BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126C02
Chromosome7 (Build37)
Map Location 56,560,880 - 56,717,753
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5330421F07Rik
Upstream geneMrgprb13, Mrgprb8, Mrgprb1, Mrgprx2, Mrgprb2, Mrgprb9-ps, Mrgprb3, EG639116, Zdhhc13, Csrp3, E2f8, LOC100040465, 9130015G15Rik
Downstream geneDbx1, Htatip2, Prmt3, Slc6a5, Nell1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126C02.bB6Ng01-126C02.g
ACCDH928581DH928582
length1,1031,118
definitionDH928581|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126C02, 5' end.DH928582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,716,624 - 56,717,753)(56,560,880 - 56,562,017)
sequence
gaattcaagttactcagtttgtcatacgggtcaaacatagttcacctgtt
ccttccaaccggcttgctgtagttttgaaaaatgcaagtaaaataaagtt
ttaaaatggagctggagcaatttcctctgggcggtgaacttggaaacctt
gtgctctggggctgtatctgtctacattaatctcatccccttcgctctgc
gtattgtcttggattctttgtgaattctaacacacttgaggacaagggtt
tctattccactctcaaccaaaccactttgtgggtggcacggtgggcagga
gagaggcagagttagaaggagctcccagcaagctctctcagcaaagcaac
tgaacactgcccgtacctgtgtgtaacctgagttccccgtaaactggaca
tggtctcttctaaattctgtcgtaggtctgcgatgttctttactgtccga
agtcgccgagcctcggggtcttctgctggagaagcaagggttaagatcag
tctaactctgctagaccatgaggttcttacaaacagcaaccaagtggggg
acggtaatgctgatctatctagcttcttgtttgctgtaaggacttgacac
tacatggatggatagacagatggatagatgatagatggacacattggata
gataccgacgtgtctatctgtctgcatagataaataaatagatgcataca
tacatggatagatatatgaatacacacacacacacacacacacacacacg
gatgagatggataggtagatgcataccttcaagtctatctgttgtatgca
cacatggatagatacatgcatgcatgaatagatggagacctatggatgaa
tggctggatgggtggatggatacctgcaggtctgtctgtctgcatgcatc
aacaaaagaataggtgcccaaatgacgggattaatccaaagagttccctc
tgaagatattcagtcaggctgacacactctaagacactttctttggccat
aagaatgtgaggcccctttgtttctctggtaatagtgctacaaatactgc
atttgctcattctgatatctaaggaaagcttttcttccccttcatcttgc
tac
gaattcctacctattagggcaatctcattaaagatgctatttaaaaacaa
caccagcaaaataatggacactgggcctaagtcttcacataatgaagtat
ttgttagacaagtgcaccttagtgttcaccctgcatgtgttatgattggc
ctgtgtaaccttaagctactattttacagcttggtttaagtgctgtaaca
taagcagacattacgcgcctttgctgctctgggtcatgattgcagctcct
taatcctttcctggaaccttcccctagcctgatgtgggatagccagagtc
cccctccttcctcctcaagccatgtcggagatgctagtctgcaatgcagt
ataggagagtcagggtccagtctgaactgcagaggtttttatgaagaaaa
tggattttatgaaaaaagaaaaaaagaggaatctgtgccaggcagggaaa
ccatagagcataccagtacgtgccatctggggcctggtggcaggtgcctg
aggtcagaactgggacatctttgctgtctctttatccaatggagagagct
ttcttctgcatgggtcagggggtcagcctttattgggtctggctgggtct
ttagacttgtctcacttttcaaatgaactgtaaggaccacccaagatggc
tgcacctctctttcaaccaggcagaggaaggatagaggagcttagacaac
ctgctagcatgcacaaggcaacaattactttcccgggtacccccatagtc
ttctgagcccagacaggaaaatgccatgcctgggtcgtgtatttcagagg
ggcctcatgtgttcccccaagtgagcctcagccccttctatagagtccaa
ggggcggtacatacattgcaaatcatgtattcaaagctgccagcaacctg
ctgttgacttgctccttctaaggatattgaccttagtgaacccaaggact
gcatcagtagggcctttgctcaaagctgacttctggtttaattctacctt
acaattactaaatctgacccgtgcctttctgtaaaggtttgcatctctgt
cctctctgaagggtataacgtactctgtcaggatccacctagaactgata
ctggtgtaaattacgggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_56716624_56717753
seq2: B6Ng01-126C02.b_48_1150 (reverse)

seq1  GTAGCAAGGGGTTGGGGAGGGGGAGAAAAGCTTTCCCCTCTAGATTATCA  50
      ||||||||       | ||||| |||||||||||||    |||| |||||
seq2  GTAGCAAG-----ATGAAGGGGAAGAAAAGCTTTCC---TTAGA-TATCA  41

seq1  GGGATGAGCAAATGCAGGTGGTTTTGTAAGGCACTATTACCCAGAGAAAC  100
       | |||||||||||||   |  ||||||  ||||||||| ||||||||||
seq2  -GAATGAGCAAATGCA---GTATTTGTA--GCACTATTA-CCAGAGAAAC  84

