BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123P19
Chromosome7 (Build37)
Map Location 73,558,681 - 73,718,614
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAldh1a3
Upstream geneGm1693, EG665234, Tarsl2, Tm2d3, LOC665241, Pcsk6, Snrpa1, H47, Chsy1, Lrrk1
Downstream geneAsb7, Lins2, Lass3, Adamts17, Lysmd4, Mef2a, EG665304, Lrrc28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123P19.bB6Ng01-123P19.g
ACCDH927011DH927012
length1,0981,064
definitionDH927011|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123P19, 5' end.DH927012|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123P19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,558,681 - 73,559,778)(73,717,542 - 73,718,614)
sequence
gaattcctgctgaaatctttatggagctagatgatgctagagacaggaag
ggaggtgcctcctcattccaacccagggctatactcccaagacacttgcc
tgtgtcttactggatgctggttgcctctgttcccattggaagatactgat
gagggtgcagtcactaaggctagcaaggcccagtgactcgctatggctga
acaccagccagccctaacttcccgggatcctagttctcacctgtcaagtg
gctgtccctgggcatttggaagacttgaaatagtcaggattcttccacct
gacatctagttcagagacaatcaacagaaaccaccacagcctttgtgtgt
ggcatgtttgtatggacatatccgtgagtgtgtggacacacatgcgtatg
ggtgtgtatgtactcgggaacgtttcagctcctcatcaccttattttgag
acaaggtctctctatgagccgggagcgcaccgatttcgctaggctggtta
gccagcgagccccgggatcctcctatctatctccagctccttagctgtgg
ggtttaaaactacatcctgccatgcctagctttttatgtggtgccaagga
tccaagctcaggtctttatgctcatgctgcaaacactcggttgactgaac
catgttccctagccatgggaatcgtcacttctggttgatgctggctgagc
cctcagatgtcttctacctcagtttcctgtactgtaaaaggaagatatca
gtttcaccctcttggggctggtgtgtgagctagagcaatcggggaacata
acactcagataagtagcttcctgaagtgctattgtccagatgctaactgg
tagacagaccagctttctcttatgcactagatgggtgcttggtgaccctc
attcttcctgagtaggagagactcagacttgctgaagatgacagaacttg
gctgggtctgaggtctgaggcttgaacatcaaccacttggagaccaacat
gaccaccagtaccctgtacctttggccctgtgcatttgtggtccaatttc
atttttctgaagggagaagcttatacttggcagcaatgtcaagacccc
gaattccactgcagcagagtcagggtgagttaaggcagactggggaagag
agagaagggcaggctagcccgtgctggcataagtgccatccgtagatatt
ctggtagcggtgtgtctgcatgtgccagccttccttccaggaccagcctt
agtcacacaccctggttggaagagctgtgagagagactttgttagcaccc
aaaagttaaaacagtagtctccctttattcatgcttttgattctgtggtt
tgaattactttaggtcagccatgatctaaaaatattaaagggacagttct
agaaatagactctttctgacttttaaataacttccattacaatgtattat
tataaaagttaatttcgttttcacaaaatattcctcttagccttattgga
tgaatgatttatgaacaaaactttatcacagaggtgcaggtataggggga
aaacacaatttacatggggttaggtactgtttgcaatctcagacattcat
ggaggaggggcacagacaccccccccccagaaaaggaggggatctgtgtt
tctattcacctgtaccaccactcgcaaggagaatgactgtgccatttcat
agggaaacaaggtcacatcttttgcttatttgggtctgccgtcgaacact
ctcccctccgtcccctctcccaccatgctatgaatcacactgtgactcaa
aaccaaggcctggtgcacacaaggcaagcactgcattacagtgctgtatt
accagtcgtcccccccccccccgcccccgtcactgatatatcttggcagg
tgggcaaattcccataatcctcaaaagaagcaattttaccttacatctca
aagtcttcaaaatattcatcacatccctttagagaaatcccttcgttgtg
tgagtagtccaaactaacttttataccaatcccaatcctagttatagcac
ctgggagctggcagctcattgtttgggccaggatgggaagtctcaaggct
ctgccagccacaggctctgttggaactgtttgaagcagccccgacgtaag
aaatgaaatgggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_73558681_73559778
seq2: B6Ng01-123P19.b_49_1146

seq1  GAATTCCTGCTGAAATCTTTATGGAGCTAGATGATGCTAGAGACAGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTGAAATCTTTATGGAGCTAGATGATGCTAGAGACAGGAAG  50

seq1  GGAGGTGCCTCCTCATTCCAACCCAGGGCTATACTCCCAAGACACTTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGCCTCCTCATTCCAACCCAGGGCTATACTCCCAAGACACTTGCC  100

seq1  TGTGTCTTACTGGATGCTGGTTGCCTCTGTTCCCATTGGAAGATACTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTACTGGATGCTGGTTGCCTCTGTTCCCATTGGAAGATACTGAT  150

