BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113A03
Chromosome7 (Build37)
Map Location 71,794,147 - 71,962,286
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApba2, 5730507A09Rik
Upstream geneOtud7a, LOC665083, Klf13, E030018B13Rik, Trpm1, BB128963, Mtmr15, LOC100041582, Mphosph10, Mcee
Downstream geneNdnl2, Tjp1, Gm1693, EG665234, Tarsl2, Tm2d3, LOC665241
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113A03.bB6Ng01-113A03.g
ACCDH918916DH918917
length1,027910
definitionDH918916|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113A03, 5' end.DH918917|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,961,254 - 71,962,286)(71,794,147 - 71,795,046)
sequence
gaattcaagtcagggctggccagcctatcagagtgtctgaaccttgtcag
tgactcttcctcatgtagatgtagatacccaggacactggtaagagatga
gggcaaaggaaggctcccccaaacctcattgctacttaaaaataaagact
ctccaggaagaggctgtcagagctgatggcaggaggctcaagggagacag
ggttgatggttgaggtgcgagggtgatgatctggccacagcagtgacttg
gaattaggagaagcataccgttacccctgttccctggtggaggcctctct
ctagggagtagtgatgctgggattaaaaacttgctcgtacctgagatcag
ccagacgaggacgatcggaagtgtctgtggttcattgctgtcttccagct
ttgctattttctgaacttgtttccgttatcctcggtcgttagcattacca
catacactttagaataagcttgtcagttcctgtggtggccctgctgggat
tttgattgagatcgtgtggaacccacgcgtagctttgaaagtgtctattt
aggggctggtgagatggctcagtgggtaagagcacccgactgctcttcca
aaggtccagagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatcc
acaacaagatctgacttcctcttctggagtgtctgaagacagctacagtg
tacttacatatattaataaataaatctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaa
aaaaaaaaaaaagaaagtgtctattttaggtcttcttttatttcaacagt
gtttattatcttcatcagcatgtaattttcagttaatagatcttcacatg
ttttgagtatttgtccttcttttcaatttatggatgctatttcataatac
ttagaatcatctcttatcattgaatccagatttgacgcttgttactggac
tggtatcttgtgatcttagaaacacggtaccagcaggaaggactctttgg
tagctgccctaagaactctttgtattg
gaattccttctcctttcctttgggaatgctgctttttctgaagtctactt
gaactaattatcaacacatcgatactgaatggataagctttggcaggctt
tcagatatgcagtggtactggctgatagaggctgagagagccaggtgctc
ccttatccaacacattcattcctttgttgctagcctctggctatatgtac
agatattgcagctgctgaacctgcgtccatacgagattgttaactgatgc
ttgcccgtgagttatattttcttagattttttttttaacctgtgaccata
ttaagttcaggaattatgcctgtggaggcttttccagacagctatgtata
tcttagttgtctttggtgaccttgatggttttgaagagcacagataagga
tcacaatgtctgatgtttttcttctggttaggcaggtgataggttggggc
caggcagtcactctaggaagtgccactgtggacctcttaaatcagaagag
cataacttatgctgctgacaaaaaccttgatcttgtgggaatgaagtgcc
acccccatgagaggacagcattcacacagatgattggggattctcttgtg
ggaatatttttctatgctttccaaatttttctagtattgctcatttgctt
acattcatatcaattttggaatattcattttatactttgggttataagcc
aaacctatatggttgagcattttaaatctaaaaatctaaactataaaatg
ctctagaatcagatctttatggggacaagggtggaaaagctaatttgaca
aaggatggagttgtgatggctaatcttaaatgtcatcttgacacatgtga
gactaccctgggagatgggcctcaacatgtctatgggggaattatctata
tgttattgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_71961254_71962286
seq2: B6Ng01-113A03.b_46_1072 (reverse)

seq1  CAATACCAAAGAGTTCTTTGGGGCAGCTACCAAAGAGTCCCTACTGCTGG  50
      ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  CAATA-CAAAGAGTTC-TTAGGGCAGCTACCAAAGAGTCCTTCCTGCTGG  48

