BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132J12
Chromosome7 (Build37)
Map Location 90,716,616 - 90,829,633
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmc3, Stard5, Il16
Upstream geneAdamtsl3, 1700129I04Rik, Eftud1, LOC100038986, LOC619808, Rkhd3, LOC619909, A530021J07Rik, EG666160
Downstream genePhgdh-ps1, LOC666170, 1700026D08Rik, Mesdc1, Mesdc2, 9930013L23Rik, 2210412D01Rik, Arnt2, LOC100039239, Fah, Zfand6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132J12.bB6Ng01-132J12.g
ACCDH933358DH933359
length1,2141,173
definitionDH933358|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132J12, 5' end.DH933359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132J12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,716,616 - 90,717,874)(90,828,447 - 90,829,633)
sequence
gaattcctgcccagttgctgtggatgaacccacctccctgtatttaaatg
acagaaatgtgtttctgttgcaaacagatgtccctgacctttgccgaact
ttctgccttcttggtgctgaactaagagtggatgcagatctgaatgcagc
cacaagatggagactttgtcttggttagcgctgggatattcccagcggta
agaaacttctgtgcctactaagcagctttgattaatctccagttcagctc
ttgacccgacccgcatggaggagaatctgggagccacaggataggttttc
aaagggggtctgatctaccaagtgtctgctaattctcactctggcattca
gaaagcatcagtcttccctctgctatcttctccagccatatgtgcttgct
gttcatatactctaaacatcacatttcttcatgtaagaaaaaattgctat
tgctgttgttttctgctttccatttccttccactgttttacataaaacag
aggactaaaaattatttcacacagtattatcttcatgagacttggtccag
acaaactaaggttctcttatagctcccatggactgctgagctgtgctctc
aggtttctgaatgaatcagacgtgggcaaggggctctgagttaagggaag
tatgcaggcaattggtataaatggaacacactcttcttcctatcactaga
gaagcgtatgaccaacactgaccaagaggatctagagactggggtgatcc
ttgggcaaatgataacctgaaatagaccatgcaggacacataaaatttta
taaacccggaagagggcaaatggctccataagcagacagatggcttgagc
aaattatggagccaggaaaggaagcagaaattgagagagcagaacgtatg
ttagtcagctacagagtggaagcagatgactccagccgatgagagcttac
agtacagtcttcttctcacttgtgctgtgcaaatgtcagcagagctttgc
ttagtcttctcaggaccagctgagtcagcctgtcatctgcatctccatac
atgtttgctctagtgctgctgtagaaagtgactgaaatataattcactat
agcccacgctctactggagggtgctgtccactcactctatggtaaacata
agcctctacatacaggactgaaccttggaaacattaccttcctgttcaag
gaattccaaaatca
gaattcatcttccccctttgagtctttgagttctagacttcttgcctact
gcacactcatgcctagcgcaagcagggcttttggaaaatgtgctttgagc
tgaacacaattttatagtgatgtctcgaactcagctcaaggtcttgcttg
acctttgagactaattctgagggcagtgtggtgtgtgatgttactgcttt
cacaaaggctcaccagccaggtcacttggaggaaagcttcctgcataagc
caccatatctgaatgacactcctcaaatcaccctccagctcttatactgc
tggcccctgggagacagagagtggggctcttctccttggctgatttcaca
ggtggctcatttctaccctctcgggttcttcattacagggcactgcaaga
ccaactcggtcactgagcacagctcagctcgggcagctgtctgggggtct
gcaggcgtcagtcatctccaacatagtgctgatgaagggccaagcaaagg
tgagcagagaccatcaccaacaggaagccccagagcagcgctcgctctct
tctgggaaagttgctccaaggaagagtgggaccagggttatcatccactc
gagggggcagacaagttcattcacactttcttgttgaagttaaggcaatt
ctgattcttccagttccactaagtgatcattctctctctgaggacaccgc
agtgctccccaactgctccagcactctccaggctggttccctgctcctct
tgacatgatatccccacaatgtcatcttgcctgaaacataagttaaattc
ccttacattgatttatagggctggatttcacatccacattcagatgttgg
tagaagaaagttggactcaaacacaaattttatggactctgtgtttccat
atgggtcatttgatggccacagatgtttctggctctgtcggagcatcctg
agagtcagatggactctgttctgtctagatgatgacacatcatactaatg
tctatcccatgcctgagagtatcaacagggtaaaccaagtatagatagtg
agagaatgccccagttctcttgtgctcacctaaagcatgcctacctctgc
ctggggccttgtattggtacttctggccacttaccagctaaaagaggagg
ttatttaccctcagtttgagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_90716616_90717874
seq2: B6Ng01-132J12.b_47_1260

