTGCTCTTGCAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTTCCAGGTACACAATAACAGGGTGCCCTTCAGTGCTCTTGCAAT  387

seq1  TCTGCTTTAGTGTCTG-CCATGTTCCCACAATGG-CCCTGTGTCAATTTC  446
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTAGTGTCTGCCCATGTTCCCACAATGGCCCCTGTGTCAATTTC  437

seq1  ACAATGCTATAAGATTTTTTTAAATGTAATTATTTGTAATAACACAGGTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCTATAAGATTTTTTTAAATGTAATTATTTGTAATAACACAGGTT  487

seq1  TTCATATTTACGCAGGCTTTTAGGATTTGTAAGAAGCGCTCATGGGCACT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTTACGCAGGCTTTTAGGATTTGTAAGAAGCGCTCATGGGCACT  537

seq1  GTCATATGTTTTTCATATTAACTCTGTCCATTTAGGATTTCTAACCCCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATGTTTTTCATATTAACTCTGTCCATTTAGGATTTCTAACCCCAC  587

seq1  ATTACAGATTAGCAACTTGATATCTGAATCACTTCGGTGACCTGCTCAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGATTAGCAACTTGATATCTGAATCACTTCGGTGACCTGCTCAAA  637

seq1  GTCACATAGCCAACGGCTGAGCTGCTTCACAACCCAGATCTTGTGATGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATAGCCAACGGCTGAGCTGCTTCACAACCCAGATCTTGTGATGAC  687

seq1  TGGTTTGGCACTCCTTCATTCTGTTCAAGCCTATTTTGGTTTTAAGAATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGGCACTCCTTCATTCTGTTCAAGCCTATTTTGGTTTTAAGAATG  737

seq1  ACCAACAGTCTTAAAGGCTATGACTGAGTAGATGTCTGAAAATGACCTGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAGTCTTAAAGGCTATGACTGAGTAGATGTCTGAAAATGACCTGG  787

seq1  CTTAACTCAGTTCAGACCTATTTCTCCACAAACTACATGAGTCTGTTTAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTCAGTTCAGACCTATTTCTCCACAAACTACATGAGTCTGTTTAC  837

seq1  CAGATCAGCCCAGGACAATCTGAAGCAGCCCCATATCCCACACCTGGGAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAGCCCAGGACAATCTGAAGCAGCCCCATATCCCACACCTGGGAT  887

seq1  TAAAACTATAACATATTCACATAACATAACTGGGGTTTTAAAGATACCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTATAACATATTCACATAACATAACTGGGGTTTTAAAGATACCAA  937

seq1  AATTTTCACTGCAGTCTTCTCTGCTTCATGACTGCAGATGTAATGTGATC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCACTGCAGTCTTCTCTGCTTCATGACTGCAGATGTAATGTGATC  987

seq1  AGTACCCTCAAGTTACTGCTGCCAGGACTAAACAAGAGCAGAATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCTCAAGTTACTGCTGCCAGGACTAAACAAGAGCAGAATTC  1033