BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116J12
Chromosome7 (Build37)
Map Location 105,641,124 - 105,765,571
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG434215, A630091E08Rik, 2210018M11Rik
Upstream geneInts4, 1810020D17Rik, Rsf1, LOC622994, LOC100040211, Clns1a, Aqp11, LOC100040594, Pak1, Gdpd4, Myo7a, Capn5, Omp, B3gnt6, Phca, Tsku, LOC100040269, Gucy2d, LOC100040721
Downstream geneLOC100040769, Prkrir, Wnt11, LOC666978, Uvrag, EG666529, Dgat2, Mogat2, Mtap6, Serpinh1, Gdpd5, 2810406K13Rik, Rps3, Rnu15-b, EG449630, Arrb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116J12.bB6Ng01-116J12.g
ACCDH921553DH921554
length1,1401,069
definitionDH921553|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116J12, 5' end.DH921554|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116J12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,764,413 - 105,765,571)(105,641,124 - 105,642,190)
sequence
gaattcattgtcttaaccctagaggcattttggggatctggggcaagact
tgattgtaactccttcaatcttcccagtgtccgagcgaggagctgttgtt
tgtgtactttttgcttatttattcaatcattctttgaacaaagtagcata
gcataaagccttacacagaaagcaagataagagtgatttaagaatctgga
tagtaggaactaagccattgaattttttaagtcaacataccacaatgatc
aaactttttctacaccatttaatgttttattttgaagcaggttcttgctg
agttgcttaggttgacatagaacttgtgatcctcctaccttagtcaatag
agcagtgtaagcttacaccactaagtctggtagaatcattttgatttttt
ttcatagtttgttgttaccgtttgaaacaggatctcactgtgtattccat
gtcgacctcacactagctatatagcccaggctgtctttgaacttgtagtt
cttttgcctctgtagtttacaggcatcctaaaaaagaaagaaaaaaatct
gtgaaatgcatcatcattatcacagcccattgtgatccacatgtggttgt
tatttggtctcattgtggtttacccttttaaagcacagtctctgtaggta
ggtcctctaaataccagattctatgtgtggtgctatcgtacataaacatt
catgattcagtgtgtaccctaaagaatgctaaatggactatagatgtagc
tcagaggtaggcctggtatgagcaaggccctgggcttgtttcccagaact
gcaaaaggaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaaacagaaaa
ccacagatgctaaccagcttttgcatattctcttgtgttatgcaaatgta
gaccaactgtagtgaaagcttagccatggcctttcctttttctttttgaa
tatgtaatacttctttgcatacatttctccttagtgaaacatgcacacta
gaatttaggcatttagtattggtcattctagaaaagaattttgttctatt
ttagtatagtgtctactagtctgtagtccttttcctccattgtatatgac
ctacccctcccccctccccacttggcctcctgtaccatgt
gaattcatagcctgcagtgaaagcggagcactgtggggcagggctgggct
ctgggggagccaggaaggagagttgaaagggccacactagcccctgcgtg
tttcagcaagataagcagccacggcattgagagtcatccccagtgggttc
tgacagtcaaaagagccggcacaggcctgcagagctctcccaaggccatc
tttagagtggcaactctcattcccttacccactgttggagaccttcaagt
gcagaggcgaagggcacagagtctaccatgtagctgtgttgtcttagctg
tattttataacctctctgagcctcggtgttgttttggtttggctgtttgt
cttttcccttctataaactaagatgtgtaaggaaacagagctgagtcctt
gagcgtcaggtttgatggtgaggtatgatatgctgtaacaccttcataga
atgtctgttgtcctcaacaaaacctgacatttacccctggaaacaacgtc
agagagataacacctgtgtaaggtcacacagcagatgcctagcagagatg
agagggagcgagtgctatggtctctcctcgcaagcacgctgccgccgcca
tatccacgcttccgccgccatgtccaggctgtaatctccctgtttcccag
catagaactagatgtgaggtgacattcagtatgggaggaagtgaatgcat
taattattaatttaattaattaactaacaggtttatctgtgtttccccag
cacatggctcaagtccacagggattcacccctgctaagagcctctgaggt
ccccatgggtccctgtgctggctgcttacactgcaatggagctctggacc
tggggcagctgtaagccttcagtgaaagtagctgcctggcagcctgctgg
ggtggggcttcctgtcagtatccggccagccctgaaaatgacaggtctaa
aatcccaccaaaagtaaatgtcaaaggaaggattttggagaatgaaactt
catttgggctatgacctggaatggggctgcctgggcctgaagaaatgagt
caagtcttctcactcaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_105764413_105765571
seq2: B6Ng01-116J12.b_50_1189 (reverse)

seq1  ACATGGGTACAGGGAGGCAAAGTGGGGGGGGGGGGAGGGGGTAGGGTTCA  50
      |||| |||||| |||||| |||||||| ||||||   ||||||||     
seq2  ACAT-GGTACA-GGAGGCCAAGTGGGGAGGGGGG--AGGGGTAGG-----  41