seq1  GAATTCCTGCCCAGTTGCTGTGGATGAACCCACCTCCCTGTATTTAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCCAGTTGCTGTGGATGAACCCACCTCCCTGTATTTAAATG  50

seq1  ACAGAAATGTGTTTCTGTTGCAAACAGATGTCCCTGACCTTTGCCGAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATGTGTTTCTGTTGCAAACAGATGTCCCTGACCTTTGCCGAACT  100

seq1  TTCTGCCTTCTTGGTGCTGAACTAAGAGTGGATGCAGATCTGAATGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTTCTTGGTGCTGAACTAAGAGTGGATGCAGATCTGAATGCAGC  150

seq1  CACAAGATGGAGACTTTGTCTTGGTTAGCGCTGGGATATTCCCAGCGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGATGGAGACTTTGTCTTGGTTAGCGCTGGGATATTCCCAGCGGTA  200

seq1  AGAAACTTCTGTGCCTACTAAGCAGCTTTGATTAATCTCCAGTTCAGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTCTGTGCCTACTAAGCAGCTTTGATTAATCTCCAGTTCAGCTC  250

seq1  TTGACCCGACCCGCATGGAGGAGAATCTGGGAGCCACAGGATAGGTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCGACCCGCATGGAGGAGAATCTGGGAGCCACAGGATAGGTTTTC  300

seq1  AAAGGGGGTCTGATCTACCAAGTGTCTGCTAATTCTCACTCTGGCATTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGGTCTGATCTACCAAGTGTCTGCTAATTCTCACTCTGGCATTCA  350

seq1  GAAAGCATCAGTCTTCCCTCTGCTATCTTCTCCAGCCATATGTGCTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATCAGTCTTCCCTCTGCTATCTTCTCCAGCCATATGTGCTTGCT  400

seq1  GTTCATATACTCTAAACATCACATTTCTTCATGTAAGAAAAAATTGCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATATACTCTAAACATCACATTTCTTCATGTAAGAAAAAATTGCTAT  450

seq1  TGCTGTTGTTTTCTGCTTTCCATTTCCTTCCACTGTTTTACATAAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGTTTTCTGCTTTCCATTTCCTTCCACTGTTTTACATAAAACAG  500

seq1  AGGACTAAAAATTATTTCACACAGTATTATCTTCATGAGACTTGGTCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTAAAAATTATTTCACACAGTATTATCTTCATGAGACTTGGTCCAG  550

seq1  ACAAACTAAGGTTCTCTTATAGCTCCCATGGACTGCTGAGCTGTGCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTAAGGTTCTCTTATAGCTCCCATGGACTGCTGAGCTGTGCTCTC  600

seq1  AGGTTTCTGAATGAATCAGACGTGGGCAAGGGGCTCTGAGTTAAGGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTGAATGAATCAGACGTGGGCAAGGGGCTCTGAGTTAAGGGAAG  650

seq1  TATGCAGGCAATTGGTATAAATGGAACACACTCTTCTTCCTATCACTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGGCAATTGGTATAAATGGAACACACTCTTCTTCCTATCACTAGA  700

seq1  GAAGCGTATGACCAACACTGACCAAGAGGATCTAGAGACTGGGGTGATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGTATGACCAACACTGACCAAGAGGATCTAGAGACTGGGGTGATCC  750

seq1  TTGGGCAAATGATAACCTGAAATAGACCATGCAGGACACATAAAATTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAAATGATAACCTGAAATAGACCATGCAGGACACATAAAATTTTA  800

seq1  TAAACCCGGAAGAGGGCAAATGGCTCCATAAGCAGACAGATGGCTTGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCGGAAGAGGGCAAATGGCTCCATAAGCAGACAGATGGCTTGAGC  850

