BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127B16
Chromosome7 (Build37)
Map Location 149,183,960 - 149,344,138
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBrsk2, 2700078K21Rik, Dusp8, LOC100039728, EG668763, LOC100043616, EG665295
Upstream geneIfitm3, Ifitm6, B4galnt4, Pkp3, Sigirr, Trp53i5, Ptdss2, Rnh1, LOC546015, Hras1, Lrrc56, 1600016N20Rik, Rassf7, AA673488, Irf7, Mucdhl, Sct, Drd4, Deaf1, Tmem80, Eps8l2, B230206H07Rik, Taldo1, LOC100043585, Pddc1, Cend1, Slc25a22, Lrdd, Rplp2, Pnpla2, Efcab4a, Cd151, Polr2l, Tspan4, Chid1, Ap2a2, Muc6, LOC100039649, Muc2, Muc5ac, Muc5b, Tollip, EG623757
Downstream geneLOC100043617, Krtap5-2, LOC100039757, LOC100039767, EG665305, Krtap5-5, EG640223, LOC672428, LOC100039800, LOC100043627, LOC100043629, ENSMUSG00000038442, Krtap5-1, Krtap5-4, LOC270015, 6330512M04Rik, Ctsd, Syt8, Tnni2, Lsp1, ENSMUSG00000043795, Tnnt3, Mrpl23, Nctc1, H19, Igf2, Igf2as, Ins2, EG640264, EG624121, Th, Ascl2, Tspan32, R74862, Cd81, Tssc4, Trpm5, Kcnq1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127B16.bB6Ng01-127B16.g
ACCDH929309DH929310
length1,0021,014
definitionDH929309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127B16, 5' end.DH929310|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127B16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,183,960 - 149,184,959)(149,343,105 - 149,344,138)
sequence
gaattcacacacctcatagcttccctgatcactgctggatgctccttcat
ttacatcctcagggatgtaaagccatctagccccttctggtttagggttc
tagtgtgcaccctggctggctgagcaagggggctctgaagtgagtttctt
gccactgttagttttctgtcatgcttggttctcaaaattggagattgttt
ggagggctgggtttgtgtctggtgcctgcatagtgctggcacttctgttg
ccacctctgcaggagtgggttagtgggcgcctgctggtaggctgctctca
catccaacctgtacacactgcagatccccagcctcagccacagcgttatt
tcccagacaagcttcagggctgaatacaaggccacagggggcccagcagt
gttccagaagccggtcaagttccaggtggacatcacctacactgagggcg
gagaggcccagaaggagaatggcatctactcagtcacattcactttactc
tcaggtaagccaacccacttggtggctgtttgactctcactggtgttccc
agtgtcctgacagccagtcttcccccaggccccagtcgccgcttcaagag
ggtggtggagaccatccaggcccagctgttaagcacccatgaccagccat
cagcccagcacctgtcaggtgaggcgggggctcagcacagcgcctgtggc
tagtgctgcttggatgggaggtatgagaactgacatggcctcctactgtg
acggatggatgcccacctccctgccctgagcagtgctgcacccctcaggg
agcagggcccctccccgggcatggtgggctgcatcacactgaaagccacc
tcttgtccacccgtagaaccaccccccgccagcgccaggacttaagctgg
ggtgctgggcttaagggccagaaggtggccaccagctacgagagtagcct
tctgacgctggcaggtaagtgtcagccttgctgccggggagggaagggct
gc
gaattctactgtatttatcaaaggtcaagtgcagctccactggggccaga
gagaagcagtcacttgcccctaatctgctctggtgagagctgggagcaac
tgggagacatacacagcatggactatgcacatggaggacagctgccagcc
aagactgaggctacagagcatgccagggactcataaggcatccacggttc
tcacaccaggccagtgctgaggttaacctttctggacttgtaaggagagt
gggcaccaggacgggaaacatagatgaccctggaaatataggtcaacaca
gtttcttggttttgtttttgttttttgtcttaaatgggacagggagatgg
gtcaataggaactgagttcagctctccatcactatataaaacatggtagt
gcagttccgacatggggaagtacagaaacaggggaatccttactagctaa
acagtcagtcagtgagctccaggcttaaggagagatgctgtctacaaaaa
tgaagggtggagagaagttgaggatcacagttgacctctaggttctatat
gtgcacacatggcaggtggacacctcacacacatgtgtatgtgttgctag
cacacgcacacacacacacacacacacacacatgcgagcaccaacaaaaa
agtggattttaggttaactattttttgtctaatattctacttttatttca
ctgagcttttattcataatgttgaaacattaaatttaaataatggggtaa
ctttcacaagagaatttctctaatctctggtagaaacaccttgacccatc
atgacattataatcaaatatgacaatctttaaattcaacaagtaatgtga
ccattcttgctctcctaaacaggaaaatatatgggaaggagctaaattta
gaaacctagacagtgtactctggatgacctacaacaaacaaactcgtttc
agaaatggcatgagcagaccagaagtgactgtgcagcttcactgacgtgg
gcagggaaaagacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_149183960_149184959
seq2: B6Ng01-127B16.b_47_1048

seq1  GAATTCACACACCTCATAGCTTCCCTGATCACTGCTGGATGCTCCTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACACCTCATAGCTTCCCTGATCACTGCTGGATGCTCCTTCAT  50

seq1  TTACATCCTCAGGGATGTAAAGCCATCTAGCCCCTTCTGGTTTAGGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCCTCAGGGATGTAAAGCCATCTAGCCCCTTCTGGTTTAGGGTTC  100

seq1  TAGTGTGCACCCTGGCTGGCTGAGCAAGGGGGCTCTGAAGTGAGTTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGCACCCTGGCTGGCTGAGCAAGGGGGCTCTGAAGTGAGTTTCTT  150

seq1  GCCACTGTTAGTTTTCTGTCATGCTTGGTTCTCAAAATTGGAGATTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGTTAGTTTTCTGTCATGCTTGGTTCTCAAAATTGGAGATTGTTT  200

seq1  GGAGGGCTGGGTTTGTGTCTGGTGCCTGCATAGTGCTGGCACTTCTGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCTGGGTTTGTGTCTGGTGCCTGCATAGTGCTGGCACTTCTGTTG  250

seq1  CCACCTCTGCAGGAGTGGGTTAGTGGGCGCCTGCTGGTAGGCTGCTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCTGCAGGAGTGGGTTAGTGGGCGCCTGCTGGTAGGCTGCTCTCA  300

seq1  CATCCAACCTGTACACACTGCAGATCCCCAGCCTCAGCCACAGCGTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAACCTGTACACACTGCAGATCCCCAGCCTCAGCCACAGCGTTATT  350

seq1  TCCCAGACAAGCTTCAGGGCTGAATACAAGGCCACAGGGGGCCCAGCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGACAAGCTTCAGGGCTGAATACAAGGCCACAGGGGGCCCAGCAGT  400

seq1  GTTCCAGAAGCCGGTCAAGTTCCAGGTGGACATCACCTACACTGAGGGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGAAGCCGGTCAAGTTCCAGGTGGACATCACCTACACTGAGGGCG  450

seq1  GAGAGGCCCAGAAGGAGAATGGCATCTACTCAGTCACATTCACTTTACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCCCAGAAGGAGAATGGCATCTACTCAGTCACATTCACTTTACTC  500

seq1  TCAGGTAAGCCAACCCACTTGGTGGCTGTTTGACTCTCACTGGTGTTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAAGCCAACCCACTTGGTGGCTGTTTGACTCTCACTGGTGTTCCC  550

seq1  AGTGTCCTGACAGCCAGTCTTCCCCCAGGCCCCAGTCGCCGCTTCAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCTGACAGCCAGTCTTCCCCCAGGCCCCAGTCGCCGCTTCAAGAG  600

seq1  GGTGGTGGAGACCATCCAGGCCCAGCTGTTAAGCACCCATGACCAGCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGAGACCATCCAGGCCCAGCTGTTAAGCACCCATGACCAGCCAT  650

seq1  CAGCCCAGCACCTGTCAGGTGAGGCGGGGGCTCAGCACAGCGCCTGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGCACCTGTCAGGTGAGGCGGGGGCTCAGCACAGCGCCTGTGGC  700

seq1  TAGTGCTGCTTGGATGGGAGGTATGAGAACTGACATGGCCTCCTACTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTGCTTGGATGGGAGGTATGAGAACTGACATGGCCTCCTACTGTG  750

seq1  ACGGATGGATGCCCACCTCCCTGCCCTGAGCAGTGCTGCACCCCTCAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATGGATGCCCACCTCCCTGCCCTGAGCAGTGCTGCACCCCTCAGGG  800

seq1  AGCAGGGCCCCTCCCCGGGCATGGTGGGCTGCATCACACTGAAAGGCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGCAGGGCCCCTCCCCGGGCATGGTGGGCTGCATCACACTGAAAGCCACC  850

seq1  TCTTGTCCA-CCGTAGAACCA-CCCCCGCCAGCGCCAGGAC-TAAGCTGG  897
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTGTCCACCCGTAGAACCACCCCCCGCCAGCGCCAGGACTTAAGCTGG  900

seq1  GGTGCTGGGCTTAAGGGCCAGAAGGTGGCCACCAGCTACGAGAGTAGCC-  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGTGCTGGGCTTAAGGGCCAGAAGGTGGCCACCAGCTACGAGAGTAGCCT  950

seq1  TCTGACGCTGGCAGGTAAGGTGTCCGGCCTGCTGCCGGGGAGGGGAGGGG  996
      |||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||| |||| |||
seq2  TCTGACGCTGGCAGGTAA-GTGTCAGCCTTGCTGCCGGGGA-GGGAAGGG  998

seq1  CTGC  1000
      ||||
seq2  CTGC  1002

seq1: chr7_149343105_149344138
seq2: B6Ng01-127B16.g_70_1083 (reverse)

seq1  GGTCTTTATACCCCTGCCCACGTCAGGTGTGAAGCTGGCACATGGTCACT  50
      |||||||    ||||||||||||||   |||||||| |||||  ||||||
seq2  GGTCTTT---TCCCTGCCCACGTCA---GTGAAGCT-GCACA--GTCACT  41

seq1  TCCTGGTTCCTGCTCATGCCCTTTCTCTGAAACGAGTTTGTTTGTTTGTT  100
      | |||||  ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||   |
seq2  T-CTGGT--CTGCTCATGCCATT--TCTGAAACGAGTTTGTTTGTT--GT  84

seq1  AGTTCCAATCCAGAGTACACTGTCCTAGGTTTCTAAATTTAGCTCCTTCC  150
      || ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTC--ATCCAGAGTACACTGT-CTAGGTTTCTAAATTTAGCTCCTTCC  131

seq1  CATATTATTTTTCCTGTTTTAGGAGAGC-AGATTGGTCACATTACTTGTT  199
      |||||   |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  CATAT--ATTTTCCTG-TTTAGGAGAGCAAGAATGGTCACATTACTTGTT  178

seq1  GTATTTAAAGATTGTCATATTTGATTAT-ATGTCATGATGGGTCAAGGTG  248
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAAAGATTGTCATATTTGATTATAATGTCATGATGGGTCAAGGTG  228

seq1  TTTCTACCAGAGATTAGAGAAATTCTCTTGTGAAAGTTACCCCATTATTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACCAGAGATTAGAGAAATTCTCTTGTGAAAGTTACCCCATTATTT  278

seq1  AATTTTAATGTTTCAACATTATGAATAAAAGCTCAGTGAAATAAAAGTAG  348
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAATGTTTCAACATTATGAATAAAAGCTCAGTGAAATAAAAGTAG  328

seq1  AATATTAGACAAAAAATAGTTAACCTAAAATCCACTTTTTTGTTGGTGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAGACAAAAAATAGTTAACCTAAAATCCACTTTTTTGTTGGTGCT  378

seq1  CGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCTAGCAACACATAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCTAGCAACACATAC  428

seq1  ACATGTGTGTGAGGTGTCCACCTGCCATGTGTGCACATATAGAACCTAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGTGTGAGGTGTCCACCTGCCATGTGTGCACATATAGAACCTAGA  478

seq1  GGTCAACTGTGATCCTCAACTTCTCTCCACCCTTCATTTTTGTAGACAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAACTGTGATCCTCAACTTCTCTCCACCCTTCATTTTTGTAGACAGC  528

seq1  ATCTCTCCTTAAGCCTGGAGCTCACTGACTGACTGTTTAGCTAGTAAGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCTTAAGCCTGGAGCTCACTGACTGACTGTTTAGCTAGTAAGGA  578

seq1  TTCCCCTGTTTCTGTACTTCCCCATGTCGGAACTGCACTACCATGTTTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGTTTCTGTACTTCCCCATGTCGGAACTGCACTACCATGTTTTA  628

seq1  TATAGTGATGGAGAGCTGAACTCAGTTCCTATTGACCCATCTCCCTGTCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGATGGAGAGCTGAACTCAGTTCCTATTGACCCATCTCCCTGTCC  678

seq1  CATTTAAGACAAAAAACAAAAACAAAACCAAGAAACTGTGTTGACCTATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAGACAAAAAACAAAAACAAAACCAAGAAACTGTGTTGACCTATA  728

seq1  TTTCCAGGGTCATCTATGTTTCCCGTCCTGGTGCCCACTCTCCTTACAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGGGTCATCTATGTTTCCCGTCCTGGTGCCCACTCTCCTTACAAG  778

seq1  TCCAGAAAGGTTAACCTCAGCACTGGCCTGGTGTGAGAACCGTGGATGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAAGGTTAACCTCAGCACTGGCCTGGTGTGAGAACCGTGGATGCC  828

seq1  TTATGAGTCCCTGGCATGCTCTGTAGCCTCAGTCTTGGCTGGCAGCTGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGTCCCTGGCATGCTCTGTAGCCTCAGTCTTGGCTGGCAGCTGTC  878

seq1  CTCCATGTGCATAGTCCATGCTGTGTATGTCTCCCAGTTGCTCCCAGCTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTGCATAGTCCATGCTGTGTATGTCTCCCAGTTGCTCCCAGCTC  928

seq1  TCACCAGAGCAGATTAGGGGCAAGTGACTGCTTCTCTCTGGCCCCAGTGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGAGCAGATTAGGGGCAAGTGACTGCTTCTCTCTGGCCCCAGTGG  978

seq1  AGCTGCACTTGACCTTTGATAAATACAGTAGAATTC  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCACTTGACCTTTGATAAATACAGTAGAATTC  1014