BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135D09
Chromosome7 (Build37)
Map Location 90,734,520 - 90,911,418
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmc3, Stard5, Il16, Phgdh-ps1, LOC666170
Upstream geneAdamtsl3, 1700129I04Rik, Eftud1, LOC100038986, LOC619808, Rkhd3, LOC619909, A530021J07Rik, EG666160
Downstream gene1700026D08Rik, Mesdc1, Mesdc2, 9930013L23Rik, 2210412D01Rik, Arnt2, LOC100039239, Fah, Zfand6, 2610206C17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135D09.bB6Ng01-135D09.g
ACCDH935310DH935311
length1,073607
definitionDH935310|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135D09, 5' end.DH935311|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135D09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,910,337 - 90,911,418)(90,734,520 - 90,735,126)
sequence
gaattccatttgtccaaatggaagtaaacatggtcctcttccagatattc
tccctaccatgaggatcatagtaaccagaaccatcagtgagcctcagtca
tgacactatgttaactcagaaacagttgagttcttgctgtatgacagaca
ctgtgttgtgtaaggagacacaaggactcagatctccatcttgcttttaa
tgtcttcacaatccagagaagatggacacacctatgaatgggagaaacag
catcgggaatattcagagtcttacatggcacgggaaagggacatgatcac
attggtagtggtgacaatgaaagggggctcctgggcagtgagccctgagc
tgacagtcggagcacgggaggagacaaagtagaggaggaggcagctaata
gaagcacgaaggagggaggacaggatgctgggaataatgagtctagagcc
aacatggctggagcctggagttgagacaggtgggcatcagagtggattac
acattggaacagggaccagttaaagaaaaaggctgacaattgtacagttg
tgcttattagatactaatcactctcaccttaccttcttctatctcactgc
tagccctgcctatcccaccttccccacaaatctttcttatgctcatgttt
attaatttagttttggacccactgagtttaaccagggcttgcttgtgtga
gcatgggtttgaactatctgttgtagcctagtgggctaggcaatagatat
agatggatgacaatggcttcctttttcctagaatctatcaatagctaatt
gttcaacagtaaggggcctgtaagcttctacctgtctcatggttgattgt
tgacagggccagctccagtgtaagtaactgaaattgctttaagttaatga
ctgcaatggtccaaagaaccaggaggatgcccttttgctgtctttcatct
atcttctgggtcctacatgctctgtcccctcctgtccatgttccccgagt
cttggagagaatgatgtaatatctcattgggctgagttctcacatcatta
ttctcactatcttgggcagccat
gaattcctcttctcctctctcctttgctgtcgtttgccatgagaacttat
tccttttcactgaccactgaagtaatagaatctacaaatgagtttctaag
gactgctgacattaccaaattctgtcagtctatggacacaaacacacaca
cacacacacacacacactacagatgaccctgggacagtgagatgcagaag
ttacacaagaaagatgccctttgctgaaagcaattctgtaatcagatttc
ctccatgattccccttttccacccagtaactccgatgacagctttaatgc
tgatgaaacgggagacagcagtgatccggaacaaatcttccagaatatac
agtttcagaaagatctcatggcaaatatccgctgcagaccctggaccatg
gggcagaaactgcgggcactgaggtaaggaagggcctacacagcattcac
taataagagttttgattcaagaactgtgaccatcctgcatctcactcaga
gaagttccaaagatgcttgatgggaccatctagacatagctgttatagtg
cctgtgaatatgtgcgcgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr7_90910337_90911418
seq2: B6Ng01-135D09.b_46_1118 (reverse)

seq1  ATGGCTGCCCAAGATAGTGAGAATAAATGATGGTTGAGAACTCAGCCCCA  50
      |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  
seq2  ATGGCTGCCCAAGATAGTGAGAAT-AATGATG--TGAGAACTCAGCCC--  45

seq1  AATGAGATATTACATCATTCTCTCCAAGACTCGGGGAACATTGGACAGGA  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATGAGATATTACATCATTCTCTCCAAGACTCGGGGAACA-TGGACAGGA  94

seq1  GGGGGACAGGAAGCATGTAGGACCCAGAAGATAGATGAAAGACAGCAAAA  150
       ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGGGACAG--AGCATGTAGGACCCAGAAGATAGATGAAAGACAGCAAAA  141

seq1  GGGCATCCTCTTGGTTCTTTGGACCATTGCAGTCATTAACTTAAAGCAAT  200
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCCTCCTGGTTCTTTGGACCATTGCAGTCATTAACTTAAAGCAAT  191

seq1  TTCAGTTACTTACACTGGAGCTGGCCCTGTCAACAATCAACCATGAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTACTTACACTGGAGCTGGCCCTGTCAACAATCAACCATGAGACA  241

seq1  GGTAGAAGCTTACAGGCCCCTTACTGTTGAACAATTAGCTATTGATAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAGCTTACAGGCCCCTTACTGTTGAACAATTAGCTATTGATAGAT  291

seq1  TCTAGGAAAAAGGAAGCCATTGTCATCCATCTATATCTATTGCCTAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAAAAAGGAAGCCATTGTCATCCATCTATATCTATTGCCTAGCCC  341

seq1  ACTAGGCTACAACAGATAGTTCAAACCCATGCTCACACAAGCAAGCCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCTACAACAGATAGTTCAAACCCATGCTCACACAAGCAAGCCCTG  391