seq1  AAAGGGGCACTCACATTTTCTTATGGGCAAAAGAAAGTGGTCTTAGAGGT  150
      |||||||| ||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||
seq2  AAAGGGGC-CTCACA--TTCTTAT-GGCCAAAGAAAGT-GTCTTAGA-GT  128

seq1  GTGGTCAGCCCTGGACTGAATATCTTCAGAGGGAACCTCTTTGGATTTAA  200
      || |||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GT-GTCAGCC--TGACTGAATATCTTCAGAGGGAA-CTCTTTGGA-TTAA  173

seq1  TCCCGTCATTTGGGCACCTATTCTTTTGTTGATGCATGCAGACAGACAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTCATTTGGGCACCTATTCTTTTGTTGATGCATGCAGACAGACAGA  223

seq1  CCTGCAGGTATCCATCCACCCATCCAGCCATTCATCCATAGGTCTCCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGGTATCCATCCACCCATCCAGCCATTCATCCATAGGTCTCCATC  273

seq1  TATTCATGCATGCATGTATCTATCCATGTGTGCATACAACAGATAGACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATGCATGCATGTATCTATCCATGTGTGCATACAACAGATAGACTT  323

seq1  GAAGGTATGCATCTACCTATCCATCTCATCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTATGCATCTACCTATCCATCTCATCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  373

seq1  TGTGTGTGTATTCATATATCTATCCATGTATGTATGCATCTATTTATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTATTCATATATCTATCCATGTATGTATGCATCTATTTATTTA  423

seq1  TCTATGCAGACAGATAGACACGTCGGTATCTATCCAATGTGTCCATCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCAGACAGATAGACACGTCGGTATCTATCCAATGTGTCCATCTAT  473

seq1  CATCTATCCATCTGTCTATCCATCCATGTAGTGTCAAGTCCTTACAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATCCATCTGTCTATCCATCCATGTAGTGTCAAGTCCTTACAGCAA  523

seq1  ACAAGAAGCTAGATAGATCAGCATTACCGTCCCCCACTTGGTTGCTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAGCTAGATAGATCAGCATTACCGTCCCCCACTTGGTTGCTGTTT  573

seq1  GTAAGAACCTCATGGTCTAGCAGAGTTAGACTGATCTTAACCCTTGCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAACCTCATGGTCTAGCAGAGTTAGACTGATCTTAACCCTTGCTTC  623

seq1  TCCAGCAGAAGACCCCGAGGCTCGGCGACTTCGGACAGTAAAGAACATCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAGAAGACCCCGAGGCTCGGCGACTTCGGACAGTAAAGAACATCG  673

seq1  CAGACCTACGACAGAATTTAGAAGAGACCATGTCCAGTTTACGGGGAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTACGACAGAATTTAGAAGAGACCATGTCCAGTTTACGGGGAACT  723

seq1  CAGGTTACACACAGGTACGGGCAGTGTTCAGTTGCTTTGCTGAGAGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTACACACAGGTACGGGCAGTGTTCAGTTGCTTTGCTGAGAGAGCT  773

seq1  TGCTGGGAGCTCCTTCTAACTCTGCCTCTCTCCTGCCCACCGTGCCACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAGCTCCTTCTAACTCTGCCTCTCTCCTGCCCACCGTGCCACCC  823

seq1  ACAAAGTGGTTTGGTTGAGAGTGGAATAGAAACCCTTGTCCTCAAGTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGGTTTGGTTGAGAGTGGAATAGAAACCCTTGTCCTCAAGTGTG  873

seq1  TTAGAATTCACAAAGAATCCAAGACAATACGCAGAGCGAAGGGGATGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATTCACAAAGAATCCAAGACAATACGCAGAGCGAAGGGGATGAGA  923

seq1  TTAATGTAGACAGATACAGCCCCAGAGCACAAGGTTTCCAAGTTCACCGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTAGACAGATACAGCCCCAGAGCACAAGGTTTCCAAGTTCACCGC  973

seq1  CCAGAGGAAATTGCTCCAGCTCCATTTTAAAACTTTATTTTACTTGCATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGAAATTGCTCCAGCTCCATTTTAAAACTTTATTTTACTTGCATT  1023

seq1  TTTCAAAACTACAGCAAGCCGGTTGGAAGGAACAGGTGAACTATGTTTGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAACTACAGCAAGCCGGTTGGAAGGAACAGGTGAACTATGTTTGA  1073

seq1  CCCGTATGACAAACTGAGTAACTTGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTATGACAAACTGAGTAACTTGAATTC  1103

seq1: chr7_56560880_56562017
seq2: B6Ng01-126C02.g_66_1183

seq1  GAATTCCTACCTATTAGGGCAATCTCATTAAAGATGCTATTTAAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCTATTAGGGCAATCTCATTAAAGATGCTATTTAAAAACAA  50

seq1  CACCAGCAAAATAATGGACACTGGGCCTAAGTCTTCACATAATGAAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCAAAATAATGGACACTGGGCCTAAGTCTTCACATAATGAAGTAT  100