seq1  ATAATACAAAATGGGAGAAAAAGGACTAACAGGAACTAGGTAGAACACTA  100
       | ||| | ||| |||| ||||||||| ||||  |||| |||| ||||||
seq2  -TCATATACAAT-GGAGGAAAAGGACT-ACAG--ACTA-GTAG-ACACTA  84

seq1  TACTAAAATAGAACAAAATTCTTTTCTAGAATGACCAATACTAAATGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAATAGAACAAAATTCTTTTCTAGAATGACCAATACTAAATGCCT  134

seq1  AAAATTCTAGTGTGCATGTTTCACCTAAGGAGAAATGTATGCAAAGAAGT  200
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAATTCTAGTGTGCATGTTTCA-CTAAGGAGAAATGTATGCAAAGAAGT  182

seq1  ATTACATATTCAAAAAGAAAAAGGAAAGGCCATGGCTAAGCTTTCACTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATATTCAAAAAGAAAAAGGAAAGGCCATGGCTAAGCTTTCACTAC  232

seq1  AGTTGGTCTACATTTTGCATAACACAAGAGAATATGCAAAAGCTGGTTAG  300
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTCTACA-TTTGCATAACACAAGAGAATATGCAAAAGCTGGTTAG  281

seq1  CATCTGTGGTTTTCTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGGTTTTCTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT  331

seq1  TCCTTTTGCAGTTCTGGGAAACAAGCCCAGGGCCTTGCTCATACCAGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTGCAGTTCTGGGAAACAAGCCCAGGGCCTTGCTCATACCAGGCC  381

seq1  TACCTCTGAGCTACATCTATAGTCCATTTAGCATTCTTTAGGGTACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTGAGCTACATCTATAGTCCATTTAGCATTCTTTAGGGTACACAC  431

seq1  TGAATCATGAATGTTTATGTACGATAGCACCACACATAGAATCTGGTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCATGAATGTTTATGTACGATAGCACCACACATAGAATCTGGTATT  481

seq1  TAGAGGACCTACCTACAGAGACTGTGCTTTAAAAGGGTAAACCACAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGACCTACCTACAGAGACTGTGCTTTAAAAGGGTAAACCACAATGA  531

seq1  GACCAAATAACAACCACATGTGGATCACAATGGGCTGTGATAATGATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAATAACAACCACATGTGGATCACAATGGGCTGTGATAATGATGAT  581

seq1  GCATTTCACAGATTTTTTTCTTTCTTTTTTAGGATGCCTGTAAACTACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCACAGATTTTTTTCTTTCTTTTTTAGGATGCCTGTAAACTACAG  631

seq1  AGGCAAAAGAACTACAAGTTCAAAGACAGCCTGGGCTATATAGCTAGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAAGAACTACAAGTTCAAAGACAGCCTGGGCTATATAGCTAGTGT  681

seq1  GAGGTCGACATGGAATACACAGTGAGATCCTGTTTCAAACGGTAACAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCGACATGGAATACACAGTGAGATCCTGTTTCAAACGGTAACAACA  731

seq1  AACTATGAAAAAAAATCAAAATGATTCTACCAGACTTAGTGGTGTAAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGAAAAAAAATCAAAATGATTCTACCAGACTTAGTGGTGTAAGCT  781

seq1  TACACTGCTCTATTGACTAAGGTAGGAGGATCACAAGTTCTATGTCAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGCTCTATTGACTAAGGTAGGAGGATCACAAGTTCTATGTCAACC  831

seq1  TAAGCAACTCAGCAAGAACCTGCTTCAAAATAAAACATTAAATGGTGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAACTCAGCAAGAACCTGCTTCAAAATAAAACATTAAATGGTGTAG  881

seq1  AAAAAGTTTGATCATTGTGGTATGTTGACTTAAAAAATTCAATGGCTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTTGATCATTGTGGTATGTTGACTTAAAAAATTCAATGGCTTAG  931

seq1  TTCCTACTATCCAGATTCTTAAATCACTCTTATCTTGCTTTCTGTGTAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACTATCCAGATTCTTAAATCACTCTTATCTTGCTTTCTGTGTAAG  981

seq1  GCTTTATGCTATGCTACTTTGTTCAAAGAATGATTGAATAAATAAGCAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATGCTATGCTACTTTGTTCAAAGAATGATTGAATAAATAAGCAAA  1031

seq1  AAGTACACAAACAACAGCTCCTCGCTCGGACACTGGGAAGATTGAAGGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACACAAACAACAGCTCCTCGCTCGGACACTGGGAAGATTGAAGGAG  1081

seq1  TTACAATCAAGTCTTGCCCCAGATCCCCAAAATGCCTCTAGGGTTAAGAC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATCAAGTCTTGCCCCAGATCCCCAAAATGCCTCTAGGGTTAAGAC  1131

seq1  AATGAATTC  1159
      |||||||||
seq2  AATGAATTC  1140

seq1: chr7_105641124_105642190
seq2: B6Ng01-116J12.g_71_1122

seq1  GAATTCATAGCCTGCAGTGAAAGCGGAGCACTGTGGGGCAGGGCTGGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCCTGCAGTGAAAGCGGAGCACTGTGGGGCAGGGCTGGGCT  50