seq1  GTTAAACTCAGTGGGTCCAAAACTAAATTAATAAACATGAGCATAAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACTCAGTGGGTCCAAAACTAAATTAATAAACATGAGCATAAGAAA  441

seq1  GATTTGTGGGGAAGGTGGGATAGGCAGGGCTAGCAGTGAGATAGAAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTGGGGAAGGTGGGATAGGCAGGGCTAGCAGTGAGATAGAAGAAG  491

seq1  GTAAGGTGAGAGTGATTAGTATCTAATAAGCACAACTGTACAATTGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTGAGAGTGATTAGTATCTAATAAGCACAACTGTACAATTGTCAG  541

seq1  CCTTTTTCTTTAACTGGTCCCTGTTCCAATGTGTAATCCACTCTGATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTCTTTAACTGGTCCCTGTTCCAATGTGTAATCCACTCTGATGCC  591

seq1  CACCTGTCTCAACTCCAGGCTCCAGCCATGTTGGCTCTAGACTCATTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTCTCAACTCCAGGCTCCAGCCATGTTGGCTCTAGACTCATTATT  641

seq1  CCCAGCATCCTGTCCTCCCTCCTTCGTGCTTCTATTAGCTGCCTCCTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCATCCTGTCCTCCCTCCTTCGTGCTTCTATTAGCTGCCTCCTCCT  691

seq1  CTACTTTGTCTCCTCCCGTGCTCCGACTGTCAGCTCAGGGCTCACTGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTGTCTCCTCCCGTGCTCCGACTGTCAGCTCAGGGCTCACTGCCC  741

seq1  AGGAGCCCCCTTTCATTGTCACCACTACCAATGTGATCATGTCCCTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCCCCTTTCATTGTCACCACTACCAATGTGATCATGTCCCTTTCC  791

seq1  CGTGCCATGTAAGACTCTGAATATTCCCGATGCTGTTTCTCCCATTCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCATGTAAGACTCTGAATATTCCCGATGCTGTTTCTCCCATTCATA  841

seq1  GGTGTGTCCATCTTCTCTGGATTGTGAAGACATTAAAAGCAAGATGGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTCCATCTTCTCTGGATTGTGAAGACATTAAAAGCAAGATGGAGA  891

seq1  TCTGAGTCCTTGTGTCTCCTTACACAACACAGTGTCTGTCATACAGCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTCCTTGTGTCTCCTTACACAACACAGTGTCTGTCATACAGCAAG  941

seq1  AACTCAACTGTTTCTGAGTTAACATAGTGTCATGACTGAGGCTCACTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAACTGTTTCTGAGTTAACATAGTGTCATGACTGAGGCTCACTGAT  991

seq1  GGTTCTGGTTACTATGATCCTCATGGTAGGGAGAATATCTGGAAGAGGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGGTTACTATGATCCTCATGGTAGGGAGAATATCTGGAAGAGGAC  1041

seq1  CATGTTTACTTCCATTTGGACAAATGGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTACTTCCATTTGGACAAATGGAATTC  1073

seq1: chr7_90734520_90735126
seq2: B6Ng01-135D09.g_70_676

seq1  GAATTCCTCTTCTCCTCTCTCCTTTGCTGTCGTTTGCCATGAGAACTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTCTCCTCTCTCCTTTGCTGTCGTTTGCCATGAGAACTTAT  50

seq1  TCCTTTTCACTGACCACTGAAGTAATAGAATCTACAAATGAGTTTCTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCACTGACCACTGAAGTAATAGAATCTACAAATGAGTTTCTAAG  100

seq1  GACTGCTGACATTACCAAATTCTGTCAGTCTATGGACACAAACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTGACATTACCAAATTCTGTCAGTCTATGGACACAAACACACACA  150

seq1  CACACACACACACACACTACAGATGACCCTGGGACAGTGAGATGCAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACTACAGATGACCCTGGGACAGTGAGATGCAGAAG  200

seq1  TTACACAAGAAAGATGCCCTTTGCTGAAAGCAATTCTGTAATCAGATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAAGAAAGATGCCCTTTGCTGAAAGCAATTCTGTAATCAGATTTC  250

seq1  CTCCATGATTCCCCTTTTCCACCCAGTAACTCCGATGACAGCTTTAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGATTCCCCTTTTCCACCCAGTAACTCCGATGACAGCTTTAATGC  300

seq1  TGATGAAACGGGAGACAGCAGTGATCCGGAACAAATCTTCCAGAATATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAACGGGAGACAGCAGTGATCCGGAACAAATCTTCCAGAATATAC  350

seq1  AGTTTCAGAAAGATCTCATGGCAAATATCCGCTGCAGACCCTGGACCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGAAAGATCTCATGGCAAATATCCGCTGCAGACCCTGGACCATG  400

seq1  GGGCAGAAACTGCGGGCACTGAGGTAAGGAAGGGCCTACACAGCATTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAAACTGCGGGCACTGAGGTAAGGAAGGGCCTACACAGCATTCAC  450

seq1  TAATAAGAGTTTTGATTCAAGAACTGTGACCATCCTGCATCTCACTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGAGTTTTGATTCAAGAACTGTGACCATCCTGCATCTCACTCAGA  500

seq1  GAAGTTCCAAAGATGCTTGATGGGACCATCTAGACATAGCTGTTATAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCCAAAGATGCTTGATGGGACCATCTAGACATAGCTGTTATAGTG  550

seq1  CCTGTGAATATGTGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAATATGTGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  600

seq1  TGTGTGT  607
      |||||||
seq2  TGTGTGT  607