seq1  TTGTTAGACAAGTGCACCTTAGTGTTCACCCTGCATGTGTTATGATTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAGACAAGTGCACCTTAGTGTTCACCCTGCATGTGTTATGATTGGC  150

seq1  CTGTGTAACCTTAAGCTACTATTTTACAGCTTGGTTTAAGTGCTGTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAACCTTAAGCTACTATTTTACAGCTTGGTTTAAGTGCTGTAACA  200

seq1  TAAGCAGACATTACGCGCCTTTGCTGCTCTGGGTCATGATTGCAGCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGACATTACGCGCCTTTGCTGCTCTGGGTCATGATTGCAGCTCCT  250

seq1  TAATCCTTTCCTGGAACCTTCCCCTAGCCTGATGTGGGATAGCCAGAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCTTTCCTGGAACCTTCCCCTAGCCTGATGTGGGATAGCCAGAGTC  300

seq1  CCCCTCCTTCCTCCTCAAGCCATGTCGGAGATGCTAGTCTGCAATGCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTTCCTCCTCAAGCCATGTCGGAGATGCTAGTCTGCAATGCAGT  350

seq1  ATAGGAGAGTCAGGGTCCAGTCTGAACTGCAGAGGTTTTTATGAAGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGAGTCAGGGTCCAGTCTGAACTGCAGAGGTTTTTATGAAGAAAA  400

seq1  TGGATTTTATGAAAAAAGAAAAAAAGAGGAATCTGTGCCAGGCAGGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTTATGAAAAAAGAAAAAAAGAGGAATCTGTGCCAGGCAGGGAAA  450

seq1  CCATAGAGCATACCAGTACGTGCCATCTGGGGCCTGGTGGCAGGTGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGAGCATACCAGTACGTGCCATCTGGGGCCTGGTGGCAGGTGCCTG  500

seq1  AGGTCAGAACTGGGACATCTTTGCTGTCTCTTTATCCAATGGAGAGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGAACTGGGACATCTTTGCTGTCTCTTTATCCAATGGAGAGAGCT  550

seq1  TTCTTCTGCATGGGTCAGGGGGTCAGCCTTTATTGGGTCTGGCTGGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGCATGGGTCAGGGGGTCAGCCTTTATTGGGTCTGGCTGGGTCT  600

seq1  TTAGACTTGTCTCACTTTTCAAATGAACTGTAAGGACCACCCAAGATGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTGTCTCACTTTTCAAATGAACTGTAAGGACCACCCAAGATGGC  650

seq1  TGCACCTCTCTTCCAACCAGGCAGAGGAAGGATAGAGGAGCTTAGACAAC  700
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTCTCTTTCAACCAGGCAGAGGAAGGATAGAGGAGCTTAGACAAC  700

seq1  CTGCTAGCATGCACAAGGCAACAATTACTATCCCGGGTACCCCCATAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGCATGCACAAGGCAACAATTACTTTCCCGGGTACCCCCATAGTC  750

seq1  TTCTGAGCCCAGACAGGAAAATG-CATGCCTGGGTCGTGTAATTCAGAGG  799
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTCTGAGCCCAGACAGGAAAATGCCATGCCTGGGTCGTGTATTTCAGAGG  800

seq1  GG-CTCATGTGTTCCCCCAAGTGAGCCTCAGCCCCTTCTATAGAGTCCGA  848
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGCCTCATGTGTTCCCCCAAGTGAGCCTCAGCCCCTTCTATAGAGTCCAA  850

seq1  GGGGCGGTACATACATTGCAAATCAATGTA-TCAAAGCTGCCAGCAACCT  897
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGGTACATACATTGCAAATC-ATGTATTCAAAGCTGCCAGCAACCT  899

seq1  GCTGTGAACTTGCT-CTTCTAGGGATA-TGACCTTAGTGGACCCAAGGAC  945
      |||||  ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  GCTGTTGACTTGCTCCTTCTAAGGATATTGACCTTAGTGAACCCAAGGAC  949

seq1  TGCATCAGTAAGGGCCTTTGCTCATAGCTGACTCCTGGTTTAAATTCTAA  995
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |
seq2  TGCATCAGT-AGGGCCTTTGCTCAAAGCTGACTTCTGGTTT-AATTCT-A  996

seq1  CCTTACCATTTACTAAATCTGACCCCGTTGCCTTTTCTGTAAGAGGGTTT  1045
      ||||| || ||||||||||||||||   |||| ||||||||| |||  ||
seq2  CCTTA-CAATTACTAAATCTGACCC--GTGCC-TTTCTGTAA-AGG--TT  1039

seq1  TGCAGTTCTCTGTCCTCCTGTAAAGGTGTTATAACGTAGTCTGTATCCAG  1095
      ||||  |||||||||| || | |||  | ||||||||| |||||   |||
seq2  TGCA--TCTCTGTCCT-CTCTGAAG--GGTATAACGTACTCTGT---CAG  1081

seq1  GATCCAGCCTAGAGTCTGAGTCACTGGTGTAGATTAAGCGGGC  1138
      |||||| ||||||  ||||   ||||||||| ||||  |||||
seq2  GATCCA-CCTAGA-ACTGA--TACTGGTGTAAATTA--CGGGC  1118