seq1  AAATTATGGAGCCAGGAAAGGAAGCAGAAATTGAGAGAGCAGAAGGTATG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAATTATGGAGCCAGGAAAGGAAGCAGAAATTGAGAGAGCAGAACGTATG  900

seq1  TTAGGTCAGCTACAGAGTGGAAGCAGATGACTCCAGCCGATGAGAGGCTT  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTA-GTCAGCTACAGAGTGGAAGCAGATGACTCCAGCCGATGAGA-GCTT  948

seq1  ACAGTACAGTCTTCTTCCTCACTTGTGGCCTGTGCAAATGTCAGCAGAGC  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACAGTCTTCTT-CTCACTTGTG--CTGTGCAAATGTCAGCAGAGC  995

seq1  TTTGCTTAGGTCTCTCAGGGACCCAGGCTGAGGTCAGCCCTGTCATCCTG  1050
      |||||||||   ||||| |||||   ||||| ||||| |||||||| |||
seq2  TTTGCTTAGTCTTCTCA-GGACC--AGCTGA-GTCAG-CCTGTCAT-CTG  1039

seq1  CATCTCCATTACATGTTTTGCCTTCTTAGTTGCTGCTGTAGGAAAAGTGA  1100
      |||||||| |||||| |||||  || ||| |||||||||||  |||||| 
seq2  CATCTCCA-TACATG-TTTGC--TC-TAG-TGCTGCTGTAG--AAAGTG-  1080

seq1  AACTGAAATATTATTCACTATAGGCCCCACCGCTTCTACCTGGAGGGGTA  1150
       |||||||||| |||||||||||  |||| ||| |||| ||||||||   
seq2  -ACTGAAATATAATTCACTATAG--CCCA-CGC-TCTA-CTGGAGGG--T  1122

seq1  GCTGTCCACTCTACTCATATTGTTTAAAAAACATAACAGCTTCTAACTAC  1200
      ||||||||||| |||| ||| ||     |||||||  ||| ||||  || 
seq2  GCTGTCCACTC-ACTC-TATGGT-----AAACATA--AGCCTCTACATA-  1162

seq1  CAGCACCTAGACCCTCTGAAGCATATTACTTTCCCTGTCACAGGAGAATT  1250
      ||| ||   || |||  |||  | ||||| || |||||   ||  |||||
seq2  CAGGAC--TGAACCTTGGAA--ACATTACCTT-CCTGTTCAAG--GAATT  1205

seq1  CCAAAATCA  1259
      |||||||||
seq2  CCAAAATCA  1214

seq1: chr7_90828447_90829633
seq2: B6Ng01-132J12.g_68_1240 (reverse)

seq1  ACACTCAAACTGTGAGGGTAAATAAACCCTTCCTCCTCTAAGCTGGTAAG  50
      ||||||||||  |||||||||||||   | |||| || | ||||||||||
seq2  ACACTCAAAC--TGAGGGTAAATAA---CCTCCT-CTTTTAGCTGGTAAG  44

seq1  TGGCCAGGAAGGTACCCAATACAAAGCCCCAGGCATGAGGTA-GCATGCT  99
      |||||||  | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||
seq2  TGGCCAG--AAGTA-CCAATACAAGGCCCCAGGCA-GAGGTAGGCATGCT  90

seq1  TTAGGGTGAGCACAAGAGATACTGGGGCATTCTCTCACTATCTATACCTT  149
      ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTA-GGTGAGCACAAGAGA-ACTGGGGCATTCTCTCACTATCTATA-CTT  137

seq1  GGTTTCCCCTGTTGATACTTCTCAGGCATGGGATAGACATTAGTATGATG  199
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACCCTGTTGATAC-TCTCAGGCATGGGATAGACATTAGTATGATG  186

seq1  TGTCATCATCTAGACAGAACAGAGTCCATTCTGACTCTTCAGGATGCTCC  249
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCATCATCTAGACAGAACAGAGTCCA-TCTGACTC-TCAGGATGCTCC  234

seq1  GACAGAGCCAG-AACATCTGTGGCCATCAAATGACCCATATGGAAACACA  298
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGCCAGAAACATCTGTGGCCATCAAATGACCCATATGGAAACACA  284