seq1  CTGGGGGAGCCAGGAAGGAGAGTTGAAAGGGCCACACTAGCCCCTGCGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGGAGCCAGGAAGGAGAGTTGAAAGGGCCACACTAGCCCCTGCGTG  100

seq1  TTTCAGCAAGATAAGCAGCCACGGCATTGAGAGTCATCCCCAGTGGGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCAAGATAAGCAGCCACGGCATTGAGAGTCATCCCCAGTGGGTTC  150

seq1  TGACAGTCAAAAGAGCCGGCACAGGCCTGCAGAGCTCTCCCAAGGCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTCAAAAGAGCCGGCACAGGCCTGCAGAGCTCTCCCAAGGCCATC  200

seq1  TTTAGAGTGGCAACTCTCATTCCCTTACCCACTGTTGGAGACCTTCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGTGGCAACTCTCATTCCCTTACCCACTGTTGGAGACCTTCAAGT  250

seq1  GCAGAGGCGAAGGGCACAGAGTCTACCATGTAGCTGTGTTGTCTTAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCGAAGGGCACAGAGTCTACCATGTAGCTGTGTTGTCTTAGCTG  300

seq1  TATTTTATAACCTCTCTGAGCCTCGGTGTTGTTTTGGTTTGGCTGTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATAACCTCTCTGAGCCTCGGTGTTGTTTTGGTTTGGCTGTTTGT  350

seq1  CTTTTCCCTTCTATAAACTAAGATGTGTAAGGAAACAGAGCTGAGTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCCTTCTATAAACTAAGATGTGTAAGGAAACAGAGCTGAGTCCTT  400

seq1  GAGCGTCAGGTTTGATGGTGAGGTATGATATGCTGTAACACCTTCATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTCAGGTTTGATGGTGAGGTATGATATGCTGTAACACCTTCATAGA  450

seq1  ATGTCTGTTGTCCTCAACAAAACCTGACATTTACCCCTGGAAACAACGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTTGTCCTCAACAAAACCTGACATTTACCCCTGGAAACAACGTC  500

seq1  AGAGAGATAACACCTGTGTAAGGTCACACAGCAGATGCCTAGCAGAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATAACACCTGTGTAAGGTCACACAGCAGATGCCTAGCAGAGATG  550

seq1  AGAGGGAGCGAGTGCTATGGTCTCTCCTCGCAAGCACGCTGCCGCCGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGCGAGTGCTATGGTCTCTCCTCGCAAGCACGCTGCCGCCGCCA  600

seq1  TATCCACGCTTCCGCCGCCATGTCCAGGCTGTAATCTCCCTGTTTCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACGCTTCCGCCGCCATGTCCAGGCTGTAATCTCCCTGTTTCCCAG  650

seq1  CATAGAACTAGATGTGAGGTGACATTCAGTATGGGAGGAAGTGAATGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAACTAGATGTGAGGTGACATTCAGTATGGGAGGAAGTGAATGCAT  700

seq1  TAATTAATTAATTAATTAATTAACTAACAGGTTGATCTGTGTTTCCCCAG  750
      |||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAATTATTAATTTAATTAATTAACTAACAGGTTTATCTGTGTTTCCCCAG  750

seq1  CACATGGCTCAAGTCCACAGGGATTCACCCCTGCTAAGAGCCTCTGAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGCTCAAGTCCACAGGGATTCACCCCTGCTAAGAGCCTCTGAGGT  800

seq1  CCCCATGGGTCCCTGTGCTGGCTGCTTACACTGCAATGGAGCTCTGGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGGGTCCCTGTGCTGGCTGCTTACACTGCAATGGAGCTCTGGACC  850

seq1  T-GGGCAGCTGT-AGCCTTCAGTGAAAGTAGCTGCCTGGCAGCCTGCTGG  898
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAGCTGTAAGCCTTCAGTGAAAGTAGCTGCCTGGCAGCCTGCTGG  900

seq1  GGTGGGGCTTCCTGTCAGCACCCGGCCAGCCCCTGACAATGACAAGGTCT  948
      |||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||| ||||||
seq2  GGTGGGGCTTCCTGTCAGTATCCGGCCAG-CCCTGAAAATGAC-AGGTCT  948

seq1  AAGAATTCCAACCAAAAGTAAAAGGTCAAAAGGAAGGATTTGTGGAGAAT  998
      |  || ||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  A--AAATCCCACCAAAAGT-AAATGTC-AAAGGAAGGATTT-TGGAGAAT  993

seq1  GAAACATTCCATTTGGGGCTAAGGACCTGGGATGGGGGCCTGCCTGGGGC  1048
      |||||  | ||||| ||||| | ||||||| ||||||  |||||| ||||
seq2  GAAAC--TTCATTT-GGGCT-ATGACCTGGAATGGGG--CTGCCT-GGGC  1036

seq1  CTGGAGGGAAATTGAGTCA  1067
      ||| ||   || |||||||
seq2  CTGAAG---AAATGAGTCA  1052