seq1  GAGGGTGCAGTCACTAAGGCTAGCAAGGCCCAGTGACTCGCTATGGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGCAGTCACTAAGGCTAGCAAGGCCCAGTGACTCGCTATGGCTGA  200

seq1  ACACCAGCCAGCCCTAACTTCCCGGGATCCTAGTTCTCACCTGTCAAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGCCAGCCCTAACTTCCCGGGATCCTAGTTCTCACCTGTCAAGTG  250

seq1  GCTGTCCCTGGGCATTTGGAAGACTTGAAATAGTCAGGATTCTTCCACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCCTGGGCATTTGGAAGACTTGAAATAGTCAGGATTCTTCCACCT  300

seq1  GACATCTAGTTCAGAGACAATCAACAGAAACCACCACAGCCTTTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTAGTTCAGAGACAATCAACAGAAACCACCACAGCCTTTGTGTGT  350

seq1  GGCATGTTTGTATGGACATATCCGTGAGTGTGTGGACACACATGCGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTTGTATGGACATATCCGTGAGTGTGTGGACACACATGCGTATG  400

seq1  GGTGTGTATGTACTCGGGAACGTTTCAGCTCCTCATCACCTTATTTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTATGTACTCGGGAACGTTTCAGCTCCTCATCACCTTATTTTGAG  450

seq1  ACAAGGTCTCTCTATGAGCCGGGAGCGCACCGATTTCGCTAGGCTGGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTCTCTCTATGAGCCGGGAGCGCACCGATTTCGCTAGGCTGGTTA  500

seq1  GCCAGCGAGCCCCGGGATCCTCCTATCTATCTCCAGCTCCTTAGCTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCGAGCCCCGGGATCCTCCTATCTATCTCCAGCTCCTTAGCTGTGG  550

seq1  GGTTTAAAACTACATCCTGCCATGCCTAGCTTTTTATGTGGTGCCAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAAACTACATCCTGCCATGCCTAGCTTTTTATGTGGTGCCAAGGA  600

seq1  TCCAAGCTCAGGTCTTTATGCTCATGCTGCAAACACTCGGTTGACTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCTCAGGTCTTTATGCTCATGCTGCAAACACTCGGTTGACTGAAC  650

seq1  CATGTTCCCTAGCCATGGGAATCGTCACTTCTGGTTGATGCTGGCTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCCCTAGCCATGGGAATCGTCACTTCTGGTTGATGCTGGCTGAGC  700

seq1  CCTCAGATGTCTTCTACCTCAGTTTCCTGTACTGTAAAAGGAAGATATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGATGTCTTCTACCTCAGTTTCCTGTACTGTAAAAGGAAGATATCA  750

seq1  GTTTCACCCTCTTGGGGCTGGTGTGTGAGCTAGAGCAATCGGGGAACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACCCTCTTGGGGCTGGTGTGTGAGCTAGAGCAATCGGGGAACATA  800

seq1  ACACTCAGATAAGTAGCTTCCTGAAGTGCTATTGTCCAGATGCTAACTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAGATAAGTAGCTTCCTGAAGTGCTATTGTCCAGATGCTAACTGG  850

seq1  TAGACAGACCAGCTTTCTCTTATGCACTAGATGGGTGCTTGGTGACCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGACCAGCTTTCTCTTATGCACTAGATGGGTGCTTGGTGACCCTC  900

seq1  ATTCTTCCTGAGTAGGAGAGACTCAGACTTGCTGAAGATGACAGAACTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCTGAGTAGGAGAGACTCAGACTTGCTGAAGATGACAGAACTTG  950

seq1  GCTGGGTCTGAGGGTCTGAGGCTTGAACATCAACCACTTGGAGACCAACA  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTCTGA-GGTCTGAGGCTTGAACATCAACCACTTGGAGACCAACA  999

seq1  TGACACCCAGTACCCTGTACCTTTGGCCCCTGTGCATTTGT-GTCCACTT  1049
      ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||
seq2  TGACCACCAGTACCCTGTACCTTTGG-CCCTGTGCATTTGTGGTCCAATT  1048

seq1  TCATTTTTCTGA--GGAGAAGCCTATACTT-GCAGCAATGTCCAAAGACC  1096
      ||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||
seq2  TCATTTTTCTGAAGGGAGAAGCTTATACTTGGCAGCAATGTC--AAGACC  1096

seq1  CC  1098
      ||
seq2  CC  1098

seq1: chr7_73717542_73718614
seq2: B6Ng01-123P19.g_68_1131 (reverse)

seq1  CACCCA-TTCATTTCTGTACTGTCTGTGGCTGCTTTCACACAGTTCCAAC  49
      |||||| ||||||||| ||| ||| | |||||| |||| |||||||||||
seq2  CACCCATTTCATTTCT-TAC-GTC-GGGGCTGC-TTCAAACAGTTCCAAC  46