seq1  GAGTCCATAAAATTTGTGTTTGAGTCCAACTTTCTTCTACCAACATCTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCATAAAATTTGTGTTTGAGTCCAACTTTCTTCTACCAACATCTGA  334

seq1  ATGTGGATGTGAAATCCAGCCCTATAAATCAATGTAAGGGAATTTAACTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGATGTGAAATCCAGCCCTATAAATCAATGTAAGGGAATTTAACTT  384

seq1  ATGTTTCAGGCAAGATGACATTGTGGGGATATCATGTCAAGAGGAGCAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCAGGCAAGATGACATTGTGGGGATATCATGTCAAGAGGAGCAGG  434

seq1  GAACCAGCCTGGAGAGTGCTGGAGCAGTTGGGGAGCACTGCGGTGTCCTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGCCTGGAGAGTGCTGGAGCAGTTGGGGAGCACTGCGGTGTCCTC  484

seq1  AGAGAGAGAATGATCACTTAGTGGAACTGGAAGAATCAGAATTGCCTTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAATGATCACTTAGTGGAACTGGAAGAATCAGAATTGCCTTAA  534

seq1  CTTCAACAAGAAAGTGTGAATGAACTTGTCTGCCCCCTCGAGTGGATGAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACAAGAAAGTGTGAATGAACTTGTCTGCCCCCTCGAGTGGATGAT  584

seq1  AACCCTGGTCCCACTCTTCCTTGGAGCAACTTTCCCAGAAGAGAGCGAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGGTCCCACTCTTCCTTGGAGCAACTTTCCCAGAAGAGAGCGAGC  634

seq1  GCTGCTCTGGGGCTTCCTGTTGGTGATGGTCTCTGCTCACCTTTGCTTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTGGGGCTTCCTGTTGGTGATGGTCTCTGCTCACCTTTGCTTGG  684

seq1  CCCTTCATCAGCACTATGTTGGAGATGACTGACGCCTGCAGACCCCCAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCATCAGCACTATGTTGGAGATGACTGACGCCTGCAGACCCCCAGA  734

seq1  CAGCTGCCCGAGCTGAGCTGTGCTCAGTGACCGAGTTGGTCTTGCAGTGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCCCGAGCTGAGCTGTGCTCAGTGACCGAGTTGGTCTTGCAGTGC  784

seq1  CCTGTAATGAAGAACCCGAGAGGGTAGAAATGAGCCACCTGTGAAATCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAATGAAGAACCCGAGAGGGTAGAAATGAGCCACCTGTGAAATCAG  834

seq1  CCAAGGAGAAGAGCCCCACTCTCTGTCTCCCAGGGGCCAGCAGTATAAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAGAAGAGCCCCACTCTCTGTCTCCCAGGGGCCAGCAGTATAAGA  884

seq1  GCTGGAGGGTGATTTGAGGAGTGTCATTCAGATATGGTGGCTTATGCAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGGGTGATTTGAGGAGTGTCATTCAGATATGGTGGCTTATGCAGG  934

seq1  AAGCTTTCCTCCAAGTGACCTGGCTGGTGAGCCTTTGTGAAAGCAGTAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCCTCCAAGTGACCTGGCTGGTGAGCCTTTGTGAAAGCAGTAAC  984

seq1  ATCACACACCACACTGCCCTCAGAATTAGTCTCAAAGGTCAAGCAAGACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACACCACACTGCCCTCAGAATTAGTCTCAAAGGTCAAGCAAGACC  1034

seq1  TTGAGCTGAGTTCGAGACATCACTATAAAATTGTGTTCAGCTCAAAGCAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTGAGTTCGAGACATCACTATAAAATTGTGTTCAGCTCAAAGCAC  1084

seq1  ATTTTCCAAAAGCCCTGCTTGCGCTAGGCATGAGTGTGCAGTAGGCAAGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCAAAAGCCCTGCTTGCGCTAGGCATGAGTGTGCAGTAGGCAAGA  1134

seq1  AGTCTAGAACTCAAAGACTCAAAGGGGGAAGATGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGAACTCAAAGACTCAAAGGGGGAAGATGAATTC  1173