seq1  TAACTGAGTTTACTAAGATCACAGGATACAAGTTCAGTAACAAGCGTCAA  100
      | || | |||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  T-ACCGTGTTT-CTAAGATCACAAGATACCAGTCCAGTAACAAGCGTCAA  96

seq1  ATCTGGATTCAATGATAAGAGATGATTCTAAAGTATTATGGAAATAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  ATCTGGATTCAATGATAAGAGATGATTCT-AAGTATTAT-GAAATAGCAT  144

seq1  CAATAAATGGAAAAGAAGGACAAATAACTCAAAACATGTGAAGATCTATA  200
      | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCATAAATTGAAAAGAAGGACAAAT-ACTCAAAACATGTGAAGATCTATT  193

seq1  AACTGAAAATTACATGCTGATGAAGATAATAAACACTGTTGAAATAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAAATTACATGCTGATGAAGATAATAAACACTGTTGAAATAAAAG  243

seq1  AAGACCT-AAATAGACACTTTCTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTT  299
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTAAAATAGACACTTTCTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTT  293

seq1  TTTTTTTAGATTTATTTATTAATATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAGATTTATTTATTAATATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTC  343

seq1  AGACACTCCAGAAGAGGAAGTCAGATCTTGTTGTGGATGGTTGTGAGCCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTCCAGAAGAGGAAGTCAGATCTTGTTGTGGATGGTTGTGAGCCA  393

seq1  CCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGG  443

seq1  TGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCTAAATAGACACTTTCAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCTAAATAGACACTTTCAA  493

seq1  AGCTACGCGTGGGTTCCACACGATCTCAATCAAAATCCCAGCAGGGCCAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACGCGTGGGTTCCACACGATCTCAATCAAAATCCCAGCAGGGCCAC  543

seq1  CACAGGAACTGACAAGCTTATTCTAAAGTGTATGTGGTAATGCTAACGAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGAACTGACAAGCTTATTCTAAAGTGTATGTGGTAATGCTAACGAC  593

seq1  CGAGGATAACGGAAACAAGTTCAGAAAATAGCAAAGCTGGAAGACAGCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGATAACGGAAACAAGTTCAGAAAATAGCAAAGCTGGAAGACAGCAA  643

seq1  TGAACCACAGACACTTCCGATCGTCCTCGTCTGGCTGATCTCAGGTACGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCACAGACACTTCCGATCGTCCTCGTCTGGCTGATCTCAGGTACGA  693

seq1  GCAAGTTTTTAATCCCAGCATCACTACTCCCTAGAGAGAGGCCTCCACCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTTTTAATCCCAGCATCACTACTCCCTAGAGAGAGGCCTCCACCA  743

seq1  GGGAACAGGGGTAACGGTATGCTTCTCCTAATTCCAAGTCACTGCTGTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAGGGGTAACGGTATGCTTCTCCTAATTCCAAGTCACTGCTGTGG  793

seq1  CCAGATCATCACCCTCGCACCTCAACCATCAACCCTGTCTCCCTTGAGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCATCACCCTCGCACCTCAACCATCAACCCTGTCTCCCTTGAGCC  843

seq1  TCCTGCCATCAGCTCTGACAGCCTCTTCCTGGAGAGTCTTTATTTTTAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCATCAGCTCTGACAGCCTCTTCCTGGAGAGTCTTTATTTTTAAG  893

seq1  TAGCAATGAGGTTTGGGGGAGCCTTCCTTTGCCCTCATCTCTTACCAGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATGAGGTTTGGGGGAGCCTTCCTTTGCCCTCATCTCTTACCAGTG  943

seq1  TCCTGGGTATCTACATCTACATGAGGAAGAGTCACTGACAAGGTTCAGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTATCTACATCTACATGAGGAAGAGTCACTGACAAGGTTCAGAC  993

seq1  ACTCTGATAGGCTGGCCAGCCCTGACTTGAATTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGATAGGCTGGCCAGCCCTGACTTGAATTC  1027

seq1: chr7_71794147_71795046
seq2: B6Ng01-113A03.g_70_979

seq1  GAATTCCTTCTCCTTTCCTTTGGGAATGCTGCTTTTTCTGAAGTCTACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTCCTTTCCTTTGGGAATGCTGCTTTTTCTGAAGTCTACTT  50

seq1  GAACTAATTATCAACACATCGATACTGAATGGATAAGCTTTGGCAGGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAATTATCAACACATCGATACTGAATGGATAAGCTTTGGCAGGCTT  100

seq1  TCAGATATGCAGTGGTACTGGCTGATAGAGGCTGAGAGAGCCAGGTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATATGCAGTGGTACTGGCTGATAGAGGCTGAGAGAGCCAGGTGCTC  150

seq1  CCTTATCCAACACATTCATTCCTTTGTTGCTAGCCTCTGGCTATATGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCCAACACATTCATTCCTTTGTTGCTAGCCTCTGGCTATATGTAC  200

seq1  AGATATTGCAGCTGCTGAACCTGCGTCCATACGAGATTGTTAACTGATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTGCAGCTGCTGAACCTGCGTCCATACGAGATTGTTAACTGATGC  250

seq1  TTGCCCGTGAGTTATATTTTCTTAGATTTTTTTTTTAACCTGTGACCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCGTGAGTTATATTTTCTTAGATTTTTTTTTTAACCTGTGACCATA  300

seq1  TTAAGTTCAGGAATTATGCCTGTGGAGGCTTTTCCAGACAGCTATGTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTCAGGAATTATGCCTGTGGAGGCTTTTCCAGACAGCTATGTATA  350

seq1  TCTTAGTTGTCTTTGGTGACCTTGATGGTTTTGAAGAGCACAGATAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTGTCTTTGGTGACCTTGATGGTTTTGAAGAGCACAGATAAGGA  400

seq1  TCACAATGTCTGATGTTTTTCTTCTGGTTAGGCAGGTGATAGGTTGGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATGTCTGATGTTTTTCTTCTGGTTAGGCAGGTGATAGGTTGGGGC  450

seq1  CAGGCAGTCACTCTAGGAAGTGCCACTGTGGACCTCTTAAATCAGAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGTCACTCTAGGAAGTGCCACTGTGGACCTCTTAAATCAGAAGAG  500

seq1  CATAACTTATGCTGCTGACAAAAACCTTGATCTTGTGGGAATGAAGTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTTATGCTGCTGACAAAAACCTTGATCTTGTGGGAATGAAGTGCC  550

seq1  ACCCCCATGAGAGGACAGCATTCACACAGATGATTGGGGATTCTC-TGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCCCCATGAGAGGACAGCATTCACACAGATGATTGGGGATTCTCTTGTG  600

seq1  GGAATATTTTTCTATGC-TTCCAAATTTTTCTAGTATTGCTCATTTGCTT  648
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTTTTCTATGCTTTCCAAATTTTTCTAGTATTGCTCATTTGCTT  650

seq1  ACATTCATATCAA-TTTGGAATATTCATTTTATACTTTGGGTTATAAGCC  697
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATATCAATTTTGGAATATTCATTTTATACTTTGGGTTATAAGCC  700

seq1  AAACCTATATGGTTGAGCATTTTAAATCTAAAAATCTAAACTATAAAATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTATATGGTTGAGCATTTTAAATCTAAAAATCTAAACTATAAAATG  750

seq1  CTCTAGAATCAGATC-TTATGGGGACAAGGGTGG-AAAGCTAAGTTGACA  795
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  CTCTAGAATCAGATCTTTATGGGGACAAGGGTGGAAAAGCTAATTTGACA  800

seq1  AAGGATGGAGTTGTGATGGCTAATCTTAAATGTCAGCTTGACACATGTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGGATGGAGTTGTGATGGCTAATCTTAAATGTCATCTTGACACATGTGA  850

seq1  GACTAACCTGGGAGATGGGCCTCAAATATGTCTATGGGGG-ATTATCTA-  893
      ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| 
seq2  GACTACCCTGGGAGATGGGCCTC-AACATGTCTATGGGGGAATTATCTAT  899

seq1  ----GATTGTA  900
           ||||||
seq2  ATGTTATTGTA  910