seq1  AGAGCCTGTGGCTGGCAGAGCCCTGAGAACTTCCCAT-CTGGCCCATACA  98
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||
seq2  AGAGCCTGTGGCTGGCAGAGCCTTGAG-ACTTCCCATCCTGGCCCAAACA  95

seq1  GATGAGCTGCCAGCTCCCAGGTGCTATAAACTAGGATTTGGGGATTGGTA  148
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  -ATGAGCTGCCAGCTCCCAGGTGCTAT-AACTAGGATT--GGGATTGGTA  141

seq1  TAAAAGTTAGTTTGGACTAACTCACACAACGAAGGGATTTCTCTAAAGGG  198
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTAGTTTGGACT-ACTCACACAACGAAGGGATTTCTCTAAAGGG  190

seq1  ATGTGATGAATATTTTGAAGACTTTGAGATGTAAGGTAAAATTGCTTCTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATGAATATTTTGAAGACTTTGAGATGTAAGGTAAAATTGCTTCTT  240

seq1  TTGAGGATTATGGGAATTTGCCCACCTGCCAAGATATATCAGTGACGGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGATTATGGGAATTTGCCCACCTGCCAAGATATATCAGTGACGGGG  290

seq1  GCGGGGGGGGGGGGGGACGACTGGTAATACAGCACTGTAATGCAGTGCTT  348
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GC-GGGGGGGGGGGGGACGACTGGTAATACAGCACTGTAATGCAGTGCTT  339

seq1  GCCTTGTGTGCACCAGGCCTTGGTTTTGAGTCACAGTGTGATTCATAGCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTGTGCACCAGGCCTTGGTTTTGAGTCACAGTGTGATTCATAGCA  389

seq1  TGGTGGGAGAGGGGACGGAGGGGAGAGTGTTCGACGGCAGACCCAAATAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGAGAGGGGACGGAGGGGAGAGTGTTCGACGGCAGACCCAAATAA  439

seq1  GCAAAAGATGTGACCTTGTTTCCCTATGAAATGGCACAGTCATTCTCCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGATGTGACCTTGTTTCCCTATGAAATGGCACAGTCATTCTCCTT  489

seq1  GCGAGTGGTGGTACAGGTGAATAGAAACACAGATCCCCTCCTTTTCTGGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGTGGTGGTACAGGTGAATAGAAACACAGATCCCCTCCTTTTCTGGG  539

seq1  GGGGGGGTGTCTGTGCCCCTCCTCCATGAATGTCTGAGATTGCAAACAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGTGTCTGTGCCCCTCCTCCATGAATGTCTGAGATTGCAAACAGT  589

seq1  ACCTAACCCCATGTAAATTGTGTTTTCCCCCTATACCTGCACCTCTGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACCCCATGTAAATTGTGTTTTCCCCCTATACCTGCACCTCTGTGA  639

seq1  TAAAGTTTTGTTCATAAATCATTCATCCAATAAGGCTAAGAGGAATATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTTGTTCATAAATCATTCATCCAATAAGGCTAAGAGGAATATTT  689

seq1  TGTGAAAACGAAATTAACTTTTATAATAATACATTGTAATGGAAGTTATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAACGAAATTAACTTTTATAATAATACATTGTAATGGAAGTTATT  739

seq1  TAAAAGTCAGAAAGAGTCTATTTCTAGAACTGTCCCTTTAATATTTTTAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTCAGAAAGAGTCTATTTCTAGAACTGTCCCTTTAATATTTTTAG  789

seq1  ATCATGGCTGACCTAAAGTAATTCAAACCACAGAATCAAAAGCATGAATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGCTGACCTAAAGTAATTCAAACCACAGAATCAAAAGCATGAATA  839

seq1  AAGGGAGACTACTGTTTTAACTTTTGGGTGCTAACAAAGTCTCTCTCACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGACTACTGTTTTAACTTTTGGGTGCTAACAAAGTCTCTCTCACA  889

seq1  GCTCTTCCAACCAGGGTGTGTGACTAAGGCTGGTCCTGGAAGGAAGGCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCCAACCAGGGTGTGTGACTAAGGCTGGTCCTGGAAGGAAGGCTG  939

seq1  GCACATGCAGACACACCGCTACCAGAATATCTACGGATGGCACTTATGCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGCAGACACACCGCTACCAGAATATCTACGGATGGCACTTATGCC  989

seq1  AGCACGGGCTAGCCTGCCCTTCTCTCTCTTCCCCAGTCTGCCTTAACTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACGGGCTAGCCTGCCCTTCTCTCTCTTCCCCAGTCTGCCTTAACTCA  1039

seq1  CCCTGACTCTGCTGCAGTGGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACTCTGCTGCAGTGGAATTC  1064